주거지역에 편입된지 3년이 경과한 쟁점①토지(농지)가 비사업용토지에 해당하는지 여부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1975.5.17. OOO 전 2,853㎡ (이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2016.4.8. 이 건 토지를 양도하면서 이 건 토지 중 주거지역에 편입된 농지 2,017.58㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 도로 495.55㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다), 녹지지역 339.87㎡에 대하여 보유기간을 1985년 1일 1일부터 기산하여 장기보유특별공제와조세특례제한법제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)의 규정을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 2016.3.10. OOO 외 2필지 토지(이하 “대토농지”라 한다)를 취득한 후 농지로 조성하였으나, 대토농지 취득일로부터 1년 이내에 자경하지 아니한 것으로 보아, 2018.5.16. 쟁점①토지에 대하여는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제와 양도소득세 감면을 배제하였고, 쟁점②토지에 대하여도 양도소득세 감면을 배제하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.8.10. 이의신청을 거쳐 2019.1.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점①토지는 원칙적으로 개발행위허가나 건축허가 신청자체가 실질적으로 불가능하고, 도시기반시설이 마련되지 아니하여 건축자체가 불가능하며 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또는 제한되는 토지에 해당하므로 비사업용토지에서 제외하여 장기보유특별공제 및 감면 배제를 취소하여야 한다. 쟁점②토지는 OOO이 예산부족 등을 사유로 도시계획시설(도로) 집행을 미루어 온 장기미집행 도시계획시설 부지로서, 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 생산적인 용도로 사용할 수 없었으므로 양도소득세 감면대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점①토지는 1993.11.27.국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역에 편입되어 3년이 지난 토지로서 비사업용토지에 해당하고, 구체적인 개발사업시행이 없이 주거지역에 편입되었다는 사유로 관련 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수는 없으므로 장기보유특별공제와 양도소득세 감면을 배제한 처분은 정당하다. 쟁점②토지는 대규모 개발사업 시행으로 인해 보상이 지연되거나 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 사항 등이 없고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 있고, 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 토지에 해당하므로 8년이상 자경농지 감면을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 주거지역에 편입된지 3년이 경과한 쟁점①토지(농지)가 비사업용토지에 해당하는지 여부

(2) 주거지역에 편입된지 3년이 경과하고 도로로 지정된 쟁점②토지가 8년 이상 자경농지에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 다.국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) 2.도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다. 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

(3) 소득세법 제95조(양도소득금액) ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정 하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1975.5.17. 이 건 토지를 취득한 후, 2016.4.8. 이 건 토지를 양도하면서, 이 건 토지 중 쟁점①토지(농지 2,017.58㎡), 쟁점②토지(도로 495.55㎡), 녹지지역 339.87㎡에 대하여 보유기간을 1985년 1일 1일부터 기산하여 장기보유특별공제와조세특례제한법제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)의 규정을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. (나) 쟁점①토지(농지 2,017.58㎡)와 쟁점②토지(도로 495.55㎡)는 1993.11.27.국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역에 편입되었고, 쟁점②토지는 1993.11.27. 도로예정지로 지정되었다. (다) 청구인은 2016.3.10. 대토농지를 취득한 후 농지로 조성하였으나, 대토농지를 취득하고 1년 이내에 자경하지 아니하였다. (라) 처분청은 2018.5.16. 쟁점①토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제와 양도소득세 감면을 배제하였고, 쟁점②토지는 양도소득세 감면만을 배제하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점①토지는 양도일 현재 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역에 소재하고 있는 토지로서 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지이므로 비사업용토지에 해당하는 점, 도시 지역에 있는 농지를 비사업용 토지로 보도록 한소득세법제104조의3 제1항 제1호 나목의 규정은 해당 토지가 사업용으로 적정하게 사용되었는지 아니면 법령상 제한이 있어 부득이하게 사업용으로 사용할 수 없었는지 여부를 살펴 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 규정이 아닌 점, 지구단위계획이 시행된 구역에서 건축물을 건축 또는 용도변경할 경우 지구단위계획에 맞게 하여야 하는 등 일부 제한을 두고 있지만 이는 토지의 사용 및 수익에 관한 일체의 재산권 행사를 규제하는 것이 아니라 모든 토지에 적용되는 용도지역 규정과 같은 포괄적인 제한으로 봄이 타당하고 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 용도에 따른 통상적 제한을 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제와 양도소득세 감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 쟁점②토지는 대규모 개발사업 시행으로 인해 보상이 지연되거나 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 사항 등이 없고,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 토지에 해당하므로 처분청이 쟁점②토지에 대하여 8년 이상 자경농지 양도소득세 감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.