법인세 신고시 당좌대출이자율로 신고한 사실이 확인되므로 선택한 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 적용함이 타당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1992.7.25. 설립되어 골재채취업 등을 영위하고 있으며, 그 주주는 주식회사 OOO(36.73%, 이하 “OOO”이라 한다), OOO(36.73%) 등이다.
• 나. 청구법인은 주주로서 특수관계인인 OOO에게 아래와 <표1>과 같이 금전을 대여하였고 이 대여금(가지급금)과 관련하여 2016사업연도 인정이자를 계산하면서 가중평균차입이자율(연 2.61%)을 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 다. OOO국세청장은 2018년 8월 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 아래 <표2>와 같이 2015사업연도 법인세 신고시 가지급금 인정이자 조정명세서에 당좌대출이자율을 시가로 선택한 사실을 확인하고, 2016사업연도의 인정이자를 가중평균차입이자율이 아닌 당좌대출이자율(연 4.6%)을 적용하여 법인세를 경정하도록 지적하였다.
• 라. 이에 따라 처분청은 2019.1.21. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.17. 이의신청을 거쳐 2019.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법에 따라 가지급금 인정이자 계산시에는 원칙적으로 가중평균차입이자율을 적용하는 것이고, 예외적으로 특수관계인 외의 자로부터 차입금이 없는 경우에 한하여 당좌대출이자율을 적용하는 것이다. 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 특수관계인 외의 차입금이 없었기에 부득이 당좌대출이자율을 선택하게 되었으나, 2016년에 비특수관계인으로부터 차입금이 발생하여 법인세 신고시 당초 가지급금에 대해서는 당좌대출이자율을, 새로이 발생한 가지급금에 대해서는 가중평균차입이자율을 적용하였는바, 이는 법인세법 시행령제89조 제3항 제1호의2에 따른 정당한 신고이므로 과세처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 법인세법 시행령 제89조 제3항 제2호 에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택한 것으로 확인되므로, 2016사업연도에도 의무적으로 당좌대출이자율을 적용하여야 한다. 가지급금 인정이자의 시가(이자율)의 경우 납세의무자의 선택권이 부여되어 있으나, 당좌대출이자율 적용을 선택한 경우 법인세법 시행령제89조 제3항 제2호에 따라 해당 사업연도 및 이후 2년간은 의무적으로 이를 적용해야 하므로 청구주장은 이유 없다. 청구법인은 “2015사업연도에는 비특수관계인 차입금이 없어 법인세법 시행령제89조 제3항 제1호에 따라 당해 차입금만 당좌대출이자율을 적용하였으나, 법인세 신고시 가지급금 인정이자 조정명세서의 이자율 선택칸을 착오로 기재한 것”이라고 주장하나, 이와 같은 주장을 인정할 수 없다. 청구법인은 이자율 선택에 착오가 있었다면 이후 수정신고나 경정청구 등을 통해 얼마든지 바로잡을 기회가 있었음에도 불구하고, 장기간 아무런 조치를 하지 않다가 감사 지적으로 인해 법인세가 부과되자 당초 신고를 착오라고 주장하고 있어 인정할 수 없다. 또한, 납세의무자가 법인세법 시행령제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율 적용을 선택하는 하는 경우 이는 해당 사업연도의 모든 가지급금에 대해 적용하는 것으로서, 일부 가지급금에 대해서만 당좌대출이자율을 적용할 수는 없다.

• 가. 쟁점 특수관계인에 대한 금전대여와 관련한 인정이자 계산에 있어 청구법인이 적용한 가중평균차입이자율을 부인하고 당좌대출이자율을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 및 각 목 생략) 제89조(시가의 범위 등) ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제43조(가중평균차입이자율의 계산방법 등) ① 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율”이란 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 말한다. 이 경우산출된 비율 또는 대여금리가 해당 대여시점 현재 자금을 차입한 법인의 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로 본다.

② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율”이란 연간 1,000분의 46을 말한다.

③ 영 제89조 제3항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우

2. 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권·증권의 발행으로 조달된 경우

3. 제1항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우

⑤ 영 제89조 제3항 제2호에 따라 법인이 이자율을 선택하는 경우에는 제82조 제1항 제19호에 따른 별지 제19호서식의 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)를 작성하여 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1992.7.25. 설립되어 골재채취업 등을 영위하고 있고, 그 주주는 OOO(36.73%), OOO(36.73%) 등이다. (나) 청구법인은 2015사업연도에 특수관계인 외의 자로부터 차입금이 없는 상태에서 OOO(특수관계인)에게 약 OOO원을 대여하였고, 2015사업연도 법인세 과세표준 신고시 가지급금 인정이자를 계산하면서 당좌대출이자율(4.6%)을 적용하였다. (다) 청구법인은 2016사업연도에 OO은행으로부터 OOO원을 차입한 상태에서 OOO(특수관계인)에게 약 OOO원을 대여하였고, 2016사업연도 법인세 과세표준 신고시 가지급금 인정이자를 계산하면서 가중평균차입이자율(2.61%)을 적용하였다. (라) 처분청은 청구법인이 2015사업연도 법인세 신고시 가지급금 인정이자 조정명세서에 당좌대출이자율을 시가로 선택한 사실을 확인하고, 2016사업연도의 인정이자를 가중평균차입이자율(2.61%)이 아닌 당좌대출이자율(연 4.6%)을 적용하여야 하는 것으로 보아 이 건 법인세를 경정·고지였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인과 특수관계인간의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위한 금전대부에 대한 이자를 계산함에 있어 법인세법 시행령제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우 해당 사업연도와 이후 2개 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 하는 것인바, 청구법인의 경우 2015사업연도 법인세 신고시 가지급금 인정이자 조정명세서에서 법인세법 시행령제89조 제3항 제2호에 의한 당좌대출이자율로 신고한 사실이 확인되므로 2015사업연도는 청구법인이 ‘당좌대출이자율을 시가로 선택한 사업연도’에 해당하고 이후 2개 사업연도(2016, 2017사업연도)는 이미 선택한 당좌대출이자율을 적용함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 2016사업연도 가지급금 인정이자에 대하여 당좌대출이자율을 적용하여 이 건 법인세를 경정․고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.