[요지] 청구법인과 쟁점매입처와의 이 건 거래가액이 정상가격에 해당한다거나 청구법인이 이를 사전에 인지하지 못하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 디젤엔진의 실제납품가격과 예상원가와의 차액을 가공매입액으로 보아 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 청구법인과 쟁점매입처와의 이 건 거래가액이 정상가격에 해당한다거나 청구법인이 이를 사전에 인지하지 못하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 디젤엔진의 실제납품가격과 예상원가와의 차액을 가공매입액으로 보아 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO쟁점매입처의 수입단가 부풀림 등에 대하여 전혀 알지 못한 상태에서 그 거래가격에 만족하고 있었다. 수년간 꾸준한 연구개발 및 투자를 한 결과 2019년부터 비로소 매출증대 및 흑자전환 등을 기대할 수 있었고, 임직원들이 장기적으로는 상장까지 기대하며 회계투명성과 윤리경영을 강조하던 상황에서 OOO의 개인적 일탈행위 등으로 인하여 그 동안의 연구개발 및 윤리경영에 관한 노력 등이 모두 물거품이 되었으며, 기존 경영진은 순자산 OOO억원에 자본금이 OOO억원일 정도로 거의 전 재산을 청구법인에 투자하였음에도 결국 이 건 횡령사건으로 인하여 무일푼으로 퇴출되었다. 따라서 불법행위에 공모한 쟁점매입처의 경우 쟁점금액을 가공매출로 보는 반면, 청구법인은 가공매입으로 본 이 건 처분은 청구법인이 내부통제시스템에 기울인 노력에 비하여 너무나 가혹하므로 이 건 처분을 취소함이 타당하다. (가) 청구법인은 쟁점세금계산서를 비특수관계에 있는 쟁점매입처와의 정상거래를 통하여 수취하였다. 즉, OOO쟁점매입처로부터 소위 “리베이트”를 받았다 하더라도 이는 OOO개인적 일탈(배임, 횡령 등)에 관한 것일 뿐 청구법인은 시가에 부합한 가액으로 쟁점세금계산서를 수취하고 그 지급대가를 전액 쟁점매입처에 지급하였다. 청구법인은 최초 견적시부터 쟁점매입처의 매입단가를 타사의 매입단가와 비교하였는데, 당시 경쟁회사인 OOO이 쟁점매입처로부터 견적받은 매입단가OOO오히려 높았고, 일본으로부터 수입한 단가와도 큰 차이가 없었으며, 국내의 다른 회사로부터 받아 본 견적도 쟁점매입처로부터 받은 매입단가보다 크게 높았다. 또한 쟁점매입처로부터 수차례 매입단가에 대한 상향 요청이 제기되었으나, 청구법인은 협상을 통하여 이를 낮추려 노력하였고, 개발에 착수한 이후부터는 미국 OOO내지 쟁점매입처 이외에는 다른 거래처로 매입처를 전환할 수도 없었다. 따라서 청구법인은 쟁점매입처의 매입단가를 시가에 부합한 것으로 보아 합리적인 의사결정을 한 것이다. (나) 청구법인은 쟁점매입처가 디젤엔진의 수입원가를 부풀린 사실을 전혀 인지하지 못하였다. 청구법인은 서울중앙지방검찰청이 수사를 착수한 이후에서야 OOO쟁점매입처가 수입원가를 부풀리고 부정한 대가를 수수한 혐의가 있음을 인지할 수 있었다(물론 OOO등도 현재까지 쟁점매입처 등으로부터 정상적인 컨설팅 대가를 직․간접적으로 받았을 뿐 청구법인과는 무관하다고 주장하고 있음). 쟁점매입처의 OOO에게 지급한 대가를 정상적 원가항목인 알선수수료 명목으로 기재하였거나 OOO개인적인 문제라고 진술하였고, 검찰수사 내용에 의하면 OOO그 배우자 명의로 OOO이라는 법인을 설립하여 우회적으로 자금을 수수하는 등 여러 가지 지능적인 수법을 동원하였는데, 제3자인 청구법인이 사전에 그 부조리한 상황을 인지하기는 현실적으로 어려웠다. (다) 한편 청구법인으로서는 쟁점매입처로부터 높은 단가로 매입한다 하더라도 청구법인에게 되돌아오는 이득은 극히 미미한 거래구조이므로 가혹한 불이익을 감수하면서까지 원가 부풀림에 참여할 동기가 없고, OOO부당이득을 대주주나 대표이사 등과 공유하였다면 청구법인은 OOO부당이익을 얻을 수 있게 최소한 묵인하였을 개연성도 있으나, 청구법인과 관련인 중 처벌의 대상이 된 것은 OOO뿐이다. 즉 OOO단독행위이고 청구법인은 묵인조차 할 이유가 없었다. 청구법인은 이 건으로 인하여 OOO체결한 계약에 따라 부당이득금 약 OOO억원을 모두 배상하였고, 이에 대하여 쟁점매입처에 구상하는 내용의 공문을 발송하였으며, OOO쟁점매입처 등에 대한 형사판결이 확정되면 이들을 상대로 손해배상소송 등을 제기할 예정이고, 검찰의 공소장에도 청구법인은 피해자로서 단가 부풀림을 몰랐다는 내용이 언급되어 있다.
(2) 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다. 청구법인은 의무대상이 아닌 회계기간에 대해서도 스스로 외부회계감사를 자청하여 실시한 사실이 있고, 기업규모에 비하여 고가인 회계관리프로그램을 선제적으로 구축하였으며, 회계법인을 초빙하여 직원들에게 원가교육을 실시하는 등 회계의 투명성 강화를 위하여 노력하였다. 또한 OOO교육, 윤리경영 제정, 윤리경영서약서 작성 등을 실시하였고, 실제로 사내의 금전거래를 적발하여 징계한 사실도 있으며, 대외적으로 윤리규정을 공개하는 등 윤리경영을 위하여 노력하였다. 한편 방위사업청조차 사전원가검증 절차를 통해서도 문제를 발견할 수 없었고, 쟁점매입처와 미국의 OOO수입단가를 비공개하도록 요구하는 정도가 아니라 더 나아가 국방시스템에 단가입력 자체를 면제할 것을 요청하고 직거래도 거부하는 등 개발완료 후 공급자가 ‘갑’의 위치가 된 상황에서 청구법인으로서는 다른 강제수단이 없었기에 쟁점매입처에게 수입단가의 공개를 설득할 수밖에 없었다. 물론 청구법인도 견적단계에서부터 지속적으로 타 경쟁기업과의 견적가격을 파악하는 등 시세를 모니터링한 결과 문제가 없다고 판단하였고, OOO지방국세청의 조세범칙위원회도 청구법인에게 범칙혐의가 없다고 결정하였다. 따라서 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 봄이 타당하다.
(1) 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 비특수관계인 간의 정상거래에 따른 것으로 시가에 부합하다고 주장하나, 청구법인은 방산물자 제조업체에 직접 납품하는 1차 협력업체이고 방산물자는 국가안보와 직결되는 특수성, 중요성 등으로 인하여 가격 결정에 있어서 수요와 공급에 따른 시장 논리가 아닌 국방예산의 범위 내에서 원가의 일정한 수준으로 법정된 이윤만을 보장받도록 법제화(방산원가대상물자의 원가계산에 관한 규칙 제26조 및 방산원가대상물자의 원가계산에 관한 시행세칙 제32조의3)되어 있어서 철저한 원가검증이 이루어지고 있으며, OOO쟁점매입처의 OOO공모하여 수차례 엔진단가에 대한 견적을 주고받고 그 과정에서 엔진가격을 실제가격보다 부풀린 허위 거래명세표 등을 제출하여 실제 지출가격을 알 수 없도록 방위사업연구원의 원가검증 담당자를 속이고 디젤엔진의 실제 수입가격을 숨기고 임의로 작성한 견적서 등 허위 원가자료를 적법한 것처럼 제출하는 등 적극적으로 방위사업청을 속인 사실이 확인되므로 쟁점매입처와의 거래가액을 시가에 부합하다고 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 청구법인은 당시 발전기세트 군납과 관련하여 많은 연구개발비를 투자하여 자금 사정이 어려운 상태였고, 이 건 조사시 사채관련 이자비용 등 손금불산입항목이 적출되는 등 회계처리에 많은 오류가 있음이 발견되었으며, OOO수행한 디젤엔진 구입과 관련한 업무에 대하여 관리감독의무를 다하지 아니하여 청구법인에 손해를 끼치도록 방임하였으므로 관리의무를 다하였다고 보기는 어렵다. 또한 청구법인은 쟁점매입처가 수입원가를 부풀린 사실을 모르고 거래하였을 뿐만 아니라 OOO개인의 일탈행위이며 청구법인도 피해자라고 주장하나, 청구법인은 OOO대하여 현재까지 손해배상 청구나 구상권 행사를 실시한 사실이 없고, 청구법인의 전 대표자인 OOO사내하청업체 시절부터 30년 이상 동종업종에 종사한 발전기세트 제작의 전문가로서 쟁점매입처로부터 매입한 디젤엔진의 가격이 정상거래가격이 될 수 없음을 충분히 인지하고 있었을 것으로 보이며, 실제로 이용재가 최종 결재한 자금지출 결의서가 확인되는 등 회사의 중대한 자금집행과 관련하여 내부적으로 사전통제와 충분한 검토가 있었던 것으로 보인다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
(3) 방산원가대상물자의 원가계산에 관한 규칙 제26조[이윤의 계산] ① 이윤은 방위사업청장이 정하는 이윤산정기준에 따라 계산한다.
② 방위사업청장은 제1항에 따른 이윤산정기준을 계약상대자의 국산화노력ㆍ생산성향상노력ㆍ원가절감노력 등 경영노력과 계약수행노력, 계약이행 위험부담, 사업의 난이도 등을 고려하여 합리적으로 정하여야 한다. ※ 방산원가대상물자의 원가계산에 관한 시행세칙 제32조의3[이윤의 산정] ① 규칙 제26조의 이윤계산은 제2항부터 제4항까지의 기본보상액, 위험보상액, 노력보상액을 합한 금액으로 한다.
(1) 서울중앙지방검찰청장이 군납비리와 관련한 수사결과를 통보함에 따라 처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 방산물자로 납품하는 디젤엔진의 납품가격을 실제보다 부풀렸음을 확인하고 쟁점금액 상당액을 손금불산입 및 매입세액불공제를 하여 이 건 처분을 하였다.
(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 전술정보통신체계용 분리탑재형 발전기세트를 개발․생산함으로 인하여 OOO방위산업체로 지정되었고, 쟁점매입처는 미국에 본사를 두고 있는 OOO로부터 수입한 디젤엔진을 청구법인과 다음과 같은 계약을 체결하고 납품하였으며, 청구법인은 이를 발전기세트에 장착하여 방위사업청과 수의계약을 체결한 OOO등에게 방산물자로 납품하였는바, 위 납품계약서의 주요내용은 다음과 같다. (나) 방위사업청은 2015.7.24.경 전술정보통신체계 개발사업의 원가검증계획을 수립한 후 2015.7.27.경부터 체계업체인 OOO등을 대상으로 사전원가검증을 실시하여 OOO등으로 하여금 2015.10.12.경부터 2015.10.16.경까지 청구법인에 대하여 사전원가검증을 실시하게 하였고, 이에 따라 청구법인의 원가검증 담당자는 쟁점매입처에 이 건 디젤엔진에 관한 견적서 제출을 요청하였으며, 쟁점매입처는 청구법인 등에게 ‘엔진 견적에 대한 원가내역’을 제출하였으나 각 비용항목에 관한 증빙자료는 제출하지 아니하였음에도 방위사업청은 청구법인으로부터 제출받은 위 원가내역을 근거로 사전원가검증을 실시한 후 OOO등과 각 물품구매계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) 검찰은 군납비리와 관련하여 OOO등을 사기 및 횡령 등의 혐의로 기소하였고(서울중앙지방검찰청 2018년 형제91670호), 법원은 이에 따라 OOO을 징역 4년, OOO을 징역 2년, OOO을 징역 1년 6개월에 집행유예 3년으로 각 처한다고 선고하였다(대법원 2020.3.2. 선고 2019도19145 판결). (라) 군납비리와 관련한 OOO등에 대한 판결서 중 이 건 처분과 관련된 주요내용은 다음과 같고, 범죄일람표 1의 내용을 요약하면 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 범죄일람표 1 기재내용 요약 (단위: 원) (마) 처분청이 이 건 조사시 청구법인의 전 대표이사인 OOO에 대하여 작성한 ‘조세범칙혐의자 심문조서(2019.7.19.)’의 주요내용은 다음과 같다. (바) 청구법인은 이 건 디젤엔진 납품계약과 관련하여 OOO 등으로부터 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 부당이득금 및 가산금 지급을 요청받아 이를 지급한 후 2019.3.6. 쟁점매입처에 이를 구상하는 내용의 문서를 발송한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 부당이득금 및 가산금 청구내역 (단위: 원) (사) 청구법인은 OOO에 대한 퇴직금 OOO지급을 유보한 것 외에는 OOO및 쟁점매입처에 대하여 구상권을 행사하거나 손해배상청구를 제기한 사실이 없는 것으로 나타난다. (아) 그밖에 청구법인은 2019.3.4. 회생절차개시신청(대구지방법원 2019회합112)이 제기되어 회생절차가 진행되다가 2020.4.30. 현재 제3자에게 인수합병된 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처와의 정상거래를 통하여 디젤엔진을 구입하였고 이 건 횡령사건은 OOO개인적 일탈행위일 뿐만 아니라 청구법인도 선의의 피해자라고 주장하나, 법원은 OOO등이 공모하여 디젤엔진을 해외로부터 수입하는 경우 방위사업청의 원가검증담당자가 정확한 가격을 알기 어렵다는 점을 악용하여 디젤엔진의 가격을 부풀리고 허위의 원가자료를 제출하는 방법으로 방위사업비를 편취하여 부풀린 가격과 실제가격 간의 차액을 나누어 가진 것으로 판단하여 유죄를 선고하였는바, 부풀린 가격과 실제가격 간의 차액인 쟁점금액은 OOO등의 횡령액으로서 가공매입액으로 확정된 점, 쟁점매입처가 청구법인에게 수입원가를 명시적으로 공개하지 않았다 하더라도 청구법인은 전술정보통신체계 개발사업을 주도하면서 다수의 엔진들 중 이 건 디젤엔진을 장착엔진으로 선정하면서 원가를 비교하였을 것이고, 당시 청구법인의 전 대표자인 OOO30년 이상 동종업종에 종사한 발전기세트 제작의 전문가로서 쟁점매입처로부터 매입한 디젤엔진의 가격이 정상가격이 아님을 사전에 충분히 인지하고 있었을 것으로 보이며, 실제로도 OOO최종 결재한 자금지출 결의서가 확인되는 등 회사의 중대한 자금집행과 관련하여 내부적으로 사전통제와 충분한 검토가 있었다고 봄이 타당한 점, 쟁점금액을 횡령한 OOO청구법인에서 사실상의 구매협상 권한을 가지고 있는 방산부분 부사장이므로 청구법인의 의사와 동일시하거나 경제적 이해관계가 일치한다고 볼 수 있는 점, 그밖에 청구법인은 OOO등에 대하여 현재까지 손해배상청구를 제기하거나 구상권을 행사한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인과 쟁점매입처와의 이 건 거래가액이 정상가격에 해당한다거나 청구법인이 이를 사전에 인지하지 못하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 디젤엔진의 실제납품가격과 예상원가와의 차액을 가공매입액으로 보아 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.