쟁점매입세액은부가가치세법 시행령제80조 제2호의 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거한 건축물의 취득 관련된 매입세액”에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이를 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점매입세액은부가가치세법 시행령제80조 제2호의 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거한 건축물의 취득 관련된 매입세액”에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이를 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
--------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] OOO세무서장이 2019.5.15. 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 신고 및 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 임대목적으로 쟁점부동산을 취득하였음에도 쟁점매입세액이부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호 규정에 따른 토지에 관련된 매입세액에 해당되는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. (가) 건물을 신축하기 위하여 타인으로부터 구 건축물을 취득하는 경우 그에 대한 매입세액은 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 공제 내지 환급의 대상이 되지 아니하는 것OOO으로, 부동산의 취득 목적이 건물의 신축 등 철거를 전제로 한 경우에만 한정하여 자본적 지출로 보는 것이지 임대를 위하여 취득하였다가 일정기간 경과 후 사정의 변경으로 인하여 철거하는 경우까지 확대 해석하여 자본적 지출로 보는 것은 아니므로부가가치세법상 건축물의 매입세액 공제대상에서 제외되는 토지 관련 매입세액에 해당하는지 여부는 부동산의 취득목적에 따라 판단하여야 할 것이다. (나) 쟁점부동산은 다음과 같은 여러 정황으로 보아 임대목적으로 구입한 것이 분명하다.
1. 부동산 매매거래에 있어 통상적인 취득일은 잔금청산일이나, 취득목적 즉 취득한 부동산을 어떻게 사용할 것인가 하는 것은 계약체결 당시에 결정되는데 청구법인은 쟁점매매계약 체결 이전 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 부동산 컨설팅계약을 체결하여 납품받은 용역보고서에 쟁점부동산을 임대사업에 사용하는 것을 전제로 검토한 내용이 대부분이다. OOO
2. 용역보고서 중 ‘OOO 물건개요 및 매수금액 산정 보고서’(2016.3.18.)에서 OOO의 쟁점부동산 취득 당시 상황에 대한 분석내용을 보면 상가 활성화 후 매각하여 시세차익을 얻기 위한 목적으로 경매를 통해 쟁점부동산을 취득한 이후 부동산관리 전문기업(OOO 주식회사)과 계약을 맺어 임대활성화를 위해 노력하 였으나 경쟁력을 상실함에 따라 투기자본의 특성상 쟁점부동산을 매각 하기로 결정하였고, 이후 2차에 걸쳐 매수희망자 및 우선협상대상자를 선정하여 협상하였으나 기존 대형매장 임차인OOO과 임대차계약이 2022.12.31.까지로 되어 있어 새로운 임대계약이 어려웠기 때문에 매각이 이루어지지 않았다.
3. 청구법인의 쟁점부동산 매수금액 산정근거를 보면 쟁점부동산의 매수여부 결정 및 매수금액 산정시에도 임차인의 변경·임대매장의 재구성시 공사비용과 임차인 유치를 위한 비용을 고려한 사실 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후 임대업을 계속 영위한다는 기본 전제 하에 판단·의사결정하였음을 알 수 있다. OOO (다) 청구법인은 OOO이 체결한 기존 임대차계약을 그대로 승계하여 임대업을 운영하게 되면 투자 대비 수익률이 저조하다고 판단하여 쟁점건물 전체를 획기적으로 변환시켜 새로운 형태의 임대업을 영위하고자 시도하였다. 1) OOO으로부터 납품받은 용역보고서 중 ‘OOO 임대사업 보고서’(2016.5.31.)의 목차를 보면 매장재구성 등 부동산임대 활성화와 임대 수익률을 높일 수 있는 방안을 연구하고 제시하였는데, 결언에 의하면 다양한 업종의 제안이 다수 있고, 수익률을 높일 수 있는 업종을 추가할 것을 검토 중이며, 임대사업 성공을 위하여 지속적인 시장파악과 추가 조사가 필요하다고 되어 있다. OOO 또한, 동 용역보고서에 의하면 현재 입점된 상가의 개별상가별 임대료를 분석하였는데, 평균수익률은 2.31%이고, OOO(이하 “OOO”라 한다)이 입점해 있던 6․7층의 수익률은 0.9%에 불과해 상가 정상화를 위해서는 OOO의 퇴출이 불가피한 것으로 분석되었다. 이에 따라 청구법인은 OOO의 임대수입이 연간 OOO원으로 OOO원에 상당하는 부동산 추정가치에 비해 임대료율이 2～3%에 불과한 등 저조한 것으로 판단하여 새로운 형태의 임대업을 영위하고자 하였다. 2) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후 임대업을 계속 영위하기 위해서는 투자금액 대비 적정한 임대수입이 유지되어야 할 것인데, 쟁점부동산 취득 당시 임차인 및 임대료 수입현황을 비교․검토한 결과 6～8층에서 많은 면적을 임차하고 있던 OOO등은 정액임대매장(사전에 정해진 정액임대료를 납부)이 아닌 수수료매장(임차인 수입금액에 일정 비율을 곱하여 산출한 임대료를 납부)으로서 실제 수입임대료는 쟁점부동산 전체 평균이익률(2.4%)에 턱없이 미달하는 0.9%에 불과한 등 저수익의 원인이 되고 있어 조속한 시일 내에 OOO 등과의 기존 임대차계약을 종료하여 쟁점건물의 임대방향을 재구성할 필요가 있다는 컨설팅보고서 내용에 따라 매장 재구성을 추진하였다. OOO
3. 처분청은 청구법인이 매수 당시 OOO 등 일부 임차인들과 임대차계약을 중도해지하고 명도비를 지급한 이유를 들어 청구법인이 일시적으로 임대업을 영위한 것에 불과하다는 의견이나, 전술한 바와 같이 OOO의 경우 정액임대료 계약이 아니라 수입금액에 일정비율을 임대료로 받는 수수료 임대매장이었는데 6·7층 전체를 임차 사용하면서도 월임대료가 평균 OOO원으로 다른 층 매장의 1/3 수준에 불과하여 장기적인 수익관리 측면에서 조기에 명도할 필요가 있었고, 다른 임차인들과의 명도를 진행한 것도 건물 전체를 웨딩홀 또는 명품관 등 테마형 매장으로 새롭게 운영할 계획의 일환으로 명도를 추진한 것이다. 또한, 일부 임차인이 사업부진과 채권확보 우려로 상가 임대계약이 해지되기는 하였으나 새로운 임차인OOO과 임대차계약을 체결하는 등 상가를 계속 임대하고자 하였고, 남아 있는 임차인들이 입주호수 조정을 원하는 경우 원하는 층과 호수로 재조정 해 줘 임차인이 계속 사업을 할 수 있도록 지원하는 등 청구법인은 임대업을 계속 영위하고 활성화하기 위한 노력을 하였다. (라) 기존 임차인들에 대한 임대차계약 중도 해지요청이 곧 임대 업의 포기가 아니고, 임대업 계속 여부와는 전혀 무관한 사실관계이다.
1. 임대차계약 중도해지는 쟁점부동산 취득자금 잔금 대출은행(OOO은행)에서 1순위 근저당권 확보를 위해 절대적으로 요구한 사항이었고, 잔금을 2017.3.31까지 미지급하게 되면 쟁점매매계약에 따라 기 지급한 계약금 및 중도금 OOO원을 반환받지 못하게 되므로 잔금 대출을 위해 불가피한 조치였다.
2. 또한, 임대차계약 중도해지는 위와 같이 상가활성화 및 적정 임대수익률 확보를 위해 저수익 임차인의 변경이 필요하였고, 은행대출 후 청구법인은 상가 활성화를 위하여 새 사업자를 모집하는 한편, 기존 사업자에게는 원하는 위치로 점포를 변경하여 주었으며, 빈 점포에 대하여는 계속 임차인을 모집하는 등 임대업을 계속하기 위해 부단한 노력을 하였다. (마) 은행에서 임대차계약 중도해지서를 제출하지 않으면 잔금대출을 할 수 없다고 하여 청구법인은 쟁점부동산을 취득 이후 그대로 매매하기 위한 노력도 하였다.
1. 취득자금 대출을 받지 못하게 되면 쟁점부동산을 매각할 수 밖에 없어 실제 그러한 상황에 대비하기 위해 부동산시장에 내어놓은 결과 여러 회사에서 관심을 보였는데, 특히 2017.2.23. OOO 주식회사는 청구법인에 ‘부동산 매수 의향서’를 제출면서 쟁점부동산을 OOO원에 매수하겠다는 제의를 하였고, 이에 대해 청구법인은 재매각할 경우 단기적으로 이익을 볼 수는 있지만 대출여부가 아직 미확정된 상태라서 추이를 조금 더 지켜보기로 하고 당장 재매각하는 것을 보류한 사실이 있다. 2) 이외에도 여러 회사로부터 전화문의 및 제의를 받았는데, 서류상 공식 제의를 받은 것은 없으나 건축허가를 받은 후인 2018.1.24.주식회사 OOO산업이 OOO원에 매수할 의향이 있다며 이에 대한 협의를 제의한 사실이 있다. (바) 개발계획사업 신청이 곧 임대업의 폐업이라고 할 수는 없다.
1. 재개발사업 허가는 사업신청 후 승인까지 통상 빨라야 2～3년이 소요되고, 심지어 허가가 나지 않는 경우도 많아 부동산을 취득할 경우 관련회사에서는 일반적으로 후순위로 개발사업을 검토하게 되며, 재개발을 주목적으로 부동산 취득을 하게 되면 위험부담이 크다. 이러한 사유로 청구법인도 부수적으로 주택건설 사업승인 신청을 하였으나 예상외로 일반적인 경우와 달리 이른 시기에 승인을 득한 것일 뿐이다.
2. 그리고, 중소법인인 청구법인이 언제 사업승인을 얻을 수 있을지가 불확실하고, 심지어 허가가 나지 않을 수도 있는 상황에서 고액의 대출이자를 감수하면서까지 큰 상가를 비워둘 정도로 무모하거나 자금의 여유가 있던 것은 아니었다. 위와 같이 청구법인은 쟁점부동산이 OOO원 이상의 가치가 있는 물건이므로 임대사업의 부진할 경우 취득 후 재매각하는 경우에도 충분히 사업성이 있다는 판단 하에 취득한 것이지, 처분청 의견과 같이 당초부터 토지만을 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였던 것은 아니다. (사) 쟁점부동산의 거래는 포괄적 양도양수에 해당한다. 1) 부가가치세법 시행령제23조에서 포괄양수도를 ‘사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계 시키는 것’으로 규정하고 있고, 여기서 ‘사업장’이란 쟁점부동산을 의미하는 것이지, 쟁점부동산 내의 개별 점포를 의미하는 것으로 볼 수는 없으므로 기존 임대사업을 포괄 승계받은 사업자인 청구법인이 쟁점부동산에 대하여 계속해서 임대사업을 하였으면 되는 것이지, 개별 점포의 임차인을 변경하는 것까지도 사업의 동질성을 유지하지 못하는 것으로 볼 것은 아니다. 또한, 동 규정상 법인의 적격분할의 경우 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나, 사업의 종류를 변경한 경우도 포함 한다고 명시적으로 규정하고 있어 포괄양수도를 넓게 인정하고 있다.
2. 처분청은 청구법인이 쟁점매입세액을 대리납부하였으므로 사업의 포괄양수도에 해당되지 않는다는 의견이나, 다음과 같은 사유로 사업의 포괄양수도 과정에서 대리납부 제도를 도입한 취지 등에 비추어 타당하지 않은 의견이다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산 취득 관련 모든 사실관계를 적시하여 국세청장에게 질의하고 회신받은 답변내용을 믿고 그에 따라 관련 부가가치세를 신고하였으므로 이는국세기본법제48조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호 규정에 해당되어 이 건 신고 및 납부불성실가산세는 면제되어야 한다.
(1) 청구법인의 쟁점부동산 취득시점(2017.3.15.) 사업목적이 건물신축판매를 위한 것으로 쟁점매입세액은 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호 규정에 따라 토지에 관련된 매입세액에 해당되므로 매입세액 불공제 대상이다. (가) 처분청에서 청구법인에 대한 법인통합조사 기간 중 ① OOO로부터 제출받은 임대차계약서 중도해지 진행사항 및 임대차계약중도해지합의서(작성일 2017.2.23.), ② OOO구청 건축과 담당자(정OOO)가 제출한 쟁점부동산 주택건설사업 개요 등에 의하면 청구법인이 2017.1.26. 쟁점토지상에 주택신축을 위한 ‘OOO 건축위원회 심의 신청’을 직접 인터넷으로 접수한 사실, ③ 청구법인은 2017.3.9.∼2017.5.31. 기간 동안 쟁점토지상에 건물신축을 위하여 임차인 조기퇴거 조건으로 조기 명도 보상비용 총 OOO원을 지급한 사실 등에 비추어 청구법인의 쟁점부동산 취득 목적은 건물신축판매를 위한 부동산 매입으로 보아야 한다. (나) 쟁점매매계약서 별지3 ‘임대차계약서 목록·내역’에 총 임차인 45명 중 명도비용 지급대상 사업자는 총 29곳의 사업자이고, 이 중 2017.3.15. 이후 계속 임차중인 사업장은 6곳에 불과한 사실이 청구법인 발급 세금계산서로 확인되며, 명도비용이 전부 지급된 2017.5.31. 이후는 임차인이 존재하지 않는 것으로 확인되는 등 쟁점부동산 취득일로부터 쟁점부동산상 임차인이 존재하지 아니하게 된 2017.5.31.까지 약 80일 정도 기간 동안 잔여 임차인을 정리하는 차원에서 일시적으로 부동산 임대사업에 쟁점부동산을 사용한 것인바, 청구법인이 이 건 부과처분 부당성의 근거로 제시한 조세심판원 선결정례OOO는 개발계획이 장기간(3년 정도)에 걸쳐 진행될 예정인 상태에서 기존 임차인 유지 및 공실에 대해서는 추가 임차인을 모집하는 등 건물 취득 이후 부동산임대업을 상당한 기간 동안 영위하겠다는 사업주의 의사가 외관상 명확하였던 경우로서 사실관계가 다른 이 건에 원용할 수 없다. (다) 청구법인 관계자는 OOO 등 언론사와 인터뷰에서 쟁점 부동산 취득시점인 2017.3.15. 이전인 2017.1.10. 등에 쟁점부동산 취득이 건물신축 목적이었다는 점에 대해 대내외에 표방한 사실이 확인된다. (라) OOO구청에서 제시한 주택건설사업 개요에 의하면 2017.1.26. OOO 건축위원회 심의 신청, 2017.8.21. 주택건설사업계획 승인 신청, 2017.11.3. 사전재해영향성 검토위원회 심의 조건부 승인, 2017.11.14. 관련기관 협의완료, 2017.11.16. 최종 주택건설 사업계획 승인이 완료된 사실이 확인되고, 이후 2017.12.13. 철거도급계약을 체결하여 2017.12.18. 구청 건축과에 건축물철거신고를 하였다가 2018.6.7. 건축물철거신고에 따른 건축물 말소 등기를 하는 등 일련의 진행과정을 종합하여 볼 때 청구법인의 쟁점부동산 취득은 당초부터 건물신축을 위한 것으로 보아야 한다. (마) 조세심판원 결정례OOO에서 청구법인이 기존건물이 있는 토지를 취득한 후 부동산 매도인에게 6개월간 일시적으로 임대한 후 부동산 매도인이 다른 곳으로 공장을 이전하자 해당 건물을 철거한 사건에서 해당 건물의 취득 및 철거비용 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 부인한 과세 처분은 잘못이 없다고 판단한 점을 볼 때, 이 건 사실관계 역시 기존 임차인 정리 차원에서 일시적으로 임대한 것에 불과할 뿐이라서 쟁점부동산 및 관련 부대비용은 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. (바) 청구법인이 쟁점매매계약에 따라 OOO으로부터 쟁점부동산을 취득한 것은부가가치세법제23조 규정에 따른 사업의 포괄적 양수도에 해당되지 않는다.
1. 위 (가), (나)에 설시된 사실관계에 의하면 청구법인은 쟁점부동산 임차인을 포괄승계하여 사업을 영위하였다고 볼 수 없다.
2. 청구법인이 쟁점매매계약 관련하여 국세청에 질의하여 회신받은 “부동산임대업을 영위하는 사업자가 임대료 미수금을 제외하고 사업을 양도하는 경우도 사업의 포괄적 양수도에 해당한다.”는 내용으로 실제 사실관계와 질의 내용이 같지 않은 것으로 확인된다.
3. 부동산임대업의 사업양수도를 함에 있어 기존 임차인을 승계하지 않은 경우에는 해당 임대업의 모든 권리․의무를 승계한 것으로 볼 수 없는 것OOO인바, 위와 같이 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 직후 주택 신축사업 추진을 위해 기존 임차인을 승계하지 않은 경우 쟁점부동산의 모든 권리·의무를 승계한 것으로 볼 수 없다고 판시하고 있으므로 사업의 포괄적 양수도에 해당하는 것으로 볼 수 없다.
4. 설령, 쟁점부동산 양수도 거래가 사업의 포괄적 양수도에 해당된다고 하더라도 청구법인은 사업양수인의 대리납부 규정에 따라 부가가치세를 대리납부한 것으로 확인되므로부가가치세법제10조 제8항 제2호 규정에 따라 재화의 공급에 해당한다. 이는 과세관청이 쟁점부동산 양수도 거래가 사업의 포괄양수도에 해당되지 않는다고 판단한 것과 동일한 법적 상태가 도출되는 것이다.
(2) 청구법인이 국세청장에게 질의하여 회신받은 내용은 이 건 부과처분 사유와 다르므로국세기본법상 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다. (가) 청구법인이 2017.1.12. 국세청장에게 질의한 내용은 부동산임대업자가 임대료 미수금을 제외하고 사업을 양도하는 경우 포괄적 사업양도에 해당하는지 여부였고, 이에 대해 국세청장이 2017.2.14. 청구법인에 회신한 공문 내용에 의하면 임대료 미수금을 제외하고 사업을 양도하는 경우도부가가치세법제10조 제8항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다는 내용이다. (나) 그러나, 처분청은 쟁점매입세액이부가가치세법제39조 제1항 제7호 면세사업 등에 관련한 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지관련 매입세액에 해당되는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 것이다. (다) 따라서 청구법인이 제시한 국세청장에 대한 질의 및 회신은 국세기본법제48조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호 규정에 해당되는 것으로 볼 수 없다.
① 쟁점건물의 취득 관련 매입세액을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정된 것) 제10조【재화 공급의 특례】⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제52조【대리납부】④ 제10조 제8항 제2호 본문에 따른 사업의 양도에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문에도 불구하고 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 제49조 제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정된 것) 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】법 제10조 제8항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우,조세특례제한법제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제80조【토지와 관련된 매입세액】법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제95조【대리납부】⑤ 법 제52조 제4항에 따라 사업을 양수받는 자가 그 대가를 받은 자로부터 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 사업장 관할 세무서장에게 납부하거나국세징수법에 따른 납부서를 작성하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.
2. 사업의 양수에 따른 대가를 받은 자의 인적사항
3. 사업의 양수에 따른 대가의 가액과 부가가치세액
(3) 법인세법 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (5) 국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의･회신 등에 따라 신고･납부하였으나 이후 다른 과세 처분을 하는 경우
(1) OOO으로부터 쟁점부동산을 취득한 이후 청구법인이 한 부가가치세 신고내역 및 처분청의 부과처분 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점매매계약 체결 이후 잔급지급일 이전인 2017.1.12. 쟁점부동산의 취득이 사업의 포괄양수도에 해당하는지 여부에 대해 국세청장에게 ‘세법해석 사전답변 신청’을 하였다. (나) 국세청장이 2017.2.14. 청구법인에 회신한 ‘세법해석 사전답변 신청에 대한 답변서’OOO의 주요내용은 다음과 같다. OOO (다) 청구법인은 쟁점부동산 양도에 세금계산서를 발행하기로 한 쟁점매매계약에 따라 쟁점건물가액을 공급가액으로 하여 2017.3.15.자 세금계산서를 수취하였고, OOO에 동 세금계산서 매입세액을 지급하지 아니한 채부가가치세법제52조 제4항 및 같은 법 시행령 규정에 따라 청구법인이 관련 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 대리납부하였으며, 동 매입세액을 공제하여 2017년 제1기 부가가치세를 신고하였다(쟁점매입세액 환급). (라) 처분청은 2019.2.25.～2019.4.19. 기간 동안 청구법인에 대한 2017사업연도 법인세통합조사 및 2018년 제1기 부가가치세 부분조사를 실시하면서 확인된 사실관계에 근거하여 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 당초 취득목적이 건물신축을 위한 것으로 취득 관련 모든 비용은 토지관련 매입세액에 해당되는 것으로 보아 쟁점매입세액에 가산세를 가산하여 이 건 부과처분을 하였다.
(2) 처분청은 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 당초 취득목적이 건물신축을 위한 것으로 취득 관련 모든 비용이 토지관련 매입세액에 해당된다는 의견인바, 그 근거로 다음과 같은 심리자료를 제시하였다. (가) 청구법인은 2017.3.15. 쟁점부동산을 취득하기 이전인 2017.1.26. OOO구청에 건축위원회심의 신청서를 인터넷으로 제출하였다며 다음과 같은 자료를 제시하였다.
1. OOO구청 건축과 담당직원(정OOO이 자필로 서명하여 확인한 쟁점부동산 소재 주택건설사업 개요 및 추진 경위를 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO
2. 2017.1.26. 청구법인이 OOO구청에 신청한 건축위원회 심의 신청서 사본을 제시하였다. (나) 청구법인은 쟁점부동산 취득 이전에 OOO과 쟁점부동산 임대차계약을 체결하고 있던 임차인들에게 임대차계약 중도해지에 따른 보상금 지급을 제안하여 2017.3.9.∼2017.5.31. 기간 동안 임차인 조기퇴거 조건으로 조기 명도 보상비용 총 OOO원을 지급하는 등 쟁점부동산 취득은 건물신축을 위한 것이라는 의견을 제시하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.
1. 청구법인이 2017.2.23. OOO와 체결한 “임대차계약 중도해지합의서”를 제시하였는데, 당초 임대차종료일(2022.12.31.)에도 불구하고 임대차계약이 2017.3.15. 24:00에 종료(영화관 영업종료)되는 것 으로 하여 중도 합의해지 보상금으로 OOO원을 지급하는 내용이다.
2. 처분청 요청에 따라 OOO측에서 쟁점부동산에 입점해 있던 매장 관련 진행사항을 정리한 내용을 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO
3. 청구법인이 2017.3.9.～2017.5.31. 기간 동안 기존 임차인들에게 지급한 명도 보상비용 총 OOO원의 지급내역이 나타나는 분개장을 제시하였다. (다) 처분청은 청구법인이 건물신축을 위해 쟁점부동산을 취득하였다는 근거로 2017.1.9. 및 2017.1.10.자 OOO 기사를 제시하였는데 주요내용은 다음과 같다. OOO (라) 청구법인이 쟁점토지상에 건물신축 분양 목적으로 자금을 차입하여 쟁점부동산 잔금을 지급하였다며 2017.3.15. OOO 주식회사와 변경체결한 부동산담보신탁계약서와 이에 첨부된 <별첨4> ‘특약사항’을 각 제시하였다.
(3) 청구법인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점매매계약서의 주요내용은 다음과 같다. OOO (나) 청구법인은 2016.11.4. OOO과 쟁점매매계약에 따라 쟁점부동산 기존 임차인들과의 임대차계약을 승계하는 내용의 ‘임대차 양도계약서’를 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO (다) 청구법인이 2016.8.6. 고상과 체결한 ‘부동산 컨설팅 계약서’, 2017.3.1. 체결한 ‘부동산 컨설팅 변경 계약서’ 용역결과 성과물(PPT자료 7건)을 각 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다.
1. 부동산 컨설팅 계약서 OOO
2. 부동산 컨설팅 변경 계약서 OOO
3. 용역성과물(PPT 자료) OOO (라) OOO 주식회사가 2017.2.23. 청구법인에게 송부한 쟁점부동산을 OOO원에 매수를 희망하는 내용의 ‘부동산 매수 의향서’(법인등기부등본 및 법인인감증명서 첨부), 주식회사 OOO산업이 2018.1.24. 매수금액 OOO원에 사업승인권 및 쟁점부동산 매수 의사가 있다는 내용으로 청구법인에게 송부한 ‘OOO소재의 사업승인권 및 토지(건물포함) 매수의향 건’ 공문을 각각 제시하였다. (마) 청구법인이 신청한 주택건설사업계획에 대해 OOO구청장이 2017.11.16. 승인한 ‘사업계획 승인서’의 주요내용은 다음과 같다. OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 임대목적으로 쟁점부동산을 취득하였음에도 쟁점매입세액이부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호 규정에 따른 토지에 관련된 매입세액에 해당되는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나, 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로서 관련 매입세액은 공제대상에 해당되지 않는 것인바, 청구법인이 쟁점부동산 잔금을 지급하면서 소유권이전등기를 경료한 2017.3.15. 이전인 2017.1.26. 쟁점토지상에 주택신축을 위한 ‘OOO건축위원회 심의 신청’을 직접 인터넷으로 접수하여 2017.11.16. 승인받은 사실이 나타나는 점, 청구법인은 쟁점부동산 거래종결일 이전부터 기존 임차인들과 임대차계약 중도해지 합의를 제안하여 거래종결일로부터 80여일 지난 2017.5.31. 모든 임차인들에게 명도비용을 지급하고 임대차계약을 해지한 사실이 나타나는 점, 청구법인은 쟁점부동산 잔금 지급을 위해 쟁점부동산상에 신축․분양을 전제로 자금을 차입하기 위해 부동산담보신탁계약을 체결한 것으로 보이는 점, 쟁점부동산 취득 이후 별다른 임대료 수취 내역의 제시가 없었던 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 부가가치세법 시행령제80조 제2호의 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거한 건축물의 취득 관련된 매입세액”에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이를 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다는 의견이나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는 것OOO인바, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 전에 국세청장에게 관련 사실관계를 기재하여 쟁점부동산의 양도가 재화의 공급으로 보지 않는 사업양도에 해당하는지 여부에 대해 세법해석 사전답변 신청을 하여 2017.2.14. 국세청장으로부터 답변서를 회신 OOO받았고, 청구인은 동 회신문을 믿고부가가치세법제50조 제4항에 따라 부가가치세를 대리납부하였으며, 처분청도 이를 인정하여 관련 부가가치세 환급결정을 하였으므로 이는국세기본법제48조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호 등에 따라 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 부과처분은 신고 및 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.