[요지] 청구법인이 업태를 ‘부동산매매업’, 종목을 ‘부동산개발’로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도 당시에도 유지되고 있었고 동일 기간 쟁점토지 양도차익은 ◎◎◎원인데 반해 작물매출 수입금액은 □□원에 불과하여 청구법인의 주된 사업은 농업이라기보다는 부동산매매업으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[요지] 청구법인이 업태를 ‘부동산매매업’, 종목을 ‘부동산개발’로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도 당시에도 유지되고 있었고 동일 기간 쟁점토지 양도차익은 ◎◎◎원인데 반해 작물매출 수입금액은 □□원에 불과하여 청구법인의 주된 사업은 농업이라기보다는 부동산매매업으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2014‧2015사업연도 수입금액은 콩‧감귤 판매액 OOO 뿐이고 부동산 판매금액이 없어 농업을 주업으로 하는 법인에 해당하는바, 농업을 주업으로 하지 않는 법인으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점토지는 재산세 분리과세 대상토지에 해당하고, 창고신축을 위해 농지전용 및 창고신축 허가를 받은 후 양도하여 비사업용 토지에서 제외되어야 하는바, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 2014〜2016사업연도에 작물재배업 관련 매출은 없고, 2016사업연도 부동산매매업 매출만 OOO에 달하며, 사업자등록 신청 당시부터 부동산매매업을 주업으로 하였는바, 농업을 주업으로 하는 법인이 아니므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 법문상 쟁점토지와 같은 농지‧임야의 경우 재산세 분리과세 대상토지에 해당하는 경우에도 비사업용으로 보는 것이고, 창고신축을 위해 농지전용 허가를 받았으나 실제 착공되지 아니한바, 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지는 재산세 분리과세 대상이므로 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
③ 농지전용 후 쟁점토지를 양도하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인 등기사항증명서에 의하면, 청구법인은 OOO을 본점소재지로 하고, 설립목적을 농‧축‧임산업의 경영 및 그 부대사업, 부동산 매매‧임대 및 분양사업 등으로 하여 2014.3.7. 법인설립등기를 하였다. (나) 청구법인의 사업자등록증명에 의하면, 청구법인은 2014.4.2. 업태를 ‘부동산매매업’, 종목을 ‘부동산개발’로 사업자등록하였다. (다) OOO이 2015.11.13. 발행한 청구법인의 농업경영체 등록확인서에 의하면, 청구법인의 농업경영체 최초등록일자는 2014.7.28., 재배품목은 ‘콩과 감귤’로 기재되어 있다. (라) 쟁점토지의 매매계약서 등에 의하면, 청구법인은 2014.6.16. OOO에 취득한 쟁점토지를 2016.2.29. 및 2016.5.9. 총 OOO에 양도하였고, 구체적인 매매내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점토지 매매내역 (마) 지방세특례제한법 제11조 제1항에서 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 12월 31일까지 면제하도록 규정하고 있고, 제주시장이 2019.7.9. 발행한 청구법인의 지방세 세목별 과세증명서에 의하면 쟁점토지에 대한 취득세가 면제되었음이 나타난다. (바) 쟁점법인의 2016사업연도 ‘상품매출’ 계정 원장을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 매출하고 OOO을 손익계정에 대체한 것으로 기재되어 있고, 2014‧2015사업연도는 수입금액 신고내역이 없다. (사) OOO에서 2015.11.12. 발행한 농산물검수증 등을 보면, OOO은 쟁점법인의 콩(풍산)을 일정량 검수하여 수매한 것으로 기재되어 있다. (아) 청구법인 명의의 OOO 거래내역을 보면, 2015.12.29.〜2016.2.26. 기간 동안 OOO이 입금되었고, 거래기록사항에는 ‘귤매매대금’, ‘OOO’ 등으로 기재되어 있다. (자) OOO이 2015.11.23. 및 2016.1.5. 청구법인에게 발급한 건축‧대수선‧용도변경 허가서 등을 보면, 아래 ＜표2＞와 같이 OOO 소재 토지에 창고시설 건축이 허가되고, 농지전용허가에 따른 농지보전부담금이 납부되었음이 나타난다. ＜표2＞ 건축허가 및 농지보전부담금 납부 내역 (차) 쟁점토지의 항공사진을 보면 창고시설은 나타나지 않는다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해 살펴보면, 법인세법제55조의2 제2항에서 “비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다”고 규정되어 있고, 같은 항 제1호 가목에 따라 ‘논밭 및 과수원으로서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지’는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정되어 있는바, 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당한다고 주장하나 청구법인이 2014～2016사업연도 중 업태를 ‘부동산매매업’, 종목을 ‘부동산개발’로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도 당시에도 유지되고 있었고 동일 기간 쟁점토지 양도차익은 OOO인데 반해 작물매출 수입금액은 OOO에 불과하여 청구법인의 주된 사업은 농업이라기보다는 부동산매매업으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 재산세 분리과세 대상이 되는 토지에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 해당 규정은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 한하여 적용되는 것으로 농지‧임야인 쟁점토지에는 적용되지 아니하는바, 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대해 살펴보면, 청구법인은 창고신축을 위해 농지전용 및 창고신축 허가를 받은 후 쟁점토지를 양도하여 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따라 ‘논밭 및 과수원으로서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지’는 비사업용 토지에 해당하는 것이며, 예외적으로 농지법제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받은 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것인바, 해당 전용목적에 따른 창고의 착공행위 등을 하지 아니한 점, 창고 신축을 위한 건축허가 등 사전 절차를 이행하였다는 사정만으로는 쟁점토지가 당초의 전용목적으로 사용되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
(2) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.
1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.
③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.
2. 농지법 제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
(4) 지방세특례제한법(2015.12.29., 법률 제13637호로 일부개정된 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.
(5) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
(6) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 전ㆍ답ㆍ과수원
(7) 농지법 제6조(농지 소유 제한) ②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.
7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ①농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 제38조(농지보전부담금) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 "농지보전부담금"이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다.
1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자