조세심판원 심판청구 양도소득세

8년 자경농지를 판단함에 있어 쟁점토지가 양도시점에 농지에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2019-부-0834 선고일 2019.05.07

처분청이 쟁점토지를 양도일 현재 농지에 해당되지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2006.2.28. 부(夫) OOO의 사망으로 OOO 답 2,430㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 동 토지 위의 축사 278.4㎡ 및 관리사 64㎡를 상속을 원인으로 취득하여 보유하다가, 2018.2.26. OOO 외 1명에게 OOO원에 양도한 후,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면OOO을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 2018.9.28.~2018.10.18. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당하지 않는다고 보아 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용을 배제하여 2018.11.16. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인과 망부(亡夫) OOO는 사업소득이나 근로소득의 발생 이력이 한 번도 없는 전업농민이고, 망부(亡夫) OOO은 1999년 4월경 쟁점토지를 취득한 후, 2003.3.7. 동 토지 위에 축사 및 관리사 342.4㎡를 신축하여 축산업인 육우를 시작하였고 나머지 1,849㎡ 상에는 비닐하우스 4동을 설치하여 7년 6개월간 농업에 종사하였으며, 청구인은 상속으로 취득한 쟁점토지 중 1,849㎡를 2015년 12월경까지 약 9년 여간 경작하였다.

(2) 청구인은 2012.2.20. 쟁점토지의 지목을 답에서 목장용지로 변경 하여 농업과 축산업에 계속 종사하다가, 2015.12.17. 쟁점토지를 주식회사 OOO(이하 “(주) OOO”이라 한다)의 현장사무실OOO로 2016.2.24.~2018.2.23.(2년간) 연간 임대료 OOO원에 대여한 후, 2018.2.7. 동 공사가 완전 개통되어 2018년 1월경 (주) OOO은 쟁점토지를 원래대로 농지로 복구하였다.

(3) OOO 외 1명은 2018.2.26. 청구인으로부터 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지의 전체 면적 2,430㎡ 중 1,430㎡를 농지로, 나머지 1,000㎡는 대지로 각 하여 OOO에 취득세를 납부하였던바, 쟁점토지 중 1,430㎡에 대하여는 농지로 보아 자경농지에 대한 양도소득세OOO 감면을 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 자경농지란 전, 답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지를 말하고 농지경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등을 포함한다. 따라서 공부상 지목이 농지라고 하더라도 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면대상인 토지에 해당하지 않는다(대법원 1990.2.13. 선고 89누664 판결 등, 참조).

(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하기 직전 2년간 공사 현장사무실로 임대하였고 그 만료일(2018.2.23.) 전에 복구사유(공사종료)가 발생하여 2018년 1월경 원상복구하였다고 주장하나, 임차인 (주) OOO이 쟁점토지의 복구공사와 관련하여 OOO에서 교부받은 개발행위 준공검사필증에는 준공검사일자가 2018.3.20.인 반면, OOO 외 1명과 매매계약을 체결한 날은 2018.1.18.인 점, (주) OOO의 직원OOO과 통화한 결과, 쟁점토지의 원상복구 당시 청구인과 OOO 외 1명 사이에 매매계약이 이미 체결되었다고 증언한 점 등을 볼 때, 쟁점토지는 양도일 당시(2018.2.26.) 농지의 성격을 잃었을 뿐만 아니라 일시적 휴경상태라 볼 수도 없다.

(3) 청구인은 OOO 외 1명이 쟁점토지를 취득한 후 일부 면적에 대하여 농지로 하여 주무관청에 취득세를 납부한바, 동 면적에 대하여는 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 2018.3.20.에 비로소 복구가 완료되었고 OOO 외 1명은 쟁점토지의 원상복구공사 준공검사 완료일로부터 6일 만인 2018.3.26.에 쟁점토지를 사업장소재지로 한 부동산임대 사업자등록을 하여 2018.4.23. OOO 주식회사에 임대한 점 등을 볼 때, 쟁점토지는 양도당시 농경장애의 원인이 제거되지 아니한 상태라 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 8년 자경농지를 판단함에 있어 쟁점토지가 양도시점에 농지에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[ 대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66 조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인과 처분청 사이에 이 건 쟁점토지가 양도일 현재 농지에 해당하는지 여부를 제외하고는 양도소득세 감면요건에 대하여 다툼이 없다. (나) 처분청의 양도소득세 조사종결보고서를 보면, 청구인은 2006. 2.28. 부(夫) OOO의 사망으로 쟁점토지를 상속을 원인으로 취득한 후, 2012.2.20. 동 토지의 지목을 답에서 목장용지로 변경하였고, (주) OOO과 2012.2.24.~2016.2.23.(1차), 2016.2.24.~2018.2.23.(또는 공사 종료시, 2차) 기간 동안에 쟁점토지를 OOO 건설현장사무실(숙소, 교육장, 식당)로 임대차하는 계약을 체결하였으며, 그 종료일 전인 2018.1.8. 동 토지를 OOO 외 1명과 매매하는 계약을 체결하여 2018.2.26. 소유권이전등기를 하였으며, 조사담당이 (주) OOO 직원OOO과 통화한바, 2018.1.21.~2018.3.16. 복구공사를 하였다는 취지의 답변을 들었다. (다) (주) OOO은 2018년 3월경 OOO 외 1명이 확인한 ‘용지원상복구확인서’를 첨부하여 OOO에게 개발행위준공검사신청서를 제출하였다. (라) OOO이 2018.3.20. (주) OOO에게 통보OOO한 개발행위(토지형질변경) 준공검사 결과 통보 및 필증 교부를 보면, “쟁점토지 외 3필지 3,133㎡에 고속국도OOO호선 OOO외곽순환 건설공사(4공구) 현장사무실을 목적으로 개발행위허가 및 농지 타용도 일시사용 허가를 득하고 사업완료에 따라 준공검사 신청한 건에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제62조 제1항에 따라 개발행위(토지형질변경) 준공검사 결과를 통보합니다”라고 기재되어 있고, 위 같은 날에 교부한 개발행위 준공검사필증 상의 준공내용을 보면, 위치는 ‘쟁점토지 외 3필지’, 면적은 ‘3,133㎡’, 사업기간은 ‘2012.4. 6.~2018.2.23.’, 기타는 ‘지목변경 불가’, 준공검사일자는 ‘2018.3.20.’이라고 기재되어 있다. (마) 청구인(임대인)이 2012.2.20. (주) OOO(임차인)과 체결한 부동산 임대차계약서(1차) 상 특약사항을 보면, “1. 지장물은 임대인 2012. 3.3.까지 사전철거 및 폐기물을 처리한다(세입자 이사기한 3.31.)., 2. 축사동(278.4㎡)은 임차인이 내부를 변경하여 사용할 수 있도록 한다., 3. 계약기간은 2016.2.23.까지이나 임차인 요청시 연장하기로 한다., 4. 토지 임차기간 연장 시는 연장기간 동안 위 임차료의 일할계산한다., 5. 1~2년차분 잔금 OOO원은 가설사무실 인허가 승인시 일괄 지급한다., 6. 임대인은 해당 토지 및 물건의 매매가 있을시 매도인에게 본 임대차 계약의 내용을 통보하고 매도인에게 동일한 조건으로 인계한다. 이로 인한 임차인의 손해 발생시 임대인은 이를 보상하여야 하며, 민형사상의 책임을 지기로 한다(또한, 매도시 임차인에게 즉시 통보한다).”고 각 기재되어 있고, 2015.12.17. 체결한 토지 임대차계약서(2차) 상 주요내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 토지 임대차계약서 상 주요내용 (바) 쟁점토지의 항공촬영사진 7매(2015년, 2008년, 2009년, 2012년, 2014년, 2016년, 2017년)를 보면, 쟁점토지 위에 용도가 불분명한 건축물이 존재한다.

(2) 청구인은 이 건 청구 시 2018.1.8. OOO 외 1명과 쟁점토지 및 축사 등에 대하여 체결한 부동산매매계약서를 제시하였고, 동 계약서 상 특약사항에는 잔금 OOO원을 축사 내 폐기물 처리후 입금한다는 취지로 작성되어 있다.

(3) 청구인은 이 건 청구 시 양도일까지 쟁점토지를 직접 경작하였고 OOO 외 1명의 취득세 납부내역 상 쟁점토지의 전체 면적(2,430㎡) 중 1,430㎡를 농지로 하여 취득세를 자진납부하였던바, 동 면적(1,430㎡)에 대하여는 자경농지에 대한 양도소득세OOO 감면을 적용하여야 한다고 주장하면서, 그 증빙으로 2002.4.16. 최초등록한 농지원부, OOO 외 3명이 작성한 인우증명서 1부, OOO이 2018.4.27. 발급한 조합원증명서 및 거래자별 매출상세내역(2005.1.1.~2011.12.31.), OOO 외 1명의 취득세 납부내역 사본 등을 제시하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양수자인 OOO 외 1명이 쟁점토지를 취득한 후, 그 중 1,430㎡에 대하여 농지로 하여 취득세를 자진신고․납부하였던바, 동 면적에 상당하는 양도소득세OOO를 감면하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 양도일 현재(2018.2.26.) 공사현장 사무실에서 농지로의 원상복구 공사가 계속 진행 중에 있었던 것으로 확인된 점, 양도일 직후 양수자가 쟁점토지를 사업장소재지로 하여 부동산임대 사업자등록 및 임대를 개시한 점, 양도일 현재 농지라는 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 양도일 현재 농지에 해당되지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)