조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점 토지의 8년 이상 자경 여부 및 쟁점토지의 비사업용 토지 여부

사건번호 조심-2019-부-3392 선고일 2020.10.15

처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO답 118㎡ 및 같은 리 299 답 1,421㎡(이하 위 2필지의 토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(1992.11.30. 법률제4502호로 제정된 것, 이하 “특별조치법”이라 한다)에 의하여 모친 OOO으로부터 매매로 취득하고 소유권이전등기를 한 뒤(등기원인일: 1984.10.4., 등기접수일 1994.5.21.) 이를 보유하다가 2019.1.30. 양도한 후, 2019.3.31.조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 자경농지에 대한 감면신고의 적정 여부 확인을 위하여 2019.5.9.∼2019.5.24. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시한 결과,상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제44조에 따라 청구인은 모친으로부터 쟁점토지를 증여받은 것으로 추정되고 그 취득일은 등기접수일인 1994.5.21.로서 그 보유기간(1994.5.21.∼2019.1.30.) 중 2001년부터 양도할 때까지의 총급여액이 매년 OOO이상이므로 해당 기간을 청구인의 경작기간에서 제외하면 전체 경작기간이 8년이 되지 않는다고 보아 자경농지에 대한 감면신고내용을 부인하고, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2019.7.25. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지를 1984.10.4. 취득하였다. 청구인은 성년이 된 이후인 1984.10.4. 쟁점토지를 사실상 취득하여 미등기상태로 소유하면서 경작하여 오다가 특별조치법에 의하여 1994.3.4. 특별조치법상 보증위원으로부터 보증서를 받아 행정관청에 제출하고, 당시 OOO확인서를 받아 1994.5.21. 소유권이전등기를 하였으므로 등기원인일(1984.10.4.)을 취득일자로 보아야 한다.

(2) 청구인에 대하여 자경농지감면 규정을 적용하여야 한다. 청구인은 본인 책임 하에 손수 채소 등을 경작하여 오다가 2019.1.31. 양도하였는데, 자경사실을 증명하는 자료로 ① 농지원부, ② OOO발급한 거래자별 매출상세내역서(동거자인 배우자 OOO조합원으로 등록되어 2016.8.13.부터 2018.9.14.까지 경작한 채소의 매출기록이 있음), ③ 농지소재지 OOO등이 작성한 경작사실 확인서(청구인이 1984년부터 2019년 1월까지 직접 경작하였다는 내용임), ④ 쟁점토지의 사진(창고 1동에 보관된 각종 농기구와 작업복, 쟁점토지에 경작 중인 채소 등을 촬영) 등을 제출하였는바, 이를 종합하여 볼 때 청구인이 쟁점토지의 취득일(1984.10.4.)부터 양도일(2019.1.31.)까지 통산하여 8년 이상 경작한 사실이 입증되므로 처분청이 자경농지에 대한 감면신고내용을 부인하고 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(3) 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 설령 자경농지에 대한 감면신청을 부인한다 하더라도 쟁점토지는 비사업용 토지가 아니므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 취득일은 등기접수일인 1994.5.21.로 보아야 한다. 특별조치법에 의하여 부동산소유권 이전등기를 하는 경우에도 사실내용에 따라 매매재산은 대금청산일(대금청산일이 확인되지 아니하거나 불분명한 경우는 등기접수일), 증여재산은 등기접수일을 취득시기로 보는 것으로, 청구인은 쟁점토지를 특별조치법으로 소유권이전등기하면서 등기원인은 청구인의 모친 OOO으로부터 매매로 취득한 것으로 되어 있다. 상증법 제44조에 의하면 “배우자 또는 직계존비속에게 양도한 재산은 양도자가 그 재산을 양도한 때에 그 재산의 가액을 배우자 등이 증여받은 것으로 추정하여 이를 배우자등의 증여재산가액으로 한다.”라고 되어 있어 직계존비속에게 대가를 지급하고 양도한 사실이 명백히 인정되는 경우에는 양도한 것으로 볼 수 있으나, 청구인은 조사기간 중 쟁점토지를 취득하면서 모친 OOO에게 대가를 지급하였다는 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하였고, 등기원인일인 1984.10.4. 당시 청구인의 나이가 만 21세로 쟁점토지를 취득할 만한 경제 활동을 하였는지 의심되는바, 쟁점토지를 모친 OOO으로부터 증여받았다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서 증여재산의 취득시기는 등기접수일로 보는 것이므로 청구인의 쟁점토지의 취득시기는 등기접수일인 1994.5.21.로 보아야 한다.

(2) 쟁점토지에 대한 자경농지감면 신고내용을 부인하고 비사업용토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 조특법 시행령 제66조 제14항에 의하면 “거주자 각각의소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 OOO이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.”고 되어 있고, 청구인이 쟁점토지의 보유기간 중 OOO근무하면서 2001년부터 2018년까지 매년 지급받은 총급여액은 각각 OOO이상인 것으로 확인된다. 따라서 청구인이 쟁점토지를 취득하여 실제로 경작하였다고 하더라도 총급여액 OOO이상인 과세기간을 제외하면 청구인이 경작한 기간은 6년 7개월(1994.5.21.∼2000.12.31.)에 해당하므로 8년 자경감면 요건을 충족하지 못하며, 양도일 직전 5년 중 3년 이상의 기간이나 양도일 직전 3년 중 2년 이상의 기간 또는 소유기간 중 60% 이상의 기간을 자경하지 않아 쟁점토지는 비사업용토지에 해당된다. 또한 농지의 경우 ‘직계존속 또는 배우자가 8년 이상 토지 소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야·목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지’의 경우 기간기준에 관계없이 비사업용 토지로 보지 않는 것이나, 청구인에 대한 양도소득세 조사기간 중에 청구인의 모친 OOO쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 주장하거나 직접 경작하였다고 볼 수 있는 증빙 등을 제출한 사실이 없는 점 등으로 볼 때 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 않았다고 보아 청구인의 자경농지 감면신고내용을 부인하고, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법 제32조(증여재산의 취득시기) 증여재산의 취득시기는 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제44조, 제45조 및 제45조의2부터 제45조의5까지가 적용되는 경우를 제외하고는 재산을 인도한 날 또는 사실상 사용한 날 등 대통령령으로 정하는 날로 한다. 제44조(배우자 등에게 양도한 재산의 증여 추정)

① 배우자 또는 직계존비속(이하 이 조에서 "배우자등"이라 한다)에게 양도한 재산은 양도자가 그 재산을 양도한 때에 그 재산의 가액을 배우자등이 증여받은 것으로 추정하여 이를 배우자등의 증여재산가액으로 한다.

(2) 소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위)

① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의8(농지의 범위 등)

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령제66조제14항을 준용한다. 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. 1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지.(단서 생략) (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제24조(증여재산의 취득시기)

① 법 제32조에서 "재산을 인도한 날 또는 사실상 사용한 날 등 대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

1. 권리의 이전이나 그 행사에 등기ㆍ등록을 요하는 재산에 대하여는 등기ㆍ등록일.(단서 생략)

(5) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) (6) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의소득세법제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

(7) 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(1992.11.30. 법률 제4502호로 제정된 것) 제1조(목적) 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제10조 (확인서의 발급)

① 미등기부동산을 사실상 양수한 자와 이미 등기되어 있는 부동산을 그 소유권의 등기명의인 또는 그 상속인으로부터 사실상 양수한 자, 부동산의 상속을 받은 자 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 의한 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서의 발급을 받아야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에는 아래 사실이 나타난다. (가) 토지 등기부등본상 청구인은 쟁점토지를 전 소유자인 모친 OOO으로부터 1994.5.21. 특별조치법(법률 제4502호)으로 소유권이전 등기하였고, 등기원인일은 1984.10.4. 매매인 것으로 확인된다. (나) 국세청 대내포털시스템상 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 1998년 이후 주식회사 OOO근무하면서 2001년부터 2018년까지 지급받은 총급여액이 매년 OOO이상인 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 폐쇄등기부등본, 청구인의 배우자 OOO자격으로 매입한 비료, 농약 등 시설원예자재 구입내역, 쟁점토지의 등기필증, 쟁점토지 소재지에 거주하는 OOO외 2인이 작성한 청구인에 대한 자경사실확인서, 농지원부, 농지위원 OOO외 2인이 작성한 경작사실확인서 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 특별조치법에 따라 쟁점토지를 취득하였는바, 등기원인일(1984.10.4.)을 취득일로 보아야 하고 8년 이상 자경하였으므로 자경농지 감면신고내용을 부인하고 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 쟁점토지의 등기부등본에는 청구인이 모친 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하면서 등기원인을 매매로 하여 소유권이전등기를 한 것으로 되어 있는바, 상증법 제44조 제1항에 의하면 직계비속에게 양도한 재산은 양도자가 그 재산을 양도한 때에 그 재산의 가액을 직계비속이 증여받은 것으로 추정하고 있으므로 청구인이 쟁점토지의 등기원인을 매매로 주장하려면 청구인이 OOO에게 대가를 지급하고 쟁점토지를 양수한 사실을 입증하여야 하나, 청구인은 그와 관련한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못한 것으로 나타난다. 따라서 증여재산인 쟁점토지의 취득시기는 상증법 제24조 제1항 제1호에 따라 등기일(등기접수일)인 1994.5.21.로 보아야 하고 이 경우 청구인의 총급여액이 OOO이상인 과세기간(2001년부터 양도할 때까지)을 제외하면 청구인이 경작한 것으로 볼 수 있는 기간은 6년 7개월(1994.5.21.∼2000.12.31.) 정도로서 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 충족하지 못하고 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 나타난다. 또한 이 경우 청구인의 모친 OOO쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다면 소득세법 시행령제168조의14 제3항에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있으나, 이와 관련하여 청구인이 제시한 증빙자료 등은 없는 것으로 나타난다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)