수정일반세금계산서는부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호에 따른 세금계산서 수정발급 사유에 해당하지 아니함에도 수정발급된 것으로 보이므로 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액을 환급세액에서 차감하여 환급한 처분청의 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨
수정일반세금계산서는부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호에 따른 세금계산서 수정발급 사유에 해당하지 아니함에도 수정발급된 것으로 보이므로 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액을 환급세액에서 차감하여 환급한 처분청의 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점법인은 2018.5.25. 개업한 법인으로 개업 이후 매출은 청구법인에 대한 매출이 전부인바, 2019년 제1기 예정신고기간 중인 2019.2.1. 당초영세율세금계산서(작성일자: 2019.1.31.)를 발급하였다가, 2019.3.11. 당초영세율세금계산서를 감액하고 수정일반세금계산서(작성일자: 2019.1.31.)를 발급한 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점법인의 당초영세율세금계산서와 수정일반세금계산서 발행내역 (단위: 원)
(2) OOO세무서장은 2019.2.26.～3.13. 자료상 조기경보시스템에서 ‘매입대비 매출과다 신규사업자’ 유형으로 당초영세율세금계산서에 대한 현장확인을 실시하였는데, OOO세무서장이 현장확인 결과 작성한 ‘현장확인 보고서’에는 아래 <표2>와 같이 기재되어 있다. <표2> 쟁점법인에 대한 OOO세무서장의 현장확인 결과 중 ‘3. 확인사항’
(3) 처분청은 청구법인이 매출(영세율)에서 수정일반세금계산서상 관련매입세액 등을 공제하여 환급신청한 것에 대하여 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액 OOO과 가산세 OOO차감한 OOO을 환급하였는데, 매입세금계산서와 관련하여 처분청이 검토하면서 작성한 ‘부가가치세 환급결정 보충조서’ 중 상기 OOO세무서장의 현지확인과 관련한 것을 제외한 것은 아래 <표3>과 같다. <표3> 처분청의 ‘부가가치세 환급결정 보충조서’ 중 일부
(4) 처분청은 청구법인의 이의신청이 있은 후인 2019.5.29. 국세청장(법령해석과)에 법령해석자문신청을 하였고, 국세청장이 2019.6.19. 그에 대하여 회신한 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 이 건 환급처분과 관련한 국세청장의 법령해석에 대한 회신 귀 법령해석 자문신청의 경우, 사업자가 세율을 잘못 적용하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이나, 세무공무원이 전자세금계산서 조기경보에 따른 현장 확인업무에 착수한 이후에는 수정세금계산서를 발급할 수 없으며, 현장 확인업무에 착수한 이후에 발급한 수정세금계산서상 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제할 수 없는 것입니다.
(5) 종전 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호는 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발행한 경우 수정세금계산서 발행대상으로 규정하고 있다가, 2016.2.17. 대통령령 제26986호로 개정된 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호는 ‘같은 항 제5호 각목에 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 발행대상에서 제외’하도록 개정되었는데, 기획재정부의 ‘2015 간추린 개정세법’에는 그 개정사유에 대하여 아래 <표5>와 같이 기재되어 있다. <표5> ‘2015 간추린 개정세법’ 중 관련부분
11. 세금계산서 수정발급 사유 보완(부가령 §70)
(1) 개정내용 종 전 개 정
□ 세금계산서 수정발급 사유 ◦ 사업자등록번호, 공급가액 등 필요적 기재사항이 잘못 기재된 경우 - 다만, 세무조사 통지 등으로 과표․세액을 경정할 것을 미리 할고 있는 경우는 제외 ◦ 세율을 잘못 적용한 경우 ◦ (좌 동) ◦ (좌 동) - 다만, 세무조사 통지 등으로 과표․세액을 경정할 것을 미리 할고 있는 경우는 제외 (2) 개정이유 ◦ 조세탈루 방지 등을 위해 세금계산서 수정발급 사유 보완 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ ’16.2.17. 이후 세금계산서 수정발급 분부터 적용 (6) 청구법인이 조세심판관회의자료 사전열람시 제출한 주장은 아래와 같다. (가) 국세기본법제22조(납세의무의 확정)를 살펴보면 부가가치세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정되고 다만 신고하지 않을 경우 결정 및 신고한 과세표준과 세액이 세법이 정하는 바에 맞지 않을 경우 경정에 의하여 확정되고, 부가가치세법제57조(결정과 경정)를 살펴보면 사업자가 부가가치세 예정신고 또는 확정신고를 하지 않은 경우 결정 및 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류 및 누락된 경우 경정한다고 되어 있는바, 이는 국세 중 부가가치세는 신고납세제도라는 것을 의미하고, 신고에 의해 부가가치세는 확정되며 무신고 및 과소신고 등 오류 및 누락이 있어야 결정·경정을 할 수 있다고 판단된다. (나) 부가가치세법 시행령제70조(수정세금계산서의 발급사유 및 발급 절차) 제1항 제9호를 살펴보면, 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우, 같은 항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다고 되어 있는데, 여기서 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 이미 사업자가 예정 또는 확정신고시 오류 및 누락된 과세표준 및 세액을 신고한 이후 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지확인에 착수한 경우로 판단되어 지고, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호 각 목의 다른 경우를 살펴보면, 세무조사의 통지를 받은 경우, 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우는 반드시 부가가치세 납세의무가 확정되는 부가가치세 신고기한 이후에 해당되는 경우로 신고기한 이전에 세무조사 통지나 과세자료 해명안내 통지를 받을 수도 없음에도, 유독 현지확인만이 경정할 것을 미리 알고 있는 경우의 전제조건인 납세의무가 확정되는 신고기한 이내에도 해당되는 것이라면 법조문에 경정이란 용어를 쓰지도 않을 것이며 국세가 신고납세제도를 근간으로 선택하고 있다고 볼 수 없을 것이고, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호 각 목에서 수정세금계산서 발급제외요건과 관련하여 예규 및 판례를 찾아본바 신고기한 이후의 무수한 사건을 확인할 수 있었으나, 신고기한 이내의 사건은 단 한건도 찾아볼 수 없었다. (다) OOO세무서장의 현지확인 후 작성된 현지확인보고서를 살펴보면 쟁점법인과 청구법인과의 거래는 실물거래임이 확인되고, 단지 과세세금계산서 발행대상이고 과세기간이 경과하지 않았으므로 추후 부가가치세 신고시 과세세금계산서 수정발급하여 정상신고하였는지와 정상신고되지 않을시 과세세금계산서 수정발행 및 이에 따른 경정을 하여야 할 것으로 판단된다고 기재되어 있어, 청구법인은 쟁점법인의 착오로 선발행된 영세율세금계산서로 어떠한 탈루도 없었고, 단지 쟁점법인의 착오로 인하여 수정발급된 과세세금계산서를 수취하여 정상적으로 신고하였으나, OOO억원 상당의 환급세액을 받지 못하여 자금경색되어 사업운영을 하지 못하고 있는 실정으로, 청구법인 입장에서는 영세율이 적용되면 부가가치세를 지급하지 않고 환급받지 않으면 되고, 과세가 적용되면 부가가치세를 지급하고 환급받으면 되는 상황이라 고의나 탈루할 의도가 없음이 명백하다 할 것이다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호는 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항인 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(단, 같은 법 시행령 제5호 각목의 어느 하나에 해당하는 경우 제외)에는 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호 나목은 ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’ 등 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 그러한 수정세금계산서 발급대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 상기의 ‘현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’에 있어 그 시기를 신고납부세목에 있어 그 납세의무가 확정되는 신고․납부기한 또는 과세관청이 결정․경정할 수 있는 시기 이후에 이루어진 것으로 한정하여 규정하고 있지는 아니하다. 쟁점법인은 2019.1.31. 청구법인에게 당초영세율세금계산서를 발급하였다가 2019.3.11. 당초영세율세금계산서를 감액하고 수정일반세금계산서를 발급하였는데, 이는 쟁점법인이 착오 등으로 당초영세율세금계산서에 대하여 세율을 잘못 적용하여 발급하였다가 스스로 이를 인식하고 수정일반세금계산서를 발급하였다기보다는, OOO세무서장이 쟁점법인에 대하여 ‘매입대비 매출과다 신규사업자’임을 이유로 현지확인을 실시하여 당해 거래가 ‘보세구역 내 국내사업자간 거래’로 영세율 적용대상이 아님을 확인하고 추후 쟁점법인이 세금계산서 수정발급 여부 등을 확인하고자 이를 위한 과세자료를 생성한 것에 따른 것으로 보여진다. 이에 쟁점법인으로서는 현지확인을 통해 당초영세율세금계산서의 발급과 관련하여 추후 과세관청으로부터 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알게 되었다고 보는 것이 타당하다고 판단되고, 청구법인으로서는 당초영세율세금계산서에 따라 쟁점법인에 매입세액 상당액을 지급하지 아니하고 매입세액공제를 받지 아니하는 것과 수정일반세금계산서에 따라 매입세액 상당액을 지급하였다가 매입세액 공제를 받는 것은 동일하여 부가가치세를 탈루할 의도가 없었다고 하여도 이를 달리 보기는 어렵다고 보인다. 따라서, 수정일반세금계산서는 부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호에 따른 세금계산서 수정발급 사유에 해당하지 아니함에도 수정발급된 것으로 보이므로 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액을 환급세액에서 차감하여 환급한 처분청의 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제22조 (납세의무의 확정) ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.
② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.
3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세
5. 중간예납하는 법인세(세법에 따라 정부가 조사ㆍ결정하는 경우는 제외한다) (2) 국세기본법 시행령 제10조의2 (납세의무의 확정) 법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.
1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세: 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우: 그 결정하는 때
3. 종합부동산세: 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때. 다만, 제4호에 해당하는 경우는 제외한다.
4. 납세의무자가 종합부동산세법제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우: 그 신고하는 때
5. 제1호 및 제3호 외의 국세: 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때
(3) 부가가치세법 제32조 (세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.
④ 제2항에도 불구하고 전기사업법제2조 제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.
⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.
⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
5. 개별소비세법제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조 (결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우
2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우
3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우
③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다. (4) 부가가치세법 시행령 제70조 (수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 제75조 (세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우 제103조 (결정·경정 사유의 범위) ① 법 제57조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 사업장의 이동이 빈번하다고 인정되는 지역에 사업장이 있을 경우
3. 휴업 또는 폐업 상태에 있을 경우
4. 법 제46조 제4항에 따라 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점 가입 대상자로 지정받은 사업자가 정당한 사유 없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 사업 규모나 영업 상황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우
5. 법 제59조 제2항에 따른 조기환급 신고의 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
② 제73조 제1항 각 호의 사업 중 국세청장이 정하는 업종을 경영하는 사업자로서 같은 장소에서 계속하여 5년 이상 사업을 경영한 자에 대해서는 객관적인 증명자료로 보아 과소하게 신고한 것이 분명한 경우에만 경정할 수 있다
결정 내용은 붙임과 같습니다.