법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 발생한 쟁점토지 양도차익을 법인의 손익으로 귀속시킬 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO군수로부터 부동산등기용 등록번호 등록증명서를 발급받은 비법인 사단인 종중으로서, 2017.5.11. OOO임야 16,722㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 후, 2017.6.1. 2017년 귀속 양도소득세 등 OOO신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2018.12.12. 법인으로 보는 단체로 승인을 신청하여 같은 날 승인을 받은 후, 2018.12.26. 쟁점토지가 법인세법제4조 제3항 제5호 단서 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따른 비과세 자산임을 주장하며 기 신고·납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.3.15. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.20. 이의신청을 거쳐 2019.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 비영리단체로서, 조선시대 이후 양도시까지 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 고유목적사업(분묘의 보존·관리 등)에 사용하여 왔는바, 쟁점토지의 양도로 인한 수익은 법인세법제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입으로서 과세소득에서 제외되어야 한다. 고유번호증은 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등에게 부여하는 것에 불과하고, 고유번호증을 발급받아야 비영리법인에 해당하게 되는 것은 아니며, 소득세법상 1거주자로 보는 단체(법인으로 보는 단체로 승인을 얻지 않은 경우 적용)의 경우에는 위와 같이 과세소득에서 제외하도록 하는 규정이 없는바, 이는 개인납세자와 법인납세자를 차별하는 규정으로 과세 형평에 어긋나고, 형식적 절차인 법인으로 보는 단체 승인 신청이 늦어졌다 하더라도 법인으로 보는 단체의 고유목적사업용 토지의 양도와 달리 볼 이유가 전혀 없으므로, 국세기본법제14조의 실질과세의 원칙에 따라 쟁점토지의 양도에 따른 소득을 과세소득에서 제외하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 시행령제4조 제1항 제1호 라목에 따르면 납세지 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 얻은 단체의 경우 그 승인일을 최초사업연도 개시일로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 최초사업연도 개시일은 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 날인 2018.12.12.이라 할 것이다. 그런데 같은 조 제2항에 따르면 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도로 인한 소득을 청구법인의 2018사업연도 손익에 산입하는 경우 청구법인의 최초사업연도 기간이 2017.5.11.∼2018.12.31.이 되게 되어 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하게 되므로 위 양도소득을 청구법인의 최초사업연도 손익에 산입할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 발생한 쟁점토지 양도차익을 법인의 손익으로 귀속시킬 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1999.1.10. 창립총회를 개최하고 문중 단체로 설립되었고, 쟁점토지는 당초 종중원 명의로 등기되어 있던 중 1999.11.19. 명의신탁해지를 원인으로 하여 2000.8.14. 청구법인 명의로 등기되었다. (나) 청구법인은 2017.5.11. 쟁점토지를 OOO양도(공공용지의 협의취득)한 후, 2017.6.1. 양도소득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO신고·납부하였다. ＜참고＞ 토지수용(협의매수) 확인서 주요내용 (다) 이후, 청구법인은 2018.12.12. 처분청에 법인으로 보는 단체 승인신청을 하여 같은 날 법인으로 보는 단체로 승인받고, 2018.12.24. 고유번호증을 발급받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 양도소득을 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 소득으로 보아 비과세하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결 참조) 할 것인데, 법인세법 시행령 제4조 제1항 라목은 “국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일”을 법인의 최초사업연도의 개시일로 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.”라고 규정하고 있는바, 이는 사업연도의 최장기간을 1년으로 제한한 법인세법 제6조 제1항의 취지를 반영한 것으로 보이고, 결국 법인의 최초사업연도의 경우에도 사업연도의 최장기간이 1년을 초과할 수 없다고 할 것이므로, 위 법인세법 시행령 제4조 제2항에 근거하여 법인의 손익에 산입할 수 있는 손익은 그 손익이 발생한 날부터 최초사업연도의 종료일까지의 기간이 1년을 초과하지 않는 경우로 제한된다고 할 것이며, 이러한 법리는 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 법인으로 보는 단체의 경우도 마찬가지로 적용되고, 법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 라목에 의해 관할세무서장의 승인일을 최초사업연도의 개시일로 한다고 하여 달리 해석될 수 없다(대법원 2018.10.11. 선고 2018두46940 판결, 같은 뜻임) 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인은 2018.12.12. 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 쟁점토지의 양도소득을 청구법인의 최초사업연도 손익에 산입하는 경우 쟁점토지의 양도소득이 발생한 2017.5.11.부터 최초사업연도의 종료일(2018.12.31.)까지의 기간이 1년을 초과하게 되므로 이를 청구법인의 최초사업연도의 이익으로 귀속시킬 수 없다 할 것이다. 따라서 청구법인은 소득세법제2조 제3항에 따른 거주자로서 쟁점토지의 양도소득에 관하여 소득세법 상 양도소득세의 신고·납부의무가 있을 뿐 이를 법인세법 상의 각 사업연도의 소득으로 하여 비과세를 적용할 수 없다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도소득을 청구법인의 최초사업연도의 이익으로 귀속시킬 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제2조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조에 따라 설립된 법인
• 나. 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항 제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제6조(사업연도) ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례) ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제4조(사업연도의 개시일) ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조 제2호 다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

• 가. 법령에 의하여 설립된 단체에 있어서 당해 법령에 설립일이 정하여진 경우에는 그 설립일
• 나. 설립에 관하여 주무관청의 허가 또는 인가를 요하는 단체와 법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체의 경우에는 그 허가일ㆍ인가일 또는 등록일
• 다. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체에 있어서는 그 기본재산의 출연을 받은 날
• 라. 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

2. 외국법인의 경우에는 법 제94조에 따른 국내사업장(이하 "국내사업장"이라 한다)을 가지게 된 날(국내사업장이 없는 경우에는 법 제6조 제4항의 규정에 의한 소득이 최초로 발생한 날)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

(5) 소득세법 제2조(납세의무) ③ 국세기본법 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.