비사업용토지의 양도로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO를 본점 사업장으로 하고, 업종을 부동산매매업으로 하여 2015.3.5. 설립된 법인이다.
• 나. 청구법인은 아래 <표1>과 같이 쟁점①토지 및 쟁점②토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 3회에 걸쳐 취득․양도한 후, 2016사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 양도에 따른 수입금액 OOO을 수입금액에 포함하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고는 누락하였다.
• 다. OOO국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 농업을 주업으로 하지 않는 법인이 농지를 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가납부 대상이라는 취지로 감사지적을 한 후, 양도가액에서 장부가액을 차감한 양도차익 OOO원에 대해 2016사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인 세를 부과처분 하도록 처분지시 하였고, 처분청은 이에 따라 2018.11.7. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 결정․고지하였
• 다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.7. 이의신청을 거쳐 2019.7.15. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 청구인이 양도한 쟁점①토지 및 쟁점②토지는법인세법제55조의2 제3항의 부득이한 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당되기 때문에 사업용 토지로 보아야 한다. 청구법인으로부터 쟁점①토지를 매수한 ㈜OOO(이하 “매수법인”이라 한다)은 2017.1.2. 공사착공을 한 사실이 있고, 2018.3.19. OOO을 준공하여 사용승인을 받았으며, 쟁점②토지도 2019.1.30. OOO(생활형 숙박시설)를 준공하여 사용승인을 받은 사실이 있다(처분청도 인정하는 사실이다). 쟁점①토지와 쟁점②토지는 건축허가를 받아 건설에 착공하여 사용승 인을 받은 토지이기 때문에법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호의 규정을 적용하여야 하는바,법인세법제55조의2 제3항은 “비사업용 토지를 판정할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니 할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호는 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득 하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 동안은 비사업용으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다. 기획재정부는 질의 회신에서 지상 건축물이 없는 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지는 그 착공주체에 관계없이 비사업용 토지의 예외적인 기간을 적용한다고 유권해석(재산세제과-541, 2009.3.20.) 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점①토지와 쟁점②토지를 양도한 이후 착공이 이루어진 사실에 근거하여 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제2호에 따라 비사업용 토지로 판단하였으나, 이러한 판단은 해당법률 적용을 잘못한 것이고, 결론적으로 청구법인은 건축허가가 이루어진 토지를 취득하여 양도하였으며, 매수법인이 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대하여 건축공사를 착공하여 공동주택 및 생활형 숙박시설을 완공한 후 사용승인을 받았기 때문에 쟁점①토지와 쟁점②토지는 위에서 살펴본 관련 법령에 따라 사업용 토지로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점①토지의 경우 청구법인은 2016.4.15. 주택건설사업 계획승인을 얻은 후 2016.5.16. 취득하여 같은 날짜에 양도하였고, 동 토지를 매수한 매수법인은 2017.1.2. 착공신고를 한 후 공사를 진행하여 2018.3.19. 공통주택사용승인을 받았는바, 쟁점①토지의 전 소유자인 OOO 외 1인이 2016.5.3.에 전용허가OOO가 난 쟁점①토지를 청구법인에게 매도한 후 양도소득세 예정신고시 농지로 신고한 점, 쟁점①토지와 같이 전용 허가된 농지는 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제2호의 규정에 따라 당해 전용목적으로 사용되어야만 사업용토지에 해당하고, 농지전용허가를 받아 건설에 착공한 경우에는 착공일로부터 사업에 사용하는 토지로 보는 것인데(국세청 서면4팀-1837, 2007.6.4.), 청구법인의 쟁점①토지 보유기간이 1일에 불과하고, 청구법인이 쟁점①토지를 양도한 이후인 2017.1.2. 착공신고가 되었으며, 토지 취득 전에 매수법인이 건축허가를 받았고, 토지 취득 당일에 OOO원 상당의 막대한 차익을 남기고 양도한 점 등에 비추어 양도 당시에도 현황이 농지였던 쟁점①토지의 취 득 목적은 전용목적에 사용하기 위한 것이 아니라 ‘농지전용허가’라는 사전 행정절차만 이행한 후 막대한 양도차익을 남기는데 있다 할 것이므로 쟁점①토지는 비사업용토지에 해당한다. 쟁점②토지의 경우, OOO (묘지, 241㎡)은 2016.5.18.에 취득하여 2016.8.2. 양도하였고, 나머지 토지는 2016.9.9.에 취득하여 2016.9.20.에 양도하였으며, 2016.9.13. 건축허가를 얻어 2016.9.15. 착공신고하고 2019.1.30. 생활형 숙박시설로 사용승인을 받았는바, 청구법인은 쟁점②토지에 대하여 2016.9.15 착공신고서가 제출되었고, 매수법인이 건축공사에 착공하였으므로 비사업용토지에 해당되지 않는다고 주장하나, 착공신고서를 제출하는 것만으로는 착공이 이루어졌다고 보기 어렵고(서울고등법원 2013.2.21. 선고 2012누26564 판결 참조), 청구법인이 쟁점②토지를 취득한 2016년 5월 이후부터 2016년 12월까지 수취한 매입세금계산서 등 내역을 보면 착공을 확인할 수 있는 자료가 없으며, 청구법인의 2016사업연도 재무제표와 감사시 제출된 계정별(부동산) 원장에도 토지매매대금과 취득세만 상품(토지)원가에 반영되어 있을 뿐 착공사실을 입증할 수 있는 객관적 근거가 확인되지 아니하는 점, 매수법인 역시 청구법인의 쟁점②토지 보유기간 내에 실제 건설에 착공한 사실이 확인되지 아니하고, 매수법인의 쟁점②토지 지상 건축물인 OOO 관련 매입세금계산서 내역을 보면 시공사인 ㈜OOO에게 공 사착수 전 OOO원을 지급한 사실이 나타나는 점, OOO의 시공사인 OOO의 매입세금계산서 내역에서도 청구법인의 쟁점②토지 양도일인 2016.9.20.이전의 착공 관련 사항이 확인되지 아니하고, 오히려 양도일 이후인 2016.10.7. 쟁점②토지의 경계복원을 위한 측량관련 매입비용을 지출한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점②토지의 실질적인 착공은 토지 양도일 이후에 이루어진 것으로 보이므로 쟁점②토지는 법인세법 시행규칙제46조의2에 정한 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지”에 해당되지 않는다. 설령, 건설에 착공하였다 하더라도, 농지를 취득하여농지법의 규정에 따라 농지전용허가를 받아 건설에 착공한 경우에는 “ 소득세법 시행규칙제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준) 제1항 제5호의 적용을 받지 아니하는 것”(국세청 서면인터넷방문상담5팀-2332, 2007.8.17)이므로, 취득일로부터 2년간 사업용으로 사용한 기간으로 의제하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도를 비사업용토지의 양도로 보아 토지 등 양도 소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조·생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. <개정 2008.2.22, 2008.2.29, 2011.6.3, 2015.2.3>

1. 농지법 제6조제2항제2호·제6호·제10호가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 농지법 제6조제2항제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 농지법 제6조제2항제10호 라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

6. 농지법 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 국세통합전산망 조회자료에 의하면 청구법인은 2015.7.30. 부동산개발 및 컨설팅업을 주업종으로 하여 설립되었고, 설립 당시 대표이사는 OOO이었으나 2017.11.15. OOO로 변경된 것으로 나타난다.

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점①토지는 청구법인이 취득하기 전인 2016.4.15. OOO으로부터 주택건설사업 계획승인OOO을 받았고(같은 날에 건축허가 받음), 2016.5.3. 농지전용허가OOO를 받았으며, 토지 양도일(2016.5.16.) 이후인 2017.1.2. 매수법인이 OOO에 착공신고를 한 후 지상건물을 신축하여 2018.3.19. 공동주택OOO으로 사용승인을 받았고, 쟁점②토지는 OOO의 경우 2016.9.9. 청구법인이 취득한 후 2016.9.13. 매수법인이 OOO으로부터 건축허가를 받아 양도일(2016.9.20.) 전인 2016.9.15. 착공신고를 하였고, 시공사인 OOO에서 신축공사를 진행OOO하여 2019.1.30. 생활형 숙박시설OOO로 사용승인을 받았으며, OOO는 2016.5.18. 취득 및 2016.8.2. 양도되었는데, 종합합산과세대상으로 분류되어 지방세가 과세된 것으로 나타나고, 청구법인은 관련 증빙으로 농지전용허가서, 사업계획승인서, 건축허가서, 집합건축물대장 등을 제출하였다.

(3) 국세통합전산망 조회자료에 나타난 청구법인의 쟁점①․②토지 취득․양도일 전후 세금계산서 수취내역에 의하면, 주로 법무사·세무사로부터 수취한 세금계산서가 대부분이고, 쟁점①․②토지의 취득일인 2016.5.16.부터 양도일인 2016.9.20.까지 공사 착공사실을 확인할 수 있는 매입세금계산서 자료는 확인되지 아니한

• 다. (4) 국세통합전산망 조회자료에 나타난 쟁점①․②토지 매수법인(시행사) 및 지상 건축물 시공사인 OOO의 세금계산서 수수내역 등에 의하면, 매수법인이 2016.11.3. OOO로부터 쟁점②토지 지상 건축물인 OOO의 신축과 관련하여 공급가액 OOO원의 세금계산서(신축공사 관련 선급금)를 수취하였고, 2017.1.16. 1회 기성금조로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 것으로 나타나며, OOO는 청구법인이 쟁점①․②토지를 매수법인에 양도한 이후인 2016.11.7.에야 쟁점②토지의 경계복원을 위한 측량관련 매입비용을 지출하고 OOO로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 것으로 나타나는 등 청구법인의 쟁점①․②토지 보유기간 중에는 공사착공과 관련하여 지급한 비용이나 매입세금계산서 수취내역이 확인되지 아니한다.

(5) 청구법인이 쟁점①․②토지가 부득이한 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당되기 때문에 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하며 감사청의 감사시 제출한 청구법인의 2016사업연도 부동산 계정별 원장에 의하면, 쟁점①․②토지의 취득내역과 취득세 등 부담내역은 나타나나, 부득이한 사유가 발생하였음을 입증할 수 있는 항목은 나타나지 아니한다.

(6) 쟁점①토지의 전 소유자인 OOO이 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고서에 의하면 쟁점①토지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하였고, 이후 처분청이 감면을 배제하고 추징한 사실은 나타나지 아니한다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살 피건대, 청구법인은 쟁점①토지 및 쟁점②토지가법인세법제55조의2 제3항의 부득이한 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당되기 때문에 사업용 토지로 보아야 한다 고 주장하나, 쟁점①토지의 경우농지법제6조 제2항 제7호에 따라 농지전용허가를 받은 토지로 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제2호의 규정에 따라 토지 보유기간 동안 당해 전용목적으로 사용되어야만 사업용 토지에 해당한다 할 것인데, 청구법인이 쟁점①토지를 취득 당일에 양도하였고, 건설에 착공한 사실이 없는 점, 토지 취득 당일에 OOO원 상당의 차익을 남기고 양도한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점①토지를 전용목적으로 취득하였다기 보다는 투기목적으로 취득하였다가 양도한 것으로 보이고, 쟁점②토지의 경우 OOO은 2016.5.18.에 취득하여 2016.8.2. 양도한 토지로 종합합산과세대상으로 분류된 점, 나머 지 토지는 2016.9.9.에 취득하여 양도일(2016.9.20.) 전인 2016.9.13. 과 2016.9.15.에 건축허가와 착공신고가 이루어졌으나, 착공신고서를 제출하는 것만으로는 실제 착공이 이루어졌다고 보기 어렵고, 청구법인이 쟁점②토지 보유기간 중 수취한 매입세금계산서와 2016사업연도 부동산 계정별 원장 등에 착공사실을 확인할 수 있는 항목이 확인되지 아니하는 점, 쟁점②토지 지상 건축물을 시공한 OOO가 청구법인이 쟁점②토지를 양도한 이후인 2016.10.7.에야 경계복원을 위한 측량관련 매입비용을 지출한 것으로 확인되는 점 등 에 비추어 쟁점②토지의 실질적인 착공은 토지 양도일 이후에 이루어진 것으로 보이므로 쟁점①․②토지를 법인세법 시행규칙제46조의2에 정한 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지”로 보기는 어렵고, 따라서 처분청이 쟁점①․②토지를 비사업용토지로 보 아 이 건 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.