쟁점토지가 사실상 농지, 임야 등에 해당하는 이상 단지 재산세가 별도합산 또는 분리과세된 사실이 있다 하여 동 규정을 적용하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 할 수 없어 보이므로 처분청에서 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
쟁점토지가 사실상 농지, 임야 등에 해당하는 이상 단지 재산세가 별도합산 또는 분리과세된 사실이 있다 하여 동 규정을 적용하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 할 수 없어 보이므로 처분청에서 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 도시개발사업 실시계획인가 또는 토지구획정리사업 시행인가를 얻은 토지로, 공부상 지목이 전·답·임야 등으로 기재되어 있으나 사실상 지목은 대지·잡종지 등에 해당하고, 이는 관할 지방자치단체에서 발급한 취득세 납부영수증 및 재산세(토지분) 정기과세내역서의 현황지목에 명확히 기재되어 있다. 위와 같이 쟁점토지는 지방세법 시행령 제102조 제5항 제24호 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지와 종전의 토지구획정리사업법에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획 정리사업에 제공하는 토지에 해당하여 재산세 과세기준일인 6월 1일 현재 분리과세대상토지로 구분되어 재산세가 부과되었고, 또한 각 연도별 재산세 과세기준일(6월 1일) 현재 청구인이 이미 매각하여 보유하고 있지 아니한 해당 토지도 도시개발사업 실시계획인가 또는 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 토지로 재산세 분리과세대상 또는 별도합산과세대상 토지에 해당한다. (2) 법인세법 시행령제92조의4는 ‘법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다’고 하여 사실상의 토지현황에 따라 토지의 지목을 판단하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의5에서도 ‘농지라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다’고 하여 이러한 실질과세원칙을 명확히 하고 있다. 지방세법 또한 토지분 재산세의 과세대상 토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상 현황에 의하여 부과하도록 하고 있는바, 쟁점토지에 대한 재산세는 공부상 지목이 아닌 현황 지목을 기준으로 하여 대지 또는 잡종지 등으로 과세되고 있고, 청구법인들이 쟁점토지를 취득할 당시 납부한 취득세 납부영수증에도 청구법인들이 취득한 토지의 실제 현황이 농지가 아니라는 이유로 농지에 대한 취득세율(1천분의 30)이 아닌 농지 외 토지에 대한 취득세율(1천분의 40)로 과세되었음을 확인할 수 있다. 따라서 쟁점토지는 대부분 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 에서 규정하고 있는 ‘농지·임야·목장용지 외의 토지’에 해당하는 것이다.
(3) 법인세법제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 ‘ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지’는 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것이다. 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목에서는 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’를 별도합산과세대상으로 분류하고 있고, 같은 법 시행령 제103조에서는 건축물의 범위에 ‘개발사업의 시행자가 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물’을 포함함으로써 개발사업 실시계획의 승인을 받은 토지의 경우 토지에 건축물이 없는 경우에도 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 구분(개발사업실시계획 인가를 받은 토지 중 주택용지는 분리과세대상이므로 제외)하도록 하고 있으며, 지방세법 제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제24호에 의하면 ‘ 도시개발법 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 토지구획정리사업법에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)’를 재산세 분리과세대상으로 구분하고 있는바, 도시개발사업 실시계획의 승인 또는 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 해당토지의 경우 대부분을 차지하는 주택용지는 분리과세대상으로, 일부 상가용지 등은 별도합산과세대상으로 분류하게 된다. 이러한 분류는 해당토지의 소유자가 개발사업의 시행자인지 여부는 고려대상이 아니고, 과세기준일 이후 도시계획고시가 실효된 경우에도 이는 실효 이후 장래에 영향을 미치는 것으로 실효 전의 재산세 과세구분에는 영향을 미치지 아니하게 된다. 따라서 도시개발사업지구 또는 토지구획정리사업지구 내에 위치하며 도시개발사업 실시계획인가 또는 토지구획정리사업 시행인가를 득한 쟁점토지의 경우 비사업용토지에서 제외되는 재산세가 별도합산 또는 분리과세되는 토지에 해당하게 되므로, 쟁점토지의 공부상 지목이 농지라는 이유로 비사업용 토지에 해당한다고 본 것은 잘못이다.
(2) 또한 청구법인은 쟁점토지가 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않게 되는 사유인 “ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지”에 해당한다고 주장하나, 해당 규정의 적용대상 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 에 따라 “농지, 임야 및 목장용지 외의 토지”이므로 농지, 임야인 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목의 적용대상 토지에 해당하지 아니한다. (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2 에 따르면 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지(건축이 가능한 날부터 2년)를 비사업용 토지에서 제외하고 있으나, 청구법인은 도시개발구역 내 토지를 도시개발사업 완료 전에 양도하였으므로 위 규정에 따라 비사업용 토지에서 제외되지 아니한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014사업연도 중 OOO등 77필지를 OOO에, 2015사업연도 중 OOO에 매도한 후, 이를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대하여 법인세를 신고·납부하였다. <표> 과세표준 및 세액신고서 (단위: 천원) <표> 표준손익계산서 (단위: 천원) (나) 청구법인은 이 중 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로 2018.11.12. 2014∼2015년 사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO경정청구를 하였으나, 처분청은 위의 토지가 비사업용토지에 해당한다고 보아 2018.12.31. 이를 거부하였다가, 위 토지 중 OOO법인세법제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보아(재산세 정기과세내역서상 현황지목이 잡종지이며, 재산세가 분리과세됨) 이 건 이의신청 이후 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO환급경정하였다. (다) 국세청 전산자료에서 확인되는 쟁점토지 명세는 다음과 같다. <표> 쟁점토지 명세 (라) 쟁점토지의 공부상 지목과 재산세 정기과세내역서상의 지목현황은 다음과 같고, 청구법인은 실제 지목이 농지가 아니라는 취지로 취득세납부서를 제출하였다(취득세납부서상 농지의 취득세율 3%, 농지외 토지의 취득세율 4%). <표> 쟁점토지의 지목 현황
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않게 되는 사유인 “ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지”에 해당한다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제2항은 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 논밭 및 과수원 등을, 제2호에서 임야를 각 규정하고 있고, 그 제4호 나목에서 “농지, 임야 및 목장용지 외의 토지” 중 “ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지”를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있으며, 법인세법 시행령제92조의4는 위 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하고, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인으로서, 공부상 농지, 임야 등으로 등재되어 있는 쟁점토지를 취득·양도하였으므로 쟁점토지의 사실상 현황이 논밭 및 과수원, 임야에 해당하지 아니한다는 점에 대한 충분한 입증이 없는 이상 쟁점토지는 위 법인세법제55조의2 제2항 제1호 및 제2호에 따라 비사업용 토지에 해당한다 할 것인데, 항공사진 등에 비추어 쟁점토지가 사실상 농지·임야 등에 해당하지 아니한다고 보기 어렵고, 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 는 농지, 임야, 목장용지 외의 토지에 대하여 적용되는 규정으로서 쟁점토지가 사실상 농지, 임야 등에 해당하는 이상 단지 재산세가 별도합산 또는 분리과세된 사실이 있다 하여 동 규정을 적용하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 할 수 없어 보인다. 따라서 처분청에서 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지・임야・목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)
2. `부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산: 취득일부터 5년
3. 제1호 및 제2호 외의 부동산: 취득일부터 2년 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년 (4) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지
2. 전ㆍ답ㆍ과수원
② 법 제106조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 임야"란 다음 각 호에서 정하는 임야를 말한다.
1. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제28조 에 따라 특수산림사업지구로 지정된 임야와 산지관리법 제4조 제1항 제1호 에 따른 보전산지에 있는 임야로서 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제13조 에 따른 산림경영계획의 인가를 받아 실행 중인 임야. 다만, 도시지역의 임야는 제외하되, 도시지역으로 편입된 날부터 2년이 지나지 아니한 임야와 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제30조 에 따른 보전녹지지역(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호 에 따른 도시지역 중 같은 법 제36조 제1항 제1호 각 목의 구분에 따른 세부 용도지역이 지정되지 않은 지역을 포함한다)의 임야로서 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제13조 에 따른 산림경영계획의 인가를 받아 실행 중인 임야를 포함한다.
2. 문화재보호법 제2조 제2항에 따른 지정문화재 및 같은 조 제4항에 따른 보호구역 안의 임야
3. 자연공원법에 따라 지정된 공원자연환경지구의 임야
5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 임야
6. 수도법에 따른 상수원보호구역의 임야
③ 법 제106조 제1항 제3호 다목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 법 제13조 제5항 제4호에 따른 고급오락장의 부속토지를 말한다.
④ 법 제106조 제1항 제3호 라목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 제1항 제1호에서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 말한다.
⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.
24. 도시개발법 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 토지구획정리사업법(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.