쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2019.1.10. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 1997.3.5. 증축한 OOO 근린생활시설 850.92㎡의 장부가액을 OOO원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 배우자와 공동(각 2분의 1 지분)으로 1988.6.11. OOO 대지 359.4㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 1993.12.6. 같은 곳 22-10 대지 209.2㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 취득하였고, 1997.2.20. 쟁점②토지를 쟁점①토지에 합병하여 위 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 1992.7.20. 근린생활시설 등 1,047.79㎡(이하 “쟁점①건물”이라 한다)를 신축, 1997.3.5. 근린생활시설 등 850.92㎡(이하 “쟁점②건물”이라 하고, 쟁점①·②건물을 합하여 “쟁점건물”이라 한다)를 증축하여 임대업을 영위하였으며, 2017.11.20. 쟁점토지 및 쟁점건물을 일괄 양도한 후, 2018.1.30. 양도가액은 실지거래가액OOO, 취득가액은 환산취득가액OOO으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2018.2.28. 쟁점건물의 감가상각누계액OOO을 취득가액에서 차감하여 수정신고·납부하였다.
• 나. OOO국세청장은 청구인의 양도소득세 신고내역을 검토한 후, 환산취득가액 산정시 기준시가 적용 오류로 과다하게 산정된 쟁점토지의 환산취득가액을 감액하고, 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 적용하여 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2019.1.10. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.4. 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 적용하여 과세한 처분에 대하여 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점②건물의 장부가액이 쟁점②건물 증축시 수취한 것으로 보이는 매입세금계산서의 금액과 유사하여 청구인이 신고한 환산취득가액을 취득가액으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점②건물의 장부가액OOO과 매입세금계산서의 공급가액OOO이 일치하지 않고 OOO원의 차이가 있다. 또한 쟁점②건물에 대한 설계비, 감리비 및 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 대차대조표상 장부가액에 반영되어 있지 않았고, 쟁점②건물의 시행사였던 ㈜OOO이 건물 증축 중에 부도가 발생하여 청구인이 나머지 공사를 직접 수행하였으며, 이에 대한 인건비 등 지출금액도 장부가액에 반영되어 있지 않다. 결국 장부가액을 실지거래가액으로 인정하기 위해서는 그 가액이 증빙에 의하여 확인되거나 확인되지 않더라도 일반적이거나 객관적으로 인정되어야 하나, 처분청이 취득가액으로 적용한 장부가액은 일반적으로 객관성이 없으므로 실지거래가액에 해당하지 않는다. 아울러 이 사건 장부가액은 청구인이 임대사업에 대한 감가상각비를 산출하기 위하여 기준시가를 기준으로 임의로 산정한 것이기 때문에 실지거래가액으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점②건물을 증축한 해인 1997년에 국토해양부장관이 고시한 1㎡당 표준건축비OOO를 적용하여 계산한 쟁점②건물의 표준건축비OOO가 쟁점②건물의 매입세금계산서 공급가액OOO의 1.86배나 되는 것으로 볼 때 실지거래가액으로 볼 수 없다. 이와 같이 청구인은 쟁점②건물을 신축하면서 실제로 공사비를 지급하였음에도 세금계산서를 수취하지 못하여 양도소득세 신고시 실지취득가액을 적용하지 못한 것이고, 일부 공사대금은 세금계산서를 수취하지 못하였으나 실제로 금융자료 등을 통하여 공사대금을 지급한 사실이 확인되므로 쟁점②건물의 장부가액은 불분명하다. 따라서 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 처분청이 쟁점②건물의 신축비용으로 판단한 매입세금계산서 수취금액과 장부가액이 정확하게 일치하지 않고, 주요부분 이외의 건축은 청구인이 매입자료 없이 직접 실시하였으며, 장부가액은 청구인이 임대사업에 대한 감가상각비를 산출하기 위하여 기준시가를 기준으로 임의로 안분하였다고 주장하나, 쟁점②건물 증축과 관련하여 수취한 매입세금계산서 가액과 대차대조표상 장부가액이 유사하므로 쟁점②건물의 장부가액을 실지거래가액으로 볼 사정은 충분하다. 또한, 청구인은 쟁점②건물을 신축한 이후 부동산임대업을 영위하면서 복식부기의무자로서 양도일까지 발생한 사업소득금액 계산시 계속하여 감가상각비를 계상하였고 이를 필요경비로 공제한 사실이 있으며, 양도일이 속하는 2017년까지 종합소득세 신고서에 계상된 장부가액이 확인되므로 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 판례 및 심판결정례에서 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하고, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자에게 입증책임이 있음을 일관되게 판시(결정)하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점②건물의 장부가액OOO이 증축 당시 매입세금계산서상 공급가액OOO과 유사하고 그 차이가 중요한 금액에 해당하지 않으며, 청구인이 장부가액을 부인할 만한 명백한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 양도소득세 신고서 및 결의서의 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다. (나) 처분청이 산출한 쟁점건물의 장부상 취득가액 OOO원은 계산오류로 확인되고, 실제 쟁점건물의 장부상 취득가액은 OOO이며, 산출내용은 아래 ＜표2＞와 같다. (다) 청구인이 쟁점②건물 증축공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서의 공급가액 합계는 OOO이고, 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다. (라) 국토교통부장관이 수도권정비계획법 제14조 규정에 따라 고시한 연도별 표준건축비 고시내용은 아래 ＜표4＞와 같다. (마) 청구인 대리인은 2019.10.10. 개최된 조세심판관회의에 참석하여, 처분청이 실지조사 없이 양도소득세를 부과한 것은 절차상 문제가 있고, 쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 취지로 진술하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 설계비 및 감리비, 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 반영되지 않아 객관성이 없고, 처분청이 장부가액의 근거로 제시한 쟁점②건물의 매입세금계산서상 공급가액 OOO이 국토교통부장관이 고시한 표준건축비를 기준으로 산출한 가액 OOO에 미달한다는 등의 이유로 쟁점②건물의 취득가액을 환산가액OOO으로 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이고(대법원 1999.1.15. 선고 97누20304 판결 등 참조), 소득세법상 과세표준을 정하기 위한 실지조사는 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 근거과세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지조사 방법에 해당한다고 볼 것인바(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결 등 참조), 청구인이 종합소득세 신고시 쟁점②건물의 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서를 스스로 작성하여 첨부한 이상 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 명백한 근거 없이 부인하기 어려운 점, 청구인도 위 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 구체적이고 객관적인 금융거래내역 및 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 한편, 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 등 결산서에 의하면, 1997.3.5. 현재 쟁점②건물의 장부가액은 1997.12.31. 현재 쟁점건물의 장부가액 OOO원 및 1997년분 쟁점건물의 감가상각비 OOO원의 합계 OOO원에서 1996.12.31. 현재 쟁점①건물의 장부가액 OOO원을 차감한 OOO원 중 청구인의 지분(1/2)에 해당하는 OOO원이나, 처분청이 OOO원을 쟁점②건물의 장부가액으로 적용한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.