[주 문] OOO세무서장이 2019.9.18. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1975.10.1. 설립되어 원자력발전소 설계업무 등 건설업을 영위하는 법인사업자로, 2015.8.17.국가균형발전 특별법제18조에 따라 OOO에서 OOO로 본사를 이전하면서, 2015사업연도 법인세 신고 시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제62조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】제4항(이하 “쟁점본사이전세액감면”이라 한다)을 적용하여 법인세 OOO원을 감면받았다.
- 나. 청구법인은 본사 이전 후 2년이 경과한 2017년 8월까지 OOO 소재 본사 부동산을 매각하지 못하였고, 이에 따라 2017사업연도 법인세 신고 시 조특법 제62조 제7항 및 같은 법 시행령 제58조 제8항 제2호(이하 “쟁점사후관리규정”이라 한다)에 따라 감면세액 OOO원 및 이자상당액 OOO원 합계 OOO원을 추가 납부하였다.
- 다. 청구법인은 ① 2019.4.10. 2015사업연도에 쟁점본사이전세액감면을 배제하는 것으로 수정하고 쟁점사후관리규정에 따라 추가 납부한 2017사업연도 법인세 OOO원을 환급하는 한편, 2015사업연도에 당초 중복지원 배제규정(조특법 제127조 제4항)에 따라 적용하지 아니하였던 세액공제규정(연구인력개발설비 투자세액공제 등 6개, 이하 “쟁점투자세액공제”라 한다)을 적용하여 배제된 쟁점본사이전세액감면 세액과의 차액분 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구(이하 “제1차 경정청구”라 한다)를, ② 2019.8.8. 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분 OOO원의 환급을 구하는 경정청구(이하 “제2차 경정청구”라 하고, 제1차 경정청구와 합하여 “이 건 경정청구”라 한다)를 각각 제기하였으나, 처분청은 2019.5.30. 및 2019.9.18. 이를 거부하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 경정청구 경위 조특법 제62조는 본사를 수도권 외 혁신도시로 이전하는 것에 대하여 법인세액 감면의 혜택을 부여하여 본사의 지방 이전을 유도하는 한편, 세액감면 사후관리 규정을 별도로 정하여 본사 이전 이후 수도권 안 본사를 양도하지 않은 경우에는 종전에 부여하였던 법인세액 감면의 혜택을 박탈하는 제재를 가함으로써 본사 이전의 실효성을 확보하고 있다. 이 때 본사이전세액감면을 적용받았던 종전 사업연도 법인세에 관하여 ① 본사이전세액감면의 적용을 사후적으로 배제하여 종전 사업연도 법인세를 경정하는 방법에 의할 수도 있고, ② 종전 사업연도에 본사이전세액감면을 적용받았던 법인세액을 사유발생일이 속하는 과세연도 법인세로 납부하도록 하여 종전에 감면받았던 법인세액을 환수하는 방법에 의할 수도 있는데, 조특법 제62조는 후자의 방법으로 규정하고 있다. 상기와 같이 사후관리규정 위배에 따라 감면받은 법인세액을 추징·환수하는 방법이 두 가지인 것처럼, 청구법인이 쟁점본사이전세액감면 대신 쟁점투자세액공제를 적용할 수 있는 방법은 ① 쟁점사후관리규정에 따라 추가 납부를 한 2017사업연도는 그대로 인정하고, 2015사업연도 투자세액공제를 적용받는 방식과 ② 쟁점본사이전세액감면을 적용한 2015사업연도 세액감면을 배제하는 수정신고(동시에 2015사업연도 투자세액공제를 적용하는 경정청구)를 하고, 2017사업연도 추가납부액에 대한 환급을 구하는 경정청구 방식, 두 가지가 있을 것이다. 조특법 제62조에서는 사후관리규정을 두어 사유발생일이 속하는 사업연도에 추가 납부를 하도록 명확히 규정하고 있으므로, 청구법인의 주위적 청구는 이미 납부하는 것으로 확정된 2017사업연도 추가 납부를 경정청구하여 환급받고자 하는 것이 아니라, 청구법인이 쟁점본사이전세액감면을 적용한 종전 사업연도인 2015사업연도에 쟁점본사이전세액감면과는 별개의 쟁점투자세액공제를 적용받고자 하는 것이고, 만약 청구법인의 주위적 청구를 받아들일 수 없다면 예비적 청구로서 2017사업연도 추가납부분에 대한 경정청구를 인정해야 한다는 것이다.
(2) 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분의 환급을 구하는 2차 경정청구에 대한 거부처분은 취소되어야 한다. (가) 조특법 제127조 제4항은 내국인이 동일한 사업연도에 조특법 제62조 제4항에 따른 본사이전세액감면과 조특법상 다른 투자세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있음에도, 2015사업연도 쟁점투자세액공제 경정청구를 인정하지 않는다면, 청구법인은 세액감면과 투자세액공제 중 하나를 선택하여 적용받는 것이 아니라 이들 모두를 적용받지 못하는 불합리한 상황이 발생하므로 청구법인의 2015사업연도 귀속 쟁점투자세액공제액에 대한 경정청구는 인정되어야 한다.
1. 청구법인은 종전 본사건물을 양도하지 못해 2017사업연도에 추가 납부를 함에 따라 쟁점본사이전세액감면을 적용하지 않은 것과 실질이 동일하게 되었고, 이에 청구법인은 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면 대신 조특법상 다른 투자세액공제를 선택·적용할 수 있다. 2015사업연도 쟁점투자세액공제까지 적용하지 말라는 처분청 의견은 청구법인이 조특법상 투자세액공제 대상이 되는 자산 등에 투자했음에도 불구하고, 당초부터 투자세액공제 자체를 적용하지 말라는 것과 동일한 주장으로, 동일 과세연도에 법에 의한 세액감면과 투자세액공제 중 하나를 선택하여 이를 적용받을 수 있도록 규정하고 있는 조특법 제127조 제4항 규정과도 맞지 않다. 처분청 의견대로라면 청구법인은 세액감면과 투자세액공제 모두 적용받지 못하는 불합리한 상황이 발생하게 된다.
2. 처분청에서 2차 경정청구 거부처분의 근거로 제시한 조특법 제127조 제4항 중복지원 배제 조항은 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면과 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 같은 사업연도에 동시에 적용할 때 의미가 있는 조항이다. 청구법인이 쟁점사후관리규정에 따라 2017사업연도 법인세 신고 시 추가 납부를 한 이상 2015사업연도 감면받았던 세액감면의 효력은 없어진 것이므로, 처분청이 중복지원 배제 조항을 근거로 하여 청구법인의 2015사업연도 쟁점투자세액공제 경정청구까지 거부한 것은 불합리하고, 청구법인이 본사이전세액감면 혜택 자체를 받지 않은 이상 중복지원 배제 여부를 따질 필요도 없이 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 적용할 수 있다.
3. 결론적으로 청구법인이 2017사업연도 법인세 신고 시 추가 납부를 한 이상 본사이전세액감면을 적용받지 않은 것으로 평가할 수 있고, 2015사업연도 쟁점투자세액공제 경정청구를 인정한다 하더라도 중복지원에 해당하지 않으므로 처분청에서 이를 거부처분한 것은 타당하지 않다. (나) OOO 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다) 취지에 의하더라도 2차 경정청구는 인정되어야 한다.
1. 처분청에서 경정청구 거부처분의 근거로 제시한 쟁점판결의 내용에 따르면, 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면 대신 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 선택·적용할 수 있게 되어 오히려 청구주장을 뒷받침한다.
2. 쟁점판결은 조특법상 지방이전세액감면 사후관리규정에 따라 감면받은 세액을 납부한다고 하더라도 종전 사업연도(지방이전세액감면을 적용한 사업연도)에 다른 세액감면인 중소기업특별세액감면을 경정청구 할 수 있다고 본 판례로서, 다른 세액감면을 받기 위해서는 납세자에 의한 경정청구 또는 과세권자에 의한 감액경정결정이 필요하다고 해석하고 있다.
3. 쟁점판결은 경정청구기한과 부과제척기간이 경과하지 않는 한 지방이전세액감면 사후관리 규정에 따라 감면받은 세액을 납부한다고 하더라도 종전 사업연도에 위 세액감면과는 다른 세액감면을 적용할 수 있다고 해석하고 있는바, 동 판결의 취지를 감안하면 청구법인은 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 선택·적용하는 경정청구를 할 수 있다.
(3) 2017사업연도 추가납부액의 환급을 구하는 1차 경정청구에 대한 거부처분은 취소되어야 한다. 청구법인은 쟁점판결 취지에 따라 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 경정청구하는 방식이 타당하다고 판단하지만, 설령 처분청 의견과 같이 조특법 제127조 제4항에 따른 중복지원 배제라는 이유로 2차 경정청구를 인정할 수 없다면, 예비적 청구로서 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면을 배제하고 2017사업연도 추가 납부액의 환급을 구하는 1차 경정청구는 인정해야 한다. (가) 사후관리 위배로 감면분 추가 납부를 한다고 하더라도 당초 법인세 신고 시 적용하지 않았던 다른 세액감면의 경정청구가 가능하다고 판단한 쟁점판결의 해석에도 불구하고, 청구법인의 2015사업연도 쟁점투자세액공제를 인정하지 않는다면 또 다른 경정청구 방식인 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면을 배제하여 쟁점투자세액공제를 적용하고 2017사업연도 추가납부액을 환급받는 경정청구라도 인정하는 것이 타당하다. (나) 나아가 기획재정부 및 국세청의 유권해석례는 하나의 사업연도에 대해 복수의 공제·감면규정이 적용되는 경우 납세자는 법에서 정하는 특별한 제한이 없는 한 가장 유리한 규정을 선택할 수 있고, 감면 또는 공제의 종류를 변경하는 경정청구나 수정신고도 가능하다고 해석하고 있다(기획재정부 조세특례제도과-411, 2019.5.23. 등). (다) 이러한 다수 유권해석에 따라 청구법인 역시 2015사업연도 쟁점본사이전세액감면을 배제하고 쟁점투자세액공제를 적용하는 경정청구를 하였고 동 경정청구로 인하여 쟁점본사이전세액감면의 효력 자체가 상실되었으므로, 청구법인이 쟁점사후관리규정에 따라 신고·납부한 2017사업연도 추가납부액의 환급을 구하는 1차 경정청구는 받아들여지는 것이 타당하다.
(1) 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분의 환급을 구하는 2차 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다. (가) 쟁점사후관리규정에 따라 2017사업연도 법인세 신고 시 추가 납부를 한 이상 세액감면의 효력이 없어졌으므로 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용이 가능하다는 주장에 대하여 쟁점사후관리규정에서 종전 사업연도에 감면받았던 법인세에 대하여 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우 그 사업연도의 법인세로 납부하여 종전에 감면받았던 법인세를 환수하도록 규정한 취지는, 종전 사업연도 법인세에 관하여는 당초 신고에 의해 확정되었던 법인세 납부의무에 변동이 생기지 않도록 하기 위함이다. 즉 2017사업연도 추가 납부는 쟁점사후관리규정 불이행에 대한 제재에 의한 것으로 당초의 감면적용을 배제한 것이 아니므로 2015사업연도 쟁점투자세액공제 신청은 중복공제에 해당하는 것이다. 조특법 제127조 제4항에 따른 중복지원배제는 명시적이고 명확한 규정으로서 사후관리규정에 따라 납세자가 해당 법인세액을 추가 납부하였다는 이유만으로 중복지원 배제의 예외를 두고 있지 않다. 따라서 당초 법인세 감면을 배제하고 당시 공제받지 못한 다른 쟁점투자세액공제를 적용한 청구법인의 2차 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다. (나) 쟁점판결 취지에 따르면 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용이 가능하다는 주장에 대하여 쟁점판결 판시사항과 관련하여 청구법인은 경정청구 기간과 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 경우 다른 세액감면을 적용받는 방식으로 감액경정이 가능하다고 해석하고 있다. 그러나 판시사항 중 2006사업연도 법인세 단락의 일부분인 “경정청구를 할 수 있다고 하더라도”라는 가정은, 법정신고기한 경과 후 3년 이내 경정청구할 수 있다는 규정과국세기본법제26조의2 제5항과 같은 법 시행령 제13조의3 국세부과제척기간의 기산일 규정의 적용에 대한 설명을 위한 기술일 뿐, 청구법인이 주장하는 바와 같이 경정청구 기한이 경과하지 않는 한 투자세액공제를 선택·적용하는 경정청구를 할 수 있다고 판시한 것으로 해석할 수 없다.
(2) 2017사업연도 추가납부액의 환급을 구하는 1차 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다. 당초 청구법인은 적용가능하였던 복수의 공제·감면규정 중에서 사후관리요건이 있는 쟁점본사이전세액감면이 유리하다고 판단하여 이를 선택하고 적용하였으나, 사후관리요건을 미충족하여 법인세를 추가 납부하게 되자 다시 쟁점본사이전세액감면을 취소하고 중복 배제되었던 쟁점투자세액공제를 적용하는 내용으로 경정청구를 하였다. 이는 조세감면을 받고난 이후 사후관리 위반사항이 발생하게 되자 사후관리 위반에 따른 불이익을 없애기 위해 당초 감면을 원천적으로 배제하는 수정신고로 사후관리규정을 무력화시키는 것으로서 해당 법규의 취지에도 맞지 않는다고 할 것이다. 당초에 적용한 조세감면에 대해 사후관리 추징사유가 발생하였다 하여 납세자가 임의로 그 적용을 취소하고 다른 공제감면으로 변경하는 수정신고를 하여 추가 납부한 법인세액을 환급받을 수 있게 된다면, 사후관리 규정을 두는 의미가 없고 감면을 통한 국가정책의 실효성도 확보하기 어렵다. 복수의 공제·감면규정이 적용되는 경우 법에서 정하는 특별한 제한이 없는 한 납세자는 가장 유리한 규정을 선택할 수 있으며 감면 또는 공제의 종류를 변경하는 경정청구나 수정신고도 가능한 것이나,공제·감면의 요건을 충족한 상태에서 다른 세액공제를 받지 못해 수정신고 하는 것과 이 건과 같이 사후관리 요건을 위배한 사정이 생긴 후에야 당초 적용하였던 감면규정을 배제하기 위한 목적으로 수정신고를 하는 것은 달리 보아야 할 것이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점본사이전세액감면을 적용하여 법인세를 감면받았다가 감면배제사유가 발생한 경우 쟁점투자세액공제를 적용하는 경정청구가 가능한지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때
3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의 2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제62조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】④수도권정비계획법제6조 제1항 제2호에 따른 성장관리권역 (이하 이 조에서 “성장관리권역”이라 한다) 에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2015년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우,이전공공기관은 과세연도별로 제1호의 금액에 제2호 또는 제3호 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 이전일 이후 이전공공기관에서 최초로 소득이 발생한 과세연도 (이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도) 와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
2. 해당 과세연도의 혁신도시로 이전한 본사 (이하 이 조에서 “이전본사”라 한다) 근무인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 근무인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
3. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율
⑦ 제4항에 따라 법인세를 감면받은 이전공공기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우
2. 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우
3. 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
4. 임원 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 제127조【중복지원의 배제】④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
(3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제58조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】⑧ 법 제62조 제7항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 본사를 혁신도시로 이전한 후 2015년 12월 31일까지 사업을 개시하지 아니한 경우
2. 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우
(1) 청구법인과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 원자력 발전소 설계기술 자립을 위하여 1975.10.1. 설립되었고, 현재는 원전 종합설계와 원자로계통 설계기술 등을 보유하고 있는 OOO 법인이다. (나) 청구법인은 2015.8.17.국가균형발전 특별법제18조에 따라 OOO에 위치하였던 본사를 OOO로 이전하였으나, 본사 이전 후 사업개시한 날로부터 2년 이내에 종전 OOO 소재 본사 부동산을 양도하지 못하였다.
(2) OOO 소재 본사 부동산 양도 불이행과 관련하여 청구법인에서 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 본사 지방이전에 따른 종전 OOO 소재 본사 부동산을 매각하기 위하여 2014.7.25. 공개경쟁입찰 공고[온비드(OnBid), 전자자산처분시스템]를 하였으나, 22회차까지 유찰되었다. ＜표＞ 청구법인의 종전 본사 부동산 매각 공개경쟁입찰 내역 OOO (나) 청구법인은공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 특별법(現 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법)에 근거하여 2014.12.2. 국토교통부장관에게 매입공공기관*이 청구법인의 종전 본사 부동산을 매입할 수 있도록 매입의뢰 요청하였으나, 국토교통부장관으로부터 2014.12.18. 매입의사가 없음을 통보받았다.
(3) 이 건 사실관계와 관련하여 OOO청장이 2018년 8월 국세청장에게 과세기준자문 신청한 내용과 회신내용은 다음과 같다. (가) 신청내용: 당초 적법하게 감면받은 세액에 대하여 사후관리에 따른 추징사유가 발생하여 그 사유가 발생한 사업연도 법인세 신고 시 감면받은 법인세 및 이자 상당 가산액을 추가납부한 이후, 당초 감면적용을 원천적으로 취소하고 다른 세액공제를 적용한 수정신고를 하고, 이를 사유로 사후관리규정 위반에 따른 추가납부세액에 대한 경정청구가 가능한지 여부 (나) 회신내용: 조특법 제62조 제4항에 따라 세액을 감면받은 법인이 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하여 그 사유가 발생한 사업연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부한 후, 종전 사업연도에 같은 조 제4항에 따라 적용한 세액감면을 배제하기 위하여국세기본법제45조에 따른 수정신고를 할 수 없는 것임
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 조특법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것, 이하 같다) 제62조 제4항은 성장관리권역에 본사가 소재하는 공공기관이 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 일정한 소득에 대하여 이전일 이후 일정 과세연도 동안 일정 비율의 법인세 세액감면 혜택을 주도록 규정한 다음 제7항 사후관리규정에서 본사이전세액감면의 배제사유를 구체적으로 열거하고 있는바, 이러한 과세특례규정은 국토의 균형 있는 발전을 도모하기 위한 세제지원방안의 일환으로 법인세 감면의 혜택을 부여하여 성장관리권역에 소재하는 공공기관의 본사이전을 유도하는 한편, 감면배제사유가 발생한 경우에는 종전 사업연도에 감면받았던 법인세액 및 이자를 그 사유가 속하는 당해 사업연도 법인세로 납부하도록 하여 법인세 감면혜택을 박탈하는 제재를 가함으로써 공공기관 본사이전의 실효성을 확보하고 있다. 한편, 중복지원 배제에 관한 조세특례제한법제127조 제4항은 당초 법인세가 감면되는 경우 세액공제를 적용하지 않는 것으로 규정하였는데, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되면서 내국인이 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다고 규정하여 납세의무자에게 선택권을 부여하고 있다. (나) 이 건의 경우 청구법인은 2015사업연도 당시 쟁점본사이전세액감면과 쟁점투자세액공제 요건을 모두 갖춘 상태에서 청구법인의 판단에 따라 이월공제가 불가능한 전자를 선택하여 해당 연도 법인세를 감면받았고, OOO로 본사 이전 후 2년이 경과하기까지 OOO 소재 본사 부동산을 양도하지 못함에 따라 쟁점사후관리규정에 따라 감면세액 및 이자상당액을 2017사업연도 법인세로 납부하였다가, 위 추가 납부세액 및 쟁점투자세액공제 적용 차액분에 따른 환급세액을 구하는 제1차 경정청구와 청구법인의 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분의 환급세액을 구하는 제2차 경정청구를 각각 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. (다) 처분청은 쟁점사후관리규정에서 감면배제사유가 발생한 경우 종전 사업연도에 감면받았던 법인세 등을 그 사유가 속하는 당해 사업연도 법인세로 납부하는 방식으로 환수하도록 규정한 취지는, 종전 사업연도 법인세에 관하여는 당초 신고에 의해 확정되었던 법인세 납부의무에 변동이 생기지 않도록 하기 위한 것이고, 조특법 제127조 제4항에 따른 중복지원 배제는 사후관리규정에 따라 납세자가 해당 법인세액을 추가 납부하였다는 이유만으로 그 예외를 두고 있지 아니하며, 당초에 적용한 조세감면에 대해 사후관리 추징사유가 발생하였다 하여 납세자가 임의로 그 적용을 취소하고 다른 공제감면으로 변경하는 것을 허용한다면 사후관리규정을 두는 의미가 없고 감면을 통한 국가정책의 실효성도 확보하기 어렵다는 점 등을 들어 이 건 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다는 의견이다. (라) 그러나 이 건 쟁점사후관리규정은 감면배제사유 발생 시 감면세액과 이자상당액을 그 사유 발생 사업연도에 추가 납부하라는 기감면분 법인세의 환수방법을 정한 규정일 뿐이고 다른 세액공제 적용까지 배제하라는 취지의 규정으로 볼 수 없는 점, 관련 유권해석도 사후관리규정 위반으로 공제세액 등이 추징된 이후 해당 사업연도 법인세에 있어서 다른 사유의 감면규정을 당연히 적용할 수 있는 것으로 전제하고 있는 점(기획재정부 조세정책과-292, 2010.3.16. 등), 이 건 2차 경정청구에 따르면, 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고 시 적용하였던 기감면분(쟁점본사이전세액감면액)과 이자상당액을 2017사업연도 법인세로 추가 납부하는 방식으로 이를 적용하지 않는 대신, 당시 중복지원 배제로 적용받지 못했던 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분의 환급세액을 구하겠다는 것이므로, 청구법인의 2017사업연도 법인세 추가 납부는 쟁점사후관리규정의 적용에 따른 것인 점에서 동 규정이 사실상 무력화되어 법적 안정성이 침해된다고 보기 어렵고, 동일 과세연도에 세액감면과 세액공제 중 하나를 납세의무자가 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있는 조특법 제127조 제4항에 위배된다고 볼 수 없는 점, 이 건 감면배제사유인 종전 본사 부동산 매각 실패에는 청구법인의 귀책사유로만 돌리기 어려운 불가피한 측면이 있음에도(공개경쟁입찰에서 22회차까지 유찰, 공공기관 매입거절 등), 처분청 의견과 같이 2015사업연도에 청구법인이 선택하여 적용할 수 있었던 쟁점본사이전세액감면과 쟁점투자세액공제를 모두 배제시키는 해석은 납세자인 청구법인에게 보장된 조특법상 조세지원제도를 침해하는 것인 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인의 2015사업연도 쟁점투자세액공제 적용분의 환급세액을 구하는 제2차 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.