증축한 쟁점건물②의 대차대조표상 장부가액을 실제 거래가액으로 보아 취득가액으로 적용한 처분의 당부

OOO세무서장이 2019.3.28. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 1997.3.5. 증축한 OOO 근린생활시설 850.92㎡의 청구인 지분(1/2)의 장부가액을 OOO으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 아래 <표1>과 같이 배우자와 공동으로 1988.6.11. 취득한 OOO 대지 359.4㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 1993.12.6. 등에 취득한 같은 동 OOO대지 209.2㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 합병(합병 후 같은 동OOO 대지 568.6㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)한 후 쟁점토지 위에 아래 <표1>과 같이 1992.7.20. 근린생활시설 1,047㎡(이하 “쟁점건물①”이라 한다)을 신축하고, 1997.3.5. 근린생활시설 850.92㎡(이하 “쟁점건물②”라 하고, “쟁점건물①”과 합하여 “쟁점건물”이라 한다)을 증축하여 부동산임대업을 영위하였다.
• 나. 청구인은 배우자와 공동(각 2분의 1 지분)으로 소유하던 쟁점토지와 쟁점건물을 2017.11.20. 일괄양도한 후 양도가액은 실지거래가액인OOO으로, 취득가액은 증여로 취득한 쟁점토지② 중 34.8㎡은 증여재산가액으로 그 외 나머지 부동산은 환산가액으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 신고하였다가, 2018.2.28. 쟁점건물의 감가상가누계액 OOO을 쟁점건물①의 취득가액에서 차감하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 수정신고하였다.
• 다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 신고내역을 검토한 후, 아래 <표2>와 같이 기준시가 적용 오류로 과다하게 산정된 쟁점토지의 환산가액을 감액하고, 쟁점건물②의 장부가액 OOO(이하 “쟁점장부가액”이라 한다)을 실지 취득가액으로 적용하여 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 지시하였으며, 처분청 은 이에 따라 2019.3.28. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점건물에서 영위한 부동산임대업에서 발생한 감가상각비를 산출하기 위해 기준시가를 기준으로 임의로 쟁점장부가액을 산정하였고, 쟁점장부가액은 쟁점건물②의 증축공사비에 못미치는바 실지 취득가액으로 볼 수 없다.

(1) 처분청은 쟁점건물②의 장부가액이 쟁점건물②를 증축할 때 수령한 것으로 보이는 매입세금계산서 금액과 유사하여 쟁점건물②의 쟁점장부가액OOO을 실지 취득가액으로 적용하였으나, 처분청이 제시한 세금계산서의 공급가액의 합계액은 OOO으로 서로 일치하지 않는다.

(2) 또한 쟁점건물②에 대한 설계비, 감리비 및 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 대차대조표상 장부가액에 반영되어 있지 않았고, 쟁점건물②는 1997년 2월에 합병된 토지 위에 증축하여 쟁점건물①과 구름다리로 연결한 것이라 새로 신축한 것과 다름없는데, 시공사인 ㈜OOO의 부도로 나머지 청구인이 직영공사한 공사비는 장부에 반영되지 아니하여 청구인은 금융자료를 수집하여 OOO과 기타 건설업체에 지급한 공사비를 파악하고 있다.

(3) 건설교통부가 1997년에 고시한 표준 건축비는 1㎡당 OOO으로 증축면적(850.92㎡)을 감안하면 예상 건축비는 OOO으로 쟁점장부가액과 크게 차이가 난다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점건물②의 증축 당시 수령한 세금계산서의 금액OOO과 쟁점건물②를 신축하고 대차대조표에 장부가액으로 계상한 쟁점장부가액OOO이 상호 유사한바 쟁점장부가액을 쟁점건물②의 실지 취득가액으로 볼 수 있다.

(1) 소득세법제97조 제1항 제1호 가목에 따라 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하는 것이 원칙이고, 예외적으로 장부 등에 의해 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 환산가액 등에 의하여 추계조사할 수 있다.

(2) 쟁점장부가액은 쟁점건물②의 증축 공사와 관련하여 청구인이 수령한 세금계산서의 금액과 유사한데, 청구인은 쟁점장부가액을 부인할만한 명백한 근거자료를 제시하지 못하였고, 청구인은 쟁점장부가액이 쟁점건물②의 실제 증축비용보다 과소하다고만 할 뿐 공사비용으로 얼마를 지출하였는지를 확인할 수 있는 금융자료를 제출하지 못하고 있다.

(3) 조세심판원 역시 “종합소득세 신고시 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서류를 작성하여 첨부한 이상 해당 장부가액을 명백한 근거 없이 부인하기는 어렵다”고 판단하였다(조심 2018중3404, 2018.11.5.).

• 가. 쟁점 증축한 쟁점건물②의 대차대조표상 장부가액을 실제 거래가액으로 보아 취득가액으로 적용한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물에 대한 1992.7.20. 신축 및 1997.3.5. 증축내역은 아래 <표3>과 같고, 청구인과 배우자 OOO은 각 1/2씩 공유하였다.

(2) 이 건 쟁점이 된 쟁점건물②의 취득가액 관련 청구인(2분의1 지분 보유)이 신고한 금액 및 처분청이 경정한 금액은 아래와 같다. OOO (3) 처분청이 산정한 쟁점건물②의 쟁점장부가액은 OOO이나, 계산오류로 확인되고, 실제 쟁점건물의 장부상 취득가액은 OOO이며, 산정내역은 아래 <표4>와 같다.

(4) 처분청은 이 건 심판결정 이후 쟁점건물②의 장부가액을 OOO으로 보아 경정할 예정이라고 답변하였고, 이에 따른 청구인이 양도한 쟁점건물②의 취득가액은OOO이다.

(5) 처분청은 이 건 과세처분의 근거로 제출한 쟁점건물②의 증축과 관련하여 청구인이 수취한 세금계산서 내역을 아래 <표5>와 같이 제출하였다.

(6) 국토교통부장관이 수도권정비계획법 제14조 의 규정에 따라 고시한 연도별 표준건축비 고시내용은 아래 <표6>과 같다.

(7) 청구인은 이 건 심판청구시 쟁점건물의 증축공사와 관련된 금융자료를 수집하여 OOO과 기타 건설업체에 지급한 공사비를 파악하고 있다고 주장하나 심리일 현재까지 공사비와 관련된 금융증빙을 제출한 사실은 없다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 설계비 및 감리비, 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 반영되지 않아 객관성이 없고, 처분청이 장부가액의 근거로 제시한 쟁점②건물과 관련하여 수취한 세금계산서상 공급가액 OOO(총 OOO 중 청구인 지분에 해당하는 가액)이 국토교통부장관이 고시한 표준건축비를 기준으로 산출한 가액 OOO(총 OOO 중 청구인 지분에 해당하는 가액)에 미달한다는 등의 이유로 쟁점장부가액을 쟁점②건물의 취득가액으로 하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이고(대법원 1999.1.15. 선고 97누20304 판결 등 참조), 소득세법상 과세표준을 정하기 위한 실지조사는 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 근거과세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지조사 방법에 해당한다고 볼 것인바(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결 등 참조), 청구인이 종합소득세 신고시 쟁점②건물의 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서를 스스로 작성하여 첨부한 이상 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 명백한 근거 없이 부인하기 어려운 점, 청구인도 위 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 구체적이고 객관적인 금융거래내역 및 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 일응 쟁점②건물의 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 하여 과세하는 것이 타당해 보인다. 다만, 구체적인 장부가액의 확인에 있어 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 등 결산서에 의하면 1997.3.5. 현재 쟁점②건물의 장부가액은 1997.12.31. 현재 쟁점건물의 장부가액 OOO 및 1997년분 쟁점건물의 감가상각비 OOO의 합계 OOO에서 1996.12.31. 현재 쟁점①건물의 장부가액 OOO을 차감한 OOO 중 청구인의 지분(1/2)에 해당하는 OOO이 된다 할 것임에도 이와 달리 처분청이 OOO을 쟁점②건물의 장부가액으로 적용한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한