쟁점추가공제액을 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 해당 법문을 확장해석하거나 유추해석한 것으로 보이고, 이 건의 경우 그렇게 해야 할 특별한 사정이나 합리적 이유가 있다고는 보이지 아니하므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어려움.
쟁점추가공제액을 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 해당 법문을 확장해석하거나 유추해석한 것으로 보이고, 이 건의 경우 그렇게 해야 할 특별한 사정이나 합리적 이유가 있다고는 보이지 아니하므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어려움.
심판청구를 기각한다.
(1) 적격합병의 입법취지상 쟁점규정은 열거된 항목만 세액공제를 허용하는 제한적 규정으로 볼 수 없다. 따라서 청구법인은 법인세법제44조의3 제2항, 같은 법 시행령 제80조의4 제2항에 따라 쟁점세액공제를 승계하여 세액공제를 할 수 있는 것이다. 적격합병과 관련하여 법인세법제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례)에서는 세액공제 승계 등 특례를 규정하고 있고, 같은 법 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한)에서는 승계된 세액공제 등의 제한을 규정하고 있다. 특히, 같은 법 제44조의3 제2항에서는 적격합병에 해당하는 경우에 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재 제59조에 따른 세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계하도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제80조의4 제2항에서는 적격합병에 해당하는 경우 합병법인은 피합병법인이 합병 전에 적용받던 같은 법 제59조에 따른 세액공제를 승계하여 세액공제의 적용을 받을 수 있다고 규정하고 있다. 한편, 위 규정들에 따라 합병법인이 승계한 세액공제 등은 모두 세액공제 등을 적용받을 수 있는 것이 아니라 법인세법제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) 제4항에서 정하는 바에 따라 합병법인이 같은 법 제44조의3 제2항에 따라 승계한 피합병법인의 세액공제는 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액에 해당하는 법인세액의 범위내에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 정하고 있고, 그 위임을 받은 쟁점규정에서는 같은 법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제(이월공제가능한 세액공제를 말한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 각 목의 규정에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서 법인세법제45조 제4항 및 그 위임을 받은 쟁점규정은 법인세법제44조의3 제2항의 규정을 전제한 후, 해당 법조문의 제목(합병 시 이월결손금 등 공제제한)처럼 세액공제의 적용제한만을 규정하고 있으므로 처분청의 의견처럼 승계․공제할 수 있는 세액공제만을 열거한 조문이 아닌 것이 명백하다. 위와 같이 법령과 그 위임법령이 명확하게 구분됨에도 처분청은 법 조문이 공제제한을 규정하다고 하더라도 위임받은 시행령은 다른 규정을 규정한다고 할 수 있다면서 법령상 조문체계를 무시하고 법 해석을 하고 있다. 청구법인은 이월공제가 가능한 쟁점세액공제를 법인세법제44조의3에 따라 승계가능한 것이며, 법인세법제45조에 따른 공제제한 산정방법이 열거되어 있지 아니하여 대신 조세특례제한법 시행령제23조에서 정한 합병법인의 상시근로자 수 한도 계산에 따라 쟁점세액공제의 공제가능한 금액을 산출하였다. 또한, 법인세법제45조는 조문의 제목처럼 세액공제뿐만 아니라 결손금, 자산처분손실, 감면 등에 있어서도 일관되게 공제 등을 제한하는 형식으로만 구성되어 있을 뿐이므로, 이러한 점에 비춰보면, 쟁점규정은 결코 열거된 항목에 한하여 공제를 허용하는 규정으로 볼 수 없다. 처분청 논리대로라면 법인세법제45조의 제목이 “합병 시 이월결손금 등 공제제한”으로 되어서는 안되며, 오히려 “합병 시 이월결손금 공제 허용”으로 되어야 할 것이며, 그 내용도 현행처럼 공제를 제한하는 내용이 아닌 공제를 허용하는 내용으로 구성되었어야 할 것이다. 아울러 쟁점규정은 2010.12.30. 신설되었는데, 그 당시에는 현행 쟁점세액공제처럼 납부할 세액이 있음에도 불구하고, 상시근로자 수 계산방식에 따라 세액공제를 적용받지 못하는 경우는 존재하지 않았으며, 쟁점세액공제가 2012년에 임시투자세액공제가 개편되면서 신설되었다는 점에서 쟁점세액공제가 신설된 이후에, 쟁점규정이 쟁점추가공제액의 경우처럼, 납부할 세액과 무관하게 공제받지 못한 금액을 따로 규정하지 않은 것은 입법자가 동 규정을 예시적 규정으로 본 충분한 근거가 된다고 할 것이다. 처분청은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장․유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 하나, 조세특례제한법 시행령제23조 13항 제2호에서는 합병을 한 경우 쟁점세액공제 추가공제를 위한 상시근로자를 계산하는 방법에 대해 명확하게 규정하고 있는 이상, 합병법인의 쟁점세액공제에 대한 이월공제방법에 대하여는 조세특례제한법령에서 규정하고 있는 것으로 보아야 한다.
(2) 적격합병의 취지에 비춰보아도, 쟁점추가공제액은 합병법인이 공제받는 것이 타당하다. 현행 법인세법은 적격합병을 형식적인 조직개편으로 보아, 원칙적으로 인격합일설과 동일한 조세효과가 발생하도록 규정하고 있는바, 이에 따르면 합병으로 인한 합병당사자들의 세부담은 원칙적으로 합병전과 동일해야 하므로 청구법인이 합병으로 인하여 쟁점추가공제액을 공제받지 못한다는 것은 법인세법상 적격합병의 기본 취지를 몰각하게 하는 결과를 초래하게 된다. 아울러 법인세법의 다른 규정 및 각종 해석례에서도 적격합병의 근본취지(형식적 조직개편)를 반영하여 합병등을 과세계기로 삼는 경우에 발생할 수 있는 동결효과를 방지하여 합병을 지원하고 있고, 최근의 심판결정례OOO에서는 적격합병의 경우에 있어서, 법인세법제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제85조 승계규정이 없더라도, 격격합병의 취지에 따라 합병법인이 피합병법인의 지정기부금 손금한도초과금액의 이월액을 승계한 것으로 보아 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여야 한다고 결정하였다. 2009년 정부는 합병․분할 등 기업 구조조정을 지원하는 세제를 개편하면서 그 취지가 적격분할 요건을 갖추면 이월결손금, 세무조정사항, 세액공제 등 일체의 세무사항을 승계하도록 하여 합병․분할 시점에 세금문제가 발생하지 않도록 지원하기 위한 것임을 분명히 밝힌 점을 보더라도 쟁점추가공제액을 부인하는 것은 합병세제 개편의 취지와 맞지 아니하다.
(3) 청구법인이 종전법인의 상시근로자를 승계하면서 쟁점추가공제액을 승계하지 못한다는 것은 모순된 법 해석이다. 조세특례제한법 시행령제23조 제13항 제3호 가목에서는 쟁점세액공제시 합병에 의하여 합병법인이 피합병법인으로부터 상시근로자들을 승계한 경우 승계한 상시근로자가 직전 사업연도부터 계속 근무한 것으로 보아 증감인원을 계산하도록 규정하고 있어 결과적으로 피합병법인에서 증가한 상시근로자수는 합병법인의 증가인원에 포함된다. 위 규정은 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우 직전 과세연도 상시근로자 수에서 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다고 규정하고 있다. 따라서 위 계산방식에 의하면 해당 과세연도에 합병․분할․현물출자 또는 사업의 양수 등의 사유로 상시근로자를 승계하는 경우에는 승계시킨 기업(피합병법인)은 상시근로자 수를 변동시키지 않고, 승계한 기업(합병법인)에서 피합병법인의 상시근로자 수의 변동효과가 반영된다. 위 규정에 따라 피합병법인의 경우에는 상시근로자 증가인원이 없는 것으로 되어 쟁점공제의 추가공제를 받을 수 없게 되며, 이 경우 피합병법인의 추가공제액은 합병법인에 이월승계되는 것이다. 처분청의 논리대로라면 합병법인에 이월승계된 추가공제는 합병법인이 승계할 수 없게 되는 것으로, 이 경우 합병법인은 조세특례제한법에 따라 피합병법인의 상시근로자 증가인원을 승계하더라도 추가공제를 받을 수 없는 모순이 발생하게 되어 심히 부당한 결과를 초래하게 된다. 조세특례제한법 시행령제23조 제13항 제3호는 합병법인이 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 계산하라고 되어 있는데 이는 피합병법인의 매월 상시근로자를 더하여 연평균 상시근로자 수를 계산하도록 정한 것으로, 처분청은 단순하게 합병 시 승계한 상시근로자 수를 더하는 오류를 범하고 있다. 또한 직전 과세연도 상시근로자 수는 피합병법인의 상시근로자 수 중 합병법인으로 승계한 상시근로자 수를 월별로 합산하도록 한 것인데, 처분청은 단순하게 합병 시 승계한 상시근로자 수로 계산하는 오류를 범하였다. 또한, 처분청은 합병할 경우 증가하는 상시근로자 수는 피합병법인의 증가인원을 합병법인이 증가한 것으로 보는 것이 아니라 합병 후 순수하게 증가한 인원만으로 계산하여야 한다는 의견이나, 개정법령의 취지는 합병으로 승계한 상시근로자 수가 신규채용으로 계산되는 문제를 해소하기 위하여 피합병법인의 상시근로자 수를 가감하도록 한 것이지, 실제로 피합병법인의 신규채용한 인원을 상시근로자 수에 포함하지 않는 것을 의미하는 것은 아니다. 개정 전 법률에 따라 합병법인의 월별 상시근로자 수를 더하여 12개월로 나누게 되면, 합병일에 급격한 인원 증가가 있는 것으로 계산되는 문제가 발생하게 되어 법령이 개정되면서 피합병법인의 인원을 기초부터 합병법인이 승계한 것으로 계산하는 것이므로 자연스럽게 피합병법인의 신규채용 인원은 합병법인에 합산되는 것이다. 따라서 조세특례제한법 시행령제23조 제13항 제3호에 의하여 피합병법인의 상시근로자 수 증감이 합병법인의 상시근로자 수에 반영되도록 규정하고 있어 피합병법인이 상시근로자 수 증가가 있었음에도 불구하고 0으로 계산되어 받지 못하는 쟁점세액공제의 추가공제를 합병법인의 승계하여 상시근로자 수 증가 한도내에서 공제받는 것이 타당하다.
(4) 쟁점공제 중 추가공제만 다른 세액공제와 달리 차별할 이유가 없고, 오히려 투자 및 고용증가를 장려해야 한다는 점에서 더욱 공제를 허용하여야 한다. 쟁점공제제도는 종전의 임시투자세액공제제도를 개편하여 세액공제요건을 임시투자세액공제보다 구체화 하고 지방․중소기업을 우대하여 기업의 투자를 지원하며, 기업의 고용창출형 투자를 유도하기 위한 취지로 신설되었고, 2012.1.1. 이후 최초로 투자하는 분부터는 과거 방식처럼 투자금액에 공제율을 일괄 적용하는 것이 아니라 고용유지를 기본조건으로 하여 기본공제를 적용하고 고용증가에 비례하는 한도를 두어 추가공제를 하는 방식으로 세액을 공제하며, 여기서 추가공제금액은 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 해당 과세연도의 상시근로자 수 증가부분에 일정금액을 곱한 금액을 한도로 하고, 이를 초과하는 금액은 조세특례제한법제144조 제3항에 따라 이월된다. 이와 같이 세액공제 방식이 변경되면서 납부할 세액의 유무에 관계없이 이월세액공제가 발생하게 되고, 동 이월세액과 관련하여서는 처분청은 쟁점규정이 별도로 공제를 제한하는 열거규정을 두지 아니하였다는 이유로 이 건과 같이 쟁점추가공제액을 부인하는 것은 투자 및 고용을 동시에 장려하는 쟁점세액공제를 오히려 불리하게 차별하는 것으로, 피합병법인은 정부의 의도대로 투자가 증대하면서 상시 근로자의 고용을 증대하였고, 이를 합병법인이 적격합병의 형태로 그대로 승계하였음에도 불구하고 쟁점추가공제액을 부인하는 것은 부당하다.
(1) 쟁점규정이 열거된 항목만 세액공제를 허용하는 제한적 규정이 아닌 공제가 제한되는 경우만을 예시적으로 열거한 규정이라는 청구 주장은 잘못된 법해석이다. 법인세법제44조의3 제2항에 따르면 적격합병에 해당하는 경우 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제59조에 따른 감면․세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제81조 제3항에서는 합병법인은 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다고 하면서 제2호(쟁점규정)에 법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제로서 이월된 미공제액의 경우에는 이월된 외국납부세액 공제액, 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 이월된 미공제액, 그 외 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액에 대하여 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제한다고 되어 있다. 청구법인은 쟁점규정이 법인세법제45조 제4항의 위임을 받았고, 해당 법 조문은 제목이 “합병 시 이월결손금 등 공제제한”인 것과 같이 세액공제 등의 적용제한에 대하여 규정하고 있으므로 쟁점규정도 위임한 법 조항과 같이 예시적 공제제한 규정으로 해석하여 열거하지 아니한 세액공제는 원칙적으로 전액 세액공제가 가능하다고 주장하나, 법인세법 제45조 제4항 을 보면, 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 적용한다고 되어 있는바, 이는 합병법인의 전체 소득금액 또는 법인세액이 아닌 법에서 규정한 범위 내에서 적용하여야 한다는 것을 의미하고 있고, 이에 따라 법 조문 제목에 “공제제한”이라는 용어를 쓴 것으로, 이월할 수 있는 공제항목에 대하여 직접적으로 규정하고 있는 것은 아니다. 해당 법 조문이 공제제한을 규정한다고 하여 그 위임을 받은 시행령규정도 무조건 공제제한을 규정한다고 할 수는 없고, 쟁점규정을 내용을 살펴보아야 하는 것으로, 쟁점규정은 제3항 다음 각 호에 따라 “적용”받을 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 이는 합병법인이 승계하여 공제할 수 있는 세액공제를 열거한 조문임이 명백하며, 청구법인 주장대로 공제를 제한하는 예시적 규정으로 보려면 “다음 각 호의 경우에는 세액공제를 적용할 수 없다”라는 형식으로 되어 있어야 할 것이므로 쟁점규정 어디에도 공제를 제한하는 내용이 있지 않음에도 예시적 규정으로 보는 것은 잘못된 법해석이다. 청구법인은 법인세법제44조의3, 제45조와 같은 법 시행령 제80조의4, 제81조의 체계상 합병법인이 승계할 수 있는 항목을 정한 조문과 승계한 항목을 제한하는 조문이 구분된다고 하나, 법인세법제44조의3 및 같은 법 시행령 제80조의4는 적격합병의 경우 합병법인이 감면․세액공제 등을 승계할 수 있다는 일반적인 원칙을 규정하고 있고, 그 구체적인 방법에 대해서는 같은 법 제45조 및 같은 법 시행령 제81조에서 규정하여 법인세법제45조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제81조 제3항에서는 “합병법인이 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다”라고 하면서 구체적으로 감면 또는 세액공제를 승계하여 적용받을 수 있는 경우 및 그 방법에 대해 규정하고 있으나, 쟁점세액공제에 대해서는 승계할 수 있도록 규정되어 있지 아니하다. 쟁점조항에서는 합병법인이 승계하여 공제받을 수 있는 이월세액으로 같은 호 가목 내지 다목에 규정하는 공제액 이외에 납부할 세액이나 최저한세 미달 여부와 관계없이 차기 사업연도로 이월하여 공제를 받을 수 있는 쟁점추가공제액은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받을 수 있는 이월세액공제 대상으로 규정하고 있지 않으므로 쟁점추가공제액을 부인한 것은 당연한 것이다.
(2) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 조세특례제한법제144조에서는 일반적인 경우의 세액공제액의 이월공제에 대해 규정하면서 제1항에 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액에 대하여 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 각 과세연도에 이월하여 공제한다고 되어 있고, 2011.12.31. 제1항과는 별도로 제3항을 신설하여 고용창출투자세액공제 중 한도초과로 인하여 공제받지 못한 추가공제금액에 대하여 일정한 한도내에서 이월하여 공제받을 수 있도록 하고 있다. 반면, 쟁점규정에서는 한도초과로 인하여 공제받지 못한 고용창출세액공제 추가공제금액에 대하여 합병법인이 이월승계할 수 있도록 규정하고 있지 아니하다. 청구법인은 쟁점규정이 신설된 이후 쟁점규정이 쟁점추가공제액처럼 납부할 세액과 무관하게 공제받지 못한 경우를 따로 규정하지 않았으므로 이를 입법자가 쟁점규정을 예시적 규정으로 본 것이라고 주장하나, 쟁점규정 신설 후 조세특례제한법제144조에서 쟁점추가공제액의 경우에도 이월할 수 있도록 별도로 규정한 반면, 쟁점규정에서는 이월할 수 있는 세액공제로 규정하지 않은 것은 입법자가 쟁점추가공제액에 대하여 합병법인이 이월하여 공제할 수 없도록 한 것임을 알 수 있다. 조세법률주의는 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하므로 허용되지 아니하는 것인바, 문리해석의 원칙상 쟁점규정에서 규정하고 있지 아니한 쟁점추가공제액은 합병법인이 승계할 수 없는 것이다. 또한 조세특례제한법제144조 제3항에서는 쟁점추가공제액에 대하여 일정한 한도내에서 이월할 사업연도에 공제할 수 있도록 하고 있는데도 쟁점규정에서는 쟁점추가공제액에 대하여 이월할 수 없도록 되어 있지도 않고, 한도계산방법에 대하여도 규정되어 있지 않음에도 불구하고 청구법인이 합병법인의 이월공제에 대하여 규정하고 있지 않은 조세특례제한법제144조 제3항을 적용하여 계산한 한도내에서 쟁점추가공제액을 이월공제받은 것은 쟁점규정을 임의․유추해석한 것으로 볼 수 밖에 없다. 청구법인은 법인세법제44조의3에 따라 쟁점세액공제를 승계하였고, 합병법인의 공제금액에 대하여는 조세특례제한법 시행령제23조 제13항 제3호에 정하고 있는 대로 계산하였으므로 법문에 따라 적용한 것이라고 주장하나, 합병법인이 투자를 했을 경우 쟁점세액공제의 방법을 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령제23조 제13항의 규정은 쟁점세액공제를 합병법인이 피합병법인으로부터 이월하여 승계할 수 있는지 여부 및 이월 승계한 쟁점세액공제의 공제가능금액에 대해 규정한 것이 아니므로 청구법인이 해당 조문을 적용하여 쟁점세액공제를 공제받은 것은 엄연히 법을 확장 및 유추해석한 것이다. 또한 청구법인이 제시한 조세심판결정례OOO를 들어 법인세법제44조의3 제2항에 따라 승계가능하지만 별도의 공제방법을 규정하지 않았으므로 합병법인이 승계하여 공제한 것은 정당하다고 주장하나, 법인세법제44조의2 제2항에서는 감면 및 세액공제에 대하여 합병법인이 승계할 수 있도록 규정하고 있고, 공제방법에 대하여 같은 법 시행령 제81조 제3항에 구체적으로 적시하면서 감면은 제1호에서, 세액공제는 제2호에서 각 목의 구분에 따라 공제할 수 있도록 규정하였지만 쟁점세액공제에 대하여는 공제할 수 있는 세액공제로 규정되어 있지 아니하므로 이는 입법자가 쟁점추가공제액에 대하여 합병법인이 이월하여 공제할 수 없도록 한 것이다.
(3) 합병법인이 피합병법인의 상시근로자의 수를 승계하였으므로 그에 따른 추가공제금액도 승계하여야 한다는 것은 타당하지 않다. 조세특례제한법 시행령제23조 제13항에 따르면, 합병의 경우 상시근로자를 승계한 기업의 직전 과세기간의 상시근로자 수는 직전 과세연도의 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다고 되어 있다. 예컨대 2016.7.1. 합병을 한 법인이 있고, 합병법인은 합병 전 상시근로자가 전혀 없었고, 2016년 1월 상시근로자 50명, 2016년 6월 상시근로자는 60명인 피합병법인은 60명 전부를 합병법인에게 승계하였으며, 합병법인은 합병 후 고용한 인원이 없다고 가정할 경우, 조세특례제한법 시행령제23조 제13항에 따라 상시근로자 수를 계산하면, 합병법인의 직전 및 당해 과세연도 상시근로자수는 60명으로 증감인원이 없게 되어 피합병법인의 2016년도 중 증가한 상시근로자 10명은 합병법인의 증가인원에 포함되지 않는다. 이는 개정세법 해설의 개정취지에서도 확인할 수 있는 바와 같이 합병할 경우 증가하는 상시근로자 수는 피합병법인의 증가인원을 합병법인이 증가한 것으로 보는 것이 아니라 합병 후 순수하게 증가한 인원만으로 계산하여야 한다는 것이 입법자의 의도임을 알 수 있다. 청구법인의 주장대로 피합병법인의 증가인원을 합병법인의 증가인원에 포함하여야 한다면, 합병법인이 합병 후 투자를 하고 당해연도 합병법인의 순수 고용인원이 감소하였음에도 피합병법인의 증가인원이 더 많아 전체적으로 증가한 경우 합병법인은 합병을 하지 않았으면 쟁점세액공제의 추가공제금액을 공제할 수 없으나 합병으로 인하여 추가공제를 받을 수 있게 되므로 이는 불합리하다 할 것이다. 이에 따라 합병법인이 피합병법인의 증가한 상시근로자 인원을 승계하였으므로 이와 관련된 추가공제 금액도 당연히 승계하여 공제받아야 한다는 청구법인의 주장은 잘못된 것이다.
(4) 국세청 법령해석OOO에서 국세청은 법인세법제44조의3 제2항에 따른 적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례를 적용함에 있어 피합병법인이 조세특례제한법제26조 제1항 제2호 가목 외의 부분 단서에 따라 고용창출투자세액공제 추가세액공제 한도를 초과하여 공제받지 못한 한도초과액은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 이월공제를 적용받을 수 있는 세액공제 대상에 해당하지 않은 것으로 기 회신한 바 있다.
① 합병전 피합병법인의 상시근로자 증가인원에 대해 합병법인이 합병후 쟁점세액공제의 추가공제를 승계하여 이월공제할 수 있는지 여부
② 쟁점세액공제의 상시근로자 수 증가인원 산정방법
(1) 처분청이 제출한 법인세 경정결의서에 의하면, 처분청의 법인세 경정내역은 다음과 같다. OOO OOO
(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점투자금액에 대한 종전법인의 의제사업연도(2016.1.1.∼2016.9.21.)분에 대한 쟁점공제 신청 및 산정 내역은 다음과 같다. <업종별 쟁점투자금액> <기본공제> <추가공제> <추가공제 이월액>
(3) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 2016사업연도 청구법인의 쟁점공제액 산정 내역은 다음과 같다. <업종별 쟁점투자금액> <기본공제> <추가공제>
① 공제한도
② 추가공제 이월세액 당기공제분
③ 당기 투자분에 대한 추가공제
④ 추가공제 이월액 청구법인의 2017사업연도 쟁점공제액 산정 내역은 다음과 같다. <업종별 쟁점투자금액> <기본공제> <추가공제>
① 공제한도
② 추가공제 이월세액 당기공제분
③ 당기 투자분에 대한 추가공제
④ 추가공제 이월액
⑤ 당기 쟁점세액공제액
(4) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 종합하여 상시근로자 수 계산방법에 대한 청구법인 주장과 처분청 의견을 예시에 의해 비교하면 다음과 같다. <예시> (단위: 원) 구분 직전 과세연도 상시근로자 수 직전말 3월 신규채용 채용후 합병(7월) 당시 근로자수 합병법인 10 10 0 10 피합병법인 50 50 10 60 합계 60 60 10 70 ㅇ 상시근로자 수 계산 구분 처분청 청구법인 직전 과세연도 상시근로자 수 직전 과세연도 상시근로자 수 + 승계한 상시근로자 수 1) 10명 + 60명 = 70명 10명 + 50명 = 60명 해당 과세연도 상시근로자 수 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 계산 1∼12월 70명 연평균 계산 = 70명 1∼2월 60명, 3∼12월 70명 연평균계산 = 68.3명 합병법인 증가한 근로자 수 해당 과세연도 상시근로자 수 - 직전 과세연도 상시근로자 수 70명 - 70명 = 0명 68.3명 - 60명 = 8.3명 위의 예시에서 처분청은 조세특례제한법 시행령제23조 제13항 제3호에서는 직전 과세연도 상시근로자 수 계산시 승계한 기업의 경우 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하도록 하고 있는 바, 합병으로 인하여 합병법인이 승계한 피합병법인의 상시근로자 수는 피합병법인이 신규채용한 10명을 포함한 60명이지 신규채용을 포함하지 않은 50명이 아니므로 합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수는 합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수 10명과 피합병법인으로부터 승계한 상시근로자 60명을 더한 70명이 맞고, 합병법인은 과세연도 중 합병으로 인하여 피합병법인의 상시근로자 60명을 승계하였으나, 해당 과세연도 개시일인 1월 1일에 승계한 것으로 보아 상시근로자 수를 계산하도록 되어 있으므로 합병법인의 1월 1일 현재의 상시근로자 수는 합병법인의 기존 근로자 수 10명에 승계한 60명을 더한 70명이 되며, 합병 이후 합병법인의 추가고용인원이 없으므로 해당 과세연도의 상시근로자 수는 1월부터 12월의 연평균 인원이 70명이 된다는 의견이다. 이에 대해 청구법인은 승계한 상시근로자수의 산정에 있어 처분청이 ① 당해 사업연도 2월까지는 OOO임에도 합병시점의 OOO으로 계산함에 따라 상시근로자 산정시 매월말 평균으로 산정하도록 하는 기본원칙과 상충되고, ② 처분청의 동일 논리대로 피합병법인의 상시근로자수가 (-)로 계산되는 모순이 발생하며, ③ 청구법인의 계산방식은 합병을 하는 경우와 합병을 하지 아니하는 경우의 상시근로자수의 합계가 동일한데 반해 처분청의 그것은 차이가 발생하게 되어 합병 등으로 근로자 승계여부에 따라 실질적인 고용의 증가 또는 감소없이 상시근로자 수의 증감에 왜곡이 발생하는 것을 방지하고자 하는 조세특례제한법 시행령제23조 제13항의 개정취지와 맞지 않다고 주장한다. OOO
(5) 청구법인은 정부가 2009년 합병, 분할 등 기업 구조개편을 지원하는 세제를 대폭 개편하면서, 그 취지가 적격합병 요건을 갖추면 이월결손금, 세무조정사항, 세액공제 등 일체의 세무사항을 승계되도록 하며 합병․분할시점에 세금문제가 발생하지 않도록 지원하기 위한 것임을 밝혔고, 이러한 정부의 원칙적인 원칙에 비추어 보아도 쟁점추가공제액을 청구법인이 공제받도록 하는 것이 타당하다고 주장하며, 2010.5.3. 기획재정부 세법 시행령 개정 관련 보도자료 및 간추린 개정세법 책자(기획재정부 발간) 내용을 제출하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 법인세법제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제80조의4 제2항에서 합병법인은 피합병법인의 세액공제를 승계하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있으므로 이를 전제로 하여, 승계된 세액공제의 적용 제한만을 규정하고 있는 같은 법 제45조 제4항 및 같은 법 시행령 제81조 제3항 제2호는 합병법인이 승계․공제받을 수 있는 세액공제만을 제한적으로 열거한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바OOO, 법인세법제45조 제4항에서는 같은 법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 규정하고 있고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제81조 제3항에서는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다고 하면서 같은 항의 제2호(쟁점규정)에서는 이월된 미공제 세액공제의 경우 합병법인이 다음 각 목의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제한다고 한 후, 같은 호 가목에서 이월된 외국납부세액공제 미공제액, 나목에서 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 미공제 이월액, 다목에서는 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액으로 이월된 미공제액으로만 규정하고 있어 쟁점추가공제액은 쟁점규정의 가목 내지 다목의 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받을 수 있는 이월세액공제 대상에 해당하지 아니한다. 따라서 쟁점추가공제액을 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 해당 법문을 확장해석하거나 유추해석한 것으로 보이고, 이 건의 경우 그렇게 해야 할 특별한 사정이나 합리적 이유가 있다고는 보이지 아니하므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(7) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 앞서 쟁점①에서 청구가 기각되어 심리의 실익이 없으므로 판단을 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.
1. 기본공제금액: 중소기업의 경우 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액으로 하고, 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우 다음 각 목에서 정한 바에 따른다.
2. 추가공제금액: 수도권과밀억제권역 외 수도권 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 및 중견기업은 100분의 4)에 상당하는 금액으로 하고, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 4(중소기업 및 중견기업은 100분의 5)에 상당하는 금액으로 하되, 대통령령으로 정하는 서비스업을 영위하는 경우에는 각각 해당 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 가목부터 다목까지의 금액을 순서대로 더한 금액에서 라목의 금액을 뺀 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
③ 제1항에도 불구하고 제26조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.
1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 2천만원
2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원
3. (이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 1천만원
1. ∼ 45.(생 략)
② 법 제26조 제1항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.
법인세법 시행령 제69조 제1항 에 따른 작업진행률에 따라 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액
2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액
③ 법 제26조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 제10조 제1항에 따른 중견기업을 말한다.
④ 법 제26조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 서비스업"이란 제1항 제5호, 제7호부터 제38호까지 및 제40호부터 제45호까지의 사업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 말한다.
⑤ ∼ ⑦ (생 략)
⑧ 법 제26조 제1항 제2호 나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수는 다음 각 호에 따라 계산한 수로 한다.
1. 청년근로자 수: 근로계약 체결일 현재 15세 이상 29세 이하인 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수와 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다. 다만, 그 청년근로자가 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.
2. 장애인근로자 수: 근로계약 체결일 현재 장애인복지법의 적용을 받는 장애인인 상시근로자 수와 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 따른 상이자인 상시근로자 수를 더한 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수, 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수와 제1호에 따른 청년근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.
3. 60세 이상인 근로자 수: 근로계약 체결일 현재 60세 이상인 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수, 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수, 제1호에 따른 청년근로자 수와 제2호에 따른 장애인근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.
⑨ 법 제26조 제6항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액[제1호 및 제2호(가목 및 나목의 금액을 합한 금액을 말한다)의 금액은 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제26조 제1항 제2호 및 제144조 제3항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다]으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 상시근로자 수가 1개 과세연도에만 감소한 경우: 법 제26조 제1항 제2호 또는 제144조 제3항에 따라 공제받은 과세연도(2개 과세연도 연속으로 공제받은 경우에는 두 번째 과세연도로 한다)보다 감소한 상시근로자 수 × 1천만원
2. 상시근로자 수가 2개 과세연도 연속으로 감소한 경우
⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.
1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자. 다만, 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.
2. 근로기준법 제2조 제1항 제8호 에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.
3. 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원
4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자
5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 국세기본법 시행령제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 사람
6. 소득세법 시행령 제196조 에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자
⑪ 제7항과 제8항을 적용할 때 상시근로자 수는 제1호의 계산식에 따라 계산한 수로 한다. 이 경우 제10항 제2호 단서에 따른 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산하되, 제2호 각 목의 지원요건을 모두 충족하는 경우에는 0.75명으로 하여 계산한다.
상시근로자 수 = 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수
⑫ 제11항에 따라 계산한 상시근로자 수 중 100분의 1 미만 부분은 없는 것으로 한다.
⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.
1. 창업(법 제6조 제6항 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0
2. 법 제6조 제6항 제1호(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.
(3) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것) 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우
④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.
⑤ 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.
⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.
④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제59조(감면 및 세액공제액의 계산) ① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세, 조세특례제한법 제100조의32 에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항 제1호에 따른 세액 감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액 및 조세특례제한법 제100조의32 에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (4) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부개정되기 전의 것) 제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.
1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.
2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.
③ 법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다.
④ 합병법인이 법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. 제81조(합병에 따른 이월결손금 등의 승계) ① 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.
② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.
③ 합병법인은 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.
1. 법 제59조 제1항 제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용
2. 법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 다음 각 목의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제
④ 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금산입 및 법인세 가산에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2 제7항 및 제80조의4 제8항을 준용한다. 제85조(합병 및 분할 시의 자산·부채의 승계) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2 제1항 후단, 제44조의3 제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의3 제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계
2. 제1호 외의 경우: 법 제33조 제3항·제4항 및 제34조 제6항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계
결정 내용은 붙임과 같습니다.