‘쟁점용지 취득비용을 쟁점아파트 단지의 총 연면적 비율에 따라 청구법인이 부담(배분)한 시점의 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
‘쟁점용지 취득비용을 쟁점아파트 단지의 총 연면적 비율에 따라 청구법인이 부담(배분)한 시점의 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
OOO세무서장이 2019.1.16. 청구법인에게 한 부가가치세 2013년 제2기분 OOO, 2014년 제2기 OOO, 2014사업연도분 OOO, 2015사업연도분 OOO의 부과처분은, OOO가 취득한 쟁점부지 취득비 OOO을 공동경비 배분대상으로 보아 청구법인과 OOO가 체결한 도시계획시설사업 업무협약서상 청구법인의 분담비율(연면적 66.03%)에 따라 배분대상 경비를 산정하여 해당 사업연도의 과세표 준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공동사업비는법인세법제26조(과다경비 등의 손금불산입) 및 같은 법 시행령 제48조(공동경비의 손금불산입) 규정에 의한 강제배분사항으로 신고시 신고조정 하여야 함에도 이를 누락하였는바, OOO의 학교부지(이하 “쟁점용지”라 한다) 취득 분 OOO과 OOO의 쟁점아파트 사업시행권 인수 후 발생한 도시계획시설공사비 OOO 합계 OOO은 이를 쟁점아파트 단지의 연면적 비율(청구법인 66%)로 안분하여 손금불산입액에서 제외(손금산입)하여야 하므로 이 부분 과다 부과된 법인세는 경정되어야 한다. 학교용지는 도시계획시설에 포함되고, 도시계획시설은 유권해석에 따라 공동경비로 배분하여야 하며, 학교용지가 배분대상이 아니라면, 학교용지 확보 등에 관한 특례법(약칭: 학교용지법) 제5조의2(부담금의 산정기준) 제2항 제1호 따라 분양가격의 1천분의 8이 학교용지 분담금임에도 청구법인이 손금에 산입한 사실이 없으므로 협약서 기준(연면적 비율)에 따라 당연히 공동경비로 안분하여야 하는 것이고, 처분청의 논리대로라면 청구법인이 2012.11.9. 이전에 취득한 도시계획시설에 사용될 용지비 OOO도 배분대상에 포함되지 않아야 하나 이율배반적으로 이를 공동사업비용으로 안분계산하여 손금불산입한 사실이 있으므로 쟁점용지 취득비용이 공동경비 안분대상이 아니라는 의견은 부당하다. 처분청은 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고시 쟁점용지 취득비를 청구법인 스스로 안분계산 대상으로 삼지 않았으므로 안분계산대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 2012년 이후에도 계속해서 도시계획시설 공사비가 지출되는 관계로 추후 금액확정 이후에 정산하고자 하였고, 이후 사업주체가 OOO으로 변경되어 OOO과 OOO이 정산을 하지 않아 안분하지 못한 것이다. 쟁점용지비에 대하여 OOO은 단기대여금으로 계상하고 청구법인은 단기 차입금 등으로 계상하다 비용 배분시 자산과 비용을 차감하는 회계처리를 하였는데 청구법인에게 추가로 비용을 청구하게 되면 청구법인에게 불리하다는 의견의 경우, 용지취득비 및 공사비 등 아파트 건설비용과 대여금과는 별개이고, OOO이 대여금을 회수하지 못하였다면 공사비를 추가로 계상할 것이 아니라법인세법제제19조 및 같은 법 시행령 제19조에 의한 대손처리 대상으로 상사나 민사상 소멸시효를 적용하여 손금산입 여부를 결정하여야 하는 것이
(2) 과세전적부심사결정서에 의하면, “청구법인과 OOO은 2012.11.9. 도시계획시설 사업비 배분 관련 업무협약을 체결하면서 업무협약서에 청구법인이 주관하여 공사 진행 중인 도시계획시설에 투입되는 비용으로 배분대상을 특정한바, OOO이 쟁점용지를 2012년 2월에 취득하였음에도 쟁점협약서 작성시 및 청구법인의 2012사업연도 법인세 신고시 공동비용으로 안분하지 않은 것을 볼 때 청구법인과 OOO은 쟁점용지비를 처음부터 안분대상 사업비로 인식하지 않았다고 보이고, 또한 청구법인이 쟁점용지비에 대하여 OOO과 정산하거나 부담한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점용지비는 쟁점 협약서에 따른 배분대상 사업비로 보기 어렵다”는 결정을 하였는바, 결정서 내용대로라면 청구법인이 2012.11.9. 이전에 취득한 도시계획시설에 사용될 용지비 OOO도 배분대상 공동경비에서 제외하여야 한다(모두 청구법인의 경비에 해당).
(3) 쟁점협약서의 분담기준을 적용할 수 없는 경우에는 특수관계가 소멸하기 이전(2013.7.25. 이전)에 취득한 토지비 및 공사비는법인세법시행령 제48조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 직전사업년도의 매출액기준으로 배분하여야 한다.
(1) 쟁점용지비 OOO을 안분계산하여야 한다는 청구주장의 경우, 쟁점아파트 1·2·3단지 공사 시행을 위해서는 전체 단지 중 A구역인 기존 지방도로에서 1단지 진입시점까지 약 1,200m, B구역인 1단지와 2단지 사이의 약 439m, C구역인 1단지 사이드 도로 약 319m의 진입도로 용지비 및 공사비, 즉 기부채납 관련 비용을 청구법인이 부담하는 것이고, 3단지는 상기 A, B, C구간 도로를 이용하여야만 진입할 수 있는 것으로 쟁점협약서와 같이 총 연면적 비율로 안분하는 것은 합리적이다. 그러나, 청구법인이 주장하는 3단지 시행사인 OOO이 취득한 4필지는 3단지 아파트 시행에 국한되어 동반되는 도로용지 취득으로 공통으로 사용되는 안분대상 용지비에 해당되지 아니하고, 나머지 1필지는 학교용지로 당초 OOO의 3공구 주택건설사업 승인조건[6항 6-7, OOO교육지원청과 학교용지 협의 사항에 대한 의무조항]으로 공통으로 사용되는 안분대상 용지비에 해당되지 아니하며, 또한 OOO이 취득한 쟁점용지는 계약일이 2011년 4월이고, 2012 년 2월에 등기가 이루어지는 등 업무협약 체결일 이전에 취득이 완료된 것으로 청구법인이 당초 법인세 신고시 OOO이 취득한 용지비를 배분대상에 포함하지 아니하였고, 청구법인이 지출한 도시계획시설 관련 비용만 안분하였으며, 쟁점협약서 내용에도 청구법인이 주관하여 공사 진행중인 도시계획시설에 투입되는 비용으로 부담 대상을 특정한 사실이 있으므로 쟁점용지는 배분대상 용지비와는 관련이 없다. 만약 쟁점협약 체결시 OOO이 취득한 기부채납관련 용지비도 안분대상이라고 보았다면 청구법인의 2012년 사업연도 법인세 신고시 공통비용 안분대상 금액에 당연히 포함되었을 것임에도 그러한 사실이 없고, 이후에도 그 금액을 OOO이 청구하거나 청구법인이 지급한 사실이 없으며, OOO은 2015년도 쟁점아파트 3단지 시행사업 이후 사업실적이 전무한 법인으로 관련 사실을 확인하기 위하여 조사 당시 대표이사(OOO)에게 연락을 하였는바, 근무중인 종사직원은 없으며 청산절차 진행 중이라는 답변을 받았고, OOO이 취득한 쟁점용지비를 쟁점협약서에 따라 지급할 비용에서 차감하여야 한다고 전혀 인지하지 못하고 있었으며, 2012년부터 2014년 8월까지 청구법인에게 도시계획시설 비용부담을 위하여 선지급한 금액을 대여금으로 계상하다 3단지 해당분 배분시 대여금과 상계하였으나, 청구법인의 정산 미이행 및 세금계산서 미발급으로 부득이 대여금 잔액 OOO을 2015사업연도 법인세 신고시 외주비로 손금에 계상하는 방식으로 회계처리하였다고 답변하였는데, 이를 보더라도 OOO이 취득한 용지비를 포함하여 공통경비로 안분하여야 한다는 청구법인의 주장은 근거가 없다. OOO이 수행하였다는 공사비 OOO의 경우, 청구법인은 OOO이 OOO에 제출한 서류를 근거로 기부채납 관련 공사비가 OOO이고, 이를 쟁점협약서에 따라 배분하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 재정상황이 악화되어 건축공사가 지연되고 공사가 중단될 위기에 처하자 회생을 신청한 사실이 있고, 입주계약자의 항의 및 시위 등으로 여론이 악화되자 2014년 8월 사업주체를 청구법인에서 OOO으로 변경하는 합의를 한 사실이 있는바, 사업주체가 OOO으로 변경되기 전·후에 도시계획시설 공사를 OOO이 수행하였는데, 변경 전에는 사업주체가 청구법인이므로 OOO으로부터 외주비조로 세금계산서를 수취하여 원가에 반영하고, OOO에게 일부를 안분하였으나, 변경 이후에는 사업주체가 OOO이므로 청구법인이 해당 공사비에 대하여 세금계산서을 수취하거나 공사비를 지급한 사실이 없으며, OOO은 시행사업권을 승계받아 아파트 시행 및 도시계획시설에 대하여 준공 등을 마무리하였고, 합의일 이후 청구법인은 사업권을 양도하였기에 투입할 경비가 없고, 투입한 경비 또한 없었음이 확인된다. 따라서, 공사비 OOO도 청구법인이 부담한 공사비에 해당하지 아니하고, 2012년 11월 쟁점협약의 당사자도 청구법인과 OOO으로 청구법인이 OOO과 관련 비용을 배분하기로 약정한 사실도 없으므로 청구법인이 부담하지 아니한 비용까지 포함하여 공통경비로 배분하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 조사청과 과세전적부심사결정서의 판단 내용은 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점협약의 내용이 청구법인이 주관하여 도시계획시설에 투입되는 비용을 배분대상으로 특정한 것이어서 OOO이 취득한 용지비는 배분대상으로 볼 수 없다는 취지임에도 청구법인은 이를 왜곡하여 2012.11.9. 이전에 청구법인이 취득한 도시계획시설과 관련된 토지비도 배분대상에 포함되지 않아야 한다고 주장하는 것이므로 이는 사실관계를 오인한 것이다.
(3) 청구법인과 OOO은 각 아파트 시행사업의 주체이고, 공동사업자로 볼 수 없어법인세법제26조(과다경비 등의 손금불산입) 및 같은 법 시행령 제48조(공동경비의 손금불산입) 규정을 적용하기 어렵다. 법인세법 시행령제48조(공동경비의 손금불산입)는 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비를 공동경비로 본다는 규정인바, 청구법인은 쟁점아파트 1ㆍ2단지의 시행사이고, OOO은 쟁점아파트 3단지의 시행사일 뿐, 쟁점아파트 사업에 대한 공동의 출자를 하였다거나 출자와 손익의 배분에 대한 약정이 쟁점협약서에 없으므로 쟁점아파트 사업에 대하여 청구법인과 OOO이 공동사업을 한다고 보기는 어려워 법인세법 시행령제48조의 규정에 의거 사업비를 강제로 배분하여야 할 이유는 없다.
① OOO이 취득한 쟁점용지 취득비 OOO과 OOO의 도시계획시설공사비 OOO 합계 OOO을 공동경비로 보아 청구법인의 비용으로 배분할 수 있는지 여부(주위적 청구)
② 쟁점협약 체결 이전에 청구법인이 취득한 용지비용 OOO은 배분대상 공동경비가 아니므로 전액 청구법인의 비용으로 하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
③ 쟁점협약 분담기준을 따르지 않는 경우, 특수관계 소멸전(2013.7.25.전) 취득한 토지비 및 공사비 지출액은 법인세법 시행령제48조 제1항 제2호 가목의 규정에 따라 직전사업연도의 매출액을 기준으로 경비를 배분하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조【과다경비 등의 손금불산입】다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
(旅費) 및 교육・훈련비
4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비
5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령 으로 정한다. (3) 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "학교용지"란 공립 초등학교·중학교 및 고등학교의 교사(교사)·체육장 및 실습지, 그 밖의 학교시설을 신설하는 데에 필요한 토지를 말한다.
2. "개발사업"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법률에 따라 시행하는 사업 중 100가구 규모 이상의 주택건설용 토지를 조성·개발하거나 공동주택을 건설하는 사업을 말한다. 가.건축법 나.도시개발법 다.도시 및 주거환경정비법 라.주택법 마.택지개발촉진법 바.산업입지 및 개발에 관한 법률 사.공공주택 특별법
3. "학교용지부담금"이란 개발사업에 대하여 특별시장·광역시장·특별 자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다) 가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 "부담금"이라 한다)를 말한다. 제5조의2【부담금의 산정기준】① 제5조 제1항에 따른 부담금은 공동주택인 경우에는 분양가격을 기준으로 부과하고, 단독주택을 건축하기 위한 토지인 경우에는 단독주택 용지의 분양가격을 기준으로 부과한다.
② 제1항에 따른 부담금은 다음 각 호의 기준에 따라 산정한다.
1. 공동주택: 가구별 공동주택 분양가격×1천분의 8
2. 단독주택을 건축하기 위한 토지: 단독주택지 분양가격× 1천분의 14
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 처분청의 부과처분 세부 내역과 청구법인의 공동경비 배분대상 경비 주장 내역은 아래 <표1>과 같은바, 처분청은 청구법인이 당초 손금산입한 OOO이 OOO의 손금에 해당한다고 보아 손금불산입하였고, 이에 대하여 청구법인은 OOO이 취득한 쟁점용지 비용 OOO과 OOO이 지출한 것으로서 사업주체 변경 이후 OOO의 도시계획시설 사업비 OOO을 공동경비 배분대상으로 하여 쟁점협약서상 면적 비율에 따라 손금에 산입하여야 한다고 주장한 것으로 나타난다. <표1> 처분청 부과처분 및 청구법인 공동경비 배분 주장 내역 (단위: 백만원)
1. 2012.11.9.(쟁점협약) 이전 청구법인의 취득 용지비(처분청이 공동경비 배분대상에 포함)
2. OOO 취득 쟁점용지비
3. 청구법인 지출 도시계획시설 공사비
4. 청구법인 지출 도시계획시설 공사비 OOO과 OOO이 지출한 것으로 주장하는 공사비 OOO의 합계액
5. 쟁점협약서상 연면적 비율에 따라 안분계산한 금액
6. 청구주장 배분대상 총 공동사업비
(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, <표2>와 같이 청구법인은 쟁점아파트 1ㆍ2단지의 시행사이고, OOO은 쟁점아파트 3단지의 시행사이며, OOO은 쟁점아파트 단지 건설공사의 시공사로 사업을 진행해 오다가 청구법인의 재정악화로 2014.8.8. 청구법인, OOO, OOO 간에 쟁점아파트의 사업주체를 OOO으로 변경하기로 하는 합의를 한 후, OOO이 시행ㆍ시공을 진행하여 2015년 3월 경 준공을 완료한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점아파트단지 공사 진행 내역 등
(3) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인과 OOO의 2011∼2017사업연도 법인세 신고서상 매출액(수입금액) 및 소득금액 현황은 아래 <표3>와 같다. <표3> 청구법인과 OOO의 매출 및 소득금액 현황 (단위: 백만원)
(4) 쟁점아파트 단지 공사와 관련하여 청구법인과 OOO간에 2012.11.9. 체결한 쟁점협약의 주요 내용은 아래 <표4>와 같은 바, 청구법인이 주관하여 공사가 진행중인 도시계획시설 사업비에 대하여 쟁점아파트의 단지별 연면적(1단지 66,213.8㎡, 2단지 59,688.4㎡, 3단지 64,762.2㎡) 비율로 부담(OOO은 3단지 연면적 비율)하기로 약정한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점협약 주요 내용
(5) 청구법인의 법인세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 2012∼2015사업연도 중 쟁점아파트 공사 관련 도시계획시설 사업비로 OOO을 투입하였고, 이 중 OOO에게 OOO을 배분한 후 나머지 OOO은 청구법인의 손금으로 법인세 신고를 한 것으로 나타난다.
(6) 조사청 조사담당자가 작성한 청구법인에 대한 법인사업자 조사종결보고서에 의하면, 청구법인이 도시계획시설 사업비 중 청구법인이 손금으로 산입한 OOO 중 청구법인의 손금은 쟁점협약서상 부담비율(면적비율)에 따라 OOO으로 하고, 나머지 OOO은 OOO에게 배분되어야 경비로서 손금에서 제외되는 것으로 조사한 것으로 나타난다.
(7) OOO이 2013.9.10. 고시(제2013-211호)한 쟁점아파트 단지 도시계획시설 사업의 실시계획(변경)인가 고시문에 의하면, 도시계획시설은 도로, 초등학교, 소공원, 경관녹지 등을 포함하고 있고, 동 사업시행자는 청구법인과 OOO인 것으로 나타나고, OOO이 2014.10.2. 고시(제2014- 호)한 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 및 실시계획(변경)인가 고시문에 의하면, 다른 사항은 2013.9.10. 고시사항과 동일하나 2차 공원녹지시설 의 사업기간이 당초 2012.2.21.∼2014.10.30.에서 2012.2.21.∼ 2015.2.28.로 변경되었고, 제1차 시설은 준공완료된 것으로 기재되었으며, 사업시행자가 당초 청구법인과 OOO 대표 OOO에서 OOO 대표 OOO으로 변경된 것으로 나타난다. 한편, OOO이 2011.11.22. 최초 고시(제2011-155호)한 OOO(OOO) 도시관리계획(제2종지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면 고시문에는 기반시설의 배치와 규모에 관한 도시관리계획 결정 조서의 공공시설에 쟁점용지가 학교시설로 기재된 것으로 나타난다.
(8) 처분청이 제시한 OOO의 2015사업연도 분양원가명세서에 의하면 외주비가 OOO으로 나타나고, 지출증빙서류검토표의 외주비 과목에는 위 외주비 중 지출증빙서류 수취금액으로 세금계산서 수수분 OOO, 계산서 수수분 OOO, 수취제외대상금액으로 OOO이 부기되어 있는바, 수취 제외대상 금액 OOO은 OOO의 2014.12.31. 현재 단기대여금 명세서에도 거래처명을 청구법인으로 하여 부기된 것으로 나타난다.
(9) OOO이 2015.11.12. 청구법인에게 발송한 대여금 반환 및 분양수입금 반환요청 관련 공문에 의하면, 쟁점아파트 단지 사업의 종료에 따라 기 체결한 합의에 따라 본 사업과 관련된 사항의 이행을 요청하였으나, 청구법인의 이행불가 통지에 따라 합의불이행을 이유로 청구법인으로부터 OOO에 수익된 일체 대여금(OOO)과 당 금원에 대한 이자(20%/년)의 반환을 2015.11.30.을 기한으로 통지한다고 하고 있다.
(10) 청구법인, OOO, OOO간에 2014년 8월 작성한 사업양도양수계약서에 의하면, 쟁점아파트 건설 사업에 대하여 청구법인과 OOO이 허가권자(사업시행자)로서 일체 행위(관련 인허가 등), 관련 세금, 모든 부담금, 세금 일체(개발행위부담금, 농지보전부담금, 대체산림자원조성비, 기타세금)를 OOO에게 양도·양수한다고 되어 있다.
(11) 청구법인, OOO, OOO간에 2014.8.8. 작성한 합의서에 의하면, 본 합의일 이후 쟁점아파트 1·2단지 공사 사업비 및 사업원가는 관리형토지신탁에 따라 OOO이 주관하여 집행하고, 청구법인이 시행하고 OOO에서 시공하고 있는 쟁점아파트 1·2단지 공사는 OOO에서 시행·시공을 주관하여 진행하며, 청구법인이 수행하고 있는 도시계획시설 및 부대토목공사는 모두 중지하고 시행 및 시공권을 조건없이 OOO에게 합의 즉시 이양한다고 하고 있다.
(12) OOO이 2018년 3월 OOO에게 송부한 도시계획시설사업(도로, 주차장, 공원, 녹지, 학교) (3차) 준공서류 제출 건 관련 공문에 의하면 쟁점아파트 단지의 도시계획시설사업(3차)을 완료하여 준공서류를 제출하면서 1차 단지 공사금액은 OOO, 2차 단지 공사금액은 OOO, 3차 단지 공사금액은 OOO 등 총공사금액을 OOO으로 기재하여 준공도서를 첨부한 것으로 나타난다.
(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO이 취득한 쟁점용지 취득비 OOO과 쟁점아파트 사업주체 변경 이후 OOO의 도시계획시설공사비 OOO 합계 OOO이 쟁점협약서에 따른 공동경비 배분대상에 해당한다는 주장이고, 처분청은 쟁점협약서상 OOO이 취득한 쟁점부지의 취득비와 OOO의 도시계획시설공사비가 특정되어 있지 아니하므로 공동경비 배분대상이 아니라는 의견이다. (나) 청구법인과 OOO간에 2012.11.9. 작성한 쟁점협약서에서 청구법인이 주관하여 공사 진행 중인 OOO 도시계획시설공사에 투입 되는 공사비, 보상비, 토지매입 및 수용 비용 등의 제반 비용에 관하여 OOO이 쟁점아파트 단지 중 3단지의 비율만큼 의 비용을 부담하기로 약정하였고, OOO이 2011.11.22. 최초 고시 OOO 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면 고시문과 2013.9.10. 고시한 쟁점아파트 단지 도시계획시설 사업의 실시계획(변경)인가 고시문, 2014.10.2. 고시한 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 및 실시계획(변경)인가 고시문 등에 당초부터 학교시설인 쟁점용지가 공공시설에 포함되어 있으며, 동 사업의 시행자는 청구법인과 OOO으로 나타나는 사실에서 쟁점용지 취득비는 도시계획시설사업 인가 고시문에 명시된 학교시설 취득비로 쟁점협약서에 기재된 도시계획시설공사에 투입되는 토지매입비에 해당한다고 보이므로 이는 공동경비 배분대상으로 판단되고, 처분청이 쟁점용지 취득비에 대하여 OOO은 단기대여금으로, 청구법인은 단기차입금 등으로 계상해 오다가 비용 배분시 자산과 비용을 차감하는 회계처리를 하였고, 쟁점아파트의 도시계획시설 공사비에 대하여 쟁점협약서에 따라 총 연면적 비율로 비용을 안분하는 것이 합리적이라고 인정한 사실에서, 쟁점용지 취득비용을 쟁점아파트 단지의 총 연면적 비율에 따라 청구법인이 부담(배분)한 시점의 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 다만, OOO의 도시계획시설공사비 OOO의 경우, 사업주체가 OOO으로 변경된 후, OOO이 사업시행권을 승계받아 아파트 시행 및 도시계획시설에 대하여 준공 등을 마무리하였고, 합의일 이후 청구법인 등이 사업권을 양도하였기에 청구법인과 OOO이 자신들의 부담으로 투입할 공사비가 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점협약서상 분담 대상 공사비에 사업주체 변경 이후 인수자가 부담한 공사비까지 포함되어 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 OOO의 도시계획시설공사비 OOO은 쟁점협약서상 분담 대상인 도시계획시설 관련 공사비에 해당한다고 보기 어렵다고 판단된다.
(14) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점용지 취득비가 공동경비 배분대상이 아니라면 쟁점협약 체결 전에 청구법인이 취득한 토지비 OOO도 공동경비 배분대상이 아니고 전액 청구법인의 경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 쟁점①에서 OOO의 쟁점용지 취득비가 쟁점협약서에 따른 공동경비 배분 대상이라고 인정되었으므로 이 부분 청구주장은 심리를 생략한다.
(15) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점아파트 도시계획시설 사업비에 대한 공동경비를 배분함에 있어 청구법인과 OOO이 특수관계에 있던 기간(2013.7.25. 전)에 취득한 토지비 및 공사비에 대하여는법인세법시행령 제48조 제1항 제2호 가목의 규정에 따라 직전사업년도의 매출액을 기준으로 배분하여야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령제48조 규정은 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비를 공동경비로 본다는 것인바, 청구법인과 OOO은 쟁점아파트 시행사업의 공동 주체일 뿐, 쟁점아파트 사업에 대한 공동의 출자를 하였다거나 출자와 손익의 배분에 대한 약정을 한 사실이 없어, 위 규정에 따라 매출액 기준을 적용하여 공동경비를 분담하기는 어려워 보이고, 결국 청구법인과 OOO이 공동 부담하기로 약정한 이 건 쟁점아파트 도시계획시설 사업비의 경우, 쟁점협약 내용에 따른 분담기준(면적 비율)을 적용하여 공동경비를 분담하는 것이 합리적이라고 보이므로, 이 부분 청구주장은 이유 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.