매매계약 특약상 기재된 쟁점건물 가액은 실지거래가액이 아니므로 감정평가액으로 안분한 가액을 공급가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.9.23. OOO소재 토지 및 지상건물(이하 토지를 “쟁점토지”, 지상건물을 “쟁점건물”, 쟁점토지와 쟁점건물을 총칭하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO에 OOO억원에 양도하면서 매매계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)의 특약으로 그 대금 중 쟁점토지를 OOO억원으로 쟁점건물을 OOO으로 산정․기재하였고, 쟁점건물의 공급가액을 OOO억원으로 2016년 제2기 예정신고기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 청구인은 2018.2.21. ‘쟁점계약상 기재된 쟁점건물의 가액은 양도소득세를 절감할 목적으로 임의로 기재된 것으로 부가가치세법제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로 쟁점부동산에 대한 감정평가액을 기준으로 총 양도가액을 안분한 OOO을 쟁점건물의 공급가액으로 보아야 한다’는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.4.30. ‘쟁점계약 등에 비추어 쟁점부동산에 대한 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다’고 보아 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.24. 이의신청을 거쳐, 2018.12.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 토지와 건물 등이 일괄양도된 경우 건물의 공급가액으로 보는 실지거래가액이란 매매계약상 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 구분표시되어 있으며 그 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우이어야 할 것인데, 다음과 같은 사정에 비추어 쟁점계약상 구분하여 기재된 가액은 정상적인 거래에 비추어 합당하지 아니하므로, 쟁점부동산을 감정평가한 평가액을 기준으로 쟁점건물의 가액을 안분계산하여야 한다.

(1) 청구인은 2015.8.16. 쟁점부동산을 OOO에 양도하고자 하였을 때는 그 가액을 건물․토지로 구분하지 않았고, 이후 OOO에 쟁점부동산을 양도할 당시 청구인의 세무대리인이 청구인에게 쟁점건물에 대한 양도소득세 산정시 양도가액을 높이고 환산취득가액을 적용하면 절세할 수 있다고 조언하여 이에 청구인은 일방적으로 OOO에 통보하고 쟁점건물의 가액을 OOO억원으로 책정한 것이다. 현재까지도 OOO는 이와 관련한 합의가 없었음을 이유로 청구인에게 부가가치세 상당액을 지급하지 않고 있고, OOO는 쟁점부동산을 취득한 3개월 후에 쟁점건물을 멸실하여 쟁점건물에 대한 가액을 합의할 필요가 없었던 점 등에 비추어 쟁점부동산에 대하여 구분․기재된 가액은 합리적 기준 없이 구분된 것이다.

(2) 쟁점계약상 기재된 쟁점부동산의 가액은 아래 <표1>과 같은바, 쟁점건물의 가액은 감정가액 대비 191%, 기준시가 대비 218%로 과다하게 책정되었음이 명백하게 확인된다. <표1> 쟁점계약상 쟁점부동산 가액, 감정평가액 및 기준시가액 (단위: 원) * 각 가액의 하단에 기재된 것은 전체 가액 중 쟁점토지․건물의 가액이 차지하는 비율이다. 쟁점건물과 쟁점토지의 감정평가표는 그 조사기간이 2016.9.7., 작성일이 2016.9.8.로 동시에 작성된 것이나 당초 OOO는 쟁점토지만을 이용할 목적이어서 이미 조사작성된 쟁점건물의 감정평가표를 제출받지 않은 것일 뿐 당해 과세기간 중에 실제 작성된 것이다. 쟁점건물의 감정평가표상 감정평가조건란에 ‘소급감정평가’로 기재되어 있으나 이는 기간 경과에 따른 단순 서류제출의 의미일 뿐 그 조사기간과 작성일에 비추어 실제 시장가치가 반영된 서류라 할 것이다. 쟁점토지의 가액인 OOO역시 인근에 소재한 OOO소재 부동산(이하 “비교대상부동산”이라 한다)의 ㎡당 매매가액이 OOO인 것에 비하여 현저히 낮고, 처분청은 토지의 경우 거래가액에 미치는 요소가 많다고 하나 쟁점토지와 상기 토지는 불과 150m 떨어져 있음에도 절반에 미치지 못하는 가격에 매매된다는 것은 일반적인 거래의 관행이나 건전한 사회통념상 합당하다고 보기 어렵다.

• 나. 처분청 의견 쟁점매매계약상 쟁점건물의 가액이자 청구인이 부가가치세 신고시 쟁점건물의 공급가액으로 본 OOO억원은 아래의 사정에 비추어 쟁점건물의 실제거래가액에 해당한다.

(1) 청구인은 OOO을 매수인으로 하였던 계약서는 매수인이 서로 상이한 별개의 계약서로 쟁점계약에 효력을 미치지 아니하고 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 2016.11.30. 제출한 양도소득세 신고서에는 쟁점계약이 기재된 계약서가 첨부되어 있으며 OOO에 쟁점건물 공급가액을 OOO억원으로 한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하였다. OOO역시 2016.9.23. OOO지방법원과 OOO에 소유권이전등기접수와 취득세 신고를 하면서도 상기 양도소득세 신고시 제출된 것과 동일한 계약서를 제출하였다. 청구인은 OOO가 쟁점토지만을 이용하기 위하여 쟁점부동산을 매입하여 쟁점건물의 가치가 없다고 주장하나 쟁점건물에서 2014년 기준으로 매월 OOO백만원의 임대수입이 발생하였던 것에 비추어 청구인 입장에서는 건물가액을 많이 받고자 하는 것이 통상적 거래관행이라 할 것이므로 건물 가치가 없다는 주장은 받아들이기 어렵고 쟁점건물에 대한 부가가치세액인 OOO천만원을 부담할 OOO가 합의하지 않았음에도 청구인 임의로 쟁점건물 가액을 정하였다는 주장은 납득하기 어렵다.

(2) 청구인이 상기 <표1>에서 쟁점토지의 감정평가액인 OOO이 쟁점계약상 쟁점토지가액 OOO억원과 크게 다르지 않고 쟁점건물 가액인 OOO억원은 그 감정평가액의 191%로 과다책정된 것이라 주장하나, 청구인이 쟁점건물의 감정평가액이라 제시한 감정평가표(조사기간 2016.9.7., 작성일 2016.9.8.로 기재된 것)에 대하여 처분청이 이를 작성한 감정평가법인에 확인한바, 쟁점건물의 감정평가표에는 그 작성일이 2016.9.8.이 아니라 2017.11.8.로 기재되어 있고 감정평가법인의 직원은 처분청과의 통화에서 2016년 9월에 작성되었다는 쟁점건물의 감정평가표에 대하여는 알지 못한다고 대답하였다. 따라서 청구인은 쟁점부동산의 임대사업에 대하여 2016.9.23. 폐업하였으므로 과세기간은 2016.7.1.～9.23.이라 할 것이고 2017.11.8. 작성된 쟁점건물의 감정평가액은 해당 과세기간 중 감정평가된 것으로 볼 수 없다. 또한, 청구인이 제출한 비교대상부동산의 거래가액은 건물과 토지가 함께 거래된 총액을 모두 토지의 가액으로 보아 ㎡당 단가를 산정한 것이므로 이를 비교가능한 객관적인 매매사례가액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 매매계약 특약상 기재된 쟁점건물 가액을 부가가치세법상 쟁점건물의 공급가액으로 본 것에 대하여, 동 가액은 실지거래가액이 아니므로 감정평가액으로 안분한 가액을 공급가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조【 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산 】 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 OOO에 양도하면서 2016.8.8. 작성한 쟁점계약은 <첨부1>과 같고, 쟁점계약의 특약사항 5번에는 “매매대금 OOO억원 중 토지 OOO건물 OOO으로 산정하되, 건물에 대한 부가세는 매수자 부담으로 한다”고 기재되어 있으며, 처분청이 OOO의 쟁점부동산 소유권 이전등기시와 취득세 신고시 제출한 계약서를 OOO지방법원(등기과)과 OOO(세무1과장)에 요청하여 회신 받은 계약서도 <첨부1>의 것과 동일하였다. 이에 청구인은 2015.8.16. 쟁점부동산을 OOO에 양도하고자 체결한 매매계약에는 그러한 특약이 없었으나, 청구인의 세무대리인이 양도소득세 절감을 목적으로 건물과 토지의 가액을 임의로 구분기재하였다고 주장하면서 청구인과 OOO작성하였던 계약서를 제출한바, 이는 <첨부2>와 같으며, 동 계약서에는 토지와 건물의 가액을 구분하는 특약이 기재되어 있지 아니한다.

(2) 청구인은 OOO에 쟁점건물의 공급가액을 OOO억원으로 하는 세금계산서를 교부하고 2016년 제2기 부가가치세 예정신고시 이를 과세표준에 포함하여 신고하였고, 청구인은 2016.11.30. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 쟁점건물의 양도가액을 OOO억원으로 하여 그 양도차익을 아래 <표2>와 같이 산정하였는바, 청구인은 ‘쟁점건물 양도가액을 크게 산정하고 취득가액을 환산가액으로 적용할 경우 양도소득세를 절감할 수 있다’는 세무대리인의 조언을 받았으나, 임대건물인 쟁점건물은 종합소득세 신고시 산정된 장부가액이 있어 환산가액을 적용하지 못하였다는 주장이다. <표2> 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고내용 (단위: 원)

(3) 청구인은 쟁점부동산에 대한 감정평가액으로서, 2016.9.7.을 기준시점․조사기간으로, 2016.9.8.을 작성일로 하는 OOO의 감정평가표를 제출한바, 이는 <첨부3>과 같다. 청구인이 제출한 쟁점토지에 대한 감정평가표는 OOO신용협동조합장이 담보 목적으로 감정평가 의뢰한 것으로 쟁점토지의 감정평가액은 OOO이고 쟁점건물은 ‘감정평가외’로 기재되어 있다. 청구인이 제시한 쟁점건물에 대한 감정평가표는 OOO가 일반거래(시가참고용) 목적으로 의뢰한 것으로 쟁점토지의 감정평가와 기준시점, 조사기간 및 작성일이 동일하고 그 감정평가액은 OOO로 기재되어 있다. 청구인은 위 감정평가표에 대하여 OOO가 쟁점부동산에 대한 개발사업을 추진하는 과정에서 쟁점건물은 철거하고 쟁점토지만을 이용할 목적이어서 쟁점토지에 대한 감정평가표만을 OOO가 교부받았다가 이후 청구인 등의 요청으로 감정평가법인이 쟁점건물에 대한 감정평가표를 팩스로 교부하였을 뿐, 실제 쟁점건물에 대한 감정평가는 쟁점토지와 동일한 시점에 완료되어 있었던 것이라고 주장한다.

(4) 처분청은 <첨부3>의 감정평가표와 관련하여, 처분청이 OOO감정평가법인로부터 수령한 쟁점건물의 감정평가표를 <첨부4>와 같이 제시하였다. 처분청이 제시한 쟁점건물의 감정평가표는 청구인이 제시한 것과 기준시점과 조사기간이 2016.9.7.로 동일하나 작성일이 2017.11.8.로 기재되어 있고, OOO감정평가법인의 직원(OOO부장)은 처분청과의 통화에서 2016년 9월 작성된 쟁점건물의 감정평가표에 대하여는 알지 못한다고 답변하였다는 의견이다.

(5) 비교대상부동산은 2016.10.11. 매매되었고 쟁점부동산과 동일한 도로에 접해 있고, 그 거리가 약 100미터 정도 떨어져 있는 것이다. 청구인은 비교대상부동산에 대하여 토지․건물 일괄로 OOO에 거래되었으나 1986년 이전 건축된 2층의 조적조 슬래브지붕인 건물인 점에 비추어 건물 가치가 미미할 것으로 보이므로 대부분 토지의 가액이라 할 것이므로 양도가액을 토지 면적으로 나누면 OOO원/㎡이 산정되는 점에 비추어 쟁점토지 가액이 과소산정된 것이라는 주장이다. 이에 처분청은 비교대상부동산의 매매가액은 토지․건물의 매매가액임에도 이를 모두 토지가액으로 보아 ㎡당 가액을 산정한 것인바 이를 쟁점토지 가액와 비교가능한 매매사례가액으로 볼 수 없다는 의견이다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제1호에 규정된 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”란 실지거래가액이 확인되지 아니하거나, 일괄양도한 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재되어 있지 아니한 경우 및 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 등을 말하는 것이므로, 매매계약서상에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있는 경우라 하더라도 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지라 할 것이다(국심 2005중18, 2005.9.28. 외 다수, 같은 뜻임). 이 건에 있어 쟁점계약의 특약사항에 “매매대금 OOO억 중 토지 OOO억, 건물 OOO억으로 산정하되 건물에 대한 부가세는 매수자 부담으로 한다”로 기재되어 있고 그러한 쟁점계약서가 소유권 이전등기와 취득세 신고․납부 등의 목적으로 법원과 지방자치단체에도 제출되었으며, 그러한 기재내용에 따라 청구인은 OOO에 세금계산서를 교부한 점에 비추어 보면 쟁점부동산 중 쟁점토지․건물의 가액을 청구인의 사정에 의하여 임의로 결정한 것이라기보다 청구인과 OOO가 상호합의 하에 결정한 것으로 보는 것이 타당하고, 따라서, 쟁점건물의 실지거래가액은 OOO억원이므로 쟁점토지의 가액과 쟁점건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보기 어렵다고 판단된다. 또한 쟁점부동산의 전체 거래가액 중 쟁점건물의 가액이 차지하는 비율은 24.59%인데, 기준시가액을 기준으로 안분한 경우 쟁점부동산 중 쟁점건물의 가액이 차지하는 비율은 19.60%이고, 청구인이 제시한 감정평가액에 의하더라도 쟁점부동산 중 쟁점건물의 가액이 차지하는 비율이 13.19%인 점에 비추어 보아도 쟁점계약서의 특약에 기재된 쟁점건물의 가액이 불합리하게 과다하다고 보기 어렵다고 보이며, 달리 쟁점건물에 대하여 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에 해당한다고도 보기 어렵다고 보이므로, 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.