법인세법상 수익사업인지 여부는 ‘대가의 구성요소별 수익성’이 아니라 ‘사업의 수익성’에 따라 판단되어야 하는 것이므로, 처분청이 직접사업비 중 계산서 미발급 금액에 대하여 청구법인에게 법인세(계산서미발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
법인세법상 수익사업인지 여부는 ‘대가의 구성요소별 수익성’이 아니라 ‘사업의 수익성’에 따라 판단되어야 하는 것이므로, 처분청이 직접사업비 중 계산서 미발급 금액에 대하여 청구법인에게 법인세(계산서미발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점수탁사업의 직접사업비는 청구법인이 지방자치단체에 제공하는 “재화나 용역”과 대가관계에 있지 아니하므로 청구법인이 지방자치단체에 계산서를 발급해야할 의무는 없다. (가) 청구법인은 OOO 등을 위해 설립된 OOO으로 설립 근거 법률인OOO고 규정하고, 고유목적사업에 관한 청구법인의 정관 제4조는 “OOO관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업OOO”으로 정하고 있다. (나) 위 정관상 고유목적사업을 수행하기 위해 지방자치단체는 청구법인에 OOO과 관련한 사업을 위탁하며 그 근거는OOO제61조 제1항(“행정관청은 OOO의 조성 및 회복을 위한 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 해당 사업 중 OOO 설치사업 등 대통령령으로 정하는 사업이나 해당 사업에 따라 설치된 시설ㆍ장비의 관리에 관한 업무를 공단 또는 OOO이 지정하는 기관ㆍ단체ㆍ협회에 대행하게 하거나 위탁할 수 있다”) 및 제2항OOO이다. (다) 한편 지방자치단체는 청구법인에 위탁하게 되는 재원을 ① 국비-지방비가 혼합된 매칭사업, ② 지역발전특별회계 법령에 따른 대행사업, ③ 순수 지방재정에 의해 조달되는 기타 수탁사업으로 분류할 수 있으며, 2013년 청구법인은 각 지방자치단체와 총 OOO건 합계 OOO원의 위·수탁 협약을 체결하였고 직접사업비는 OOO원, 위탁수수료는 OOO원이다. (라) 지방자치단체로부터 교부받는 총 사업비 중 협약에 따라 받는 5∼8%의 업무대행비(위탁수수료)는 수익으로서 법인세 신고납부 대상이고, 이는 용역제공 대가로 보아 부가가치세 납부 대상이 됨은 물론 세금계산서 발급의무도 있다 할 것이다. (마) 그러나 92∼95%에 해당하는 직접사업비의 경우 청구법인이 지방자치단체로부터 교부받아 집행하는 금원으로 사업종료시 위탁자인 지방자치단체와 정산을 하여 반납함은 물론 그 재원에서 발생한 이자까지 모두 정산·반납하고 있다. 즉, 이는 위탁자인 지방자치단체를 위하여 금원을 보관하고 집행하는 것으로 수탁자인 공단이 위탁자인 지방자치단체에 대해 제공하는 용역의 대가가 아니다.법인세법제121조 제1항은 “법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다”라고 규정하는바, 직접사업비는 공단이 지방자치단체에 제공하는 “재화나 용역”의 대가관계에 있지 아니하므로 공단이 지방자치단체에 계산서를 발급해야할 의무는 없다고 할 것이다.
(2) 설령 직접사업비에 대한 계산서 발급의무가 있다 하더라도 종이계산서를 발급하였으므로 계산서미발급가산세를 부과하는 것은 부당하다(예비적 청구). (가) 또한 총 수탁사업비 중 직접사업비 부분에 대하여 계산서 발급의무가 있다고 하더라도법인세법제75조의8 제1항 제4호를 적용하여 공급가액의 100분의 2에 해당하는 계산서미발급가산세를 부과한 것은 위 법률을 잘못 적용한 것으로 부당하다. (나)법인세법제75조의8 제1항은 본문에서 계산서등제출불성실 가산세의 부과대상이 “내국법인”이라고 하면서도 “대통령령으로 정하는 법인은 제외한다”라고 규정하고, 같은 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제120조 제3항 제2호에서 “비영리법인(제3조 제1항의 수익사업과 관련한 부분은 제외한다)”을 명시하고 있다. (다) 즉 비영리법인인 청구법인이 수익사업을 한 위탁수수료 부분은부가가치세법상 용역의 제공으로서 세금계산서 발행 및 신고납부 의무가 있으나, 직접사업비는 지방자치단체를 대행하여 집행한 금원으로 청구법인에 귀속되지도 아니하는 것이므로 이는 비영리법인이 수행한 비수익사업에 관한 것이다. (라) 청구법인은 OOO으로 사업비 전액이 국비로 충당되는 것이 아니어서 일정부분에 대하여는 비용충당이 필요한바, 국가사업에 대하여는 전액 국비로만 운영되고, 지방자치단체의 수탁사업에 대하여는 약 8%정도 위탁수수료(간접사업비)를 수령하고 있다. (마) 청구법인은 정부로부터 발생비용 전액을 교부받아 사업을 수행하는 것이 아니라서 지방자치단체 사업비의 일정부분(위탁수수료)으로 비용을 충당하며 수산자원조성을 위한 국가기관 및 지방자치단체의 사업을 대행하고 있다. (바) 처분청은 사업비에서 발생한 이자소득을 청구법인의 영업외수익으로 계상하고 원천징수된 이자소득세도 기납부세액으로 공제받으면서 청구법인에 귀속시킨다고 주장하나 이는 위탁수수료와 관련된 이자부분에 대하여만 청구법인에 귀속시키고 직접사업비와 관련된 이자부분에 대하여는 전액 해당 지방자치단체에 사업종료시점 기준 정산 후 반납하고 있다. 즉 직접사업비 부분은 청구법인의 수익사업과는 전혀 무관한 것이다. 따라서 직접사업비 부분에 대해서는법인세법제75조의8 제1항 및 같은 법 시행령 제120조 제3항 제2호의 비영리법인이 영위하는 비수익사업에 해당되어 계산서미제출불성실가산세의 대상이 아니어서 기결정 고지한 계산서 미발행 가산세에 대하여는 부당한 부과처분이므로 취소되어야 한다. (사) 따라서 이 부분에 대해서는 가산세 납부의무가 없음에도 처분청이 직접사업비의 계산서미발급가산세를 부과한 잘못이 있다. (아) 또한 2013사업연도 당시법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제121조는 계산서 발급의무만 규정하였을 뿐, 전자적 방법으로 계산서를 발급할 의무가 없었다. 당시 청구법인은 종이계산서를 발급하였으나 합계표를 제출한 사실은 없다. 따라서 합계표 미제출에 따른 가산세(100분의1)를 부과할 수는 있을지언정 계산서미발급가산세(100분의2)를 적용한 것은 위법·부당한 처분이다.
(1) 쟁점수탁사업은 수익사업에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장에 대하여 (가)법인세법제4조 및 같은 법 시행령 제2조 등에서는 내국법인의 각 사업연도의 소득은 한국표준산업분류에 따른 각 사업 또는 수입에서 생기는 소득에 대해서는 법인세가 과세되는 소득으로 하며, 내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다고 규정하고 있다. 위와 관련하여, 대법원 판례는 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적 사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것으로 판단OOO되어야 하고, 사업의 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는지 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여야 한다OOO고 판시하고 있다. 이러한 취지에서 살펴보면, 청구법인은 쟁점수탁사업이 지방자치단체에 제공하는 ‘재화나 용역’의 대가 관계가 있다는 것을 인지하고 있었다. 청구법인은 설립초기부터 현재까지 계속적․반복적으로 지방자치단체와 수산자원조성사업과 관련한 수탁계약을 체결하고 용역을 제공하면서 그 대가로 위탁수수료를 받고 있으며, 설립초기부터 현재까지 법인세를 신고하면서 경상사업 및 쟁점수탁사업을 수익사업으로 보아 법인세를 신고․납부하였고, 지방자치단체의 요청에 따라 계산서를 발행한 것으로 보아 청구법인도 쟁점수탁사업에서 수익이 발생한다는 것을 명확히 인식하고 있었음을 알 수 있다. (나) 청구법인의 설립근거인OOO과 정관에서 “청구법인의 운영재원은 사업(용역)으로 발생한 수익금”이라고 명시하고 있고, 사업관리규정에서도 “수익금을 위탁수수료 명목으로 사업비의 8% 내외로 편성하도록 하고, 수탁사업비가 통상적인 수준의 90% 미만인 경우에는 불승인하여야 한다”고 정하고 있는 등 청구법인은 수익 창출에 그 목적을 두고 있음이 자명하다. 또한, 쟁점수탁사업이 고유목적사업이라 하더라도, 고유목적사업은 수익사업에서 제외되어야 한다는 어떠한 규정도 없으며, 실비변상적 성격이 아닌 이상 수익이 발생하면 수익사업으로 보아야 할 것이다. (다) 청구법인은 사업비를 정산할 때 이자까지 반환하므로 직접사업비가 청구법인에 귀속되지 않는다고 주장하나, 청구법인은 지방자치단체 등으로부터 수탁받아 수행한 쟁점수탁사업에서 실경비와 별도로 위탁수수료를 받고 있고, 위탁수수료를 공단 운영경비에 충당하고도 매년 영업이익이 발생하여 이익잉여금을 청구법인에 귀속시키고 있으며, 쟁점수탁사업에 대한 사업비에서 발생한 이자소득 또한 법인세 신고 시 청구법인의 영업외수익으로 신고하고 원천징수된 이자소득세도 기납부세액으로 공제받으면서 청구법인에 귀속시키고 있다. 청구법인과 같은 경우, 국세청 예규OOO는 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 사업집행자금을 지급받고, 사업 종료 후 사업집행자금의 미집행잔액 및 사업기간 중 발생한 이자 등을 포함한 일체의 손익을 정산하여 국가에 반납함으로써 해당 사업의 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우에는 해당 사업이 수익사업에 해당하지 아니하는 것으로 보았으나, 그 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되는 경우에는 해당 사업은 수익사업에 해당하는 것이라고 해석하고 있다. 즉, 청구법인은 쟁점수탁사업이라는 용역을 제공하면서 그 대가로 위탁수수료로 인한 수익뿐만 아니라 이자소득도 청구법인에 귀속시키고 있으므로 국가 등으로부터 위탁받은 쟁점수탁사업에 대한 손익의 전부 또는 일부가 청구법인에 귀속되는 경우로 쟁점수탁사업은 수익사업에 해당하는 것이다. (라) 또한, 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령24357호로 개정된 것) 제2조(수익사업의 범위)는 “통계청장이 정하는 ……각 사업 중 수익이 발생하는 것”에서 “수입이 발생하는 것”으로 변경되었으며, 이는 법인의 사업에서 수익성만 고려하는 것이 아닌 그 사업 자체에서 수입이 발생하여 법인으로 귀속되면 수익사업으로 보겠다는 취지이다. 한국표준산업분류표에 의한 사업에서 발생하는 수입인 경우 해당 사업을 수익사업으로 보는 것이므로OOO 쟁점수탁사업 전체를 수익사업으로 보아야 하지 하나의 사업을 나눠서 간접비(위탁수수료)만 수익사업으로 볼 수는 없다. 청구법인은 위탁수수료만 용역의 제공대가를 받은 것이라 주장하나, 이는 건설공사를 수행하는 회사가 원재료와 인건비 등을 모두 사용하므로 일정 마진만 매출이라고 주장하는 것과 같은바, 위탁수수료가 발생하기 위해서는 쟁점수탁사업을 수행하여야 하고 쟁점수탁사업 전체를 청구법인이 지방자치단체에 제공하는 용역으로 보아야 하며 위탁수수료만 수익사업으로 볼 이유가 없다. (마) 또한, 청구법인은 쟁점수탁사업을 수행함에 있어 직접사업비에 대하여는 용역의 대가 관계가 아닌 단순 금원을 보관하고 집행한다고 주장하나, 청구법인의 책임과 계산 하에 재료 구매 및 하청 사업자 선정 등을 하고 있으므로 단순 금원의 보관 및 집행 대행이라고 볼 수는 없다. (바) 당초 조사청은 청구법인의 쟁점수탁사업 전체에 대하여 부가가치세를 부과하고자 하였으나, 청구법인과 유사한 OOO 산하 ○○공단에 대하여 “총 사업비 중 위탁수수료에 대해서만 부가가치세 공급가액에 해당한다OOO”고 한 해석으로 인하여 위탁수수료에 대해서만 부가가치세를 부과하였다. 따라서부가가치세법상 직접사업비는 청구법인의 법인세 신고 의도대로 면세사업에 해당하고, 위탁수수료에 대해서는 부가가치세 과세대상으로 보며,법인세법상 쟁점수탁사업 전체를 수익사업으로 보아야 할 것이다.
(2) 수익사업에 해당하더라도, 종이계산서를 발급하였으므로 미발급 가산세 부과는 부당하다는 청구주장에 대하여, (가) 청구법인은 종이계산서를 발급한 사실이 없다. 2019.3.22. 작성한 문답서를 살펴보면, 청구법인은 지방자치단체에서 계산서 발행을 요청하면 계산서를 발행해 주었으며, 요청이 없을 시에는 발행하지 않았다고 진술하였다. (나) 청구법인은 2013사업연도에는 14개 지방자치단체 등 외부에 계산서 20장, OOO원을 발급하고 2013사업연도 법인세 정기신고시 계산서 합계표를 제출하지 않았다가 2017년 5월 처분청의 수정신고 안내문을 받아 2017.6.2. 계산서합계표미제출 가산세 OOO원을 수정신고하여 추가 납부하였다. 이와 같은 사실에서 알 수 있듯이 청구법인은 쟁점수탁사업에 대하여 계산서를 발급하여야 한다는 것은 명확히 인지하고 있었다. 이는 위 금액 외에는 2013사업연도에 계산서를 발급하지 않았다는 것이며, 설령 청구주장대로 종이계산서를 발급하였다 하더라도 지방자치단체 등 거래처에서 계산서 거래를 신고한 내역이 상기 금액 외에는 확인되지 아니하므로 종이계산서를 발급한 사실이 없는 청구법인이 계산서를 미발급한 내역에 대하여 미발급가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제76조(가산세) ⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1(제4호의 경우에는 100분의 2를 말한다)에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 제5항 또는 부가가치세법 제22조 제2항 부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다.
1. 제121조 제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서등에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우. 다만, 제2호가 적용되는 분(分)은 제외한다.
2. 제121조 제5항에 따라 매출·매입처별 계산서합계표를 같은 조에 규정된 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우. 다만, 제4호가 적용되는 분의 매출가액 또는 매입가액은 제외한다.
3. 제120조의3 제1항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 같은 조에 따른 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 매입처별 세금계산서합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우. 다만, 제4호가 적용되는 분의 매입가액은 제외한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 "매출·매입처별 계산서합계표"라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항에 따라 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다.
⑥ 부가가치세법에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.
⑦ 계산서등의 작성·발급 및 매출·매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제2조(수익사업의 범위) ①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. 제120조(가산세의 적용) ② 법 제76조 제5항 전단 및 같은 조 제9항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
2. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) (3) 법인세법 시행규칙 제1조(수익사업의 범위) 법인세법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.
(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2010.11.18. 개업한 비영리내국법인으로서OOO에 의거하여 OOO을 보호·육성하고 OOO 및 기술을 연구, 개발, 보급하는 등 OOO 수행을 목적으로 설립되었으며,공공기관의 운영에 관한 법률제43조에 따라 회계결산 등에 있어 감사원의 통제를 받고, OOO 회계사무규칙을 적용받는 OOO 산하 공기업OOO으로서 전액 국비로 출자되었다. (나) 청구법인의 사업목적인 OOO으로는 ① OOO의 조성과 OOO 등 OOO, ② OOO과 관련되는 기술개발, OOO, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업, ③ OOO의 관리를 위한 OOO 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업, ④ OOO관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업, ⑤ 그 밖에 OOO관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업 등이 있다. (다) 청구법인의 설립과 운영에 소요되는 자금은 정부의 출연금 및 보조금과 정부, 지방자치단체 또는 민간의 용역 수행에 따른 수입금을 재원으로 충당하도록 규정OOO되어 있으므로, 청구법인이 수행하는 OOO은 재원에 따라 국고보조금, 출연금, 수익금에 의해 자체 수행하는 보조금사업(경상사업)과 지방자치단체 등 외부로부터 수탁받아 수행하는 쟁점수탁사업으로 이루어져 있는 것으로 나타난다OOO. (라) 처분청은 쟁점수탁사업을 한국표준산업분류표 상 OOO에 해당하는 것으로 보고 있다. (마) 청구법인의 운영 재원에 대한 내부 규정은 아래와 같다. <운영재원 및 사업비 관련 규정> <사업관리규정 별표1 사업비 편성 기준>
(2) 청구법인은 2013년 OOO과 체결한 OOO조성사업 협약서 및 정산관련 공문, OOO와 체결한 OOO관리사업 위탁협약서 및 정산관련 공문, OOO과 체결한 OOO 조성사업 협약서 및 정산관련 공문, OOO과 체결한 OOO 위수탁 협약서 및 정산관련 공문 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,법인세법제121조 제1항에서 재화나 용역을 공급하는 법인은 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 발급하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 직접사업비의 경우 쟁점수탁사업을 위탁한 지방자치단체로부터 지급받아 그 지방자치단체를 위하여 보관하고 집행하는 금원으로 이를 용역공급에 대한 대가로 보기 어려우므로 계산서 발급의무는 없다 할 것이고, 따라서 처분청이 계산서를 발급하지 않은 것에 대하여 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 청구법인은 지방자치단체가 위탁한 쟁점수탁사업을 수행하면서 그 대가로 직접사업비(위 사업비 편성 기준에 의하면 재료비, 사업활동비 등 사업을 수행하는데 직접적으로 소요되는 경비)와 위탁수수료를 함께 지급받은 것이고, 청구법인이 해당 지방자치단체를 위하여 단순히 직접사업비의 지출을 대행한 것이라기 보다는 용역의 수행과정에서 청구법인의 계산으로 이를 지출한 것으로 보이므로 동 직접사업비는 위탁수수료와 함께 청구법인이 제공한 용역의 대가로 볼 수 있다 하겠다. 또한법인세법제76조 제9항 제4호 가목 및 같은 법 시행령 제120조 제2항 제2호를 종합해 보면, 재화 또는 용역을 공급한 비영리법인이 계산서 등을 발급하지 아니한 경우 계산서미발급가산세를 징수하지 않도록 하면서도 “제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다”고 규정하여 결국 비영리법인의 수익사업과 관련된 부분에 대해서는 계산서미발급가산세를 징수하도록 하고 있는바, 청구법인은 직접사업비의 경우 그 전부가 사업비로 집행되고 추후 반납되고 있는 등 ‘수익사업’과 관련된 부분이 아니므로 계산서미발급가산세 과세대상이 아니라고 주장한다. 그러나, 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것) 제2조 개정시 비영리법인의 ‘수익사업’의 범위를 한국표준산업분류에 의한 사업 중 “수익이 발생하는 것”에서 “수입이 발생하는 것”으로 변경하면서 그 개정이유로 ‘수익사업’을 ‘이익(profit)’이 발생하는 사업으로 오인하는 경우가 있어 ‘수입’으로 정의를 변경하였다고 설명(간추린 개정세법, 기획재정부 발간)하고 있는바, 청구법인이 쟁점수탁사업을 수행하고 그에 따라 대가를 수령하여 수입이 발생하였다면 이를 수익사업에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다 하겠다. 또한, 청구법인은 하나의 쟁점수탁사업별로 그 대가를 수취함에 있어 직접사업비, 위탁수수료 등을 함께 받으면서도 하나의 사업에 따른 수취내역 중 직접사업비는 수익사업으로 받은 것이고, 위탁수수료는 비수익사업으로 받은 것이라는 취지로 주장한다. 그러나법인세법상 수익사업인지 여부는 업무의 성격, 즉 개별 쟁점수탁사업의 성격이 수익성이 있는 것인지 아닌 것인지에 따라 달라지는 것이지, 동일한 하나의 사업으로 인하여 받은 금원의 세부내역을 수익성이 있는지 여부로 판단하는 것이 아니다. 즉,법인세법상 수익사업인지 여부는 ‘대가의 구성요소별 수익성’이 아니라 ‘사업의 수익성’에 따라 판단되어야 하는 것이므로, 동일한 사업으로 인하여 취득한 금원 중 직접사업비는 수익사업으로 인한 것이고, 위탁수수료는 비수익사업으로 인한 것이라는 청구법인의 주장은 취할 바가 되지 않는다. 그리고 청구법인은 설령 쟁점수탁사업이 수익사업에 해당한다고 보더라도 종이계산서를 발급하였으므로 계산서미발급가산세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청 조사내용에 따르면 청구법인은 2013사업연도에 14개 지방자치단체 등에 계산서 20장(OOO원)을 발급하였으나 2013사업연도 법인세 정기신고시 계산서 합계표를 제출하지 않아 2017년 5월 처분청의 수정신고 안내에 따라 2017.6.2. 계산서합계표미제출 가산세(OOO원)를 수정신고 및 추가 납부하였으며, 위 금액 외에는 지방자치단체 등 거래처에서 계산서 거래를 신고한 내역이 확인되지 않는 것으로 나타난다. 따라서 처분청이 직접사업비 중 계산서 미발급금액에 대하여 청구법인에게 법인세(계산서미발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다