[요지] 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상인 양도소득금액은 동 규정에서 정한 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도차익을 의미하므로 쟁점주택 취득일부터 관리처분계획인가 전, 즉 조합원입주권으로 전환되기 전까지 발생한 양도차익에 대하여만 양도소득세 감면 대상이라고 보는 것이 타당함
[요지] 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상인 양도소득금액은 동 규정에서 정한 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도차익을 의미하므로 쟁점주택 취득일부터 관리처분계획인가 전, 즉 조합원입주권으로 전환되기 전까지 발생한 양도차익에 대하여만 양도소득세 감면 대상이라고 보는 것이 타당함
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 재건축을 위해 주택재건축정비사업조합에 쟁점주택을 신탁한 후 쟁점주택의 범위를 초과하는 별도의 추가 정산금을 지급한 것이 아니라 오히려 청산금을 환불받는 주택재건축 환불공급계약을 체결하고 재건축아파트 조합원입주권을 공급받은 상태에서 제3자에게 양도한 경우로서, 발생한 양도소득은 모두 당초 취득한 쟁점주택의 범위 내에서 취득일부터 5년 이내에 발생한 것이므로 소득세법 시행령제166조 제1항 제2호의 규정에 따라 산출된 양도소득세를 신고납부한 후 조특법 제99조의2에 의거 양도소득세액의 100분의 100을 경정청구하였으나, 처분청은 기획재정부의 유권해석(재산세제과-483, 2019.7.8.)에 따라 거부처분하였다.
(2) 청구인이 쟁점주택을 취득하고 주택재건축정비사업조합에 주택재건축을 조건으로 신탁한 후 관리처분계획이 인가된 것은 기존주택의 소유권이 멸실되거나 이전된 것이 아니므로 조특법 제99조의2에서 규정한 ‘양도’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 기획재정부 유권해석에서 ‘양도차익 범위’를 관리처분계획인가 전까지의 양도차익으로 한정한 것은 쟁점주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다는 조특법 제99조의2 과세특례 규정과는 상충되는 자의적인 해석이므로, 이를 근거로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 위 조특법령의 입법취지와 목적에 부합하지 않는다.
(3) 이 건의 경우, 조특법 등 관련 법령을 신뢰하고 정부시책에 따라 감면대상 기존주택을 적법하게 취득하고 양도한 법률행위로서 감면대상 기존주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정한 조특법 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2의 과세특례 규정을 충족하므로, 소득세법 시행령제166조 제1항에 따라 산출된 세액에 대하여 신뢰보호원칙에 따라 양도소득세액 전액을 감면하는 것이 타당하다.
(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며(대법원 1994.2.22. 선고 92누18603 판결 등 참조), 특히 감면요건 규정 가운데에 명백한 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 참조) 할 것인바, 조특법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에는 감면대상 기존주택이 재건축에 의해 조합원입주권으로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우, 감면대상 기존주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되어 발생한 양도차익까지 감면해 주겠다는 규정이 없으므로, 이를 엄격하게 해석하여 감면대상 기존주택의 양도소득 범위내(기존주택이 조합권입주권으로 전환하기 전인 관리처분계획인가 전 양도차익 범위내)에서 감면하는 것이 타당하다.
(2) 아울러, 청구인이 양도소득세 신고 전 2018.12.13. 국세청장에게 위 쟁점과 관련하여 세법해석 사전답변을 신청하였고, 이에 대하여 국세청장은 기획재정부에 세법해석을 의뢰한 결과 기획재정부는 조특법 제99조의2의 감면대상 기존주택이 재건축에의해 조합원입주권으로 전환되어 그 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전 양도차익 범위내에서 감면함이 타당하다고 회신한 바 있다. 따라서 청구인이 쟁점주택이 조합원입주권 상태로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우, 관리처분계획인가 후 양도차익(감면대상 기존주택이 아닌 조합원입주권으로 변경된 후의 양도차익)까지 감면대상으로 보아 양도차익 전체를 감면해 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법(2018.10.16. 법률 제15785호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다. 제3조(조세특례의 제한) ① 이 법, 국세기본법 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.
1. 소득세법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
② 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제99조의2 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다.
1. 주택법제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택
2. 주택법제15조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 주택법제54조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 2013년 4월 1일 이후 도래하는 주택으로 한정한다)
3. 주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(주택법에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다)
4. 주택도시기금법에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택
5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택
⑦ 법 제99조의2 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.
⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장·군수·구청장에게 제공하여야 한다.
⑭ 제11항에 따라 매매계약서에 신축주택등임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제10항에 따른 신축주택등 현황 및 주택법제15조에 따른 사업계획승인신청서류 등에 따라 신축주택등임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.
⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 주민등록법에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ①법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는 법인세법제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 – 취득 당시의 기준시가
(3) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
(1) 청구인은 2013.12.26. 쟁점주택을 OOO원에 취득(매매계약일은 2013.11.26., 소유권이전등기일은 2013.12.30.)하였고, 2013.12.4. OOO으로부터 조특법 제99조의2 제3항 및 제5항에 따른 ‘감면대상 기존주택’임을 확인하는 날인을 받았으며, OOO 주택재건축정비사업조합과 주택재건축을 위한 신탁계약을 체결하였고, OOO 주택재건축정비사업 시행인가를 받은 후 OOO에 따라 쟁점입주권을 공급받았다OOO.
(2) 이후 청구인은 2018.11.26. 쟁점입주권을 양도한 후 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였으나, 감면대상 기존주택 취득일부터 조합원입주권 양도일까지 발생한 양도소득금액이 감면대상이라고 주장하면서 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는바, 처분청은 기획재정부 유권해석(재산세제과-483, 2019.7.8.)에 따라 ‘조특법 제99조의2의 감면대상 기존주택이 재건축에 의해 조합원입주권으로 전환되어 양도시 관리처분계획인가 전 양도차익 범위내에서 감면하는 것이 타당하다’는 이유로 이를 거부하였다.
(3) 한편, 청구인은 양도소득세 신고 전인 2018.12.11. 국세청에 세법해석 사전답변 신청을 하였고, 2019.7.11. 국세청장은 청구인에게 “기획재정부 재산세제과-483(2019.7.8.)”을 참고하도록 답변하였다. 기획재정부 재산세제과-483, 2019.7.8. [질의] 조특법 제99조의2에 따른 감면대상기존주택이 재건축에 의해 조합원입주권으로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우 감면소득의 범위 (제1안) 관리처분계획인가 전 양도차익 범위내에서 감면함 (제2안) 관리처분계획인가 전․후 양도차익을 모두 포함하되, 추가 납부한 청산금 납부분 양도차익을 제외함 [회신] 제1안이 타당함
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제99조의2 제1항에서 “해당 주택[대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택]을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면”하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의2 제7항에서는 “법 제99조의2 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액”으로 하도록 규정하고 있는바, 조합원입주권은 소득세법제89조 제2항의 “도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위”에 해당하므로 쟁점주택과 쟁점입주권을 동일한 양도자산으로 볼 수 없으며, 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상인 양도소득금액은 동 규정에서 정한 주택[대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택]의 취득일부터 5년간 발생한 양도차익을 의미하므로 쟁점주택 취득일부터 관리처분계획인가 전, 즉 조합원입주권으로 전환되기 전까지 발생한 양도차익에 대하여만 양도소득세 감면대상이라고 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 쟁점주택 취득일부터 쟁점입주권 양도일까지 발생하는 양도소득에 대하여 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.