쟁점 임대건물을 철거 후 폐업신고한 경우 쟁점 임대건물을 폐업시 잔존재화로 보아 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2017.3.8. 임차인이 입주하고 있던 OOO소재 건물(이하 “쟁점 임대건물”이라 한다)을 매입하고 건물분에 대한 매입세액 OOO2017년 제1기 예정신고 기간에 사업용 고정자산 매입으로 조기환급 신청하여 부가가치세를 환급받았다.
• 나. 청구인은 2018.10.31. 쟁점 임대건물에서 임차인이 최종 퇴거한 후 2018.12.14. 쟁점 임대건물을 철거하였으며, 2018.12.27. OOO(이하 “양수회사”라 한다)에 멸실된 쟁점 임대건물 부수토지를 양도하고 2018.12.31. 폐업신고한 후 2018년 제2기 부가가치세 확정신고시 멸실된 쟁점 임대건물을 ‘폐업시 잔존재화’가 아닌 ‘폐업전 멸실자산’으로 보아 부가가치세 과세대상에서 제외하여 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 이에 처분청은 쟁점 임대건물의 실제 사업폐지일은 폐업신고일이 아닌 임차인의 최종 퇴거일인 2018.10.31.로 해당 시점에서는 쟁점 임대건물은 멸실 전이고 잔존가치가 충분하여 ‘폐업시 잔존재화’에 해당된다고 보아 2019.7.5. 청구인에게 2018년 제2기 부가가치세 OOO경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인 은 이에 불복하여 2019.9.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 2018.4.25. 쟁점 임대건물을 멸실하고 토지만 양도하기 위하여 양수회사와 토지 매매계약을 체결한 사실이 있고, 양수회사는 매수한 토지에 건물을 신축하기 위하여 2018.6.18. 주식회사 OOO와 재활병원 신축관련 설계계약서를 작성한 사실 등으로 미루어 보아 쟁점 임대건물은 임차인이 퇴거하기 이전에 철거가 예정된 건물이고, 청구인이 폐업신고하기 이전에 이미 건물이 멸실되어 임대사업에 더 이상 공할 수 없고 잔존가치도 없는 ‘폐업전 멸실자산’임에도 이를 ‘폐업시 잔존재화’로 보는 것은 부당하다. (2) “ 매매계약을 체결할 당시 쟁점건물의 철거가 사실상 예정되어 있었으며 양수인이 쟁점건물을 철거하고 신축하였음이 확인되므로 당사자의 합의에 의하여 매계약서상에 기재한 쟁점건물의 가액인 OOO원을 인정하는 것이 타당하다.” (조심 2010중3545, 2011.4.12.)는 심판례와 같이 쟁점 임대건물의 경우도 폐업신고 전 이미 멸실되어 존재하지도 않음에도 처분청이 폐업시기를 임차인의 최종 퇴거일인 2018.10.31.로 소급하여 폐업시 잔존재화로 보는 것은 조세법의 기본원칙인 소급과세 금지원칙에 반하는 행위로 위법하다.

(3) 처분청이 쟁점 임대건물의 폐업일을 소급적용한 것은 “청구인이 사실상 부동산 임대업을 폐업한 날은 마지막 남은 임차인이 퇴거한 날이고, 사실상 폐업일 이후에 양도된 건물에 대하여는 폐업시 잔존재화로서 과세하는 것임.”이라는 심판례(국심 2004중2294, 2005.1.24.)를 인용한 것으로 보이나, 청구인의 경우는 건물이 추후에 양도된 경우라 아니라 건물이 멸실되어 존재하지 아니하는 경우이므로 처분청이 인용한 심판례는 적용될 여지가 없는 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 등록, 신고 여부와 상관없이 해당 사실의 실질에 의해 결정(대법원 1997.6.27. 선고, 96누16193 판결 참조)되는 것으로 쟁점 임대건물의 경우 건물말소일은 2018.12.14.이나 실제 임대사업의 폐지일은 부동산임대공급가액명세서상 임차인의 최종 퇴거일인 2018.10.31.로 보아야 하며, 또한 이 날 이후부터는 세입자가 전혀 없는 공가상태로 더 이상 임대업이 불가능하므로 이 날을 쟁점 임대건물의 실질적 폐업일자로 보아 과세한 처분청의 당초처분은 정당한 것이다.

(2) 2017.3.8. 청구인이 쟁점 임대건물 사업자등록신청 당시 제출한 부동산매매계약서를 보면 총 매대대금 OOO천만원 중 건물금액은 OOO천만원으로 상당한 가치가 있었던바, 쟁점 임대건물이 멸실되기 전인 2018.10.31. 잔존가치가 전혀 없다는 청구인 주장은 납득하기 어렵고, 또한 청구인은 건물노후와 관련하여 철거를 할 수 밖에 없었다고 주장하고 있으나 이를 입증할만한 자료도 제출한 사실이 없다. 더 나아가 부가가치세 매입세액을 공제받은 재산적 가치가 있는 건물을 임의로 멸실한 경우 폐업시 잔존재화로 보아 과세할 수 없다면 이는 부가가치세 세부담 없이 그 잔존재화를 사용하거나 소비한 결과가 되어 부가가치세법 제10조 제6항 에서 규정한 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세 과세논리에도 맞지 않는다.

(3) 청구인이 주주(지분 50% 소유)로 있는 양수회사가 2018.6.18.에 쟁점 임대건물 소재지에 재활병원을 신축하기 위한 설계계약을 체결한 사실과 퇴거 임차인 OOO인테리어비용을 부담한 것으로 볼 때 청구인은 당초 재활병원 신축을 목적으로 쟁점 임대건물을 매입하고, 청구인이 주주로 있는 양수회사가 토지매입이나 병원신축을 원활하게 할 목적으로 잔존가치가 높은 쟁점 임대건물을 공가상태로 만든 후 임의로 멸실하여 부가가치세를 회피한 것으로 보인다.

• 가. 쟁 점 쟁점 임대건물을 철거 후 폐업신고한 경우 쟁점 임대건물을 폐업시 잔존재화로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조(재화공급의 특례)

⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급 하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제21조(결정 및 경정) ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 “사업장 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제7조(폐업일의 기준) ① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조 제1항에 따른 폐업신고서의 접수일 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산)

① 법 제29조제11항에서 "대통령령으로 정하는 감가상각자산"이란 소득세법 시행령 제62조 또는 법인세법 시행령 제24조 에 따른 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2017.2.7. 쟁점 임대건물에 대하여 주식회사 OOO수탁자로, 주식회사 OOO위탁․수익자 겸 사용자로 하여 아래 <표1>과 같이 부동산 매매계약을 체결하였으며, 매매대금 총 OOO천만원 중 쟁점 임대건물 가액은 OOO천만원(부가가치세 포함)으로 확인된다. <표1> 쟁점 임대건물 부동산매매계약 매매대금 (단위: 원)

(2) 쟁점 임대건물은 대지면적 1,256.3㎡, 건물 연면적 2,729.26㎡, 지하1층, 지상 4층 규모의 철근콘크리트조 건물로, 2017.3.8. 청구인에게 소유권 이전되어 2018.12.14. 건축물 철거신고(OOO건축과-48406, 2018.11.7.) 후 멸실된 것으로 일반건축물대장(말소)에서 확인된다.

(3) 쟁점 임대건물의 양수회사는 2018.6.18. 주식회사 OOO쟁점 임대건물 소재지 위에 재활병원 신축공사 관련 설계계약(계약금액 OOO천만원)을 체결한 사실이 건축물 설계 계약서상 확인된다.

(4) 청구인이 2018년 제2기 부가가치세 확정신고시 제출한 부동산임대공급가액명세서 및 국세청 통합전산망에서 확인한 쟁점 임대건물 임차인들의 퇴거일과 사업장변경 신고일은 아래 <표2>와 같고, 임차법인 중 주식회사 OOO2018.10.31. 쟁점 임대건물에서 최종 퇴거하여 2018.11.1. 사업장을 변경 신고한 것으로 확인된다. <표2> 쟁점 임대건물의 임차인 퇴거일과 사업장변경 신고일

(5) 쟁점 임대건물의 양수회사는 2018.12.21. OOO구청으로부터 쟁점 임대건물 소재지 위에 연면적 7,744.63㎡ 규모의 지하2층, 지상11층의 의료시설 건축(신축)허가를 받은 사실(OOO건축과-55894)이 확인된다.

(6) 청구인은 2018.12.27. 쟁점 임대건물의 임대사업을 2018.12.31.자로 폐업신고하고, 2018년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점 임대건물을 ‘폐업 전 멸실자산’으로 보아 과세대상에서 제외한 사실이 확인된다. 이상의 사실관계를 정리하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점 임대건물 부가가치세 과세처분 경위

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 등록, 신고 여부와 상관없이 해당 사실의 실질에 의해 결정(대법원 1997.6.27. 선고 96누16193 판결 참조)되는 것으로 처분청이 쟁점 임대건물의 임차인이 최종 퇴거한 2018.10.31.을 실질적 폐업일로 본 판단은 정당한 것(국심 2004중2294, 2005.1.27. 같은 뜻)으로 보는 점, 청구인이 2017.3.8. 쟁점 임대건물을 OOO천만원에 매입하여 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실이 있는바, 쟁점 임대건물을 폐업시 잔존재화로서 과세하지 않는 경우 세부담없이 잔존재화를 소비한 결과를 초래하게 되므로 이는 부가가치세법제10조 제6항에 따른 폐업시 잔존재화에 대한 과세조항의 취지에도 배치되는 점, 쟁점 임대건물을 통해 임대수익을 거두다가 2018.11.7. 철거하기까지의 기간이 2년이 채 안 되는 단기임에도 쟁점 임대건물의 잔존가치가 없었다는 청구인의 주장에 무리가 있어 보이는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점 임대건물을 폐업시 잔존재화로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.