종합부동산세 계산 시 공제되는 재산세액을 산정하는 종합부동산세법 시행령 조항의 위법여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 골프장을 운영하고 있는 법인으로 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 보유하고 있는 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 “주택등”이라 한다)에 대하여 2016～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 각 신고하면서 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항․제2항(이하 “쟁점시행령규정”이라 한다)에 따라 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법(이하 “쟁점산정방법”이라 한다)을 적용하였다.
• 나. 이후 청구법인은 쟁점산정방법이 “쟁점시행령규정은 상위 법률인 종합부동산세법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 “쟁점법률규정”이라 한다)에 위배되어 무효이므로 ‘공제할 재산세액’을 재계산하여야 한다”고 주장하면서 아래 <표1>과 같이 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점시행령규정에 따른 산식이 적법하다는 이유로 2019.6.12. 이를 거부하였다. <표1> 청구법인의 경정청구내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점산정방법은 쟁점법률규정에 위배되므로 대법원 판결(OOO, 이하 “쟁점판결”이라 한다)의 취지에 따라 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액을 [(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 산정함이 타당하다.

(1) 쟁점법률규정에서 재산세액 공제를 규정한 취지는 다음과 같다. (가) 2005.1.5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 또한 부동산 가격 안정을 도모하고자 하는 데에 있다. (나) 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된종합부동산세법은 쟁점법률규정을 두어 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다.

(2) 재산세액 공제와 관련된 종합부동산세법령 개정 연혁은 아래와 같고, 개정시행령도 대법원의 판결내용에 위배된다. (가) 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된종합부동산세법과 2009.2.6. 법률 제9422호로 개정된지방세법의 재산세 관련 규정은 부동산 보유세인 종합부동산세와 재산세 과세에 있어 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되, 부동산 시장 동향과 재정여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 그에 따라 과세표준은 종전의 ‘과세기준초과금액’에서 ‘과세기준초과금액 × 공정시장가액비율’로 축소되었으며, 종전의 연도별 적용비율은 폐지되었다. 구분 2008년 이전 귀속분 2009년 이후 귀속분 과세표준 과세기준 초과금액 과세기준 초과금액 × 공정시장가액비율 세액 과세표준(=과세기준 초과금액) × 연도별 적용비율 × 세율 과세표준(=과세기준 초과금액 × 공정시장가액비율) × 세율 <표2> 종합부동산세 법령 개정 이력 (나) 위 개정에 따라 하위법령인 구 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되고, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종부세법시행령”이라 한다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 “주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”의 산식에 따라 계산하도록 규정하였고, 구 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “구 종부세법시행규칙”이라 한다) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법 7.항에서는 “⑨ 과세표준 표준세율 재산세액”을 [(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)으로 규정하였다. <표3> 구 종부세법시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 종합부동산세 과세표준계산명세서 구분 주택 종합합산토지 별도합산토지 (생략)

③ 감면후 공시가격

④ 공제금액

⑤ 1세대 1주택자 추가공제

⑥ 공정시장가액비율

⑦ 종합부동산세 과세표준(

③

• ④ -⑤)×⑥

⑧ 해당연도 재산세액

⑨ 과세표준 표준세율 재산세액

⑩ 총표준세율 재산세액

⑪ 공제할 재산세액(⑧ ×

⑨ /

⑩) (다) 그런데 종전 시행규칙 산식을 적용한 2009년 귀속 종합부동산세부터 공제할 재산세액이 감소하였고, 이에 대하여 대법원은 2009년 개정으로 연도별 적용비율이 폐지되고, 공정시장가액비율이 도입되었지만, 양자는 동일한 기능을 하는 것이고, 과세기준 초과분에 대하여 종합부동산세와 달리 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없는데도 종전 시행규칙 산식 중 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하여 결과적으로 재산세가 중복 부과되도록 한 것은 상위 법령의 취지에 위배되고 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 것이므로 위법하다고 판단하였다OOO. (라) 위 대법원 판결 선고 후 정부는 납세자가 불복을 한 경우에 한하여 2009～2015년 귀속 종합부동산세 등 중에서 중복과세된 부분을 환급하였으나, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령에 종전 시행규칙 산식을 그대로 규정하였다. 이에 2016년 귀속분부터 위임입법의 위법은 시정되었으나, 종전 시행규칙 산식과 마찬가지로 개정시행령 산식에서도 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하고 있으므로, 대법원의 판결이 지적한 이중과세는 2016년 이후 귀속분에도 존재한다.

(3) 쟁점산정방법은 대법원에서 이미 위법하다고 판단한 계산방식과 같이 공제할 재산세액을 축소하고 있고, 상위 법령인 쟁점법률규정의 취지에 반하므로 위법하다. 최근 서울고등법원은 쟁점시행령규정 및 그 산식에 의하면 이중과세된 부분이 여전히 남아 있게 되는데, 쟁점법률규정은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고 ‘해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부’를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바, 쟁점시행령규정에 의하여 종전보다 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반하여 위임의 범위를 넘는 것으로서 위법하여 효력이 없다고 판단하였다OOO. 따라서 ① 쟁점산정방법에 의하여 신고․납부된 종합부동산세 등과, ②종합부동산세법이 예정한 공제할 재산세액[재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 “(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율”의 산식에 의하여 계산된 금액]에 따라 계산한 종합부동산세 등 간의 차액(①-②)은 감액경정되어야 함에도 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점산정방법은 개정시행령에 부합하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. (가) 쟁점법률규정에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격(공시가격 - 종합부동산세 과세기준금액)에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로 규정하고 있다. <표4> 종합부동산세 과세표준 구분 종합부동산세 과세표준 주택 (감면후 공시가격 - 6억원) × 공정시장가액비율 80% 종합합산토지 (감면후 공시가격 - 5억원) × 공정시장가액비율 80% 별도합산토지 (감면후 공시가격 - 80억원) × 공정시장가액비율 80% (나) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 종합부동산세 과세표준에 부과된 재산세액이고,지방세법제110조 제1항에 의하면, 지방세법 시행령제109조의 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세 과세표준으로 하도록 규정하고 있다. (다) 위 대법원 판결OOO이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산 시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 해결하기 위하여 아래 <표5>와 같이 2015.11.30. 개정시행령 제4조의2 및 제5조의3에 종합부동산세에서 공제되는 재산세의 계산방법을 명확히 하였다. 종전 개정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 <표5> 종합부동산세에 대한 재산세 공제액 산식 명확화 (라) 위와 같이종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항의 규정에 따라 공제할 재산세액 산정에 있어 분자는 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 할 것이며, 조세심판원에서도 동일한 쟁점의 청구사건에 대하여 기각OOO되었다. (2) 쟁점시행령조항이 위임입법의 한계를 벗어나 무효라고 할 수 없다. (가)종합부동산세법은 “종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하는데, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있고, 이와 관련하여종합부동산세법이 대통령령에 위임한 부분이 무엇인지 살펴볼 필요가 있는바, 먼저 공제되는 재산세액의 범위까지 위임한 것으로 볼 수 있는지가 문제된다. (나) 그런데종합부동산세법제14조에서는 ① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, “전부”를 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, ② 대통령령으로 위임한 “재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항”에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법 금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 쟁점시행령규정이 무효라는 청구주장은 부당하다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 기각통지의 사유는 아래와 같다.

• 2015.6.23. 대법원에서 종합부동산세 공제할 재산세액 산정의 계산시 종합부동산세 과세표준을 공정시장가액비율을 반영하지 않은 것으로 해석함에 따라

• 2015.11.30. 과세표준의 의미를 시행령에 공정시장가액비율을 반영한 금액으로 함을 명확히 하였고 시행령 규정에 따라 공제할 재산세액을 산정한 당초 신고는 정당함

(2) 기획재정부에서 발간한 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 OOO 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30.종합부동산세 시행령제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 <표5>와 같이 개정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016〜2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령개정․시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조(결정과 경정) ④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가지방세법제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2(주택분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣ 제112조 제1항 제1호 에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × ｢지방세법 시행령｣ 제109조 제2호 에 따른 공정시장가액비율] × ｢지방세법｣ 제111조 제1항 제3호 에 따른 표준세율 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.