쟁점환급가산금의 기산일을 양도소득세 납부일의 다음날로 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2016.6.14. OOO 임야 등 8필지 40,976㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도한 후 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2018.12.11. 쟁점부동산의 매매계약이 변경(면적, 매매대금 등)되어 그에 따른 양도소득세 OOO원을 환급받았으며, 이후 2019.2.11. 청구법인이 비영리내국법인에 해당하고, 별도의 수익사업이 존재하여 쟁점부동산의 양도소 득은 소득세 신고대상이 아닌 법인세 신고대상에 해당한다는 이유로 기납부한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급 및 환급가산금(이하 “쟁점환급가산금”이라 한다) OOO원(환급가산금 기산일을 양도소득세 납부일의 다음 날로 하여 계산한 금액)을 지급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 위 경정청구서를 검토한 후, 2019.4.3. 청구법인에게 청구법인이 기납부한 양도소득세 OOO원을 환급하였으나, 쟁점환급가산금은 환급가산금의 기산일을 경정청구일의 다음 날로 하여 계산한 OOO원을 지급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 종중이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정한 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니할 경우에는 거주자에 해당하고, 거주자인 종중이 토지 등을 양도하면 소득세 납세의무가 발생한다. 그러나 종중이 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 경우에는 비영리내국법인에 해당하고, 법인세 납세의무가 발생한다. 법인세법에 의하면 비영리내국법인에 해당하는 종중이 토지 등을 양도하고 소득세법에 따라 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하는 경우에는 법인세 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 간주하고, 위 종 중이 ① 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2 회 이상 하는 경우, ② 법인세법 제3조 제1항 의 다른 수익사업 을 영위하는 경우에는 법인세 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 비영리내국법인에 해당하는 종중이므로 2016사업연도에 부동산임대소득이 발생하였으므로 법인세법에 따라 법인세 과세표준을 신고하여야 하나, 이를 착각하여 소득세법에 따라 양도소득과세표준을 신고·납부하였다. 청구법인은 신고·납세제도를 적용받는 양도소득세는 신고와 함께 납세의무가 확정되기 때문에, 경정청구를 하지 않고서는 착오납부한 양도소득세를 환급 받을 수 없을 것으로 판단하여, 착오납부한 양도소득세를 환급 받기 위해 경정청구의 형식만을 차용하였을 뿐이다. 이 와 같이 청구법인이 기납부한 양도소득세는 아무런 법적 근거 없이 착 오납부한 세액에 해당하고, 이는 결국 당연무효에 해당하므로 쟁점 환급 가산금의 기산일은 양도소득세 납부일의 다음 날로 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 소득세법에 따라 신고·납부한 양도소득세를 착오(과오)납부한 세금이라고 주장하나, 이는 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 에서 규정한 착오납부에 해당한다고 볼 수 없다. 국세환급가산금은 부당이득의 반환으로서의 국세환급금에 대한 이자로 지급되는 것으로, 과세관청은 기 신고·납부한 양도소득세가 당연무효가 될 만큼의 중대하고 명백한 하자가 있지 않는 이상, 당해 양도소득세가 신고·납부 되었을 때 부당이득을 취했다고 할 수 없으며, 경정청구가 접수됨으로 인해 부당이득을 인지할 수 있게 되므로, 경정청구를 원인으로 하여 발생한 환급세액의 국세환급가산금 기산일은 경정청구일의 다음 날이 되는 것이다(서울중앙지방법원 2019.1.31. 선고 2018가합552276 판결 참조). 또한 신고·납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표 준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며, 국가는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2018.9.28. 선고 2016다277910 판결 참조) 아 울러 종중은 법인으로 보는 단체 외의 단체에 해당하여 1거주자로서 납세의무가 있고, 위 청구법인이 양도소득세 신고시 제출한 납세 자번호인 부동산등기용등록번호OOO만으로는 과세관청에 등록된 법인등록번호OOO를 유추할 수 있는 어떠한 근거도 없으므로, 경정청구가 접수되기 이전에는 쟁점부동산 양도소득이 법인세 신고대상인지 인지할 수 없기 때문에 경정청구 접수 이전에는 당해 세금이 부당이득이라고 할 수 없다(국심 1999구552, 1999.8.23., 같은 뜻임) 이 와 같이 경정청구에 의한 환급의 경우 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제5호 에 환급가산금의 기산일을 경정 청구일의 다음 날로 규정하고 있고, 청구법인의 양도소득세 신고는 당연무효로 볼 만한 중대하고 명백한 하자가 없으며, 청구법인이 기납 부한 양도소득세는 착오납부가 아닌 신고에 의한 납부이고, 경정청구에 의한 환급에 해당하므로 환급가산금의 기산일은 경정청구일의 다음 날로 하여야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점환급가산금의 기산일을 양도소득세 납부일의 다음 날로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청이 작성한 양도소득세 경정청구 검토서의 검토의견은 다음과 같다. (나) 양도소득세 결정결의서의 ‘결의서 요약 및 과세근거사유’란에는 ‘타세목(법인세) 적용 과세 대상으로 기 신고결정된 양도소득세 전액에 대한 환급 경정청구 인용결정함’으로 기재되어 있다. (다) 처분청이 2016.6.9. 청구법인에게 통지한 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서의 주요내용은 다음과 같다. (라) OOO이 2016.5.30. 청구법인에게 발급한 부동산등기용 등록번호 등록증명서의 주요내용은 다음과 같고, 청구법인은 아래 등록번호로 양도소득세를 신고·납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 착오로 납부한 양도소득세를 환급받기 위해 경정청구의 형식만을 차용하였을 뿐이고, 당초 양도소득세 신고행위가 당연무효에 해당하므로 쟁점환급가산금의 기산일은 양도소득세 납부일의 다음 날로 적용하여야 한다고 주장하나, 비영리법인의 경우 그 수익사업 영위여부에 따라 법인세법제62조의2에서 규정하는 자산양도소득에 대한 과세특례 적용대상이 구별되므로 쟁점부동산을 양도한 청구법인의 당초 양도소득세 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점부동산의 양도로 인한 소득의 경우 법인세법이 적용되어야 하므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 사유는 국세기본법제45조의2 제1항 제1호에서 경정청구 사유로 규정하고 있는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과”하는 경우에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2018중4657, 2019.1.24., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.