거주기간 및 장기임대주택의 임대사업자 등록요건을 충족 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.5.22. OOO 주택(연면적 62.38㎡로, 이하 “쟁점양도주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2018.11.5. 양도한 후, 2018.12.27. 쟁점양도주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따른 “장기임대주택 사업자의 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례”를 적용하여 비과세로 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 비과세 신고에 대하여 조사한 결과, 청구인이 쟁점양도주택에서 2년 이상 거주하지 아니한 사실 및 청구인이 쟁점양도주택 양도당시 청구인의 배우자인 OOO이 소유한 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다) 중 401호(이하 “쟁점401호”라 한다)가 임대사업자등록이 되어 있지 아니한 사실을 확인하고, 쟁점양도주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따른 “장기임대주택 사업자의 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례”를 배제하여, 2019.5.16. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 배우자 OOO은 2005.11.29. OOO에게 쟁점401호를 포함한 쟁점임대주택 전체에 대하여 임대사업자등록신청을 하였으나, OOO의 실수인지, 구청 담당자의 실수인지를 알 수는 없으나, 발급된 임대사업자등록증에는 쟁점401호가 누락되었던 것은 사실이다. 그러나, 쟁점401호가 임대사업자등록이 누락되어 있었다고 하더라도, OOO은 관할 세무서장으로부터 사업자등록증을 발급받은 2006년 이후 사업자현황신고를 하면서 쟁점401호를 포함한 쟁점임대주택 전체에 대하여 임대내용을 성실하게 신고하여 왔고, 이는 처분청이 확인한 연도별 주택임대 신고내역에서도 확인할 수 있다. 또한, 청구인 및 배우자 OOO이 쟁점임대주택에 거주한 사실도 없이 계속하여 전부 임대하여 왔다. 장기임대주택인 쟁점임대주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목의 필요충분조건인 “2003.10.30. 이후 신규 민간매입임대주택은 임대개시일 당시 수도권 밖 3억원 이하이고, 2018.3.31.까지 지방자치단체와 세무서에 주택임대사업자 등록 조건”을 갖추었으므로 쟁점401호가 임대사업자등록이 누락되어 있다고 하더라도 사실상 임대주택으로 신고되었으므로 쟁점임대주택 전체를 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따른 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 쟁점401호가 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외되기 위해서는 양도 당시 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 의한 임대사업자등록 및 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록의 요건을 모두 갖추어야 하며, 또한 쟁점양도주택의 거주기간이 2년 이상이어야 한다. 청구인의 배우자 OOO은 2005년 취득한 쟁점401호에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 임대사업자 등록을 하지 아니하였고, 또한, 쟁점401호 보유기간 중 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대주택사업자의 등록을 한 날 이후의 쟁점양도주택의 거주기간이 2년 이상일 것을 요건으로 하고 있으나, 청구인은 주민등록초본상 쟁점양도주택에 거주한 이력이 없어 거주요건을 충족하지 않았다. 따라서, 처분청이 쟁점양도주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따른 “장기임대주택 사업자의 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례”를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 양도한 쟁점양도주택에서의 거주기간 및 장기임대주택의 임대사업자 등록요건을 충족하지 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서 생략)

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인의 배우자 OOO은 쟁점임대주택 중 OOO에 대하여 2005.11.29. OOO으로부터 임대사업자등록증을 발급받았으나, 쟁점401호는 임대사업자등록이 되어 있지 아니하다. (나) 청구인의 배우자 OOO은 2006.1.12. OOO세무서장에게 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 신청하였으며, 신청당시 제출한 임대사업자등록증OOO 및 임대사업자 신규등록 신청 수리 공문에는 임대 호수가 OOO라고 기재되어 있다. (다) 주민등록초본에 의하면, 청구인과 청구인의 배우자 OOO은 쟁점양도주택 및 쟁점임대주택에 주민등록을 한 이력이 없다. (라) 처분청은 OOO에게 청구인의 배우자 OOO이 2005.11.29. 최초 임대사업자등록 당시 제출한 임대사업자등록신청서와 제출서류를 요청하였으나, 공공기록물 관리에 관한 법률 시행령 제26조 에 의한 보존기간(5년) 경과로 자료가 존재하지 않는 것으로 회신되어, 쟁점412호가 임대사업사업자 등록신청시 누락되었는지를 확인하지 못하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점401호를 포함한 쟁점임대주택 전체에 대하여 사실상 임대주택으로 신고되었으므로 쟁점임대주택 전체를 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택으로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제155조 제19항 은 양도일 현재 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택 요건을 갖춘 주택을 임대하고 있는 거주자가 2년 이상 보유하고 거주한 주택을 양도하는 경우 장기임대주택은 주택으로 보지 않고 거주주택을 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다는 것인바, 이 건의 경우, 주민등록자료에 의하면 청구인은 쟁점양도주택에서 2년 이상 주민등록이 되어 있지 아니하고 이와 달리 실제 거주하였다는 청구주장과 증빙자료의 제출이 없는 점, 쟁점401호가 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 임대사업자 등록이 되어 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 1세대 1주택에 대한 특례규정의 적용을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.