조세심판원 심판청구 법인세

쟁점인력개발비가 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상인지 여부

사건번호 조심-2019-부-1051 선고일 2020.05.21

2013.2.15. 당시 인력개발비는 세액공제 대상에서 제외하지 않은 점, 2019.2.12. 동 규정이 개정되면서 인력개발비가 세액공제 제외 대상에 추가되었으나, 동 개정규정은 2019.1.1.부터 적용되는 것으로 부칙에 규정된 점 등에 비추어 처분청이 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 부인한 이 건 처분은 잘못이 있음

[주 문] OOO세무서장이 2018.12.5. 청구법인에게 한 아래 <표2> 기재 2014~2017사업연도 법인세 합계 잘못된 계산식 OOO의 각 부과처분은 아래 <표2> 기재 2014~2017사업연도 연구․인력개발비 세액공제액 합계 OOO각 사업연도분을조세특례제한법제10조 제1항에 따른 연구․인력개발비 세액공제 적용대상으로 하여 그 세액을 경정한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 고객상담, 고객관리 서비스업, 교육컨설팅 및 파견교육업, 근로자 파견업, 인력고용업, 시설관리업, 경비업, 주차관리, 청소용역업 등을 사업목적으로 하여 관련 인력을 파견․공급하는 용역사업을 영위하는 업체로 사용인(훈련생)에게근로자직업능력 개발법제24조에 따 라 직업능력개발훈련을 실시하면서 훈련비, 식비 등의 교육훈련비(이하 “훈련수당”이라 한다)를 지급하였고, OOO(고용노동부)으로부터 훈련실시 및 훈련수료에 따른 정해진 훈련지원금을 수령하였다.
  • 나. 청구법인은 위와 같이 사용인(훈련생)에게 지급한 훈련수당이조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]의 제2호(인력개발) 나목, 그리고 조특법 시행규칙 제7조 제9항 제5호에 따른 인력개발비(직업능력개발훈련비, 이하 “쟁점인력개발비”라 한다)에 해당한다고 보아 아래 <표1>과 같이 조특법 제10조에 따라 세액공제하여 2014∼2017사업연도 법인세를 신고하였다. <표1> 연구·인력개발비 세액공제 내역 (단위: 원)
  • 다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 함)은 2018.10.2.〜2018.11.21. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점인력개발비는 국가로부터 지원받아 지출하는 것으로 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 관련 법인세 경정자료(기타 조사적출사항 포함)를 통보하자, 처분청은 각 사업연도의 연구·인력개발비 세액공제액 및 기타 조사적출사항 관련 손금 등을 부인하여 2018.12.5. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2014~2017사업연도 법인세 합계 잘못된 계산식 OOO각 경정․ 고지하였다. <표2> 처분청이 부인한 연구·인력개발비 세액공제액 및 전체 고지 내역 (단위: 원)
  • 라. 청구법인 은 이에 불복하여 2019.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점인력개발비는 연구·인력개발비 세액공제 적용대상이므로 이 건 처분은 부당하다(주 위적 청구). (가) 쟁점인력개발비(훈련수당)는 연구․인력개발비 세액공제 적용 대상이다.

1. 조특법 제9조 제5항에서 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있다.

2. 또한 조특법 시행령 제8조 제1항에서는 조특법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 조특법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표 6]의 비용을 말한다고 규정하고 있고, 조특법 시행령 [별표 6]의 “연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용”에서는 1. 연구개발과 2. 인력개발로 구분하고 있는바, 청구법인이 지급한 훈련수당은 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]의 비용 중 “2. 인력개발 나.근로자직업능력 개발법또는고용보험법에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용”에 해당하는 인력개발비로서 연구·인력개발비 세액공제 적용대상이다. (나) 훈련수당에 대한 지원금은 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 비용이 아니다.

1. 과도한 조세지원을 축소하기 위하여 조특법 시행령 제8조 제1항 단서가 2013.2.15. 개정(대통령령 제24368호)되면서 조특법 제10조의2에 근거하지 않더라도 정부 등으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액의 경우 세액공제 대상에서 제외하도록 하였는바, 그 부칙에서 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다고 규정하고 있다.

2. 한편, 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 조특법 시행령 제8조 제2호를 “국가, 지방자치단체,공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액”으로 개정하면서 그 개정이유로 ‘정부 출연금 등으로 지급한 인력개발비도 R&D비용 세액공제 대상에서 제외됨을 명확화’하였다고 밝히고 있다.

3. 따라서 청구법인이 지급한 훈련수당에 대하여 OOO(고용노동부)으로부터 ‘사업주 직업능력개발훈련비’를 지원받은 것은 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 조특법 시행령 제8조 제2호가 개정되기 전의 것으로서 이는 연구개발 등을 목적으로 연구개발비로 지출하기 위한 정부 출연금이 아닌 것임이 명백하므로 2019.2.12. 조특법 시행령 개정 전 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 비용이 아닌 것이다.

4. 또한 처분청은 청구법인이 선지급한 훈련수당 전액을 OOO(고용노동부)으로부터 훈련지원금으로 수령한다는 의견이나, OOO(고용노동부)으로부터 지원받는 ‘훈련비용’은근로자직업능력 개발법제12조에 따라사업주 직업능력개발훈련 지원규정‘<별표2> 직종별 훈련비용 기준단가’ 등에 의하여 지원받은 지원금이지 청구법인이 직업능력개발훈련 실시에 따라 직접 발생한 교육훈련비를 보전받는 것은 아니다. (다) 조세법률주의의 ‘과세요건 명확주의’와 ‘엄격해석의 원칙’ 및 조세법의 ‘합목적적 해석’에도 위배된다.

1. 조특법 시행령 제8조 제1항 제2호는 상세하고 명확하게 “국가 등으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아연구개발비로 지출하는 금액”에 대해서만 연구·인력개발비 세액 공제대상에서 제외하도록 하고 있다.

2. 또한, 조세법의 해석에 있어서 조세법률주의 대전제를 존중하여야 하는 이상 엄격해석을 하는 것이 원칙이어야 하고, 합목적적 해석은 예외적인 수단으로만 동원되어야 한다. 즉, 합목적적 해석은 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 불가피한 경우에 한하여 허용되는 것이다.

3. 청구법인의 인력개발비에 대하여 설령 정부로부터 훈련수당을 지원받았다 하더라도 그 지원금이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 명확한 법문의 규정이 없는데도 불구하고, 이를 “국가 등으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아연구개발비로 지출하는 금액”에 유추 적용하여 청구법인이 훈련수당을 지급하고 OOO(고용노동부)으로부터 지원받은 금액을 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것은 과세요건 명확주의와 엄격해석의 원칙에 어긋날 뿐만 아니라 입법 취지에 비추어 봐도 조세법의 합목적적 해석에 위배되는 것이다. (라) 쟁점인력개발비(훈련수당에 대한 지원금)는 연구개발출연금과는 전혀 다른 성격의 지원금으로서 연구·인력개발비 세액공제 대상이다.

1. 청구법인이 직업능력개발훈련을 실시하고 OOO(고용노동부)으로부터 훈련수당을 지원받는 것은 사업주로 하여금 직업능력개발훈련 실시를 촉진하므로 대량 실업의 발생이나 그 밖의 고용상태 불안 등을 해소하기 위한 유인책의 일환으로 지원하는 것일 뿐 조특법 시행령 제8조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 연구·인력개발비 세액공제대상에서 제외되는 “연구개발 등을 목적으로 국가 등으로부터 받은 연구개발 출연금”과는 전혀 다른 성격의 지원금이다.

2. 그리고 개정 전 조특법 집행기준 10-0-2 제2항에서도 “ 근로자직업훈련촉진법 또는 고용보험법에 의한 일정요건을 갖춘 자체직업훈련이나 위탁교육훈련을 하는 경우 노동부에서 지원받는 지원금상당액을 연구·인력개발비로 사용한 경우에는 연구·인력개발비세액공제 대상이 된다”라고 규정하고 있었다.

3. 따라서 청구법인이 훈련수당을 지급한 후 OOO(고용노동부)으로부터 받은 지원금(쟁점인력개발비)은 조특법 시행령 제8조 제1항 제2호에서 규정하는 연구개발출연금과는 전혀 다른 성격의 지원금이므로 연구·인력개발비 세액공제 대상임이 명확한 것이다. (마) 법령해석을 하면서 소급하여 적용하는 것은 부당하다. 1)국세기본법제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 하는 ‘비과세 관행 또는 해석에 반한 소급과세의 금지’를 규정하고 있다.

2. 조사청은 법인세 통합조사 과정에서 과세행정청의 행정해석이 없는 상태이고, 법 취지가 이중지원(정부 출연금과 세액공제)을 축소하기 위한 것이므로 지원금의 명목에 불구하고 정부로부터 지원금을 수령하는 경우에는 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것이라고 하면서 국세청에 ‘과세기준자문 신청’을 하였으며, 국세청은 이에 대하여 “조특법 시행규칙 제7조 제9항 제5호에 해당하는 훈련수당 등의 인력개발비를 지출한 후 국가로부터 전액 훈련지원금으로 수령하는 경우 해당 인력개발비 지출액은 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것입니다”라고 회신하였다. 3) 국세청의 위 회신은 확장해석으로 입법 취지에도 부합하 지 않을 뿐만 아니라 너무나 국고주의적인 편향된 해석이라 아니 할 수 없다. 그럼에도 불구하고 국세청은 비공개된 회신내용을 2018.11.14. 공개(기준-2018-법령해석법인-260)하였는바, 동 행정해석에 따른 적용은 이를 공개한 2018.11.14. 이후 발생하는 분부터 적용 하여야 조세법의 법적안정성과 예측가능성을 보장할 수 있는 것이다.

(2) 납부불성실가산세는 감면하여야 한다 (예비 적 청구). 국세기본법제48조 제1항 제2호에 의하면 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”에는 가산세를 감면하도록 규정하고 있는바, 이 건 쟁점은 세법해석에 대한 것으로 납세자의 입장에서는 법문의 규정대로 해석하는 것이 타당하고, 이에 대한 과세행정청의 명확한 유권해석이 없는 상태에서 정당한 행위를 한 것이다. 따라서 처분청이 국세청의 새로운 해석으로 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제한다 하더라도, 납부불성실가산세는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 당연히 감면되어야 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 쟁점인력개발비는 조특법 제10조의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다(주위적 청구). (가) 고용노동부 등으로부터 지원받은 금액은 조특법 제10조의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

1. 조특법 시행령 제8조에는 ‘국가 등으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액’에 대하여 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 규정하고 있는바, 쟁점인력개발비는 사용인(훈련생)에게 지급하고, 해당 인력개발비 전액을 고용노동부로부터 수령하고 있어 조특법 시행령 제8조 단서규정에 해당한다. 2013.2.15. 개정된 조특법 시행령 제9조는 당초 열거된 법률에 의한 출연금만 배제한 것을 정부 등으로부터 지급받은 출연금 등을 지출하는 금액 전체에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 배제함으로써 자비로 지출한 경우와 보조금 등을 지출한 경우를 달리 적용하기 위함이며, 개정취지도 과도한 조세지원을 축소하기 위하여 정부로부터 지급받은 출연금에 대한 연구·인력개발비용 세액공제를 배제하지 위함으로 규정하고 있다. 2) 이와 더불어 2012년 집행기준(조특법 집행기준 10-0-2)에는 해당 인력개발비가 연구·인력개발비세액공제 대상에 해당한다고 규정되어 있었으나, 2014년 집행기준에서 삭제되었고, 이러한 취지는 아래의 국고보조금과 관련된 심판례(조심 2013부1742, 2013.10.22.)에서도 나타난다.

3. 청구법인의 인력개발비는 고용노동부에서 전액 지원받고 있는 바, 이는 조특법 시행령 제8조 예외사항의 “정부출연금 등을 교부받아 연구개발비로 지출한 경우”와 동일하여 조특법 제10조의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다. 조특법 제10조의 연구·인력개발비는 같은 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말하고 동 [별표6] 나목에서는 훈련실시 등에 소요되는 비용(근로자직업능력 개발법또는 고용보험법에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것)을 말하는바, 이는 해당 법인이 교육 실시에 따라 실지 “소요되는 비용”으로 해석하는 것이 타당하므로 고용노동부 등으로부터 지원받은 금액 등은 제외하고 법인이 실제 부담하는 비용만이 인력개발비에 해당한다고 판단된다.

4. 청구법인은 채용예정자, 사용인(훈련생)에 대해근로자직업능력 개발법제24조에 따라 직업능력개발훈련을 실시한 후, 인력개발비(직업능력개발훈련비)에 해당하는 훈련수당을 사용인(훈련생)에게 지급하고, 고용노동부로부터 선지급한 훈련수당 전액을 훈련지원금으로 수령하고 있다. (나) 2019년 개정된 조특법 시행령 제8조 및 과세자문(기준-2018-법령해석법인-260)은 새로운 해석이 아니라 명확화를 위한 것이다.

1. 2019.1.1. 개정된 조특법 시행령 제8조의 개정취지는 연구·인력개발비에서 제외되는 비용이 ‘연구개발 등 목적의 국가·지자체·공공기관의 출연금’에서 ‘연구·인력개발 목적의 국가·지자체·공공기관의 출연금’으로 개정하여 R&D비용으로 흔히 사용하고 있는 용어의 명확화를 위함이라고 밝히고 있다.

2. 청구법인이 제출한 개정취지 등에도 ‘R&D비용’, ‘R&D세액공제’에는 연구·인력개발비를 포함한 개념으로 널리 통용되어 쓰이고 있으며, 조특법 시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제4항 제2호에서는 “연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용”을 “연구개발비”로 보고 있어 연구개발비에 인력개발비용을 포함한 개념으로 규정하고 있다.

3. 따라서 과세자문이나 2019년 개정된 조특법 시행령 제8조는 새로운 해석 등이 아니라 용어를 명확화하기 위한 것으로, 청구법인은 정부 등으로부터 출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 경우 연구·인력개발세액공제를 배제한 2013.2.15. 개정된 세법을 적용하는 것이 타당하다. (다) 처분청의 세액공제 부인은 조세법률주의 및 조세법의 합목적적 해석에 위배되지 않는다. 1) 2019.1.1. 개정된 조특법 시행령 제8조는 개정 전의 ‘연구 개발 등’과 ‘연구개발비’로 규정되어 있던 부분을 “연구개발 또는 인력개발 등”과 “연구개발비 또는 인력개발비”로 구체화한 것으로, 인력개발비는 개정 전의 시행령 제8조에 의하더라도 당연히 포함되는 것이고, 이는 본조의 개정취지를 보더라도 명확하게 드러난

  • 다. 2) 청구법인이 제출한 개정취지를 살펴보면, 개정이유에 “정부출연금 등으로 지급한 인력개발비가 R&D비용 세액공제 대상에서 제외됨을 명확화”한다고 설시하고 있는바, 이는 개정 전 규정에 의하더라도 당연히 세액공제 대상에서 제외되는 것이지만 개정을 통해 이를 더욱 확실하게 정한다는 의미로, 만약 청구법인의 주장과 같이 개정법을 통해 새로이 인력개발비가 공제 대상에서 제외됨을 규정한 것이라면 이는 “인력개발비가 R&D비용 세액공제 대상에서 제외됨을 신설”로 기재하여야 할 것이지, 명확화로 기재할 수는 없는 것이다.

3. 결국 처분청의 세액공제 부인에 따른 과세처분은 조특법 및 같은 법 시행령을 정확하게 적용한 것으로 조세법률주의에 위반함이 없고, 개정법률의 취지 등을 종합한 합목적적 해석에도 합치하는 정당한 것으로, 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유 없다. (라) 쟁점인력개발비에 연구·인력개발비 세액공제를 인정할 경우, 이는 과세공평성을 해치는 이중공제에 해당한다.

1. 2013.2.15. 개정된 조특법 시행령 제8조는 당초 열거된 일부 법률에 의한 출연금만을 배제한 것을, “정부 등 출연금으로 지출한 전체에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 배제”하는 것으로 개정하였는데, 이는 자비로 지출한 경우와 정부 출연금으로 지출한 경우를 달리 적용하기 위한 것으로 당시 개정취지에서도 ‘과도한 조세지원을 축소하기 위하여, 정부로부터 지급받은 출연금에 대한 R&D비용 세액공제 배제’하기 위함이라고 명확하게 기재되어 있다. OOO(고용노동부)으로부터 교육훈련비 전액 이상을 지원받고 있는 청구법인에게 중첩하여 연구·인력개발비 세액공제를 인정하는 것은 이중공제에 해당하며, 이는 과세 공평성이 현저히 침해되는 결과를 초래한다.

2. 개정목적·개정취지·중요도를 종합하여 살펴보면 연구개발비가 많은 비중을 차지하는 것이 당연한바, 개정취지가 과도한 조세지원을 축소하기 위하여 정부로부터 지급받은 출연금에 대한 R&D비용 세액공제 배제하기 위함이라고 한다면 연구·인력개발비 모두 해당된다고 봄은 당연한 것이고, 조특법 시행령 제5조 제4항 제2호에서 “연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용”을 “연구개발비”로 보고 있어 연구개발비에 인력개발비용을 포함한 개념으로 규정하고 있는 것 또한 그러한 이유이다. (마) 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 ‘비용지출’에 대한 세액공제이다.

1. 연구 및 인력개발비 세액공제는 ‘비용지출에 대한 세액공제’라는 점을 명시하고 있으며, 이는 적용받는 기업들의 비용지출을 보전하여 연구 및 인력개발을 촉진하고 기술을 축적하기 위함이 그 본질인 것이므로 청구법인과 같이 실제 소요되는 비용이 없는 법인에게는 지원을 배제하는 것이 당연하고, 2013.2.15. 시행령 개정을 통하여 이를 명백히 하였다.

2. 결국 이 건 과세처분은 조특법령을 정확하게 적용한 것으로 조세법률주의에 부합하고, 아울러 개정법률의 취지 등을 종합한 합목적적 해석에도 부합하는 정당한 것이다.

(2) 납부불성실가산세를 감면할 수 없다(예비적 청구). 처분청의 세액공제 부인은 조특법 제9조, 같은 법 시행령 제8조, 같은 법 시행규칙 제7조를 적용하여 법문의 규정에 따른 타당한 처분인바, 개정법의 취지를 자의적으로 왜곡한 해석을 전제로 한 청구법인의 주장을 납세자의 정당행위나 정당한 사유라 볼 여지는 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점인력개발비가 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상인지 여부(주위적 청구)

② 청구법인이 쟁점인력개발비를 세액공제한 것에 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세 감면대상인지 여부(예비적 청구)

  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 직업능력개발훈련과정 인정 신청서, 2012년 및 2018년 개정세법 관련내용, 국세청 세미래콜센터 세법질의 답변내용 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 2013.2.15. 조특법 시행령 제8조 제1항의 개정취지가 과도한 조세지원을 축소하기 위하여 정부로부터 지급받은 출연금에 대한 연구개발비 세액공제를 배제하기 위함이라고 한다면 연구·인력개발비 모두 해당된다고 봄은 당연한 것이고, 2019.2.12. 동 조항을 개정하면서 인력개발비가 추가로 규정된 것과 관련하여 그 개정이유를 정부지원 인력개발비가 세액공제 대상에서 제외됨을 “명확화” 하였다고 밝히고 있는바, 정부로부터 지원받는 인력개발비도 2013.2.15. 개정 이후 세액공제 대상에서 제외된다는 의견이다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건 또는 비과세·감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것 인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등), 위와 같이 2019.1.1. 개정된 조특법 시행령 제8조의 개정이유에서 정부가 지원한 인력개발비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됨을 “명확화” 한다고 되어 있다 하더라도 이는 법문언이 정한 그 명시적 의미에 앞선다고 할 수 없으며, 조특법 제9조 제5항에서 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하여 ‘연구개발’과 ‘인력개발’의 개념을 명확히 구분하고 있고, 2013.2.15. 동 규정 개정시 정부가 지원한 연구개발비를 세액공제하는 것은 과도한 조세지원이라 하여 세액공제 대상에서 제외하였으나, 당시 인력개발비는 세액공제 대상에서 제외하지 않은 점, 2019.2.12. 동 규정이 개정되면서 인력개발비가 세액공제 제외 대상에 추가되었으나, 동 개정규정은 2019.1.1.부터 적용되는 것으로 부칙에 규정된 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 2014〜2017사업연도 연구·인력개발비 세액공제액(쟁점인력개발비 관련)을 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다음으로 위와 같이 쟁점①이 인용됨에 따라 예비적 청구인 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정된 것) 제9조 (연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  • 가. 기업유형에 따른 비율

1. 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2. 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

  • 나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액(이하생략) (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정되기 전의 것 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 구분 비용 2.인력개발

  • 가. (생략) 나.근로자직업능력 개발법 또는고용보험법에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것 (이하생략) [별표 6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관 련) (나) 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기 관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 부칙 <대통령령 제29527호, 2019.2.12.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의2 제8항ㆍ제13항의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행하고, 제9조 제9항부터 제13항까지, 제22조의9제1항 및 별표 6의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16009호조세특례제한법일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (다) 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정된 것 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 (라) 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ⑦ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ⑨ 영 별표 6의 제2호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

1. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 근로자직업능력 개발 법제2조 제1호에 따라 직업능력개발훈련(이하 "직업능력개발훈련" 이라 한다)을 실시하는 경우의 실습재료비(해당 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 아니하는 것에 한한다) 2.근로자직업능력 개발법제20조 제1항 제2호에 따른 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비

4. 근로자직업능력 개발법제33조에 따른 직업능력개발훈련교사의 급여

5. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서근로자직업능력 개발법제24조에 따라 고용노동부장관의 인정을 받은 훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당·식비·훈련교재비 및 직업훈련용품비(이하생략)

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)