처분청이 신의성실의 원칙을 위배하여 과세하였기 때문에 이는 취소되어야 한다는 청구주장이 이유 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 2012.9.12. ~ 2015.05.22. ○○○○○○도 ○○○시 ○○읍 ○○리 ○○○○-○ 외 7필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인로 취득하였으며, 2015.03.25.및2015.06.26. 이를 농업회사법인 ○○○○ 유한회사(이하 “농업법인 ○○○○”라 한다)에 현물출자하고 조세특례제한법제68조 제2항에 따른 면제대상으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인들의 신고내용을 검토한 결과, 쟁점토지가 위 규정에 따른 양도소득세 면제요건(4년 이상 직접 경작)을 충족하지 못한 사실을 확인하고,2019.05.17. 청구인들에게 아래와 같이 2015년 귀속 양도소득세 총 1,208,365,120원을 경정·고지하였다. 청구인 양도소득세 가산세 신고불성실 납부불성실 김

○○ 539,847,370 36,084,840 142,941,071 조

○○ 548,456,650 36,841,242 146,628,141 김

○○ 120,034,100 8,023,000 31,781,108

• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2019.08.09.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 정부(기획재정부 및 국세청)는 농지를 농업회사법인에 현물출자한 경우네도 4년 이상 직접 경작한 경우에 한해 양도소득세가 면제된다는 개정 규정은 2015.07.01.부터 시행된다고 일관되게 홍보하였고, 청구인들을 이를 신뢰하여 그 이전에 쟁점토지를 현물출자한 것이므로 이에 반하여 양도소득세를 과세하는 것은 국세기본법상 신의성실 원칙에 위배된다.

(2) 처분청은 2017년 2월 양도소득세 조사를 실시하고 청구인들이 현물출자액을 임의로 정하였다는 이유로 현물출자액을 경정한 사실이 있는바, 당시 조사보고서를 보더라도 조사공무원조차 개정 규정이 2015.07.01.부터 시행되는 것으로 판단하고 있었다.

(3) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 초래되어야 할 것인데, 이 건의 경우, 첫째, 대한민국 정부와 조세업무의 주무부처인 기획재정부, 국세청이 보도자료와 책자 등을 통하여 조세특례제한법령의 개정내용과 시행시기를 수차례 밝힌 것은 납세자로 하여금 고도의 신뢰를 가지게 할 수 있을 정도로 구체적인 것이므로 공적인 견해표명을 한 것에 해당되고, 둘째, 청구인들이 이와 같은 공적인 견해표명을 그대로 믿고 쟁점토지를 개정 법령이 시행되는 2015.07.01. 이전에 현물출자한 것에는 아무런 잘못이 없으며, 셋째, 청구인들이 개정 법령의 시행일을 확인하지 않은 것은 정부 부처의 견해표명을 신뢰할 수 밖에 없는 납세자의 일반적이고 자연스런 행위이므로 청구인들의 귀책사유로 볼 수는 없다.

(4) 위와 같이 이 건 양도소득세 과세처분은 신의성실 원칙에 반하므로 취소되어야 하고, 나아가 청구인들은 단지 정부의 발표내용을 믿고 쟁점토지를 개정 법령이 시행되기 이전에 현물출자한 것 뿐이므로 가산세까지 과세하는 것은 가혹하다.

• 나. 처분청 의견 기획재정부의 언론 보도내용은 세법의 개정내용이 시행될 예정임을 표명한 것일 뿐이고, 국세청에서 발행한 개정세법 해설 책자 또한 국세청 직원들이 참고하는 것일 뿐이므로 공적인 견해표명으로 볼 수 없다. 설령, 공적인 견해로 볼 수 있다고 하더라도, 청구인들은 관보 등을 통하여 개정 법령의 시행시기를 직접 확인하지 않는 등 주의의무를 게을리하였으므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점

(1) 정부의 언론 보도자료와 발간책자에는 ‘농지 등을 농업회사법인에 현물출자하는 경우에도 4년 이상 직접 경작한 경우 양도소득세를 면제한다’는 개정 규정이 2015.07.01.부터 시행된다고 되어 있었으므로 이에 반하여 양도소득세를 과세하는 것은 신의성실원칙에 위배되므로 부당하다는 청구주장의 당부

(2) 청구인들에게 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 (2) 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하“초지”라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지 및 제70조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2015.02.03. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 법 제66조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산(이하 이 조에서 “농지등”이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제15조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항, 법 제68조 제2항 전단 및 같은 조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 각각 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조 제6항·제14항, 제106조의9 제1항 및 제121조의3 제12항의 개정 규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2012.09.12.~2015.05.22. 기간에 매매를 원인으로 취득한 쟁점토지를 2015.03.25. 및 2015.06.26. 2회에 걸쳐 농업법인 ○○○○ 및 ○○에 현물출자하고 조세특례제한법제68조에 따른 양도소득세 면제대상으로 신고하였으며, 처분청은 조세특례제한법제68조 제2항과 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제63조 제4항의 개정에 따라, 청구인들이 양도소득세를 면제받기 위해서는 쟁점토지를 4년 이상 직접 경작하였어야 하나, 그러한 사실이 없음을 확인하고 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인들은 아래와 같이 정부의 보도자료와 홍보책자에는 위 법령의 개정 내용이 2015.07.01.부터 시행된다고 되어 있었으므로 이에 반하여 양도소득세를 과세하는 것은 신의성실원칙에 위배된다고 주장한다. (가)기획재정부 보도자료(2015.06.30.) 기획재정부는 정부 부처의 2015년 하반기부터 달라지는 제도와 법규 사항을 정리하여 2015년 하반기부터 이렇게 달라집니다 책자를 발간하며, 동 책자는 전국 시군구청, 읍면동사무소, 세무서, 공공도서관, 점자도서관 등 일반인이 쉽게 접근할 수 있는 장소에 배포·비치할 예정임. (나)2015년 하반기부터 이렇게 달라집니다(대한민국 정부) ⭘ 농업회사법인 등에 대한 농지 등 현물출자시 양도세 면제제도 보완

• 주요내용 4년 이상 직접 경작한 자: 영농조합법인만 적용 → 농업회사법인 추가

• 시행일: 2015.07.01. (다)개정세법 해설(국세청,2015년 5월) 농업회사법인 등에 농지 등을 현물출자시 양도세 감면요건 보완(조세특례제한법제66조, 제67조, 제68조 및 같은 법 시행령 제63조, 제64조, 제65조) ⭘ 개정내용 종전 개정

□ 과세특례 대상 농업인 요건 ② 4년 이상 직접 경작한 자 (영농조합법인에만 적용)

□ 과세특례 농업인 요건 정비 ② 4년 이상 직접 경작한 자 (농업회사법인에도 적용) ⭘ 적용시기 및 적용례 - 2015.07.01. 이후 양도분부터 적용 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①,②에 대하여 살피건대, 과세처분에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 이건의 경우 기획재정부와 국세청이 언론 보도자료(2015.06.30.)와 개정세법 해설책자(2015년 5월)를 통해 개정 법령이 2015.07.01.부터 시행된다고 잘못 밝힌 사실은 있으나 동 개정 내용은 2015.02.03.부터 이미 시행중에 있었으므로, 설령 위 보도자료 등이 공적인 견해에 해당한다고 하더라도 청구인들이 불이익을 입지 않기 위해서는 적어도 쟁점토지를 현물출자하기 전에 관련 규정의 실제 시행일과 적용례 등을 확인할 필요가 있다고 봄이 상당하다고 할 것인데, 이러한 주의의무를 게을리한 청구인들에게 공적인 견해표명을 신뢰한 데 귀책사유가 없다고 볼 수는 없고(대법원 2001.11.27. 선고 99두10131 판결 등, 같은 뜻임), 법령의 부지나 오해는 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.