조세심판원 심판청구 법인세

「조세특례제한법」상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심-2019-부-2195 선고일 2019.09.05

기존 감면제도의 틀을 유지하면서 개정규정의 시행시기를 유예하기 위해서는 “법률 제13560호 조세특례제한법일부개정법률 시행 당시”는 유예기간 전체로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 OOO에서 포장기계 제조업을 영위하는 법인으로 2017과세연도 중소기업특별세액감면을 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 제1항 제2호 다목에 따른 감면비율 30%를 적용하여 법인세를 신고하였다.
  • 나. OOO지방국세청장은 2018.11.12.부터 2018.11.29.까지 처분청에 대한 감사를 실시하여, 청구법인의 2017과세연도 매출액이 OOO억원 이상으로 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전․후의 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 개정전 시행령을 이하 “종전 시행령”이라 하고, 개정후 시행령을 이하 “개정 시행령”이라 하고 합쳐서 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 조특법 제7조 제1항 제2호 바목에 따른 감면비율 15% 적용대상이라는 감사지적을 처분청에 하였고, 처분청은 이에 따라 2019.4.5. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.1.1. 종전 시행령 제6조 제5항 및 개정 시행령 부칙 제22조에 따라 2016.1.1. 현재 개정전 규정에 의하여 소기업에 해당하므로 처분청이 중소기업특별세액 감면시 소기업이 적용받는 감면비율 30%를 적용받아야 한다.

(1) 청구법인은 2015․2016과세연도 모두 종전 시행령에 따라 소기 업에 해당하므로 개정 시행령 부칙 제22조의 적용대상으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 2017과세연도에 종전 시행령 제6조 제5항에서 규정한 소기업에 해당하는 매출액 OOO억원을 초과하여 중소기업 특별세액 감면 적용시 소기업 감면율을 적용할 수 없다는 의견이나, 처분청 논지에 의하면 각 과세연도별로 개정 시행령 규정에 의하여 소기업 여부를 판단하면 되는 것이지 개정 시행령 부칙에 따른 적용 유예규정을 둘 필요가 없고 동 부칙규정이 사문화되는 문제가 발생한다. 일반적으로 경과조치 부칙규정을 두는 이유는 법 개정으로 인한 충격을 완화하고 개정법에 적응할 시간을 주어 기존 납세자의 권리를 보호하기 위한 것이므로 법 개정 전 과세연도 및 유예를 적용하고자하는 직전 과세연도를 기준으로 유예요건 충족여부를 판단하여야 한다.

(3) 조세법의 해석은 조세법률주의 원칙상 납세자의 재산권을 보호하기 위하여 문리해석을 원칙으로 하여야 하고, 특별한 경우 외에는 유추해석과 확대해석을 금지하고 있는바, 개정 시행령 부칙 제22조의 입법취지가 자산규모가 확대된 기업까지 유예를 적용할 취지가 아니라고 하더라도 동 부칙의 단서규정 등으로 유예적용 제외규정 등을 명기하기 아니한 이 상 법 외견상의 문맥에 의하여 법령을 해석하여야 하므로 청구법인은 개정 시행령 부칙 제22조의 적용대상으로 보아야 한다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 종전 시행령 제6조 제5항에 따르더라도 2017과세연도에 소기업에 해당하지 아니하므로 처분청이 중소기업특별세액 감면시 소기업이 아닌 중기업에 해당하는 감면비율 15%를 적용하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(1) 조특법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 종전 시행령 제6조 제5항에서 소기업을 상시근로자수와 매출액을 기준으로 판정하다가, 개정 시행령 제6조 제5항에서 매출액 기준으로 단일화하면서 같은 법 시행령 부칙 제22조에 '2016.1.1. 현재 개정전 규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다'고 규정하였다. 종전 시행령에서의 소기업(제조업을 영위하는 경우)은 근로자수가 100명 미만으로서 매출액이 OOO이상이 아닌 기업이고 청구법인은 2017과세연도에 매출액이 OOO으로 종전 시행령 규정에 따라 이미 소기업에 해당하지 아니하므로 청구법인은 개정 시행령 부칙 제22조의 적용대상이 아니다.

(2) 청구법인 주장처럼 2015과세연도에 소기업이라는 이유만으로 이후 매출액 증대로 규모가 현저히 커진 경우에도 소기업으로 보게 되면 해당 법인에게는 과도한 조세혜택이 부여되는 반면, 2016.1.1. 이전 과세연도에 중기업이었다가 그 이후 사업연도에 종전 규정에 의하면 소기업에 해당되는 다른 법인은 소기업 혜택을 받지 못하므로 상대적으로 조세혜택이 과도하게 제한되고, 동 규정은 매출액이 일정규모 이하인 소기업이 고용을 많이 하여 상시 근로자 수가 일정요건 이상이 되면 소기업 혜택을 받지 못하게 되는 기존 규정을 소기업의 고용촉진을 위하여 소기업 판정기준을 매출액 기준으로 일원화하여 개정한 것으로써 청구법인의 경우에는 개정 전 규정이나 개정 후 규정 모두에 의하여 소기업 범위에 해당하지 않는데도 이를 소기업으로 본다면 개정취지와도 맞지 않는다.

(3) 동일 쟁점의 심판례에서도 종전 시행령에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 경우에는 개정 시행령 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 적용대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 기각 결정한 바가 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 조세특례제한법상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면대상으로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종
  • 마. 제조업
2. 감면 비율
  • 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
  • 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20
  • 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
  • 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5
  • 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10
  • 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액등”은 “매출액”으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다. 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 (3) 중소기업기본법 시행령 [별표3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준 (제8조 제1항 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준
1. 식료품 제조업

C10 평균매출액등 120억원 이하

2. 음료 제조업

C11

3. 의복, 의복액세서리 및 모피제품 제조업 C14

4. 가죽, 가방 및 신발 제조업 C15

5. 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업 C19

6. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업은 제외한다) C20

7. 의료용 물질 및 의약품 제조업 C21

8. 비금속 광물제품 제조업

C23

9. 1차 금속 제조업 C24

10. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업은 제외한다) C25

11. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업 C26

12. 전기장비 제조업

C28

13. 그 밖의 기계 및 장비 제조업 C29

14. 자동차 및 트레일러 제조업

C30

15. 가구 제조업

C32

16. 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D

1. 식료품 제조업

C10 평균매출액등 120억원 이하

2. 음료 제조업

C11

3. 의복, 의복액세서리 및 모피제품 제조업 C14

4. 가죽, 가방 및 신발 제조업 C15

5. 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업 C19

6. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업은 제외한다) C20

7. 의료용 물질 및 의약품 제조업 C21

8. 비금속 광물제품 제조업

C23

9. 1차 금속 제조업 C24

10. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업은 제외한다) C25

11. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업 C26

12. 전기장비 제조업

C28

13. 그 밖의 기계 및 장비 제조업 C29

14. 자동차 및 트레일러 제조업

C30

15. 가구 제조업

C32

16. 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D

17. 농업,임업 및 어업 A 평균매출액등 80억원 이하

18. 광업

B

19. 담배 제조업

C12

20. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다) C13

21. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다) C16

22. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 C17

23. 인쇄 및 기록매체 복제업

C18

24. 고무제품, 및 플라스틱제품 제조업 C22

25. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업 C27

26. 그 밖의 운송장비 제조업

C31

27. 그 밖의 제품 제조업

C33

28. 건설업

F

29. 운수업

H

30. 금융 및 보험업

K

31. 도매 및 소매업

G 평균매출액등 50억원 이하

32. 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 J

33. 하수ㆍ폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업 E 평균매출액등 30억원 이하

34. 부동산업 및 임대업

L

35. 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업 M

36. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업 N

37. 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 R

38. 숙박 및 음식점업

I 평균매출액등 10억원 이하

39. 교육 서비스업

P

40. 보건업 및 사회복지 서비스업

Q

41. 수리(修理) 및 기타 개인 서비스업 S 비고: 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다. (4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 청구법인의 매출액 등의 현황자료에 의하면, 청구법인은 아래 <표>와 같이 종전․개정 시행령을 적용하더라도 2015․2016과세연도에 모두 소기업에 해당하고, 2017과세연도는 모두 소기업에 해당하지 아니한다. <표> 청구법인의 매출액 등 현황 (단위: 원, 명)

(2) 청구법인은 개정 시행령 부칙 제22조에 따라 소기업 범위에 관한 경과조치 규정의 적용대상이므로 30%의 중소기업특별세액감면 적용대상이라고 주장하고 있다.

(3) 기획재정부에서 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 책자에 나타난 조특법 시행령 제6조의 개정취지 등은 다음과 같다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법령을제정․개정하거나 폐지함에 있어 경과조치를 두는 가장 중요한 취지는 국민이 종전에 정착된 행정법질서 내의 계속적인 법률관계나 제도가 장래에도 지속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 개인이 법적 지위형성을 다져왔을 때에는 그 장래에 있어서의 예측가능성, 법적안정성과 신뢰를 국가가 되도록 보호하기 위한 것(헌법재판소 1992.10.1. 선고 92헌마68․76 결정)인바, 개정 시행령 부칙 제22조 규정의 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시”를 청구주장대로 2016.1.1.로 특정하게 되면 2015.12.31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016.1.1. 이후 중기업으로 성장하게 되더라도 2019.1.1.이 속하는 과세기간까지 약 4년 동안 매출액 등과 무관하게 소기업 적용을 받는 혜택을 얻게 되나, 2015.12.31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도 이후에 종전규정에 따른 소기업에 해당하게 된 법인들은 소기업 적용에 따른 세제혜택을 받을 수 없게 되어 이익의 침해를 받을 소지가 있으므로 기존 감면제도의 틀을 유지하면서 개정규정의 시행 시기를 유예하기 위해서는 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시”는 유예기간 전체로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2017사업연도 매출액이 OOO백만원으로 종전규정에 따른 소기업 기준을 초과한 점 등에 비추어, 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2019중384, 2019.6.5., 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)