쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없음.

심판청구를 기각한다..

• 가. 청구인은 2015.6.1. 개업하여 OOO에서 도매/무역업 및 건설기계·부품 제조업 등(상호: OOO이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 영위하고 있는 개인사업자로, 2017.8.8. OOO외 1필지 지상 주택(1·2층 주택 146.25㎡, 1층 창고 33.75㎡, 부속창고 1층 100.0㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 OOO으로부터 매입하면서 2017.8.8. OOO이 대표자로 있는 엔진오일 등 도소매업 사업자(OOO이하 “쟁점거래처”라 한다)를 공급자로, 쟁점사업장을 공급받는 자로 하여 공급가액 OOO의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 2017년 제2기 부가가치세를 신고하면서 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여 부가가치세 OOO의 조기환급을 신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서가 공급자를 쟁점거래처로 하여 발급되었으나, 쟁점거래처와 쟁점건물은 무관한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 하여 매입세액 불공제 및 관련 가산세를 가산하여 2018.6.27. 청구인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.10. 이의신청을 거쳐 2019.1.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점사업장에서 수목이식기계인 OOO을 수입·판매하는 무역업 등을 영위하는 사업자로, OOO부속자재의 보관창고가 필요하고 전국적인 유통에 따른 물류비용을 절감하기 위하여 OOO토지(위 2필지의 토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)와 쟁점건물을 매입하게 되었고, 이후 쟁점건물을 OOO및 부속자재의 보관창고 등 사업목적으로 사용하고 있다. 쟁점토지는 농업진흥지역 내에 위치하고 있는 농지로, 농지법령에 따라 농업진흥지역 내에서는 농업을 영위하는 세대의 세대주가 농업인주택을 건축하는 경우에 한하여 건물을 신축할 수 있어 청구인이 직접 쟁점토지 지상에 건물을 신축할 수 없었고, 이에 쟁점토지 소재지에서 농업을 영위하던 OOO이 직접 쟁점건물을 신축한 후 이를 청구인에게 양도하게 된 것이다(참고로 OOO은 수천평의 농지 위에 농업을 영위하던 대농으로, 겸업으로 엔진오일 및 윤활유를 공급하는 사업을 영위하기 위하여 2016.12.27. 쟁점거래처를 개업하게 된 것임). 쟁점거래처의 대표 OOO은 당초부터 청구인에게 공급할 목적으로 쟁점건물을 신축하면서 농업인주택에 대한 주택신축공사 사업자등록을 할 수 없어 세금계산서 발행과 윤활유 등 판매를 위하여 쟁점거래처를 사업자등록한 것이고, 이는 토지매매계약서 및 건물도급계약서 등에도 당초부터 쟁점건물을 공급하겠다는 내용이 포함되어 있는 점에서 알 수 있는 것인데, 다만 OOO은 세법지식이 부족하여 부동산임대업 등 사업종목을 추가하지 못하였고, 농업인주택 주소지로 사업자등록을 하지 못하여 사업장 소재지를 쟁점토지로 하지 못한 것일 뿐이다. 세금계산서 상의 공급자와 사실상의 공급자가 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하는 것이나, 단순히 공급자의 사업자등록번호나 성명 등 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르지만 거래사실이 확인되는 때에는 매입세액이 공제되는 것(부가 22601-2629, 1986.12.24.)이고, 둘 이상의 사업장이 있는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받으면서 실제로 공급한 사업장 외의 사업장 명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액도 공급받을 수 있는 것이며, 다만, 필요적 기재사항이 사실과 다른 책임이 공급받는 자에게 있지 아니하고 그 거래사실이 확인되는 경우에는 선의의 거래자가 불이익을 받는 것을 배제하기 위하여 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것(부가 22601-1306, 1988.7.26.)인바, 세금계산서의 기재내용 중 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우에도 매입자의 매입세액공제 측면에서 보면 부담한 부가가치세액이 확인되는 이상 공제해 주어야 할 것이다. 이때 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우를 지나치게 엄격하게 해석하여 사실과 달리 적혀 있는 모든 세금계산서의 매입세액공제를 허용하지 아니하는 경우 납세자에게 적지 않은 어려움을 가져올 것이므로 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우라는 의미를 그 기재내용이 사실과 달라 거래사실을 확인할 수 없는 경우로 해석하여 매입세액공제가 허용되는 세금계산서의 범위를 넓게 인정하는 것이 바람직하다 할 것이고, 청구인은 공급자가 아닌 공급받는 자로서 공급받은 사실이 확인되고 그 대가가 지급되었으니 선의의 거래자로 보호받아야 할 것이다. 만일 OOO이 쟁점건물을 신축하여 청구인에게 공급하면서 세금계산서를 발행하지 아니하였다면, 과세관청은 재화의 실질적 공급이라는 이유로 OOO을 사업자로 직권등록 후 부가가치세 경정고지를 하였을 것임에도 OOO이 쟁점거래처를 사업자등록 후 부가가치세 매출세금계산서를 발행한 것을 두고 사실과 다른 세금계산서라 부인하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점거래처의 부가가치세 신고서에는 오로지 쟁점건물에 대한 매출 및 매입만 존재할 뿐 사업 본연의 목적(도소매/ 엔진오일, 윤활유)과 관련된 매출 및 매입이 존재하지 아니하는 점, 토지 매매계약서에 따르면 건축 준공을 필하여 본 계약이 체결되었고 앞의 사항이 이루어지지 않을시 본 계약이 무효라고 특약사항으로 명시되어 있으며, 건물 매매계약서의 계약일 이전부터 청구인이 매매를 위해 대금을 7차례에 걸쳐 지급한 점 등을 볼 때, 쟁점건물 매매거래의 실질은 청구인이 쟁점건물 신축공사의 발주자인 건물신축공사와 동일한 것으로 보이고, 이는 사전에 쟁점토지에서 주택신축공사 사업자등록이 불가능함을 알고 세금계산서 발급을 위해 우회적으로 쟁점거래처 사업자등록을 신청한 것으로 보여 단순히 세법지식이 부족했다고 보이지는 아니하며, 부가가치세법 제8조 에 따라 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 하는바, 쟁점건물에 대한 사업자등록이 미비한 상태로 쟁점건물과 무관한 업종으로 개설된 쟁점거래처의 사업자등록번호로 발급된 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 볼 수밖에 없고, 청구인이 제시한 사례들은 사업자등록을 정정하지 아니하였을 뿐 거래와 관련된 사업을 실제 영위하고 있는 경우이나, 이 건의 경우 쟁점토지는 주택신축공사 업종을 등록하는 것이 불가능한 지역이고, 건물 매매계약 이전부터 건물의 매매대금이 선지급된 사실 등에 비추어 청구인은 쟁점거래처의 사업자등록 이전부터 쟁점건물의 신축·매매를 준비해 온 것으로 보이고, 이는 주택신축판매업 등의 업종이 불가능한 지역에 건물을 짓기 위해 우회적으로 쟁점거래처를 사업자등록한 것으로 보이므로 이를 단순히 공급자의 사업자등록 정정이 미비했던 선의의 거래자로 판단하기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인 및 쟁점거래처의 사업자등록내용은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구인 및 쟁점거래처의 사업자등록내용 (나) 쟁점세금계산서의 주요내용은 다음 <표2>와 같다. <표2> 쟁점세금계산서의 주요내용 (다) 쟁점거래처의 부가가치세 신고내역 등은 다음 <표3>과 같고, 쟁점거래처의 2017년 제2기 부가가치세 신고 내용에 대한 세금계산서 합계표 조회 결과 매출은 전액 쟁점사업장에 대한 것이며, 매입은 전액 OOO로부터 발생한 것으로 나타난다. <표3> 쟁점거래처의 부가가치세 신고내용 (단위: 천원) (라) 등기사항증명서 등에 따르면, OOO이 쟁점토지를 소유하던 중 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 2017.8.14. 소유권보존등기한 것으로 나타나고, 청구인은 2017.8.14. 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 소유권이전등기를 경료(등기원인일: 쟁점토지 2017.8.1., 쟁점건물 2017.8.8.)한 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1. 청구인은 2016.1.31. OOO으로부터 쟁점토지 중 OOO답 685.7㎡를 OOO에 매수하는 내용의 부동산매매계약을 체결하였다.

2. 매매계약서상 계약금 OOO은 계약시(2016.1.31.), 잔금 OOO은 2016.2.29. 지불하고, 매매계약서의 특약사항에는 ‘본 토지에 농업창고 및 건축행위에 관한 인허가 건축(준공)을 필하여 청구인에게 인도하여야하며, 만일 이러한 사항이 이행되지 않을 시에는 본 계약은 원인무효로 하되, OOO은 이 사항을 준공까지 책임지고 협조하도록 하여야 한다’고 되어 있다.

3. 계좌거래내역서 등에 따르면 청구인이 OOO에게 2016.1.31. OOO2016.2.1. OOO2016.4.5. OOO현금 등 합계 OOO을 지급하여 쟁점토지 매매대금을 모두 지급한 것으로 나타난다.

4. 건설공사 표준도급계약서(2016.10.24. 작성)에는 쟁점거래처(대표자: OOO)가 OOO(대표자: 청구인)에게 쟁점토지 지상에 단독주택 건설 공사 및 조경공사를 공급가액 OOO에 도급(착공일 2016.10.24., 준공일 2017.8.8.)한 것으로 나타나고, 계좌이체내역에 따르면, OOO은 아래 <표4>와 같이 쟁점건물의 착공일(2016.10.24.)부터 쟁점건물의 계약일(2017.8.8.)까지 8회에 걸쳐 OOO에게 공사대금 OOO을 지급한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점건물 공사대금 이체내역 (단위: 원)

5. 청구인은 2017.8.8. OOO으로부터 쟁점건물을 OOO에 매수하는 내용의 부동산매매계약을 체결하였고, 매매계약서에는 계약금, 중도금에 대한 지급조건의 약정 없이 잔금은 건물 완공 후 매입자의 확인을 거쳐 지급한다고 약정되어 있으며, 계좌이체내역에 따르면, 청구인이 아래 <표5>와 같이 쟁점건물의 착공일(2016.10.24.)부터 쟁점건물의 계약일(2017.8.8.)까지 7회에 걸쳐 OOO에게 매매대금 OOO을 지급한 것으로 나타난다. <표5> 쟁점건물의 매매대금 이체내역 (단위: 원)

6. 청구인이 제출한 사진에는 쟁점건물 중 주택이 쟁점사업장의 사무실로, 창고가 자재창고로 사용되고 있는 것으로 나타난다. (바) OOO에 따르면, 청구인으로부터 쟁점건물 매매대금이 입금된 당일 또는 다음날에 동일한 금액이 OOO에 쟁점건물 공사대금으로 지급(잔고 OOO유지)된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래처로부터 쟁점건물을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제8조 에 따라 사업자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 하는데, 쟁점세금계산서는 엔진오일 등 도·소매업 사업장OOO과는 별개의 사업장(쟁점토지)에서 등록된 업종인 엔진오일 등 도소매업과는 다른 주택신축판매업 등에 따른 거래에 의한 것으로서, 쟁점건물에 대한 사업자등록이 미비한 상태로 주택신축판매업 등과 무관한 업종으로 개업한 쟁점거래처에 의해 발급된 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 볼 수밖에 없는 점, 쟁점거래처는 2016.12.22. 개업한 후 쟁점건물 관련 매입·매출 외에 사업자등록된 영위 업종인 엔진오일 등 도소매업 관련 매출이 전혀 발생하지 아니하던 업체로, 청구인이 대표자로 있는 OOO을 시공사로 하여 쟁점건물을 신축한 후 폐업하였고, 청구인은 쟁점건물에 대한 매매계약을 체결(2017.8.8.)하기도 전인 2016.10.24.(착공일)부터 7회에 걸쳐 쟁점거래처에 쟁점건물의 매매대금을 지급하였으며, 쟁점거래처는 쟁점건물의 매매대금을 지급받은 직후 쟁점건물의 공사대금을 위 시공사에 지급하였는바, 쟁점세금계산서를 청구인이 쟁점거래처가 신축한 쟁점건물을 매매를 통해 취득하고 수취한 것으로 보기 어려울 뿐 아니라 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점을 알지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(居所)를 사업장으로 한다.

④ 제1항에도 불구하고 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.

⑤ 다음 각 호의 장소는 사업장으로 보지 아니한다.

1. 재화를 보관하고 관리할 수 있는 시설만 갖춘 장소로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 하치장(荷置場)으로 신고된 장소

2. 각종 경기대회나 박람회 등 행사가 개최되는 장소에 개설한 임시사업장으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고된 장소

⑥ 재화를 수입하는 자의 부가가치세 납세지는 관세법에 따라 수입을 신고하는 세관의 소재지로 한다. 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

② 사업자는 제1항에 따른 사업자등록의 신청을 사업장 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장에게도 할 수 있다. 이 경우 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청한 것으로 본다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 사업자가 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자로 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우

2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄 납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014. 1. 1.>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.