조세심판원 심판청구 양도소득세

법인으로 보는 단체로 승인받기 전 발생한 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2019-부-0584 선고일 2019.12.24

청구종중의 최초 사업연도 종료일은 201×.××.××.로 봄이 타당하고, 쟁점토지 양도소득은 최초 사업연도 종료일부터 소급하여 1년 내의 범위에 있다 할 것이므로 법인세법 시행령 제3조 제2항에 따라 쟁점토지 양도소득에 대하여 법인세를 과세하는 것이 타당하다고 판단됨

주 문

OOO장이 2018.10.22. 청구법인에게 한 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 OOO의 14세손 OOO 후손을 회원으로 하는 종중으로, 2014.4.18. 법인이 아닌 단체로 신청하여 고유번호를 부여받은 후 2017.11.30. OOO 임야 4,149㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 수용을 원인으로 OOO원에 양도(잔금청산일 2017.11.30.)한 후 2018.1.10. 양도소득세 예정신고를 한 다음, 2018.7.31. 두 번째 수정신고로 2017년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고하였다.
  • 나. 이후 청구법인은 2018.8.21. 처분청에 법인으로 보는 단체 승인신청을 하여 2018.8.27. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 2018.8.27. 청구법인의 최초사업연도는 2017.11.25.~2018.11.24.이고, 쟁점토지의 양도차익은 최초사업연도 종료일(2018.11.24.)부터 소급하여 1년 이내의 것이므로 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 법인세로 과세되어야 한다는 이유로 과다납부한 양도소득세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.
  • 다. 처분청은 2018.10.22. 청구법인의 회칙상 회계연도(당해 연도 묘사일부터 다음 해 묘사일까지)의 기간이 1년을 초과하여 이는 법인세법 제6조 제1항 의 사업연도로 볼 수 없고, 사업연도를 별도로 신고한 사실도 없다고 보는 한편, 2017.11.30. 발생한 쟁점토지 양도차익은 최초 사업연도 종료일(2018.12.31.)부터 소급하여 1년을 벗어난 범위에 있어 법인세 과세대상이 아니라는 이유로 2018.10.22. 경정청구를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.1. 이의신청을 거쳐 2019.1.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 사업연도는 종중 회칙상 회계기간인 묘사일부터 그 다음 묘사일의 전일까지로 하여야 하고, 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받은 최초 사업연도는 직전 연도의 묘사일(2017.11.25.)부터 그 다음 묘사일 전일(2018.11.24.)까지이고, 쟁점토지 양도차익은 2017.11.30. 발생하였으므로 최초 사업연도가 1년을 초과하지 아니하는 기간의 범위 내에 있으므로 법인세로 과세되어야 한다.

(2) 청구법인은 2018.8.20. 법인으로 보는 단체의 승인신청서(국세기본법 시행규칙 별지 제6호 서식)에 제1기 사업연도의 기간을 2017.11.25.~2018.11.24.로 명시하였으므로 사업연도의 기간을 법인세법 제6조 제2항 에 따라 신고한 것으로 보아야 하고, 쟁점토지 양도차익을 법인세로 과세하여야 한다. (가) 쟁점토지 양도소득 전액이 청구법인 명의의 계좌에 입금되어 청구법인에게 귀속되었고, 이와 관련한 제세금도 모두 납부되어 조세포탈의 우려가 없다. (나) 청구법인은 2018.8.20. 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하면서 그 신청서에 “1기 회계연도”를 “2017.11.25.~2018.11.24.”로 명확히 기재하였다. 이에 따라 2018.8.27. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받았다. (다) 처분청은 법인세법 시행규칙 별지 제73호의 신청서에 따라 사업연도를 신청하지 아니하여 청구법인의 사업연도 신고를 인정할 수 없다는 의견이나, 국세기본법 제1조 및 제3조에 따르면 그 법이 개별 세법보다 우선하고, 법인세법에서 별도의 특례규정을 두고 있지 아니하며, 청구법인이 제출한 신청서는 국세기본법 시행규칙 별지 제6호 서식에 해당하므로 청구법인이 적시한 사업연도 기간이 인정되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인 회칙에서 회계연도는 특정일이 아닌 “묘사일”이라고 표기되어 1년 중 어느 날을 특정하고 있는지 불분명하고, 사회통념상 공적인 기간표시의 경우 음력이라는 별도의 표시가 없는 한 양력만을 사용하는 것이 타당하며 음력을 사업연도로 사용할 경우 365일을 초과하는 사업연도가 발생하여 사업연도는 1년을 초과하지 못한다는 법인세법 제6조 에 위배되므로 청구법인의 회칙상 회계연도는 법인세법상 사업연도로 별도로 인정될 수 없다.

(2) 청구법인은 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 1기 회계연도를 2017.11.25.∼2018.11.24.로 명확히 기재하였다고 주장하나, 사업연도를 따로 정하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인받은 법인도 법인세법 시행규칙 별지 제73호에 의거 사업연도를 신고하여야 하여야 함에도 그러한 신고사실이 없으므로, 청구법인의 사업연도는 법인세법 제6조 제5항 에 따라 매년 1월 1일부터 12월 31일까지로 보아야 할 것이다. 그렇다면, 쟁점토지 양도소득 발생시점은 최초 사업연도 종료일(2018.12.31.)부터 소급하여 1년을 초과한 2017.11.30.이므로 쟁점토지 양도소득은 법인세로 과세될 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 발생한 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제3조【세법 등과의 관계】 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 중 다음 각 호의 규정에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.(각 호 생략) 제4조【기간의 계산】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 제13조【법인으로 보는 단체】

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2) 국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청․승인 등】

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(괄호 생략)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (3)법인세법 제1조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  • 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 제3조【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제6조【사업연도】

① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(괄호 생략)에게 사업연도를 신고하여야 한다.

③ ․④ (외국법인 관련 규정으로서 생략)

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제109조【법인의 설립 또는 설치신고】

① 내국법인은 그 설립등기일(사업의 실질적 관리 장소를 두게 되는 경우에는 그 실질적 관리장소를 두게 된 날)부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 법인 설립신고서에 대통령령으로 정하는 주주등의 명세서와 사업자등록 서류 등을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조에 따른 사업자등록을 한 때에는 법인 설립신고를 한 것으로 본다. 제110조【비영리법인의 수익사업 개시신고】 비영리내국법인과 비영리외국법인(괄호 생략)이 새로 수익사업(제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업만 해당한다)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 법인의 명칭

2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지

3. 대표자의 성명과 경영 또는 관리책임자의 성명

7. 수익사업의 사업장

제111조【사업자등록】

① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주등의 명세서를 제출하여야 한다.

부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 법인에 관하여는 부가가치세법 제8조 를 준용한다.

④ 제109조에 따른 법인 설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. (4) 법인세법 시행령 제3조【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

  • 라. 국세기본법제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 제152조【법인의 설립 또는 설치신고】

① 법 제109조 제1항에 따라 법인의 대표자는 기획재정부령으로 정하는 법인설립신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 제2항에 따른 주주등의 명세서

2. 부가가치세법 시행령 제11조 제3항 의 표 및 같은 조 제4항의 서류

② 법 제109조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 주주등의 명세서"란 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적은 서류로서 기획재정부령으로 정하는 주주등의 명세서를 말한다.(각 호 생략)

④ 법 제109조 제2항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 서류를 말한다.

2. 정관

제154조【사업자등록】

① 법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

부가가치세법 시행령 제11조 부터 제16조까지의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다.

③ 국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다. (5)소득세법 제2조【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

국세기본법제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 등기사항전부증명서 등에 따르면, 청구법인은 1999.12.29. 신탁해지를 원인으로 취득한 쟁점토지를 OOO에 수용을 원인으로 양도하고 2017.11.30. 양도가액 OOO을 종중명의의 OOO계좌로 입금받은 후 2017.12.20. 매수자 앞으로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2018.1.10. 거주자로서 쟁점토지 양도소득에 대한 양소득세 예정신고․납부를 하였다가 2018.8.20. 국세기본법 시행규칙 별지 제6호 서식으로 법인으로 보는 단체의 승인을 신청하였고, 처분청은 2018.8.27. 그 신청을 승인하였으며, 청구법인은 그 승인을 받은 날에 이 건 경정청구를 제기한 것으로 나타난다. (다) 2015.5.28. 개정된 청구법인의 회칙 제17조에는 회계연도를 “당해 연도 묘사일로부터 다음 해 묘사일까지”로 규정하고 있고 회칙의 주요내용은 아래와 같다. (라) 청구법인은 원칙적인 묘사일이 음력 10월 10일, 실제 묘사일은 음력 10월 10일에 가까운 휴일로 하고 있다고 주장하면서 법인으로 보는 단체 승인신청 직전 묘사일이 2017.11.25.(음력 10.8.)이라며 2017.11.25.자 OOO 문중 제실에서 개최된 종중 정기총회 회의록을 제출하였고, 그 회의록에는 문중대표 연임이 의결된 내용, 쟁점토지 양도대금을 제1금융권 은행에 예치 후 부동산에 투자하기로 결의된 내용이 기재되어 있으며, 동 회의록은 2018.5.15. 법무법인 OOO의 공증을 받은 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 2018.8.20. 처분청에 제출한 국세기본법 시행규칙 별지 제6호 서식에 따르면, 해당 서식에는 해당 서식에는 회계연도나 사업연도를 적는 칸이 별도로 없음에도 불구하고 청구법인은 아래 <표1>과 같이 1기 회계연도를 “2017.11.25.~2018.11.24.”로 기재한 것으로 나타난다. <표1> 청구법인이 처분청에 제출한 법인으로 보는 단체 승인신청서 (바) 처분청은 청구법인이 법인세법 시행규칙 별지 제73호 서식[법인설립신고 및 사업자등록신청서, 국내사업장설치신고서(외국법인)]에 따른 신고를 하지 아니하여 사업연도를 신고하지 아니하였다는 의견이고, 그 신고서식은 아래 <표2>와 같다. <표2> 법인세법 시행규칙 별지 제73호 서식 (사) 청구법인은 계속․반복적인 수익사업이 없어 법인세법 시행규칙 별지 제73호의 신고대상은 아닌 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 회칙상 회계연도는 묘사일로 표기되어 있어 어느 날을 특정하고 있는지 불분명하고, 법인세법 시행규칙 별지 제73호에 의거 사업연도를 신고하지 아니하여 청구법인은 회칙상 사업연도가 정해져 있지 않고, 사업연도의 기간에 대한 신고도 하지 아니한 경우에 해당한다는 의견이나, 청구법인의 회칙에 따르면, 정기총회는 “매년 묘사일에 개최”하고, 회계연도는 “당해 연도 묘사일로부터 다음 해 묘사일까지”로 규정하고 있으며, 2017년의 정기총회는 2017.11.25. 개최된 것으로 나타나 청구법인이 법인으로 보는 단체의 승인신청을 한 때가 속한 회칙상의 회계연도는 2017.11.25.부터 시작된다고 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 계속․반복적인 수익사업이 별도로 없어 사업자등록신청 대상이 아니므로 법인세법 시행규칙 별지 제73호를 통한 신고의무가 없고, 2018.8.20. 처분청에 제출한 국세기본법 시행규칙 별지 제6호 서식(법인으로 보는 단체의 승인신청서)에 1기 회기를 “2017.11.25.~2018.11.24.”로 명시적으로 기재하였던바, 사업연도를 신고한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 최초 사업연도 종료일은 2018.11.24.로 봄이 타당하고, 쟁점토지 양도소득은 최초 사업연도 종료일부터 소급하여 1년 내의 범위에 있다 할 것이다. 따라서 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 쟁점토지 양도소득에 대하여 법인세를 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)