쟁점토지를 비사업용 토지 및 업무무관부동산으로 보지 아니할 부득이한 사유가 있다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. OO업협동조합법에 따라 설립된 청구법인은 1972년부터 OOO에서 “OOO”을 운영해오다 “OOO 분산물류센터”(이하 “쟁점물류센터”라 한다)를 건립하기로 계획하고 2013.5.22. OOO 번지 등 24,343㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 공매 낙찰받아 취득하였다.
• 나. 이후 청구법인은 쟁점물류센터의 건설을 위해 OOO장에게 쟁점토지의 중앙을 가로지르는 폭 8m의 3-33번 도로(이하 “쟁점도로”라 한다)를 폐지해달라는 도시계획시설 변경을 제안하였다가 2016.3.15. 승인거부되었고, 2017.12.19. 공매절차를 거쳐 쟁점토지를 제3자에게 OOO원에 양도(양도차익 OOO원)한 후 2017사업연도 법인세 신고시 업무무관부동산에 대한 경비 OOO원 등을 손금불산입하여 법인세를 신고하는 한편, 토지등양도소득에 대한 법인세 OOO원을 신고․납부하였다가 2018.5.25. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 사유로 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였다. <표1> 2017사업연도 법인세 경정청구 내역
• 다. 이에 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도는 비사업용 토지로 보지 아니하는 부득이한 사유가 없다는 이유로 2018.9.18. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1972년 건설된 수산물 공판장을 현대화하여 이전하기 위해 정부정책에 따라 쟁점토지를 취득하였으나, 예상치 못한 ① 지역주민의 반대시위와 OOO장의 입장변경으로 ② 도시계획 변경 미허가에 따라 사업추진이 불가능하여 쟁점토지를 매각한바, “도시계획의 변경 등 정당한 사유”가 존재하므로 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하지 아니한다. (1) OOO는 수산물 공판장의 노후화문제로 2006년부터 지속적으로 이전을 요청하였고, 공문으로 신규 공판장을 개설할 경우 도시계획시설결정 등 행정사항을 적극 지원하기로 하였고, 정부의 2013년 수산물 유통구조 개선 종합대책에 따라 국고보조금(해양수산부)을 받고 OOO의 우호적인 공문 및 구두 약속에 따라 쟁점토지를 취득하였다. 그러나, 발표된 대책에 따라 실제 사업이 추진되자 ① 지역주민의 강한 반대시위 등이 지속되었고, 청구법인은 수차례에 걸쳐 지역 주민들과 협의를 진행하고 다양한 보상책을 제안하는 등 쟁점물류 센터 건립사업을 위해 사업설명회를 7회, 지역주민 간담회를 9회, 구청 및 주민 대표자 등 3자간 협의를 2회 개최하는 등 최선의 노력을 다하였으나, 과도한 보상OOO 요구로 인하여 도저히 합의하기 어려운 상황에 이 르렀
• 다. (2) 더구나, OOO장은 지역주민의 이익보호를 이유로 기존 입장을 번복하고, 사업추진에 필수적인 ② 쟁점도로를 폐지하는 도시계획 의 변경을 허가해주지 않았는바, 이는 사실상 OOO이 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호 에 따른 법령을 이용하여 “사용을 제한”한 것이고, 동시에 미사용에 대한 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호 에 따른 “도시계획의 변경 등 정당한 사유”가 있는 것이다. (가) 쟁점도로는 쟁점토지 취득 당시에도 사실상 폐도로서 사용이 불가능한 도로였고, 청구법인의 물류센터 건립이 취소된 직후에 아파트 공사가 시행되자 OOO장은 바로 쟁점도로를 폐지하는 도시계획의 변경을 시행하였다. 이러한 사실을 볼 때, 쟁점도로를 폐지하는 도시계획변경 미허가는 사실상 쟁점토지를 수산물 공판장 용도로 사용함을 제한하는 행정청의 금지행위에 해당함을 알 수 있다. (나) 또한, 이 건 물류센터 건립사업은 당초에 쟁점도로의 폐지를 전제로, 정부 감독기관OOO 주도하에 총 사업비 중 OOO%를 국고로 충당하는 방식으로 설계되었는바, 쟁점도로가 존속되어 물류센터 건립 사업이 원안대로 진행되지 못하는 경우, (i) 수정된 사업계획이 타당성 조사를 통과하지 못할 가능성과 (ii) 관련 법령에 따라 보조금 교부가 취소될 가능성이 높아 물류센터 건립사업의 지속 여부를 결정짓는 중대한 사안이었다. (3) 법인세법에서 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나, 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 해당 토지를 사업에 사용하지 아니하는 경우 해당 토지는 비사업용 토지 등에서 제외된다고 규정하고 있다. (4) 쟁점토지 취득세 부과와 관련한 과세전적부심사에서 OOO는 쟁점토지 미사용에 대한 정당한 사유가 존재하여 감면 취득세 추징이 부당하다는 결정을 내린바, 달리 볼 사정이 없다면 법인세법상 정당한 사유도 인정되는 것이 타당하다.

(5) 쟁점물류센터 건립사업은 당시 정부의 국정과제 실행을 위해 추진되었으므로 쟁점토지의 양도차익에 중과하는 것은 토지의 생산적 사용을 유도하고 투기수요를 억제하기 위한 비사업용 토지 과세제도의 취지에 맞지 않는다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 도시관리계획상 쟁점토지 내에 쟁점도로가 이미 존재한다는 사실을 알고 쟁점토지를 취득하였으므로 쟁점토지는 법인세법에서 규정한 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지(제한)된 토지”로 볼 수 없다.

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 부동산 컨설팅 업체로부터 쟁점토지 중간부분에 존재하는 도로의 폐지를 전제로 쟁점토지가 물류센터 부지로 타당하다는 의견이 있었음에도 불구하고 쟁점토지를 취득하였다. (2) 법인세법 제27조 와 제55조의 2에서 비사업용 토지를 양도할 경우 과세 제외하는 부득이한 사유를 제한적으로 해석해야 한다. 법인세법 시행령과 같은 법 시행규칙에서 열거한 일정한 토지만을 사업용 토지로 보고 있고, 취득 이전에 쟁점토지 내에 도로가 존재한다는 사실을 청구법인이 이미 알고 있었으므로 법인세법에서 정한 과세 제외하는 부득이한 사유에 해당되지 않는다.

(3) 도시계획시설의 변경은 변경사유와 규모의 적정성 및 주변에 불필요한 피해가 발생되지 않도록 행정청에서 제반사항을 종합적으로 고려해서 판단하는 것으로서 쟁점토지 취득 당시 도시계획상의 도로 존재 사실을 알았기 때문에 다소 효율이 떨어지겠지만 도로 폐지 등 용도변경하지 않고 물류센터 건립에 대한 건축허가 신청은 가능하였다.

(4) 도시관리계획상 용도지역의 변경은 국세청 예규(재산-3801, 2008.11.17.)와 같이 비사업용 토지로 보지 않는 부득이한 사유에 해당되지 않는다. 또한 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제37조 제1항 에 의거한 용도지구로 지정 또는 변경되는 경우에는 특별히 사용이 제한된 경우로 볼 수 없고, 통상적인 제한의 범위로 보아 법령상 사용금지 또는 제한에 해당하지 않는 것(대법원 1996.7.30. 선고 93누17133 판결 참조)이다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지 및 업무무관부동산으로 보지 아니할 부득이한 사유가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산.(단서 생략)

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각 호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제26조【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

30. 당해 부동산의 취득 후 제2호부터 제29호까지의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각 목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각 호에 의한다.

2. 영 제49조 제1항 제1호 나목에 해당하는 부동산: 취득일(제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.(단서 생략)

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에는 아래의 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.5.22. 쟁점토지를 공매를 통해 OOO원에 취득한 후 약 4년 7개월 후인 2017.12.19. 공매로 OOO원에 양도하여 2017사업연도에 쟁점토지 양도차익 약 OOO원을 얻은 것으로 나타난다. (나) 지형도 등에 따르면, 청구법인이 취득하기 전부터 쟁점토지에는 그 중앙을 가로지르는 폭 8m, 길이 99m의 쟁점도로가 도시관리계획상 설치되어 있었던 것으로 나타난다. (다) OOO 고시 등에 따르면, 쟁점도로는 폭 8m의 3-33번 일반도로로, 아래 <표2>와 같이 1988.8.2. 최초 신설되었다가 2006.11.20. 주택건설사업 승인시 폐지된 후 2012.11.12. 주택건설사업 승인이 취소됨에 따라 재신설되었다가 쟁점토지 양도(2017.12.19.) 후인 2018.4.20. 주택건설사업 승인시 다시 폐지된 것으로 나타난다. <표2> 쟁점도로의 신설ㆍ폐지 연혁 (라) 청구법인 등이 쟁점물류센터 건립을 위하여 한 주요 업무추진 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 쟁점물류센터 건립 추진 경과 (마) OOO장이 2006.2.21. 청구법인에게 보낸 공문(OOO 이전방안 건의사항에 대한 회신)에는 OOO에 추가 수용은 어렵고, 이전대체부지 제공에 활용할 체비지가 없을 뿐만 아니라 신규공판장 건립비 지원도 재정여건상 불가하며, 청구법인에서 신규공판장을 개설하여 이전하면 도시계획시설결정 등 제반행정사항은 적극 지원하겠다는 내용이 적혀 있다. (바) 청구법인이 작성한 2013.6.10.자 “OOO장 면담 결과 보고”에는 OOO장이 “수협이 부지확보는 제대로 했다”, “도시계획을 변경할 분산물류센터의 기본(안)을 빠른 시일내에 제출해주면 도시계획 변경을 긍정적으로 검토하겠다. 기본(안)이 나와야 도시계획도로 폐쇄도 가능할 것이다.”라고 말한 것으로 기재되어 있다. (사) OOO이 2016.10.10. 청구법인에게 보낸 공문(OOO 소비지 분산물류센터 지원사업 중단 승인 알림)에는 정부의 ‘수산물 유통구조 개선대책(2013년 7월 발표)’의 일환으로 추진한 쟁점물류센터 지원사업이 건립부지 인근주민의 민원으로 인해 사업추진이 어려워 사업중단 승인신청을 승인한다는 내용이 적혀 있다. (아) 청구법인은 2015.8.1. 및 2015.12.30. 두 차례에 걸쳐 쟁점도로의 폐지 등을 제안하는 “OOO 수산물분산물류센터 신축을 위한 도시계획도로 변경결정 제안서”를 제출하였으나, OOO장이 2016.3.15. 교통혼잡 및 민원 미해결을 이유로 제안서 반영을 거부하자 OOO에 행정심판을 제기하였고, 재결청은 2016.5.30. 청구법인이 사전협의 없이 쟁점토지를 매입한 것으로 보이고, OOO장이 쟁점도로 폐지를 확약하였다고 볼만한 입증자료가 없다는 등의 이유로 청구법인의 청구를 기각한 것으로 나타난다. (자) 청구법인이 제출한 위 행정심판 청구이유서에는 쟁점토지 취득경위와 관련하여, OOO장이 추천한 수협 공판장의 신규 부지는 사업타당성이 없어 매입하지 아니하였고, 쟁점토지 매입에 대한 검토 당시 청구법인은 부동산 컨설팅 회사OOO로부터 쟁점도로의 폐지를 전제로 쟁점토지가 쟁점물류센터 건립부지로 타당하다는 의견을 받았다는 내용이 적혀 있다. (차) OOO장이 2015.5.26. 청구법인에게 보낸 과세전적부심사청구 결정서에 따르면, OOO장(처분청)은 청구법인이 2013.5.22. 쟁점토지를 취득한 후 지방세특례제한법 제14조 제1항 에 따라 구매․판매 사업용 토지로 하여 취득세의 OOO%를 감면받았음에도 불구하고 같은 법 제178조 제1호의 추징사유인 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 경과시까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”에 해당한다고 보아 감면세액을 추징하겠다고 과세예고통지하였고, 재결청은 청구법인이 쟁점토지 취득 후 해당 사업에 사용하기 위한 지속적인 노력을 하였고, 쟁점토지 취득 후 1년이 지나 국가예산이 배정되었다는 등의 사정을 감안하여 청구법인이 취득일부터 1년 내에 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것에 “정당한 사유”가 있다고 판단하여 인용 결정을 한 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 사업용으로 사용하지 못한 것에 도시계획의 변경 등의 부득이한 사유가 있고, 투기적 목적으로 취득한 것이 아니어서 쟁점토지를 비사업용 토지나 업무무관부동산으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 비사업용 토지 해당 여부와 관련하여 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호 에서 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에서 “당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”는 당해 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 업무무관부동산 해당 여부와 관련하여 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제30호에서 “당해 부동산의 취득 후 제2호부터 제29호까지의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산”을 업무무관부동산에서 제외하는 것으로 규정하고 있는데, 그 문언상 부동산의 취득 후에 어떠한 제한이나 사유가 발생한 경우 특례를 적용하는 것인바, 부동산을 취득하기 전에는 없던 법령상 금지나 제한 또는 정당한 사유가 그 취득 후에 발생하여 본래 의도한 목적대로 사용하지 못한 상황이 발생한 경우를 전제하고 있는 점, 쟁점토지의 중앙을 가로지르는 쟁점도로는 최초 1988.8.2. 신설되었다가 한 차례 폐지된 후 청구법인이 쟁점토지를 취득(2013.5.22.)하기 전인 2012.11.12. 다시 신설되어 쟁점토지 취득 당시에 이미 존재하던 것이었던바, 쟁점토지의 경우 취득 전에 없던 사정이 취득 후에 발생함으로써 부동산을 본래 의도한 목적대로 사용할 수 없는 경우에 적용되는 위 규정의 요건을 충족하지 못한다고 보이는 점, OOO 재결서 등에 따르면, OOO장이 청구법인에게 물류센터 후보지를 추천하였으나 청구법인이 그 제안을 수용하지 아니하고, 사전협의 없이 쟁점토지를 매입한 것으로 되어 있으며, 그 취득 당시 부동산컨설팅회사는 청구법인에게 쟁점도로의 폐지를 전제로 사업타당성이 있다고 제안한 사실로 보아 쟁점토지를 사업용으로 사용하지 못한 책임이 전적으로 행정청OOO에 있다고 보기도 어려운 점, 비사업용 토지나 업무무관부동산에 대한 과세는 당초 부동산의 취득 목적이 투기를 위한 것인지에 불구하고 법령상 요건에 따라 과세 여부를 판단하는 것인 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지를 비사업용 토지 또는 업무무관부동산에서 제외할 만한 부득이한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.