청구법인은 쟁점거래처들과 실물거래를 하였다고 주장하나, 매입증거자료 중 일부가 허위 또는 이중으로 첨부되어 있는 등 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 중 일부가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
청구법인은 쟁점거래처들과 실물거래를 하였다고 주장하나, 매입증거자료 중 일부가 허위 또는 이중으로 첨부되어 있는 등 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 중 일부가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점연구과제 관련 재화를 실제 매입하였다. (가) 정부출연금을 지급받는 국책연구과제는 소요되는 원자재를 사업계획서에 반영하여 연구과제를 배정받은 후, 단계별로 사용된 원자재를 포함한 연구 진행내용을 전담기관에 보고하여야 관련 금액이 지급되고, 전담기관의 평가위원들이 현장에 나와 현장실태조사를 하므로 소요자재가 허위이거나, 이중으로 계상될 가능성은 거의 없다. (나) 쟁점매입세금계산서는 사업계획서에 반영되어 있는 원자재 매입에 대한 것으로 쟁점매입세금계산서가 가공이라면 쟁점연구과제 수행이 진행되지 못하여 완성품이 산출되지 못하므로 이미 연구과제가 완료되어 특허권 등이 등록되거나 기술료를 받고 있는 상황임을 볼 때, 쟁점매입세금계산서에 따른 원자재가 각각의 연구과제에 투입되지 않았다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. (다) 처분청은 2012∼2016년 중 매출액 대비 매입금액 비율이 쟁점거래처1의 경우 9.0%, 쟁점거래처2의 경우 4.7%에 불과하여 쟁점매입세금계산서를 가공인 것으로 보고 있으나, 청구법인이 쟁점거래처들로부터 매입시 제출받은 견적내용 중 일부를 분석한 결과, 직접재료비의 비중이 쟁점거래처1은 10.60%, 쟁점거래처2는 15.36%에 불과하므로 쟁점거래처들의 매출액 대비 매입비율이 낮다고 하여 쟁점매입세금계산서를 가공으로 보는 것은 부당하다. (라) 2016.11.23. 불상의 제3자가 청구법인을 이 건 세무조사와 유사한 사유로 OOO지방검찰청에 사기죄로 고발OOO을 하여 수사를 받았으나, 2017.3.21. ‘혐의 없음’ 통보를 받은 사실이 있다.
(2) 처분청은 조사 당시 쟁점거래처들로부터 원자재 등을 매입한 거래 중 극히 일부인 3건의 자료가 부실하고, 쟁점거래처들이 청구법인의 대표이사와 특수관계가 있으며, 청구인이 결제한 매입자금의 귀속을 알 수 없다는 이유로 쟁점매입세금계산서를 가공이라고 하였다. (가) 쟁점연구과제 수행을 위하여 아래 <표3>과 같이 쟁점거래처들의 매입(32%)만이 아닌 타매입처로부터의 매입(68%)도 있었는바, 쟁점매입세금계산서가 가공이라면 타매입처에서 매입한 내역도 가공으로 보아야 하고, 결과적으로 연구과제 수행이 불가능하여 청구법인의 관련 매출도 허위이므로 부인하여야 한다. (나) 처분청은 근거과세원칙과 과잉금지원칙을 위반하였다.
1. 처분청은 2018.2.28.부터 2018.4.18.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였고, 2012～2016사업연도에 쟁점연구과제와 관련되어 쟁점거래처들로부터 매입은 118건에 불과하다. 처분청은 조사기간 동안 전담기관의 실사시 제출한 보고서상 매입 증거자료 118건을 당연히 전수조사하였을 것으로 추정되고, 그 중 제보자료에 나타난 OOO 등 단 3건만이 허위 또는 이중으로 첨부되었음을 확인하였으리라고 판단되므로 전체 118건 중 3건만을 사실과 다른 매입으로 처리해야 한다. 처분청이 실물거래가 없었다고 본 거래는 2016.6.20. OOO 등 모두 3건인바, 이 를 근거로 청구법인이 조사대상 기간 중 쟁점거래처들로부터 매입한 169건을 모두 실물거래가 없다고 판단하는 것은 근거과세원칙과 과잉금지원칙을 위반한 것이다.
2. OOO 관련(후술하는 <사진1, 2> 참조) 처분청은 청구법인이 2016.6.20. 쟁점거래처1로부터 OOO를 구입하였음에도, 이와 관련한 부속서류에는 날짜가 2012.2.13.로 기재된 회로기판의 출력물이 첨부되어 있어 증빙이 허위라는 의견이나, 회로 설계의 경우 기본적인 기능이 유사한 모듈을 응용하여 적용할 경우에는 회로 구성에 대한 H/W 부분은 동일하게 사용을 하면서 S/W에 대한 프로그래밍 작업을 추가적으로 수행하게 되고, 기본적인 기능이 유사한 제어보드의 경우 연구과제별 용도에 따른 각각의 설계가 따로따로 별개로 이루어지게 된다면 실제 제작 경비가 오히려 과다하게 발생되는 부분이 발생하게 되므로 2012년 수행되었던 발전소 설비 영상인식 프로젝트에서 적용되었던 H/W를 활용하여 2016년 엘리베이터 원격 구조를 위한 제어반 고장 영상 인식에 대한 S/W 프로그래밍 작업을 재설계하여 납품한 경우이다.
3. PCB Artwork 품목 관련(후술하는 <사진3, 4> 참조) 청구법인의 확인 결과 2013.7.24. 첨부된 증빙사진은 OOO에 적용된 회로 및 기판이며, 2014.12.31. 첨부된 증빙사진은 OOO에 적용된 회로도 및 프로그램소스로 별도의 내용임을 확인하였다. 4) 2013.7.30. OOO에서 구입한 신호증폭모듈과 노이즈필터모듈의 사진과 2015.9.3. OOO에서 구입한 품목의 사진이 동일한 이유에 대하여(후술하는 <사진5, 6> 참조) 일반적으로 동일 사진자료의 경우, 개념 설계→회로 설계→로직 설계→알고리즘(S/W) 설계→회로 제작 및 테스트의 과정에서 이전 과제에서 공급받은 H/W모듈에 대한 회로 설계 및 제작의뢰를 하여 납품을 받고 차후 과제에서 이전 모듈에 새로운 기능 구현을 위해 S/W 개발 전문 업체에게 프로그래밍 재설계 발주를 요청하는 경우가 있다. 상품화 과정에서 개발 모듈은 기존에 설계 진행되었던 기초 모듈을 근거로 지속적인 수정 및 재설계 보완을 거치는 형태의 납품이 이루어지므로 무형의 프로그래밍 수정 및 재설계는 증빙사진으로 나타나지 않으며 그 비용 또한 과제 계획서에 미리 반영되어있지 않은 경우 계산서상의 항목은 H/W 모듈로 명기하게 된 것이다. (다) 과세요건에 대한 입증책임은 처분청에 있다.
1. 국세기본법제81조의3은 ‘납세자의 성실성 추정’을 규정하고 있는바, 납세자가 가공거래를 하였는지 여부에 대한 입증책임은 처분청에 있으며, 일부매입거래(위 3건)가 아닌 전체거래(118건)에 대하여 가공거래임을 입증하여야 한다.
2. 처분청이 인용한 판례(대법원 94두5816)는 일부 비용부인에 대한 입증책임의 부담을 판단한 것으로 처분청이 지적한 3건에 대하여는 청구인과 다툼이 있으므로 청구인이 소명한 자료를 배척할 수는 있으나, 추가적인 확인 절차 및 근거 없이 쟁점 금액 전체를 부인하는 것은 과잉금지의 원칙을 위반한 것이며, 납세자의 신고내용은 성실성이 추정되므로 이를 번복하려면 처분청이 추정에 대한 반증을 하여야 한다. 즉, 세금계산서가 허위라는 사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로, 납세자가 현금거래를 주장하면서 그에 따른 구체적인 대금지급사실을 증명하지 못하더라도 과세관청은 구체적이고 개별적인 자료들을 통하여 그 합리성을 수긍할 정도로 입증하여야 하는 것이다(서울행정법원 2010구합47787, 2011.9.23. 참조).
(3) 매입대금의 귀속 (가) 청구법인은 실제거래에 대하여 쟁점매입세금계산서를 발급 받았다. 처분청은 쟁점거래처들이 청구법인의 대표이사와 특수관계이고, 쟁점거래처들이 입금받은 매출대금을 수일 내에 분산인출하였다는 이유로 인출된 금원을 청구법인이 수취하였다는 근거도 없이 전체거래를 가공거래로 판단하여 근거과세원칙을 위반하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점거래처들의 인출내역을 알기 위해 처분청에 과세의 근거가 된 구체적인 인출내역에 대해 행정정보공개요구를 하였으나, 처분청이 이를 거부하여 관련 내용을 알 수 없어 이에 대한 불복이유를 제출할 수 없는 상황이고, 이는 과세에 대해 이의를 제기할 수 있는 납세자의 권리가 침해된 것으로 당해 사유만으로도 과세는 위법하다. (다) 2018.2.1. 쟁점거래처1은 벤처기업확인서를 받았고, 처분청 의견대로 실체가 없었다면 벤처기업확인서를 받는 것은 불가능했을 것이다. (라) 전자세금계산서 발행
1. 쟁점거래처1은 2011년 청구법인 개발제품에 대한 현장설치 지원을 시작으로 발전플랜트 시장에 진입하였고, 청구법인 및 OOO과 함께 공동특허 취득을 계기로 청구법인과 협업이 본격적으로 진행되고 있으며, 쟁점거래처2는 2012년부터 본격적인 기술 협업 및 현장지원에 대한 업무를 수행하게 되었다.
2. 쟁점거래처들의 경우 업무특성상 단순 납품이 아니라 기술 협업과 현장 설치 후 기능 수정 및 세팅이 연계되는 형태로 납품이 진행됨에 따라 양사가 공급하는 모듈을 현장 설치 전에 청구법인으로 납품하여 성능테스트 완료 후 청구법인이 세금계산서 발행 후 결제를 받고, 인근의 은행에서 현금 출금하여 하도급업자에게 대금을 지급하는 경우가 많았다.
3. 청구법인과 초기 협업시기에는 세금계산서를 출력해서 발급하였으나, 오류 수정 등 번거로운 추가 업무 발생으로 쟁점거래처들의 회계담당자가 공인인증서를 가지고 와서 검수 후 청구법인의 사무실에서 발행하였고, 처분청의 의견대로 전자세금계산서 발행시 동일 IP를 사용하는 경우가 70∼80%가 된다고 하여 쟁점거래처들의 실체가 없다고 한다면 나머지 20∼30%의 전자세금계산서도 다른 IP를 사용할 이유가 없는 것이다. (마) 매출대금 인출의 순환구조
1. 미계상 인건비등 지급 쟁점거래처들은 발생비용의 대부분인 인건비와 기술료 등을 정상적으로 지급하려 하였으나, 쟁점거래처들의 매입처들이 현금지급을 요구하여 매출대금 결제 즉시 인출하게 되었다.
2. 매출대금의 사용 청구법인과 거래액은 각 OOO원이고, 쟁점거래처들의 26일내 출금액은 각 OOO원이며, 나머지 금액은 쟁점거래처 등의 원재료 매입, 세금납부, 기타경비 등에 사용되었다. 처분청은 청구법인과의 거래금액 전부를 청구법인이 돌려받은 아무런 근거가 없음에도 이에 대한 입증 없이 가공매입으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다.
3. 결제대금의 실제귀속 처분청은 청구법인이 쟁점거래처들에게 입금한 결제대금의 귀속을 알 수 없어 전액 대표이사에게 소득처분하였으나, 아래 결제대금의 사용내역을 보면 결제대금의 실제귀속이 처분청 의견과는 상이하다. 처분청이 제시하는 선결정례(조심 2010서3029, 2011.2.16.)는 청구법인의 경우와 상이하고, 총매입액 중 일부만이 인출되었음에도 전액을 상여로 처분하는 것은 부당하며, 더군다나 현금 인출금액 중 상당금액이 처분청의 의견과 달리 그 귀속이 확실하므로 처분청은 귀속불분명한 금원을 정확히 특정하여 과세하여야 한다.
4. 가공매입의 기준 처분청이 가공매입으로 보는 인출기준일이 몇일인지 의문(쟁점거래처1에 대해서는 26일, 쟁점거래처2에 대해서는 21일)이고, 가사 21일(또는 26일)내 출금액을 전부를 가공거래로 본다 할지라도 그 합계금액이 각 OOO원으로 청구법인과의 거래액 각 OOO원을 모두 가공매입이라고 판단하는 것은 타당하지 않으며, 청구법인이 돌려받았다면 처분청에서 이를 입증해야 할 것이나, 이에 대한 입증 없이 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 인정상여로 처분한 것은 더욱 납득할 수 없다.
(1) 필수원재료의 실재성을 간과하였다는 청구주장에 대해서 (가) 출연금을 지급한 전담기관의 실사시, 청구법인이 제출한 보고서상 매입증거자료 중 일부가 허위 또는 이중으로 첨부되어 있었다. 청구법인에 대한 사업장 현장조사시 각 연구과제별로 편철된 사업비 사용실적 보고서철에서 매입증거자료 중 일부가 허위 또는 이중으로 첨부되어 있는 사실을 확인할 수 있었으며, 이를 통해 청구법인이 정부출연금을 지급받아 실제 자재를 구입하지 않고 기존에 구입하였던 원자재 관련 증빙을 타 연구과제에 중복 첨부하여 허위 보고해 왔음을 알 수 있었다.
1. 2016.6.20. 매입한 OOO 관련 청구법인이 OOO수행과 관련하여 2016.6.20. 쟁점거래처1로부터 구입하였다는 OOO의 매입증거자료로 작업일자가 '13-Feb-2012'로 기재된 아래 회로기판 출력물이 첨부된 것을 볼 때 이는 해당 연구과제 수행을 위하여 새롭게 매입한 것이 아니라고 봄이 타당하다.
2. 2013.7.24. 및 2014.12.31. 매입한 OOO 품목 관련 청구법인이 쟁점거래처1로부터 각각 2013.
7. 24.과 2014.
12.
한 품목인 OOO의 경우 상이한 연구과제 수행을 위하여 매입한 것으로 나타나지만, 그 증거자료로 첨부된 회로기판 사진 및 출력물은 그 내용이 완전히 동일하며 작업일자 또한 매입일자들보다 훨씬 이전인 'December 09, 2012'라고 표기되어 있다.
3. 2013.7.30. 및 2015.9.3. 매입한 모듈 품목 관련 청구법인이 쟁점거래처1로부터 2013.7.30. 세금계산서를 수취한 OOO 품목과 2015.9.3. OOO로부터 세금계산서 수취한 데이터입출력보드, 전원모듈 품목의 매입증거자료 또한 아래와 같이 동일한 사진이 첨부되어 있었다.
4. 위와 같이 청구법인은 기존에 구입했던 원자재의 사진을 여러 연구과제에 매입증거자료로 첨부하여 새롭게 매입한 것처럼 허위보고해 온 것으로 확인되고, 쟁점연구과제를 수행하는 데 있어 주요 원자재가 필수적으로 투입되어야 하는 것은 사실이나, 실물이 뚜렷하고 명백한 기계 등을 제조하여 판매하는 사업자들과 달리 청구법인의 경우 소프트웨어 위주의 각종 시스템개발이 주업인 점에 비추어 볼 때, 매입 원자재는 특정 과제가 아닌 다수의 연구과제에 사용될 수 있다고 봄이 타당하므로 연구과제 수행을 완료하였다는 것만으로 쟁점거래처들로부터 수취한 매입세금계산서의 실물이 있었다고 단정할 수 없다. (나) 전담기관의 정산 및 확인절차가 세금계산서의 진실성을 담보하는 것은 아니다. 청구법인은 정부출연금 지급과 관련하여 과제 수행시 사용된 원자재를 포함한 연구진행내용을 단계별로 전담기관에 보고하면 사실 확인 후 관련 금액이 지급되므로 그 과정에서 문제가 되었다면 연구개발비를 환수 당하고 과제 수행을 완료하지 못하였을 것이라고 주장하고 있으나, 국책연구과제의 경우 사업계획서를 제출하여 연구과제를 배정받고, 실시간통합연구비관리시스템(RCMS)에 매입하거나 사용한 비용을 등록하면 사실관계 확인 절차 없이 즉시 연구비전용계좌로 그 금액이 입금되므로 추후 전담기관의 위원들이 1～2번 형식적인 실사로 모든 비용에 대하여 확인하여 부정하게 사용된 연구비를 밝혀내는 것은 현실적으로 힘든 일이며, 청구법인이 수행하는 국책연구과제의 수가 많고 과제별 전담기관이 상이하며 증빙의 양이 방대하여 전담기관의 위원들 또한 원자재의 실제매입 여부에 대하여 구체적으로 전수조사를 하지 못하였을 것으로 판단되는 바, 청구법인의 주장대로 단지 전담기관이 현장실태조사를 했고 사업계획서에 각 원재료의 종류가 기재되어 있다고 하여 그러한 사실이 쟁점거래처들로부터 매입한 원재료가 실재하였다는 주장의 근거가 될 수는 없다.
(2) 쟁점거래처들이 청구법인으로부터 매출대금을 입금받는 즉시 또는 수일 내 현금으로 인출한 사실이 가공거래 판단과 무관하다는 청구법인 주장에 대해서 (가) 쟁점거래처들은 청구법인의 대표자와 친인척 관계에 있는 자들이 명의상 대표자로 있는 업체로 실제 고용된 직원이 없고, 대표자의 이력 및 사업현황 등으로 보아 청구법인에 고액의 실물을 공급할 능력이 없었던 것으로 판단된다. (나) 청구법인과 쟁점거래처들의 사업장 위치가 지리적으로 멀리 떨어져 있음에도 불구하고 쟁점거래처들의 전자세금계산서가 청구법인의 사업장의 컴퓨터에서 발급되 었고, 전자세금계산서를 발급함에 있어 동일한 공급자 메일 주소가 사용되었는바, 쟁점거래처들은 청구법인과 별개의 독립된 실체로서 존재하지도 않았으며, 각 대표자 들이 아닌 청구법인의 임직원들이 실질적으로 지배하고 운영하여 왔음이 확인된다. (다) 쟁점거래처들의 대표자 개인통장을 살펴보면, 청구법인으로부터 매출대금을 지급받는 즉시 또는 수일 내에 청구법인의 인근 금융기관에서 현금인출기로 출금하는 전형적인 허위거래 형태의 자금 순환구조를 보이고 있다.
1. 쟁점거래처들은 입금받은 매출대금 대부분을 즉시 또는 수일 내 현금으로 인출하였으며, 그 금액의 용도가 불분명하다.
2. 2012～2016년 청구법인으로부터 쟁점거래처들의 대표자인 OOO, OOO의 개인계좌로 입금 받은 매출대금을 당일 또는 수일 내 부산은행 CD기로 인출한 현황으로 상기 현금인출액 외 출금액 또한 소액의 매입세금계산서 대금을 제외하면 대부분 매출액이 발생함으로 인한 제세공과금이며 그 밖의 금원 또한 입금 즉시 신원 미상인 자에게 인터넷뱅킹으로 돌려준 내역이 나타나는바, 입금액 전체가 현금 인출된 것이 아니므로 가공거래라 하더라도 현금 출금액만을 상여처분하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.
3. 쟁점거래처들이 매출대금을 현금 인출한 OOO은행 각 지점이 쟁점거래처들의 사업장이 아닌 청구법인의 사업장 인근에 위치하고 있다.
① <표6>과 같이 쟁점거래처들의 현금인출은 청구법인의 사업장 위치에 따라 인출장소가 바뀌어 왔다.
② 쟁점거래처1의 대표자 OOO의 당시 주소지 및 사업장이 모두 OOO에 소재하고 있고, 쟁점거래처2의 대표자 OOO은 계속하여 OOO에 거주하고 있었으며, 특히 OOO의 경우 해외 출국기간에도 OOO에서 현금이 인출된 것으로 나타나는 바, 해당 통장 및 현금카드를 소지하여 수년에 걸쳐 지속적으로 현금 인출한 행위의 주체는 OOO, OOO 본인이 아닌 청구법인 관계자로 봄이 타당하다.
4. 쟁점거래처들의 매출액에 상응하는 경비 지출분이 확인되지 않는다. 정상적인 사업자라면 사업용 계좌로 매출대금을 입금 받은 후 그 대금을 자재 매입 혹은 인건비 지급 등에 사용하는 내역이 나타나야 하지만, 쟁점거래처들의 경우에는 그러한 사실이 전혀 나타나지 않고, 매출처로부터 입금된 금액이 다시 청구법인 사업장 인근 은행 지점에서 즉시 또는 수일 내 현금으로 출금되는 등 전형적인 허위거래 형태의 순환구조를 띠고 있으므로 이러한 비정상적인 대금흐름을 가공거래의 판단 근거로 보는 것은 경험칙상 합당하다.
(3) 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 거짓세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 과세처분은 정당하다. (가) 세금계산서의 허위수수에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있지만, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 그 대금지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있는 것이므로(대법원 1994.10.28. 선고 94누5816 판결) 청구주장을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙을 제출하지 못하는 한 상기 정황 등이 명백한 사실에 비추어 이를 가공거래로 판단할 수 있는 것이다. (나) 또한, 청구법인의 대표이사가 유사사건으로 2017.3.21. 검찰조사에서 증거불충분으로 불기소처분 받은 것은, 일부 허위로 거래한 점은 의심되지만 이를 증명할 수 있는 증거자료가 충분하지 못했다는 것으로 실물거래가 실제로 있었다고 판단한 것으로 볼 수는 없다. (다) 위와 같이 쟁점거래처들의 대표자는 청구법인의 대표자와 친인척관계에 있는 자들로서 고액의 실물 공급능력이 없고, 쟁점거래처들의 전자세금계산서 발행 및 매출·입 대금수수 등 사업의 가장 중요한 사항들을 청구법인이 직접 관리하고 있음이 확인되었으며, 원재료 사용 근거로 제출된 사진 또한 2개 이상의 세금계산서에 대한 첨부서류로 중복 사용된 사례가 확인되어 실거래임을 입증할 만한 신뢰할 수 있는 증빙이 아니므로 당초 쟁점매입세금계산서를 가공거래로 확정한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
(4) 청구법인 항변에 대한 처분청 의견 (가) 매입증거자료와 관련한 항변에 대한 의견
1. 청구법인은 출력물에 최초 설계시의 일자가 기재되어 있고, 2013년 7월 찍었던 모듈 사진을 2015년 9월에 다시 첨부한 이유를 기존에 개발된 기술에 수정을 가하는 용역을 제공받은 건이기 때문이라고 항변하고 있으나, 보고서철에 매입증빙으로 첨부된 자료로는 세금계산서, 거래명세표, 견적서가 있었고, 그 밖에 상기 종이 출력물 혹은 사진 1장 외에는 청구법인이 주장하는 최종 수정본임을 확인할 수 있는 어떠한 증빙도 첨부되어 있지 않았다.
2. 실물이 명백하게 존재하지 않는 소프트웨어 위주의 각종 시스템 연구개발의 경우 그 실질을 확인하기 위해서는 세부내용이 더 중요할 것임에도 각 보고서철에는 단순히 회로기판이나 모듈 사진 1장만 첨부되어 있었고, 기존에 개발된 결과물의 매입 증빙과 구별 가능한 다른 내용이 전혀 없었음에도 전담기관의 실사시 의문이 제기되지 않았고 추가 자료를 요구하지 않았는바, 처분청은 전담기관의 정산 절차 완료가 청구법인이 쟁점거래처들로부터 수취한 세금계산서가 가공거래가 아니라는 점을 담보할 수 없는 것으로 판단하였다.
3. 만약 청구법인의 주장대로 이전에 존재하던 기술에 수정을 가하여 연구과제를 수행하였고 그 결과 성실 수행 판정을 받은 것이 사실이라 하더라도, 청구법인 내에도 고용된 연구원들이 다수 근무하고 있다는 점과 사업이력 및 기술력 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점거래처들로부터 용역을 제공받은 것이 아니라 그것을 직접 수행하고 정부출연금을 지급받았을 가능성도 배제할 수 없는 것이다. (나) 쟁점거래처들의 매출처인 OOO 대표자들이 작성해준 ‘납품사실 확인서’와 관련한 의견 청구법인이 제출한 납품사실 확인서를 작성한 OOO 등에 대하여 쟁점거래처들과 청구법인이 발행한 전자세금계산서 내역은 아래 <표7>과 같다.
1. 위 내용에서 발급일자가 유사한 경우 청구법인과 쟁점거래처들이 전자세금계산서를 발행한 IP주소가 동일함을 알 수 있다.
2. 처분청이 과세전적부심사청구 답변시 동일한 전자세금계산서 IP주소를 가공확정 근거의 일부로 제출하자, 청구법인은 쟁점거래처들이 업무특성상 설치조건부 납품하므로 청구법인의 사무실로 대표자들이 직접 출장을 와서 납품 및 설치를 하고, 그 즉시 청구법인 사무실 컴퓨터를 사용하여 세금계산서를 발행한 후 인근 은행에서 현금으로 출금하여 인건비 및 재료비를 집행한 것이라고 일관되게 주장해 왔으나, 이러한 주장으로는 위 <표7>의 내용처럼 왜 쟁점거래처들이 청구법인이 아닌 OOO 등 타 거래처에 발행한 전자세금계산서의 IP주소 또한 청구법인과 동일한지에 대한 설명이 되지 않으며, 청구주장이 사실이라면 타 거래처들에 발행한 세금계산서의 IP주소는 타 거래처들 사무실 컴퓨터의 IP주소와 동일해야 할 것이다.
3. 납품사실확인서에 기재된 각 거래처는 청구법인의 주 거래처이기도 하며 각 품목 또한 청구법인의 주력 제품들인 것은 분명한 바, 해당 세금계산서 품목의 실제 공급주체가 청구법인일 수 있다는 가능성을 배제할 수 없는 상황에서 확인서만으로 쟁점거래처들이 실물공급능력이 있다고 판단할 수는 없다.
4. 청구법인은 중복 IP로 확인되지 않은 전자세금계산서 발행분을 근거로 쟁점거래처들의 실체가 있다고 주장하지만, 총 발급 건수 중 20～30%에 상당하는 전자세금계산서는 국세청 전산망에서 IP주소가 확인되지 않아 중복여부를 판단하지 못한 것이며, IP주소가 추출 가능했던 전자세금계산서는 100% 청구법인이 발행한 세금계산서의 IP주소와 동일하였다.
5. OOO 등이 입금한 매출대금을 쟁점거래처들이 현금으로 출금한 내역을 보면, 아래 <표8, 9>의 내용과 같이 청구법인이 아닌 타거래처들로부터 입금된 금액 또한 청구법인 인근에 위치한 은행 지점에서 CD기를 통해 현금 출금되는 바, 납품사실확인서가 오히려 쟁점거래처들이 청구법인에 발행한 세금계산서뿐만 아니라 다른 거래처들에 발행한 세금계산서 또한 실제 재화나 용역을 공급하지 않고 발행한 허위세금계산서임을 확인할 수 있도록 하고 있고, 이로써 쟁점거래처들은 실체가 있는 정상사업자가 아니었음을 알 수 있다. (다) 청구법인이 제출한 용역비 수취 ‘사실확인서’에 대한 의견
1. OOO은 청구법인에서 2017.1.1.～2017.11.13.까지 근무한 직원으로 처분청이 세무조사전 서면확인을 실시한 후부터는 쟁점거래처1에 근무하는 것으로 신고한 자이 고, 쟁점거래처1에서 근무하였다고 주장하는 2012～2016년까지 ㈜OOO 등 OOO에 소재한 법인에서 근무한 것으로 확인되는데 당시 연구교수로 재직하였던 OOO의 소 재가 OOO에 위치하여 있는 점 등에 비추어 쟁점거래처1에 용역을 제공하고 직접 대표자를 만나 현금으로 급여를 수령하였다는 내용의 확인서는 신뢰하기 어렵다.
2. 또한, OOO는 청구법인과 쟁점거래처1의 거래처이기도 한 ㈜OOO의 대표자로 청구법인 대표자 OOO과 OOO 대학원 선후배 사이로 확인되고, 위 업체 또한 청구법인과 동일하게 정부출연금을 지원받아 연구과제를 수행하는 법인이며, ㈜OOO이 2012～2016년까지 청구법인에 발급한 매출세금계산서는 OOO원이고, 쟁점거래처1로부터 수취한 매입세금계산서는 OOO원이다. 당초 근로소득지급명세서가 제출된 사실이 전혀 없고 신용에 문제가 없는 법인 대표자가 계속하여 현금 출금을 요구하여 계좌상 급여이체내역이 없는 것이라고 진술한 사실 및 각 거래처들 간의 관계를 종합하여 볼 때, 이 건 확인서 또한 신뢰할 수 없는 자료라고 판단된다. (마) 가공매입액을 전액 인정상여 처분한 것은 부당하다는 주장에 대한 의견 법인이 정상적인 지출이 아닌 가공경비를 장부에 손금으로 계상한 것으로 확인된 경우 특별한 사정이 없는 한 그 계상액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자에게 있는 것이며, 사외로 유출되어 그 귀속이 불분명한 금액에 대한 대표자 인정상여처분은 대표자에게 그러한 소득이 발생한 실질내용에 바탕을 두는 것이 아니라 법인의 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정사실에 대하여 그 실질에 관계없이 대표자에 대한 상여로 간주하는데 그 취지가 있는 것인 바(조심 2010서3029, 2011.2.16. 참조), 사외유출된 가공매입액 전액에 대하여 인정상여 처분한 것은 정당하다. (바) 쟁점거래처들로부터 수취한 모든 매입세금계산서에 대하여 건별로 전수조사를 하지 않았으므로 과세처분이 부당하다는 주장에 대한 의견 청구법인은 실지비용인지 여부가 다투어지는 세금계산서가 허위 또는 이중으로 증빙이 첨부되어 있던 3건 뿐이므로 처분청에서 모든 입증책임을 져야 한다고 하나, 위 내용들과 같이 쟁점거래처들로부터 수취한 세금계산서 총 118건 중 청구법인과 IP주소가 중복되는 80건과 출금목적 불분명한 현금 출금액 110건에 관련된 세금계산서 또한 실제 매입 여부가 의문인 거래인 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점거래처들은 독립적인 실체를 가진 정상적인 사업자로 보지 않는 것이 타당하다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법 제67조[소득처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 국세청 통합전산망에 의한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 사업자등록내역은 아래와 같다. (나) 쟁점거래처들의 사업장 기본사항은 아래와같다. (다) 쟁점거래처들의 사업장 소재지 및 대표자 주소지 변동내역은 아래와 같다. (라) 쟁점거래처들의 대표자 및 사업장 현황은 다음과 같다.
1. 쟁점거래처1의 대표자 이력 및 사업장 현황
① 근로소득지급명세서 등에 의하면 OOO는 쟁점거래처1을 개업한 이후인 2011.11.14.～2012.4.30. 렌트카회사인 OOO(주)에서 근무하였고, 2013년 7～8월에는 ㈜OOO에서 일용근로소득자로 근무한 이력이 확인된다.
② 2012∼2016년 원천세 신고 및 지급명세서 제출내역이 없고, OOO의 종합소득세 추계 신고시 주요 경비로서 인건비를 계상한 사실이 없으나, 청구법인은 관련 증빙 없이 쟁점거래처1에 대한 원가분석시 연간 총 인건비를 OOO원으로 산정하였다.
③ 쟁점거래처1의 2012년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 신고서상 매출과표는 OOO원, 매입과표는 OOO원으로 공급규모 대비 9.0%이다.
④ 또한, 쟁점거래처1이 2016년 9월 OOO에 OOO과 관련하여 제출한 기술사업계획서상 연구개발 책임자로 기재된 OOO에 대하여 쟁점거래처1이 급여 등을 지급한 내역은 나타나지 않고, 계획서상에는 OOO가 2016년 청구법인에서 퇴사한 것으로 기재되어 있으나, 근로소득 지급명세서에는 청구법인에서 2010.9.～2017.9. 동안 근무하고 타업체로 이직한 것으로 확인된다.
2. 쟁점거래처2의 대표자 이력 및 사업장 현황
① 근로소득지급명세서에 의하면 OOO은 청구법인의 대표자 OOO의 외삼촌으로 1992～1998년까지 자동차 부품 제조업체인 OOO에서 근무한 것으로 확인되고, 쟁점거래처2를 2015.7.30. 폐업한 후 2016.10.4.～2017.4.17.까지 페인트 도·소매업체인 OOO를 운영하였다.
② 쟁점거래처2는 원천세 신고 및 지급명세서 제출내역이 없고, OOO의 종합소득세 신고시 인건비를 계상한 바 없으나, 청구법인은 쟁점거래처2에 대한 원가분석시 연간 총 인건비를 OOO원으로 산정하였다.
③ 쟁점거래처2의 2012년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 신고서상 매출과표는 OOO원, 매입과표는 OOO원으로 공급규모 대비 4.7%이다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 쟁점국책과제 수행내역은 아래 <표10>과 같으며, 과제번호 3∼6, 8과 관련하여 사용액의 10%를 기술료로 받고 있는 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점세금계산서의 매입금액을 실제로 매입하였다는 증빙으로 원자재의 매입내역 및 사진을 제출하였다. (다) 과제별/매입처별 매입내역을 앞의 <표3>과 같이 제출하였는바, 쟁점거래처들로부터의 실제매입금액이 OOO원으로 국책연구과제 관련 매입세금계산서 수취금액 OOO원과 다소 차이가 있다. (라) 쟁점거래처들의 매출액 대비 매입액 비중이 낮아 쟁점매입세금계산서가 가공이라는 처분청 의견에 대한 반박자료로, 쟁점거래처들의 청구법인에 대한 매출 일부에 대한 원가분석 자료를 아래 <표11>과 같이 제출하였는바, 쟁점거래처1･2의 직접재료비 비율은 각각 10.60%와 15.36%로 나타난다. (마) 2016.11.23. 사기 혐의로 피고발된 청구법인의 대표자 OOO에 대한 OOO의 2017.3.21. 피의사건 처분결과통지서에 의하면 ‘혐의 없음(증거 불충분)’으로 처리된 사실이 나타난다. (바) OOO 과제의 전담기관인 OOO의 청구법인에 대한 현장실태 조사결과, 문제가 없었다는 증빙으로 공문을 제출하였다. (사) 쟁점거래처들이 실물 공급능력이 있다는 증빙으로 쟁점거래처의 거래상대방으로부터 납품사실확인서를 수취하여 제출하였고, OOO이 발행한 쟁점거래처1의 벤처기업확인서를 제출하였다. (아) 쟁점거래처들이 거래상대방의 요구로 인건비와 기술료 등을 현금으로 지급하게 되어 청구법인이 매출대금을 결제하면 즉시 현금을 인출하게 되었다고 주장하며, 그에 대한 증빙으로 대금 수취자인 OOO와 OOO의 사실확인서를 제출하였다.
(3) 처분청이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 청구법인이 매입 품목을 중복하여 허위로 계상하였다는 증빙으로 앞서 <사진1∼6>을 제출하였다. (나) 쟁점거래처들이 2012～2016년 홈택스를 이용하여 전자세금계산서를 발행한 내역은 다음과 같다.
1. 쟁점거래처들은 전자세금계산서 발행시 청구법인과 동일한 IP 및 CPU 고유번호를 사용하였는바, 청구법인의 IP 및 CPU 고유번호가 중복되는 건수는 쟁점거래처1 38건, 쟁점거래처2 17건이다.
2. 쟁점거래처들이 청구법인에 발행한 전자세금계산서에 기재된 공급자 이메일 주소가 쟁점거래처들간 동일하고, 일부는 청구법인의 대표이사 및 직원의 것으로 쟁점거래처들이 청구법인에게 발행한 2013～2016년의 전자세금계산서 발급내역을 살펴보면, 메일 아이디 OOO를 동일하게 사용한 것으로 확인되며, 쟁점거래처1은 총 37건 중 32건, 쟁점거래처2는 총 20건 중 16건을 위 메일 아이디를 사용하여 발급하였다. 공급자 이메일의 사용자 인적사항에 대하여 확인한바, 아래와 같이 청구법인의 과 장 및 대표이사가 쟁점거래처들의 매출세금계산서를 총 20건 발행한 것으로 확인된다. (다) 쟁점거래처들의 대표자 개인통장에서 청구법인으로부터 지급받은 대금을 현금으로 인출한 기간과 장소를 확인한 내역은 다음과 같다.
1. 쟁점거래처1
① 2012～2016년 청구법인으로부터 쟁점거래처1의 대표자 OOO의 계좌로 OOO원을 입금받은 후 OOO 지점 현금인출기로 위 금액 중 현금 OOO원을 출금(62%)하였으며, 총 건수 70건 중 37건(53%)은 당일 출금된 것으로 확인된다.
② 청구법인이 OOO에 사업장을 두었던 2013.4.30. 이전 현금인출기 출금건수 21건 중 18건이 OOO지점에서 인출되었으며, OOO로 사업장을 이전한 2013.4.30. 이후에는 OOO건이 출금된 것을 확인할 수 있다.
2. 쟁점거래처2
① 2012～2015년 기간 동안 청구법인으로부터 쟁점거래처2의 대표자 OOO의 계좌로 총 OOO원을 입금 받은 후 관련 입금액에서 OOO원 현금출금(69.5%)되었으며, 총 40건 중 25건(62.5%)이 당일 출금된 것으로 확인된다.
② 청구법인이 OOO에 사업장을 두었던 2013.4.30. 이전 현금 출금건수 17건 중 15건이 OOO지점에서 인출되었으며, OOO로 사업장을 이전한 2013.4.30. 이후에는 OOO지점에서 23건이 출금된 현황을 확인할 수 있다.
③ 출입국내역에 의하면, 쟁점거래처2의 대표자 OOO은 2013.7.23.부터 2013.7.26.까지 해외 출국 중이었으나, 2013.7.24. OOO 계좌로 OOO원이 청구법인으로부터 입금되었고, 30여분 후 OOO원이 OOO지점에서 현금 인출되었다. (라) 쟁점거래처들의 납품사실을 확인해 준 OOO 등과 관련하여 다음과 같은 사실이 확인된다.
1. OOO 등은 청구법인의 거래처이기도 한 바, 쟁점거래처들과 청구법인이 동일한 IP주소에서 OOO 등에게 전자세금계산서를 발행한 사실이 <표7>과 같이 확인된다.
2. 쟁점거래처들은 청구법인으로부터 수령한 거래대금을 출금한 장소와 동일한 곳에서 OOO 등에 대한 매출대금을 현금으로 출금한 사실이 <표8, 9>와 같이 확인된다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점연구과제를 수행하기 위하여 쟁점거래처들과 실물거래를 하였다고 주장하나, 처분청이 청구법인에 대한 사업장 현장조사시 각 연구과제별로 편철된 사업비 사용실적 보고서철에서 매입증거자료 중 일부가 허위 또는 이중으로 첨부되어 있는 등 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 중 일부가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보이는 점, 쟁점거래처들의 대표자는 청구법인 대표자와 친인척 관계에 있고, 쟁점거래처들이 실제 고용한 직원이 없는 것으로 보이며, 쟁점거래처들의 연구개발 책임자가 청구법인의 직원으로 확인되고, 대표자들의 근무 또는 사업 이력 등으로 보아 청구법인에게 쟁점연구과제의 필수원재료를 공급할 능력이 없어 보이는 점, 청구법인과 쟁점거래처들의 사업장 위치가 지리적으로 상당히 멀리 떨어져 있음에도 불구하고 쟁점거래처들의 전자세금계산서가 청구법인의 사업장에서 대부분 발급되었고, 쟁점거래처들이 전자세금계산서를 발급함에 있어 공급자의 이메일 주소를 청구법인의 대표자나 직원의 이메일 주소로 사용한 경우가 다수 발견되는 점, 쟁점거래처들이 본인 사업장이 아닌 청구법인 사업장 인근에서 입금된 매출대금을 출금하고, 청구법인의 사업장 이전에 따라 출금장소도 변동되고 있는 점, 용역제공대가 수취자인 OOO의 사실확인서에는 청구법인의 주장과 달리 현금으로 수취하였다는 내용이 나타나지 않고, 거래처들이 현금으로 수취하여야 할 별다른 이유도 확인되지 않아 쟁점거래처들이 현금으로 용역대가를 지급하였다는 청구법인의 주장이 설득력이 없어 보이는 점, 청구법인이 수행하는 연구과제의 수가 많고, 증빙의 양이 방대하며, 과제별 전담기관이 상이하여 전담기관이 현장 실태조사를 하고 사업계획서에 각 원재료의 종류가 기재되어 있다는 것만으로는 매입 원재료가 실제 구입되어 사용된 것으로 보기 어려운 점, 청구법인의 대표이사가 이와 유사 사건으로 2017.3.21. 검찰조사에서 증거불충분으로 불기소처분을 받은 사실이 실물거래가 있었다고 판단한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한, 법인이 정상적인 지출이 아닌 가공경비를 장부에 손금으로 계상한 것으로 확인된 경우 특별한 사정이 없는 한 그 계상액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자에게 있는 것이며, 사외로 유출되어 그 귀속이 불분명한 금액에 대한 대표자 인정상여처분은 대표자에게 그러한 소득이 발생한 실질내용에 바탕을 두는 것이 아니라 법인의 세법상 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정사실에 대하여 그 실질에 관계없이 대표자에 대한 상여로 간주하는데 그 취지가 있는 것인 바(조심 2010서3029, 2011.2.16. 참조), 처분청이 청구법인의 대표자에게 쟁점세금계산서상 사외유출된 가공매입액 전액에 대하여 인정상여로 소득처분한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.