[요지] 청구인 명의로 된 요양원이 적법한 면세 요건을 갖추었기에 부가가치세 과세사업이 아닌 점, 쟁점건물 소유자인 청구인이 요양원의 운영자 등으로부터 요양원 사용면적 임대에 따른 부가가치세를 따로 거래징수하여 부동산임대업 매출세액으로 신고한 바도 없는 점 등을 고려하면 쟁점건물 리모델링 비용 중 요양원으로 사용한 면적에 상당하는 매입세액은 공제대상이라고 볼 수 없음 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[요지] 청구인 명의로 된 요양원이 적법한 면세 요건을 갖추었기에 부가가치세 과세사업이 아닌 점, 쟁점건물 소유자인 청구인이 요양원의 운영자 등으로부터 요양원 사용면적 임대에 따른 부가가치세를 따로 거래징수하여 부동산임대업 매출세액으로 신고한 바도 없는 점 등을 고려하면 쟁점건물 리모델링 비용 중 요양원으로 사용한 면적에 상당하는 매입세액은 공제대상이라고 볼 수 없음 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[참조결정] 조심2014전3538 / 조심2012중0480
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO지방국세청장이 청구인에게 수정신고 안내문을 발송할 당시, 그 담당자는 수정신고를 하지 않으면 부과하겠다는 결론을 이미 내린 상태였다. 그로 인하여 청구인의 소명이 받아들여지지 않았으며, 담당자로부터 지속적인 수정신고 권고를 받았다.
(2) 쟁점건물 일부를 노인요양원으로 사용하였더라도 건물 리모델링 공사비용을 매입세액으로 공제하여야 한다. 인용사례인 법원 판례(인천지방법원 2014.6.12. 선고 2013구합11301 판결, 서울고등법원 2015.7.8. 선고 2014누55474 판결) 및 심판례(조심 2012중480, 2012.3.29.)를 쟁점건물에도 적용하여야 한다. 위 판례의 요지는 지방자치단체가 민간단체 등에게 위탁운영한 “노인복지시설 관련 매입세액”은 사업성 및 유상성이 인정되므로 부동산임대사업자의 지위에서 공급한 것으로 보이므로 매입세액을 공제해야한다는 것인데, 청구인의 경우와 비교하면, 청구인도 쟁점건물의 임대인으로서 1층 근린생활시설에서 발생한 임대수익금을 다른 층의 OOO포함한 쟁점건물 전체의 보수 및 운영비용으로 재투자하고 있기 때문이다. 또한, 청구인도 판례의 지방자치단체(임대인)처럼 쟁점건물을 건립하여 OOO운영위원회 위원장인 시설장에게 위탁운영하고 있으므로 매입세액을 공제하여야 한다. (3)노인복지법 시행규칙별표4는 노인요양원 설치에 있어서 소유권을 가지고 있을 것을 필요조건으로 하고 있다. 판례의 지방자치단체가 노인복지시설의 소유자로서 의료재단에게 노인복지시설 중 요양원과 재가노인지원센터 부분을 위탁운영하며 무상임대한 것과 같이, 청구인도 쟁점건물의 소유자로서 쟁점건물 중 요양원을 요양원 운영위원회 위원장인 시설장에게 위탁운영하며 무상임대할 수밖에 없는 이유이다.
(4) 청구인이 2016.2.2. 쟁점건물에 OOO상호로 신청한 것은 면세사업자 등록이 아니라 고유번호증이다. 요양원은 면세사업자등록증이 아니라 고유번호증이 발급된다.
(5) 조심 2014전3538, 2014.12.8. 심판례는 노인요양원이 아니라 면세사업자인 OOO이전과 연관된 경우이다. 과세사업에 사용할 목적으로 신축한 OOO의 일부에 본인의 면세사업장인 OOO을 사용승인 후 10일 만에 이전하여 운영한 경우이다. 하지만, 청구인의 경우 쟁점건물의 건출물대장에는 병의원이 포함되지 않았고, 면세사업자인 병의원에게 임대하지도 않았으며, 청구인 소유의 의원OOO이 입주하지도 않았다. 사업자등록증의 상호 및 주소도 OOO(서울특별시 양천구 소재)과 OOO(서울특별시 강서구 소재)으로 서로 다르다. 또한 쟁점건물인 OOO(임대사업자)의 임대료로서 OOO발행한 세금계산서(금융증빙)가 있다. 이런 차이점을 보면 위 심판례는 청구인의 경우에 적용될 수 없다.
(6) 쟁점건물을 2014.9.11. 취득하고 리모델링 공사를 2015.10.14. 준공한 이후 1층을 임대하기 시작하여 2015년 제2기 부가가치세 신고부터 1층 부분에 대하여 임대업 매출을 신고하였다. OOO은 2016.2.2. 개원하였으므로 설령, 면세 사용 면적에 대하여 간주공급으로 보아 부가가치세를 과세하더라도 리모델링 공사 준공일부터 요양원 개원일 사이의 기간동안에 대한 감가상각비를 적용하여야 한다.
(1) 청구인이 부동산임대업에 사용할 쟁점건물을 취득하고 리모델링공사 비용을 매입세액 공제받은 후 그 건물 일부를 노인복지시설로 사용하는 것은 사업의 공익성과는 무관하게 면세전용에 따른 간주공급에 해당하므로부가가치세법 시행령제66조 제3항 및 제5항에 따라 부가가치세 과세대상이며 청구인의 당초 수정신고가 정당하였다.
(2) 청구인 자신이 쟁점건물을 노인복지시설로 사용·수익한 것은 타인에게 대한 임대용역을 제공한 것이 아니므로 부동산임대업의 일환으로 이루어진 것으로 볼 수 없고, 청구인이 제시하는 판례 등과는 사실관계가 다르다. 따라서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.
1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
(2) 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법또는수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 14.노인장기요양보험법제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역 제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제11항에서 "대통령령으로 정하는 감가상각자산"이란소득세법 시행령제62조 또는법인세법 시행령제24조에 따른 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.
1. 건물 또는 구축물 공급가액 = 해당 재화의 취득가액 × (1-5/100 × 경과된 과세기간의 수)
③ 과세사업에 제공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하되, 그 면세사업에 의한 면세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만인 경우에는 공급가액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제2항 후단을 준용한다.
1. 건물 또는 구축물 공급가액 = 해당 재화의 취득가액 × (1-5/100 × 경과된 과세기간의 수) × 면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액/면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액
④ 제2항 및 제3항 각 호의 재화의 취득가액은 법 제38조에 따라 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액으로 한다.
⑤ 제2항과 제3항에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 본다.
(3) 노인장기요양보험법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
4. "장기요양기관"이란 제31조에 따라 지정을 받은 기관 또는 제32조에 따라 지정의제된 재가장기요양기관으로서 장기요양급여를 제공하는 기관을 말한다. 제31조【장기요양기관의 지정】① 장기요양기관을 설치ㆍ운영하고자 하는 자는 소재지를 관할 구역으로 하는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 지정을 받아야 한다.
② 제1항에 따라 장기요양기관으로 지정받고자 하는 자는 보건복지부령으로 정하는 장기요양에 필요한 시설 및 인력을 갖추어야 한다.
③ 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 장기요양기관을 지정한 때 지체 없이 지정 명세를 공단에 통보하여야 한다.
④ 장기요양기관의 지정절차와 그 밖에 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다.
(1) 청구인은 2014.9.11. 쟁점건물(지하 1층～지상 5층)을 취득하고 같은 날 부동산임대업으로 사업자등록을 하였다. 쟁점건물의 대지면적은 518.7㎡, 연면적은 1,504.9㎡(옥탑 31.22㎡ 제외)이다.
(2) 청구인은 공사비 OOO들여 쟁점건물을 리모델링하는 공사를 하면서 2014년 제2기부터 2015년 제2기 예정신고기간까지 공사관련 부가가치세 매입세액을 전부 공제받았고, 2015.10.14. 1층 일부(142.68㎡)를 제외한 나머지 건물 전체를 노인복지시설로 용도변경하였다.
(3) 청구인은 2016.2.2. 쟁점건물에 OOO상호로 노인요양원 면세사업자등록을 신청하였다(건물소유 구분은 ‘자가’로 표시함). 신청서에는 2016.2.1. OOO이노인장기요양보험법제31조 및 같은 법 시행규칙 제23조 제3항에 따라 장기요양기관으로 지정하였음이 기재된 “장기요양기관지정서”를 첨부하였고, “노인복지시설 설치신고필증”도 첨부하였다.
(4) 청구인의 쟁점건물 부동산임대업 부가가치세 신고서에는 1층 임대면적(공인중개사사무소 등)에 대하여 2015년 제2기부터 임대업 매출을 신고하였고, OOO사용하는 다른 층(지하 1층, 지상 2층부터 5층)에 대하여는 청구인 본인 소유건물이므로 임대료 등 발생은 없었다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 일부에 청구인의 명의로 요양원을 설립하였으나 사실상 시설장에게 위탁운영하게 한 것이고 요양원의 수익이 청구인에게 귀속되는 것도 아니며 청구인과 요양원은 별개의 인격체로 보아야 하므로 청구인이 요양원에게 쟁점건물 일부를 무상으로 임대한 것과 같아서 부동산임대업으로 보아 리모델링 비용 전부에 대한 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 매출세액에서 공제하는 매입세액은 부가가치세 과세사업자가 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 의미하는바, 청구인 명의로 된 요양원이 적법한 면세 요건을 갖추었기에 부가가치세 과세사업이 아닌 점, 쟁점건물 소유자인 청구인이 요양원의 운영자 등으로부터 요양원 사용면적 임대에 따른 부가가치세를 따로 거래징수하여 부동산임대업 매출세액으로 신고한 바도 없는 점 등을 고려하면 쟁점건물 리모델링 비용 중 요양원으로 사용한 면적에 상당하는 매입세액은 공제대상이라고 볼 수 없다. 또한, 요양원으로 사용한 쟁점건물의 지하 1층과 지상 2층부터 지상 5층까지는 타인에게 임대계약을 한 사실이 없고 2016.2.2. 요양원을 시작하였으므로 2016년 제1기 자가공급에 따른 공급가액을 계산함에 있어 ‘차감하여야 할 경과된 과세기간’은 없는 것으로 봄이 타당하다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.