[요지] 처분청이 법인세, 농어촌특별세 및 지방소득세 부과처분과 소득금액변동통지를 각각 취소하였으므로, 해당 부분에 대한 심판청구는 심리일 현재 불복대상이 부존재하고 심리의 실익이 없으므로 부적법한 청구로 판단된다.
[요지] 처분청이 법인세, 농어촌특별세 및 지방소득세 부과처분과 소득금액변동통지를 각각 취소하였으므로, 해당 부분에 대한 심판청구는 심리일 현재 불복대상이 부존재하고 심리의 실익이 없으므로 부적법한 청구로 판단된다.
[주 문] 청구법인이 ＜별지1＞ 목록 1 내지 3 기재 법인세, 농어촌특별세, 지방소득세, 법인세(원천징수분), 지방소득세(특별징수분) 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 불복하여 제기한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
(1) ＜별지1＞ 목록 1⋅2 기재와 같이 쟁점로열티를 손금불산입하여 청구법인에게 OOO원을 각 경정⋅고지하였고, 손금불산입액을 주주인 일본 OOO에 대한 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
(2) 또한 청구법인이 위 소득금액변동통지에 따른 일본 OOO의 2013사업연도부터 2016사업연도까지 배당소득에 대하여 법인(원천)세(한일조세조약에 따른 배당소득 원천징수세율 5%)를 신고⋅납부하지 아니하자, ＜별지1＞ 목록 3 기재와 같이 청구법인에게 2019.11.5. 2013사업연도부터 2016사업연도까지 법인(원천)세 합계 OOO원을, 2019.12.10. 2013사업연도부터 2016사업연도까지 지방소득(특별징수)세 합계 OOO원을 각 경정⋅고지하였다.
(3) 청구법인은 처분청이 위와 같이 쟁점로열티를 배당으로 소득처분하자, 2019.4.10. 등에 당초 사용료로서 로열티 총액의 10%를 원천징수하여 신고⋅납부한 법인(원천)세와 배당소득 법인(원천)세의 차액(지방소득세를 포함)을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 동일 쟁점의 법인세 불복청구가 진행중이라는 사유 등으로 ＜별지1＞ 목록 4⋅5 기재와 같이 2019.7.30. 등에 이를 거부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건 로열티는 액정디스플레이용 유리기판을 제조 및 판매하기 위해 필요한 특허권과 노하우를 제공받고 그 대가로 지급한 것이므로, 실제 청구인이 특허권과 노하우를 제공받은 이상 로열티 지급액의 일부만을 수익과 관련없는 비용으로 보아 손금불산입 처분하는 것은 부당하다. (가) 조사청은 로열티 지급액 산정의 기초가 되는 회계상 개념인 영업이익에 세무상 손금으로 인정받은 감가상각비를 반영하지 아니하였다는 점을 근거로, 로열티 지급액 중 일부를 수익과 관련없는 비용으로 손금불산입 처분하였으나, 청구법인이 국외특수관계인으로부터 특허권과 노하우를 제공받고 로열티를 지급한 이상, 그 로열티 지급액이 과다하다는 이유로 그 금액 중 일부를 손금부인하기 위해서는 당연히 국제조세조정에 관한 법률상 정상가격에 관한 규정에 따라 거래가격과 정상가격을 비교해야 하는 것일 뿐, 당사자간 합의한 금액 중 일부를 수익과 관련 없는 비용으로 볼 수는 없다. 만약 조사청 주장대로 감가상각비를 반영하지 않는 것이 불합리하다면, 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용될 거래조건에서는 감가상각비를 반영하였을 것이므로 정상가격보다 과다하게 지급하였다는 이유로 부인할 수 있을 뿐, 로열티 지급액의 일부가 수익과 관련 없는 비용이라고 보는 것은 세법 체계에 정면으로 반하는 것으로 허용될 수 없다. 청구법인은 특허권과 노하우를 제공받고 로열티를 지급한 것이므로 그 노하우를 제공받은 것이 사실인 이상 그 대가로 지급한 로열티 전체가 수익과 관련된 비용임은 당연한 것이다. (나) 처분청은 “로열티 산정방식에 따라 정당한 로열티를 다시 계산한 것에 불과하다”고 주장하나, 계약은 당사자간 합의로 당사자들이 영업이익률을 세무상이 아닌(세법에서는 “영업이익” 내지 “영업이익률”의 개념을 규정하고 있지도 않음) 회계상 영업이익률로 계산하기로 합의하였다면 이는 유효한 합의이므로 이에 따라 지급한 로열티는 당연히 라이센스 계약에 따라 지급된 것이다. 계약상 의미가 불분명한 계약 조항이 존재할 경우 “계약문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정으로 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석”하게 되는 것인바, 당사자들이 영업이익률을 세무상이 아닌 회계상의 개념으로 이해하고 귀금속의 감가상각비를 반영하지 않고 로열티를 산정해 왔다면 이후에도 기존에 당사자들이 산정한 방식과 동일한 방식으로 로열티를 산정하여 지급하여야 하는 것이다. (다) 더욱이 청구법인과 일본 OOO 등이 이 사건 로열티 거래를 포함하여 2012년 9월에 한국과 일본의 국세청에 신청한 ‘정상가격 산출방법에 대한 사전승인 신청’에 대하여 양국 국세청은 2017년 8월에 “청구인의 2012∼2016사업연도에 대해 보상조정을 하지 않는다”고 합의함으로써 이 사건 로열티가 정상가격으로 인정된 바 있다.
(2) 청구법인은 라이센스 계약에서 합의한 대로 매출 및 영업이익률을 기초로 로열티를 지급하였는바, 영업이익률은 회계상 개념이므로 세무조정 후의 금액을 기초로 로열티를 산정할 수 없다. (가) 영업이익률은 매출액에 대한 영업이익의 비율을 나타낸 것으로 매출액 및 영업이익 모두 회계상 개념이다. 청구법인과 일본 OOO가 영업이익률이라는 표현을 사용하여 라이센스 계약을 체결한 이상 위 계약서 문언 그대로 영업이익률에 따라 로열티를 산정하여야 하고, 세무상의 익금과 손금에 따라 로열티를 산정할 수는 없다. 만약 당사자가 세금을 고려하여 로열티를 지급하기로 했다면 세후 순이익을 기준으로 로열티 요율을 산정하는 등 현재 계약서와는 다른 기준을 명시하였을 것이다. 그런데 회계상 감가상각은 사용에 의한 소모, 진부화 등에 의한 경제적 효익의 감소를 반영하기 위한 것으로, 청구법인의 귀금속 설비와 같이 내용연수가 완료된 이후에도 물리적 감모가 없고, 회수하여 재활용하거나 시가에 따라 판매할 수 있는 설비에 대하여는 감가상각을 하지 않는 것이 우리나라의 기업회계기준에 따른 처리인 바, 청구법인은 귀금속 설비에 대하여 감가상각을 하지 않았고, 이는 동종업계에 속한 다른 기업들도 동일하다. (나) 통상적으로 로열티는 해당 특허나 노하우를 사용함으로써 발생한 매출액이나 영업이익을 고려하는 것이지 세후순이익을 기준으로 지급하는 것이 아니다. 특수관계가 없는 제3자들 또한 매출이나 영업이익에서 더 나아가, 해당 특허나 노하우의 사용과 직접적인 관련이 없고, 개별 기업의 여러 사정에 따라 상이하게 발생하는 제반비용과 관련 법인세를 감안한 후의 이익을 기준으로 로열티를 지급하지는 않을 것이다. 더욱이 세무조정을 고려한다면 각국의 조세제도나 그 변경에 따라 로열티가 달라지게 되므로 특허나 노하우의 객관적 가치를 적절하게 반영할 수 없게 된다. 따라서 기업회계상 적절하게 영업이익을 산정한 이상, 기업회계기준상 비용과 법인세법상 손금의 범위가 다르다면 이러한 조정 없이 회계상의 영업이익을 기준으로 로열티를 산정하는 것이 정상가격의 개념에 부합하는 것이다. (다) 쟁점설비는 귀금속으로 이루어져 있어 시간의 경과에 따른 경제적 효익의 감소가 없는 것이어서 청구법인은 회계기준원의 해석에 의하여 회계상 감가상각을 하지 아니하였다. 그러나 귀금속 재질로 이루어져 있다 하더라도 생산설비의 일부로 보아 세무상 감가상각 대상에 해당하고 법인세법 개정으로 인해 2011년 이후 감가상각의제는 신고조정사항으로 변경된 점을 인지하게 되어 경정청구를 통하여 2011년 이후 사업연도에 대한 의제상각액을 손금으로 인정받은 것으로, 청구법인은 법인세법 개정에 따라 의제상각액을 손금으로 인정받은 것일 뿐 그렇다고 하여 OOO에 대한 로열티에 세무상 신고조정하여 손금인정받은 감가상각비를 반영할 법령상 근거는 없다. 또한 청구법인이 2016년에 유리물 이송관에 대한 감가상각비를 손금으로 한 것은 귀금속 설비 제작업체가 귀금속 자체와 가공비용을 구분하여 청구함에 따라 유형자산의 취득원가 중 귀금속을 유리물 이송관으로 가공하는데 투입한 비용을 상각한 것으로, 유형자산의 취득원가는 취득 완료시까지의 모든 비용(관세 등 수입통관비용, 가공비, 운임, 설치비, 설치 보조자재 비용 등 취득관련 제반 부대비용 및 국내 조달 부자재 등)이 포함되어 계상되는 것이어서, 귀금속 설비 제작업체가 가공비를 구분하여 청구한 경우, 본 건 설비의 취득원가 중 귀금속 자체의 가액을 제외한 제반 취득부대비용 등은 일정기간에 걸쳐 경제적 효익이 감소되므로 청구법인도 회계상 감가상각을 행한 것이다(다만 귀금속 설비 제작업체가 귀금속 자체와 가공비용을 구분하여 청구하지 않는 경우가 대부분이며, 이 때 청구법인이 양자를 구분할 수 없는 것이다). 이와 같이 처분청이 주장하는 쟁점설비 관련 감가상각 계상분은 별도 청구된 가공비를 포함한 취득 부대비용 등 상당 취득원가 관련분인바, 이를 근거로 이 사건에서 문제가 되는 귀금속 자체에 대해 감가상각을 해야 한다고 볼 수 없다.
(3) 처분청의 이 건 소득금액변동통지에 의하면 과다하게 지급된 쟁점로열티는 원천적으로 사용료 소득이 아니라는 것이므로 쟁점로열티와 관련하여 청구법인이 자진신고⋅납부한 사용료 소득 원천징수세액은 환급대상에 해당한다. (가) 청구법인은 원처분인 소득금액변동통지에 대하여 불복하여 심판청구를 제기하기는 하였으나, 청구법인의 불복과 관계없이 처분청의 원처분은 공정력이 있어 그 처분이 취소되기 전에는 유효하여 그 효력을 부인할 수 없는 것이므로 원처분의 효력과 상충되는 경정청구 거부처분은 위법⋅부당하다. 더욱이 청구법인, ADO 및 OOO가 이 사건 로열티 거래를 포함하여 2012년 9월에 한국과 일본의 국세청에 신청한 ‘정상가격 산출방법에 대한 사전승인신청’에 대하여 양국 국세청은 2017년 8월에 “청구법인의 2012∼2016사업연도에 대해 보상조정을 하지 않는다”고 합의함으로써 양국간 이 사건 로열티가 정상가격으로 인정되었으므로, 정상가격 조정에 의한 과세는 양국간 합의에 명백히 반하는 것으로 허용될 수 없다. (나) 2019.7.30.자 거부처분(2013년 3월∼2014년 3월 원천징수⋅납부분)의 경우, 이 사건 원 처분의 결정 또는 결정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간(역년기준 12개월) 외의 과세기간(매 3개월)에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당하므로 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 국세기본법제45조의2 제2항 제4호에서는 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는데, 처분청은 각 사업연도에 대한 법인세를 경정하면서 이로 인한 소득금액변동통지를 하였는데, 위 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간은 1월부터 12월까지 청구법인의 한 사업연도 전체이고, 원천징수 과세기간은 매 3개월에 해당하는바(특히, 매년 3월을 지급시기로 하는 사용료 소득의 경우, 청구법인의 직전 사업연도 12월부터 당해 사업연도 2월까지의 이익지표를 바탕으로 산출하여 3월에 지급되는바, 직전연도 및 당해연도 소득금액변동통지에 의하여 소득금액의 영향을 직접적으로 받음), 이와 같이 세무조사 결과에 따라 결정된 소득금액변동통지의 대상이 되는 과세기간(매 12개월)은 사용료 소득 원천징수 경정청구 대상이 되는 과세기간(매 3개월)과 상이함이 명백하므로, 이 사건 경정청구는 과세관청에 의한 특정사업연도의 과세처분으로 인해 다른 사업연도의 세액이 변경되는 경우로서, 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 따라서 이전소득금액변동통지를 받은 2019.3.7.부터 3개월 이내인 2019.6.4. 제기한 이 건 경정청구는 후발적 경정청구기간 내에 한 적법한 경정청구이다. 이와 같이 국세기본법제45조의2 제2항 제4호의 법 문언상으로 경정청구를 허용함이 타당할 뿐 아니라, 만약 이렇게 해석하지 않는다면 과세관청은 소득금액변동통지를 하면서 납세자는 이에 대응한 경정청구의 제기를 할 수 없게 되어 과세관청이 이중의 이익을 얻고 납세자가 구제받을 방법이 없게 되는 매우 부당한 결과가 초래되어 경정청구 제도의 취지에도 반하므로 후발적 경정청구를 허용하여야 한다.
(1) 청구법인은 일본 OOO에 대한 소득(배당)처분과 관련한 법인(원천)세 부과처분에 대하여 이 건 심판청구를 제기하였으나, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수하는 소득세의 납세의무를 이행하지 아니함에 따라 과세관청이 하는 납세고지는 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당하므로, 선행처분인 소득금액변동통지가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 불복에서 다투어야 하는 것이다(대법원 2012.1.26. 선고 2009두14439 판결, 같은 뜻임). 이 건의 경우 처분청이 청구법인에게 소득금액변동통지를 하여 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되었는바, 원천징수의무자인 청구법인은 위 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 납부하였어야 하는데, 청구법인이 이를 이행하지 아니함에 따라 위와 같이 성립⋅확정된 조세채무의 이행을 최고하기 위하여 이 사건 납부고지를 한 것으로서, 이 건 납부고지는 징수처분으로서 불복대상이라고 할 수 없을 뿐 아니라 청구법인이 소득금액변동통지에 대하여 별도로 심판청구를 제기(조심 2019구2310⋅3703)한 사실이 있으므로 이 건 심판청구는 동일한 처분에 대하여 중복하여 제기된 것이어서 부적법하다.
(2) 쟁점설비는 백금 등 귀금속 재질로 이루어져 있으나 용해로 설비의 일부로서 기능을 하는 것으로, 취득시 귀금속 가액에 기계장치 제작비용, 취득부대비용을 합산하여 장부가액으로 계상하였고, 해당 제작비용 및 취득부대비용은 장부가액에서 큰 비율을 차지하고 있어 설비의 일부가 귀금속으로 이루어져 있다 하더라도 이를 생산설비의 일부(기계 및 장치)로 보아 감가상각하여야 하는 것이다. (가) 당초 청구법인은 쟁점설비에 대하여 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소하는 것이 아닌 것으로 판단하여 결산시 감가상각비를 인식하지 아니하였으나, 쟁점설비는 평균 4∼5년마다 대규모 보수공사(정제작업)가 필수적이고 매각시 귀금속 시세를 초과하는 장부가액 상당액을 매각손실로 회계처리한 사실이 확인되는바, 이러한 사실은 해당 설비가 시간이 경과하여도 경제적 효익이 감소하지 않는 자산이 아니라 일정기간 사용하면 정기적인 수선이 필요하고 가치가 시간에 따라 감소하는 자산임을 나타내는 것으로, 청구법인 또한 쟁점설비를 감가상각대상 자산에 해당하는 것으로 보아 감가상각의제 규정을 적용하여 쟁점설비의 감가상각비를 손금으로 산입하여 달라는 경정청구를 제기하여 받아들여진 사실이 있다. (나) 청구법인은 영업이익률에 따라 로열티를 지급하면서 결산시 쟁점설비에 대한 감가상각비를 계상하지 아니하여 높은 영업이익률에 해당하는 로열티 비용을 전액 손금계상하였다가, 이후 경정청구를 통해 감가상각비를 비용으로 산입하여 실제 영업이익률이 낮아졌음에도 기존 로열티 비용에 대한 재조정을 하지 아니하고 전액 손금계상한 것으로 확인되었는바, 처분청은 청구법인이 사용한 방식(매출액 × 영업이익률 구간별로 정해진 로열티 요율)을 그대로 적용하되, 영업이익률만을 감가상각비를 비용으로 산입하여 낮아진 영업이익률을 적용하여 업무무관 로열티 비용을 산정하였다. 국제조세조정에 관한 법률제3조 제1항에서 당해 법률을 다른 법률과의 관계에서 우선하여 적용한다고 규정하는 것은 내국법인이나 외국법인의 국내사업장에 대한 이전가격 등을 정상가격에 의해 과세조정할 때 다른 법률에 우선하여 적용한다는 취지이지, 법인세법제19조에서 규정하고 있는 손금의 범위에 대해서까지 우선적으로 적용한다는 것은 아니므로 업무무관비용 해당여부 판단시 국제조세조정에 관한 법률이 우선 적용된다고 할 수 없다. 따라서 쟁점로열티 비용과 같이 부풀려진 영업이익률 구간을 적용하여 로열티 비용을 과다계상한 것까지 국제조세조정에 관한 법률을 적용할 것이 아니라 국내 법인세법을 적용하여 손금불산입하는 것이 타당하다 할 것이다. (다) 청구법인은 영업이익률은 회계상 개념이므로 세무조정 후의 금액을 기초로 로열티를 산정할 수 없다고 주장하나, 라이센스 계약서상 영업이익이 “로열티 계산전의 모든 거래에 관한 영업이익(단, 재판매기능거래 관련 영업이익 제외)”으로 명시되어 있고, 영업이익은 일반적으로 재무제표상 손익계산서 항목으로 매출액에서 매출원가와 판매관리비를 공제한 금액이며, 매출원가는 제품 등의 매출액에 대응되는 원가인데, 쟁점설비의 감가상각비는 제품 제조에 직접적으로 사용되는 기계장치에 대한 제조원가상 감가상각비로 영업이익에 당연히 영향을 미치는 매출원가에 포함되는 항목이고, 감가상각비와 로열티는 같은 매출원가상 비용 항목이지만 반비례 관계에 있는 것이므로, 경정청구에 따라 쟁점설비의 감가상각비가 손금산입되는 경우 영업이익에 영향을 미치므로 이를 영업이익률에 반영하고 로열티 비용도 재계산하는 것이 합리적이고 타당한 것이라 할 것이다.
(3) 쟁점로열티를 손금불산입하고 이를 일본 OOO에 대한 배당소득으로 처분하여 소득금액변동통지한 처분과 관련하여 현재 불복절차가 진행되고 있는 등 과세요건 사실이 확정되지 아니하고 있으므로 법인(원천)세 경정청구를 거부한 것은 정당하고, 이후 법인세에 대한 심판청구나 관련 소송에 의해 확정되는 경우 필요한 처분을 하는 것이 타당하다. 조사 후 결정에 따른 법인세 경정 및 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이고, 경정청구의 대상이 되는 법인(원천)세는 소득금액변동통지에 따라 한일조세조약 상 사용료소득(제한세율:10%)이 배당소득(제한세율: 5%)으로 소득의 종류가 바뀌어 당초 신고한 국세 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우이지, 법인세 경정에 따른 소득금액의 변동으로 원천징수세액이 바뀌는 것이 아니다. 또한 소득금액변동통지라는 원처분에 따라 경정청구 대상이 되는 사용료소득 원천징수 과세기간이 결정되고, 소득금액변동통지상 과세기간은 역년 기준 12개월이며 단지 원천징수 신고를 매 3개월마다 나누어 했다는 이유로 동일한 과세기간을 국세기본법제45조의2 제2항 제4호에서 규정한 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간”에 해당한다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 법인이 소득금액변동통지를 받은 후 원천징수세액을 납부하지 아니함에 따라 처분청이 법인(원천)세 등을 납부할 것을 고지한 데 불복하여 제기한 심판청구의 적법여부
② 청구법인이 일본 특수관계법인(일본 OOO)에 쟁점로열티를 과다하게 지급하였다고 보아 이를 업무와 관련 없는 비용으로 하여 손금불산입하고, 해당 금액을 소득금액변동통지한 처분의 당부
③ 쟁점로열티를 업무무관비용으로 보아 손금불산입 후 이를 일본 OOO에 배당 처분하였으므로, 청구법인이 당초 쟁점로열티를 사용료로 하여 원천징수한 법인(원천)세 등을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구가 정당하다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 나타나는 청구법인 현황 및 사업내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2004.6.17. OOO에서 플랫판넬 디스플레이용 유리의 제조, 가공 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 액정디스플레이용 유리기판을 생산하여 주로 OOO 주식회사, OOO 주식회사 등에 공급하거나 일본, 대만 등에 수출하고 있다. (나) 청구법인은 자매회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 함께 국외특수관계인인 일본 OOO와 라이센스계약을 체결하여 일본 OOO로부터 TFT-LCD용 유리기판 등 제품⋅반제품 생산 및 절면⋅연마가공의 기술 노하우 및 사업운영 노하우 등을 제공받고 그 대가로 청구법인과 ADO 연결제조기능 영업이익률의 8.00% 내지 43.00% 상당의 로열티를 지급(기타매출원가로 계상)하였다. (다) 청구법인은 라이센스 계약에 따라 영업이익률에 따른 로열티 요율을 적용하여 로열티를 산정한 후, 2013년 3월부터 2017년 3월까지 3개월마다 아래 ＜표1＞과 같이 일본 OOO에 로열티를 지급하였고, 법인세법제98조 제1항 제6호에 따라 다음 달 10일 원천징수금액을 신고⋅납부하였으며, 원천징수세율은 한일조세조약 제12조 제2항에 근거하여 10%(지방소득세 포함)를 적용하였다. ＜표1＞ 청구법인의 일본 OOO에 대한 로열티 지급내역 OOO (라) 청구법인은 LCD용 유리제품을 생산하는 용해로 설비의 일부인 백금 등 귀금속 재질의 유리물 이송관(쟁점설비)에 대해 당초 결산시 감가상각대상 자산에서 제외하였고, 쟁점설비에 대한 감가상각비가 포함되지 아니한 영업이익률을 기준으로 로열티를 산정⋅지급하였다.
1. 쟁점설비는 LCD용 유리제품을 생산하는 용해로 설비의 일부인 백금 등 귀금속 재질의 유리물 이송관으로, 백금 등 귀금속 재질로 이루어져 있으나 용해로 설비의 일부로서 그 기능을 하고, 청구법인은 취득시 귀금속 가액, 기계장치 제작비용 및 취득부대비용을 합산한 가액을 장부가액으로 계상한 것으로 나타난다(청구법인은 해당 귀금속 금액과 취득부대비용을 구분하여 제출할 수는 없다고 답변함). OOO
2. 청구법인은 쟁점설비를 일정시간 사용 후 추가 비용을 들여 다시 제작하는 과정을 거치고 매각시 귀금속 시세초과 상당액을 매각손실로 회계처리하고 있는 것으로 나타난다. OOO
3. 청구법인은 당초 결산시 쟁점설비를 감가상각대상 자산에서 제외하였고, 이 사건 로열티도 쟁점설비에 대한 감가상각비가 포함되지 아니한 영업이익률을 기준으로 산정⋅지급하였다.
4. 청구법인은 2017년 9월 경정청구를 통해 쟁점설비에 대해 감가상각의제 규정을 적용하여 쟁점설비에 대한 감가상각비(총 감가상각 의제액OOO원)를 손금산입하고 2011사업연도부터 2015사업연도까지 법인세 총 OOO원을 환급받았다.
(2) 처분청은 청구법인이 쟁점설비에 대한 감가상각비를 손금에 산입하지 아니한 채 영업이익률을 산정하였다가 2011년 이후 사업연도에 대한 의제상각액을 손금으로 인정받음에 따라 영업이익률이 감소되었음에도 일본 OOO에 지급한 로열티를 감액하지 아니하였다고 보아, 감소된 영업이익률에 따른 로열티를 재계산한 후, 과다지급된 로열티를 손금불산입하는 한편 이를 일본 OOO에 대한 배당으로 소득처분하였다. (가) 처분청은 쟁점설비에 대한 감가상각비를 손금산입하여 영업이익률을 재계산한 후, 이에 따라 일본 아사히글래스 주식회사에 지급하여야 할 로열티를 아래 ＜표4＞와 같이 재계산하였다. OOO (나) 처분청은 쟁점로열티를 일본 OOO에 대한 배당소득으로 소득처분하여 아래 ＜표5＞와 같이 소득금액변동통지를 하였다. OOO
(3) 청구법인은 위 소득금액변동통지에 따른다면 과다하게 지급된 쟁점로열티는 배당소득으로서 사용료 소득이 아니게 된다는 사유로 청구법인이 기 신고⋅납부한 아래 ＜표6＞의 사용료 소득 원천징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. OOO
(4) 청구법인은 국세청과 일본 과세당국간 상호합의 결과 청구법인이 일본 OOO 주식회사에 지급하는 로열티 요율이 사전승인되었으므로 이에 따라 지급된 로열티를 과다지급되었다고 보는 것은 부당하다고 주장하며 사전승인 통지 공문 및 정상가격 산출방법 사전승인 합의문을 제출하였고, 이에 따르면 국세청장이 2017.8.4. 청구법인(당시 OOO 주식회사) 및 OOO에게 해당 법인들이 2012.9.1. 신청한 “정상가격 산출방법의 사전승인 신청서”가 국세청과 일본 과세당국간 상호합의 절차에 따라 청구법인의 재판매 및 제조 분야와 관련하여 양국 국세청은 적용대상 기간[상호합의 적용기간(APA term): 2013사업연도∼2016사업연도(4사업연도), 소급적용기간(rollback term): 2012사업연도(1사업연도)] 동안 적용대상 거래에 대하여 보상조정이 없는 것으로 사전승인되었음을 통지한 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 이 건 법인세 등 부과처분 및 소득금액변동통지와 관련하여 한일조세조약 제25조에 따른 상호합의절차 개시를 신청(2019.9.11. 일본 과세당국, 2019.12.30. 우리나라 과세당국)하였고, 2020.4.9. 양국 과세당국간 상호합의가 개시되었으며, 상호합의 결과 쟁점로열티를 손금불산입하여 한 법인세 등 부과처분을 취소하기로 합의되어 2021.3.29. 및 2021.5.20. ＜별지1＞ 목록 1 내지 3 기재 법인세, 농어촌특별세, 지방소득세, 법인세(원천징수분), 지방소득세(특별징수분) 부과처분과 소득금액변동통지를 각각 감액경정하거나 취소한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되므로 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하다(대법원 2006.4.20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결). 또한 법인이 소득금액변동통지를 받고 불복하든지 납세고지서를 받고 불복하든지 한 번만 불복기회를 주는 것이 합리적이라 할 것이고, 이중으로 불복을 제기하면서 그 내용이 동일한 경우에는 일사부재리의 원칙에 따라 처리하여야 할 것인바, 이 건 처분은 처분청이 소득금액변동통지를 하였으나 법인이 원천징수의무를 이행하지 아니함에 따라 그 이행하지 아니한 부분에 대하여 납부고지한 처분으로서 징수절차에 불과한 것으로 판단되고, 소득금액변동통지에 대하여는 이미 2019.8.16. 등에 우리 원에 심판청구를 제기하였으므로 해당 부분의 심판청구는 기 제기한 불복에 대하여 중복하여 제기되었을 뿐만 아니라, 처분청은 2021.3.29. 관련 소득금액변동통지에 대하여 직권취소하면서 ＜별지1＞ 목록 3 기재 법인세(원천징수분), 지방소득세(특별징수분) 부과처분 또한 취소하였으므로 해당 부분에 대한 심판청구는 심리의 실익이 없어 부적법한 청구로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청에서 2021.3.29. 및 2021.5.20. ＜별지1＞ 목록 1⋅2 기재 법인세, 농어촌특별세 및 지방소득세 부과처분과 소득금액변동통지를 각각 취소하였으므로, 해당 부분에 대한 심판청구는 심리일 현재 불복대상이 부존재하고 심리의 실익이 없으므로 부적법한 청구로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점로열티를 업무무관비용으로 보아 손금불산입한 후 이를 일본OOO에 대한 배당으로 소득처분하였으므로 청구법인이 당초 쟁점로열티를 사용료로 하여 원천징수한 법인(원천)세를 환급하여야 한다고 주장하나, 관련 소득금액변동통지가 취소되었으므로 해당 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.