종합부동산세에서 공제하는 재산세로 부과된 세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것이 타당함

심판청구를 기각한다

• 가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 청구법인이 보유하고 있는 주택, 종합합산토지, 별도합산토지(이하 “주택 등”이라 한다)에 대하여종합부동산세법(이하 “종부세법”이라 한다) 제16조 제3항에 따라 2016년～2018 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고하면서, 종부세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “쟁점시행령”이라 한다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에 따라 산정한 금액을 공제할 재산세액으로 하여 납부할 종합부동산세액을 산정하였다.
• 나. 청구법인은 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 산정 시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하도록 규정한 쟁점시행령은 상위법을 위반하여 무효이고, 따라서 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여 산정한 금액이 공제할 재산세액이라고 주장하며, 2019.4.9. 아래 <표1>과 같이 2016년～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였
• 다. 다. 처분청은 쟁점시행령 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항 등 규정이 상위법을 위반하였다고 볼 수 없고, 청구법인의 당초 공제할 재산세액 산정내역이 적정하다고 보아 2019.5.30. 경정청구를 거부통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원은 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되므로 종합부동산세와 재산세가 중첩되어 부과되는 부분에 대한 재산세액은 종합부동산세에서 공제되어야 하고, 이 때 공제할 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판결(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였음에도, 쟁점시행령 제4조의2 및 제5조가 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세를 계산하도록 규정한 것은 쟁점판결에 반하여 위법하므로 그 효력이 없고, 따라서 쟁점시행령이 위법함을 이유로 쟁점시행령의 적용을 배제하고 종부세법 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 6항에 따라 정당하게 계산한 금액에 기초하여 한 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점판결은 종부세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “종전시행규칙”이라 한다) ‘별지 제3호 서식’의 작성방법이 종부세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것, 이하 “종전시행령”이라 한다) 제4조의2 및 제5조의3을 따르지 않아 위법하다고 하였을 뿐, 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세액을 산정하는 것이 상위법에 위반된다고 한바 없고, 쟁점판결에서 공제될 재산세액의 계산방식에 대하여 언급한 것은 사실이나 쟁점시행령이 이를 따르지 않았다고 하여 그 자체로 위법한 것이라 볼 수도 없으며, 종부세법 제9조 제4항 및 제14조 제7항에서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임한다고 되어 있으므로 공제범위도 그 위임의 범위에 포함되는 것으로 보아야할 뿐만 아니라, 종합부동산세 과세표준에 대하여 부과되는 재산세액을 중복부과되는 금액으로 보아 공제하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 쟁점시행령이 위법함을 전제로 이 건 거부처분이 부당하다는 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정방식에 오류 가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지>에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 기획재정부에서 발간한 2008 간추린 개정세법 해설서에 의하면, 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 종부세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위(80%)에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입한 것으로 나타난다.

(2) 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 산정 관련, 관련 규정의 개정 경과 및 대법원 판례(쟁점판례) 등의 내용은 다음과 같다. (가) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 종부세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였고, 이에 따라 종부세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액×주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다가, 종합부동산세 등에 대하여 공정시장가액비율 제도가 도입됨에 따라 종전시행령 제4조의2 및 제5조의3에서 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액×주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’(이하 “종전시행령산식”이라 한다)의 산식에 의하도록 변경하였고, 종전시행령산식 중 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 구체적 계산방법과 관련하여 종전시행규칙 ‘별지 제3호 서식’의 작성방법 부분에서 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비 율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식에 따르도록 규정하였다. (나) 대법원은 쟁점판결에서 종전시행령 제4조의2 및 제5조의3이 종전시행령산식에 따라 공제할 재산세액을 산정하도록 한 것이 종전시행령 이전에 비하여 재산세액의 범위를 축소․변경하려는 취지였다고 볼 수 없고, ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’ 부분은 종합부동산세와 재산세가 중복하여 부과되고 있으므로 공제할 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 계산하는 것이 타당함에도 법령의 위임 없이 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식에 따르도록 규정한 종전시행규칙은 국민에 대한 대외적 구속력이 없는 것으로 종전시행규칙에 따라 공제할 재산세액을 계산하여 부과한 종합부동산세 부과처분은 위법하다고 하였다. (다) 기획재정부는 쟁점판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종부세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 아래 <표2>와 같이 개정하였다. <표2> 개정 계산식 내용 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 201 6～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 잘못되었다고 주장하나, 종부세법 상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 종부세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종부세법 시행령 개정․시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시행령 조항에 따른 청구법인의 당초 종합부동산세 신고 내역을 정당한 것 으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된 다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.