청구법인이 실질적 거래의 당사자로서 역할을 수행하였고, 그에 따른 거래의 법적ㆍ경제적 위험을 모두 부담한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 수취한 세금계산서(계산서)를 사실과 다른 것으로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있음
청구법인이 실질적 거래의 당사자로서 역할을 수행하였고, 그에 따른 거래의 법적ㆍ경제적 위험을 모두 부담한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 수취한 세금계산서(계산서)를 사실과 다른 것으로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2019.7.12. 청구인에게 한 2009년 제1기․제2기분 및 2014년 제1기․제2기분 부가가치세 합계 OOO원 및 2014사업연도 법인세 OOO원의 부과처분(세부내역 <표1> 기재)은 이를 각각 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 선용품 거래는 ① 실물이 존재하고, ② 거래당사자의 독자적ㆍ합리적인 동기에서 거래당사자 간에 실물에 대한 소유권 이전의 의사합치가 있었으며, ③ 거래대금 및 세금계산서를 정상적으로 수수하여 부가가치세를 성실하게 신고ㆍ납부하였고, ④ 매출․매입장부상 어떠한 누락이나 허위기장도 없었고, ⑤ 거래당사자 모두 거래에 따른 마진을 얻었고 명의위장도 없는 등 청구법인이 물품공급업의 당사자일 뿐만 아니라 책임과 이익의 귀속 주체임이 명백하므로 청구법인을 거래당사자로 보아야 한다. (가) 이 건 선용품 거래에 대한 거래흐름과 각 단계별 업무수행자의 역할을 보면 국내 물품공급업체들로부터 이 건 선용품을 공급받아 이를 최종 수요자인 합작선사에 공급하기 위해서는 OOO과 같이 11단계의 업무들이 순차적ㆍ유기적으로 이루어지고, OOO에서와 같이 거래의 초기 업무들은 OOO 직원들이 수행한 반면, 그 후 실제 물품이OOO되는데 필요한 수출면장ㆍ적재허가서의 신청과 수령부터 각종 거래명세서ㆍ세금계산서ㆍ인보이스 등 거래 증빙들의 생성과 취합 및 거래대금의 수수와 지급 등 나머지 모든 업무들은 청구법인의 직원들이 수행하였는바, 이는 청구법인이 이 건 선용품 거래의 직접 당사자임을 보여준다 할 것이다. <그림1> 이 건 선용품 거래흐름도 <그림2> 이 건 선용품 거래의 업무수행자 (나) 또한 청구법인은 이 건 선용품의 하자 및 수량 부족 등에 대한 책임, 합작선사 매출채권에 대한 대손책임 및 선용품 매입처에 대한 매입대금 지급의무 등을 부담하고, 이 건 선용품 거래로 인한 이익OOO을 장부에 계상하여 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 또한 항만운송사업법상 세관장 및 지방해양수산청장이 발급한 ‘물품공급등록증’에 따라 이 건 선용품을 공급한 반면, OOO은 선용품 공급업을 영위하지 않았기 때문에 물품공급업 신고를 하지 아니하여 선용품 수출업무를 수행할 수 없는바, 이 건 선용품의 발주업무를 담당 하였다는 이유만으로 OOO을 거래당사자로 볼 수 없다 할 것이
(2) 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 행위에 대하여 10년의 국세부과제척기간을 적용한 처분은 위법ㆍ부당하다. (가) 부정행위에 의한 10년의 국세부과제척기간을 적용하기 위해서는 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 하나(대법원 2017.1.12. 선고 2016두52811 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 이 사건 선용품 및 음식물 공급과 관련한 부가가치세와 법인세를 성실하게 납부하였고, 물품공급업체들로부터 매입한 이 건 선용품 거래는 부가가치세 과세대상거래이고 그 후 합작선사에 이를 공급하는 거래는 영세율거래로서 선 부담했던 부가가치세를 환급받으므로 거래당사자가 청구법인 또는OOO인지 여부에 관계없이 동일한 구조이므로 청구법인이 거래당사자가 된다고 하여도 청구법인에게 조세탈루 인식이 있었다고 보기 어려워 2009년 제1기 및 제2기분 부가가치세 부과처분은 5년의 국세부과제척기간이 만료된 이후 이루어진 처분으로 당연히 취소되어야 마땅한 것이다.
(1) 이 건 선용품을 매입하여 공급한 자는 OOO이므로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 매입세액 불공제대상이다. (가) 청구법인은 이 건 선용품을 매입하여 합작선사에 공급한 거래당사자라고 주장하면서 관련 서류 등을 제출하였지만, 동 서류들은 검찰 조사에서 확인된 바와 같이OOO에서 실질적으로 합작선사에 이 건 선용품을 공급하고 일부 서류업무만 청구법인이 수행한 것에 불과하고, 청구법인의 업무를 실질적으로 수행한 OOO의 피의자 신문조서에서도 ① 청구법인의 직원 중 선박부품이나 어구 등을 독자적으로 취급할 역량 있는 직원이 없으며, ② 합작선사에 공급하는 주요부품, 어구 등에 대하여 가격, 수량 등을 결정할 권한과 능력이 없어 이 부분에 대해서는 OOO에서 모두 결정하는 것이라고 진술하고 있는 것으로 보아 청구법인이 이 건 선용품거래의 거래당사자라는 청구주장은 신뢰할 수 없다 할 것이다. (나) OOO에서 보는 바와 같이 청구법인이 이 건 선용품 거래와 관련하여 분류한 11단계 중 OOO이 수행하는 ①∼⑤의 단계가 사업의 실질적 부분이고, 나머지는 서류정리 및 행정사무처리로서 많은 기업들이 회계사무실이나 관세사무실 등에 맡기는 부수적인 부분에 불과하므로 청구법인을 거래의 당사자라고 볼 수 없는 것이다.
(2) 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 수취한 매입세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 대하여 10년의 국세부과제척기간을 적용한 처분은 정당하다. 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 수취한 세금계산서의 경우OOO이 사실상 거래당사자임에도 국내 물품공급업체로부터 허위세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받고, 합작선사에 영세율 매출로 신고하여 동 매입세액을 부당하게 공제ㆍ환급받는 등 조세포탈이 명백할 뿐만 아니라 이러한 행위의 근본적 이유는 OOO의 이익을 청구법인에게 귀속시켜 그 자금으로 사주일가의 편법적 증여를 도모하기 위한 것이라 할 것이므로 처분청이 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 매입세액을 부당하게 공제ㆍ환급받은 청구법인의 행위를 사기 기타 부정한 것으로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용한 것은 정당한 것이다.
① 쟁점거래 당사자를 청구법인으로 볼 수 있는지 여부
② 쟁점거래를 사기 기타 부정한 행위로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용한 처분의 당부
(1) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것) 제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조(납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. (3) 국세기본법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28644호로 개정된 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
(4) 조세범처벌법(2016.3.2. 법률 제14049호로 개정된 것) 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 (5) 항만운송사업법 제26조의3(사업의 등록 등) ① 항만운송관련사업을 하려는 자는 항만별ㆍ업종별로 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 선용품공급업을 하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 신고하여야 한다. (6) 항만운송사업법 시행규칙 제26조(항만운송관련사업의 등록 신청 및 신고) ① 법 제26조의3 제1항에 따라 항만운송관련사업의 등록을 신청하거나 신고를 하려는 자는 별지 제14호서식의 항만운송관련사업(항만용역업ㆍ선박연료공급업ㆍ선박수리업ㆍ컨테이너수리업) 등록신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다) 또는 별지 제14호의2 서식의 선용품공급업 신고서(전자문서로 된 신고서를 포함한다)에 사업계획서(물품공급업은 제외한다)와 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지방해양수산청장 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다.
1. 정관(법인인 경우에만 제출한다)
2. 삭제 <2018. 5. 1.>
4. 부두시설 등 항만시설을 사용하는 경우에는 해당 항만시설의 사용허가서 사본(선박수리업 및 컨테이너수리업의 경우에만 제출한다)
(1) 청구법인은 이 건 선용품의 거래흐름과 관련해서는OOO을, OOO과 청구법인 간의 업무분담과 관련해서는OOO를, 합작선사에 대한 음식물 공급과 관련해서는 OOO을 각각 제출하여 청구법인이 거래의 당사자임을 주장하고 있다.
(2) 청구법인은 쟁점거래의 세금계산서에 대하여 물품공급업체로부터 이 건 선용품을 공급받은 후 수취한 것이어서 정당하다고 주장하면서, 그 증빙자료로 ① 청구법인의 주요 공급처였던 OOO 사업본부장으로서 이 건 선용품 거래를 담당했던 OOO의 관련 형사사건 법정증언 녹취록OOO), ② 청구법인이 공급한 이 건 선용품에 하자, 수량부족 등의 문제가 발생할 경우 책임을 부담했기 때문에 모든 거래에 대한 납품내역서와 사입내역서를 작성ㆍ관리하여 왔다는 관련 형사사건 증인 OOO 법정증언 녹취록, ③ 청구법인의 물품공급업 신고확인증(OOO이 2015.5.11. 대표자 변경을 사유로 재발급한 것), 청구법인의 물품공급업 등록증(OOO세관장이 2015.6.1. 발급한 것), ④ OOO 대표이사 진술서 원문 및 번역본(진술일자 2019.10.15.), ⑤ 청구법인의 수출신고필증(2014.8.22.자) 및 적재허가서(2015.6.5. 신청), ⑥ 물품선적 검수사진, ⑦ 거래명세서 및 세금계산서[2015.6.30. OOO가 청구법인에 공급가액 OOO원 상당의 OOO 등을 공급하는 거래], ⑧ 인수증[2013.2.4.자 공급자OOO’, 공급받는자 ‘OOO(2015.12.1. 청구법인에 흡수합병)], ⑨ 청구법인의 계좌이체 내역(2013.5.10. 청구법인이 물품공급업체 OOO에 거래금액을 이체한 자료), ⑩ 청구인이 각 선박별로 공급한 물품의 매입ㆍ매출금액과 관련한 납품내역서 및 사입내역 등을 제출하였다.
(3) 청구법인이 제출한OOO 소재 OOO와 OOO(관리자) 간에 2010.5.1. 작성된 선박관리계약서를 보면, 그 전문에는 OOO은 선주가 보유한 해당 선박에 대하여 선원인사, 급유, 보험, 필요한 조사와 자문, 급유를 포함한 모든 종류의 선용품(all kind of vessel supplies including bunkers), 보험, 선원 및 선박에 대한 클레임, 필요한 조사와 자문, 선박수리와 신조에 대한 감독, 선박 입출항 업무 등을 포함한 모든 종류의 위탁관리를 하는 것으로 되어있고, 제2-4조(급유, 소모품 및 속구목록)에는 “수시로 관리자는 항상 적절한 수급이 이루어질 수 있도록 선주에게 통보하고, 선주는 위탁관리 기간 중 급유, 소모품 및 속구목록을 유지하기 위한 비용을 부담한다”고 기재되어 있다.
(4) 처분청은 선행 부과처분이 2018.12.26. 심판청구 기각되어 OOO지방법원에서 행정소송(2019구합21253)이 진행 중이었고, 관련 형사사건은 OOO지방법원(2015고합604)에서 재판 진행 중인 상황에서 청구법인이 형사재판에 따른 방대한 자료소명 요구 등의 사유로 수차례 세무조사 중지요청으로 세무조사를 중지하던 중 제7차 세무조사 중지기간(2019.4.29.∼2019.12.31.)에 선행 부과처분과 같은 사유(국세부과제척기간 임박)로 2009년 제1기 및 제2기분, 2014년 제1기 및 제2기분 부가가치세와 2014사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하게 되었다는 ‘부가가치세 조사종결 전 부분결과 통지서’와 각 과세기간별 부가가치세 경정결의서 및 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서 등을 제출하였다.
(5) 처분청은 OOO검찰청검사가 OOO를 상대로 2015.8.26. 작성한 다음의 피의자신문조서 발췌내용과 과세기간별 매입세액이 불공제된 쟁점거래관련 매입세금계산서 공급가액 확정내역, 사실과 다른 계산서 매입가액 확정내역을 각각 제출하였다. (가) 피의자 신문조서 발췌내역(2015.8.26.자) (나) 과세기간별 사실과 다른 세금계산서(계산서) 확정내역
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 이 건 선용품 거래에 대한 거래흐름과 각 단계별 업무수행자의 역할을 보면 국내 물품공급업체들로부터 이 건 선용품을 공급받아 이를 최종 수요자인 합작선사에 공급하는 과정에서 물품신청서 접수 및 검토, 견적의뢰 및 발주 등 거래의 초기 업무들은 OOO 직원들이 수행한 반면, 그 후 실제 물품이 선적하는데 필요한 수출면장ㆍ적재허가서의 신청과 수령부터 각종 거래명세서ㆍ세금계산서ㆍ인보이스 등 거래 증빙들의 생성과 취합, 거래대금의 수수와 지급 등 나머지 모든 업무들은 청구법인의 직원들이 수행하며 청구법인이 실질적 거래의 당사자로서 역할을 수행하였고, 그에 따른 거래의 법적ㆍ경제적 위험을 모두 부담한 것으로 보이는 점, 이 건 선행 부과처분과 관련한 OOO 판결에서도 청구법인이 물품공급계약에 따른 법률적, 경제적 효과의 귀속주체로서 물품공급업체들로부터 선박부품 및 어구 등 선용품을 공급받아 이를 각 합작선사에 공급하였다고 봄이 타당하다고 판시(OOO법원 2020.7.17. 선고 2020누20361 판결)하였고, 그러한 내용이 2020.11.26. 대법원에서 최종 확정된 점 등에 비추어 볼 때 처분청에서 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 수취한 세금계산서(계산서)를 사실과 다른 것으로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 또한 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.