조세심판원 심판청구 부가가치세

공단이 정부로부터 위탁받은 업무를 수행하고 지가 차액을 현물로 기부 받은 것을 부가가치세 과세대상인 용역의 공급대가로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심-2019-구-0860 선고일 2020.06.22

청구법인은 법률에 근거하여 설립되어 같은 법에 따른 행정절차를 수행한 것으로 보이는 반면, 청구외법인과 체결한 계약상 원인에 의하여 관련 업무를 수행한 것으로 보기 어려운 점 지가상승분을 기부받는 주체는 산업통상부장관이고 청구법인은 국가의 고유 업무를 위탁받아 수행한 것으로 보이는 점등을 종합하여 볼 때 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

주 문

OOO세무서장이 2018.12.23. 청구법인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 OOO대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 “산업집적법”이라 한다) 제30조에 따라 국가산업단지 관리권자인 산업 통상자원부장관으로부터 관리업무를 위탁받은 기관으로서 2009.8.31. 지식경제부(현 산업통상자원부) ‘OOO기능개선사업 세부추진계획 통보’에 따라 OOO공동으로 지원시설 확충사업을 추진하고, 2014.2.27. 산업용지 소유자인 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 지가차액 OOO현물로 제공받고 청구법인이 청구외법인에게 용역을 공급한 것으로 보아 세금계산서를 교부하고 2014년 제1기 부가가치세 예정신고에 반영하여 매출세액을 신고·납부하였다.
  • 나. 이후 청구외법인이 위 현물 환수거래(이하 “쟁점거래”라 한다)는 부가가치세 과세대상 거래에 해당하지 않는다고 보아 관련 부가가치세를 청구법인에게 지급하지 아니하자 청구법인은 이미 납부한 2014년 제1기 부가가치세 예정신고 납부액 중 OOO환급을 구하는 경정청구서를 2018.11.8. OOO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 제출하였고, 처분청은 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 수행한 업무는부가가치세법제11조에 따른 용역의 공급에 해당한다고 보아 2018.12.13. 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 2009.8.31. 지식경제부 ‘OOO기능개선사업 세부추진계획 통보’에 따라 청구법인과 OOO지원시설 확충사업에 관한 공고 준비 및 지가차액 환수 방안 마련 등을 아래와 같이 추진하였다. 청구법인은 관리기관에 불과하여 청구외법인이 용도변경을 요청하더라도 변경 권한이 없으며, 청구법인은 국가산업단지를 관리하는 준정부기관으로서 본 쟁점거래와 유사한 산업단지 관리 업무 수행계약을 체결하고도 대가를 수수하지 않는다. 따라서 지원시설 추진계약은 청구법인과 청구외법인간 업무 위임에 따른 용역 계약이 아닌 용도변경 승인권자인 지식경제부의 지침에 따라 용도변경에 따른 부관을 실현하기 위한 계약에 불과하여 부가기치세법제11조에 따른 용역의 공급 거래에 해당되지 않는다. (가) 청구법인과 청구외법인간 용역 계약에 따라 OOO지원시설 확충사업이 진행된 것이라면 청구외법인이 청구법인에게 용도변경을 위한 업무 위임내용이 계약서에 기재되어 있어야 하나, 계약서(제1조)에는 청구외법인 소유 사업부지의 용도변경과 기업지원시설 확충, 용도 변경에 따른 지가차액의 납부만 기재되어 있다. (나) 처분청은 본 건 계약서(제13조 제2항, 제16조, 제17조 등)에 각 당사자의 역할 등이 기재되어 있으므로 계약에 따른 용역 공급이라는 주장이나, 청구법인에 대한 용역의 위임이나 위임받은 용역에 대한 대가 등을 기술한 것이 아니다.

(2) 청구법인이 청구외법인으로부터 현물 환수한 시설물을 임의로 사용할 수 없고 산업통상자원부와 협의하여 OOO내 입주업체를 위한 기업 지원시설 등 공익적 목적으로 그 사용이 제한되므로 청구법인이 계약에 따른 용역 제공의 대가로 취득한 것이 아니고 산업집적법에 따라 용도 변경으로 발생한 지가상승분의 불로소득을 환수한 것에 불과하다.

(3) 청구법인은 2009.8.31. 지식경제부장관 공문에 근거하여 청구외법인으로부터 현물 환수한 것이며, 산업집적법 제33조 제8항 “용도별 구역변경에 따른 지가상승분의 기부” 관련 규정은 계약 당시에는 없었던 점에서 용역에 따른 대가로 정해질 수 없었던 것이다.

(4) 청구법인이 관리권자인 지식경제부의 위임에 따라 수행한 본 사업은 산업구역에서 지원시설구역으로 용도변경 시 발생하는 계약상 또는 법률상 원인 없이 지급되는 부당이득 또는 불로소득을 환수하여 공익적 목적으로 활용하려는 목적으로 용도 변경에 따른 지가 차액을 기부 받는 절차를 수행한 것이고, 유사해석사례(기본통칙 4-0-1; 서면-2015-부가-1342; 법규부가 2014-230; 재부가-420 등)에 의하면 계약상 또는 법률상 원인 없이 지급되는 부당이득금 등의 경우에는 부가가치세 과세 거래대상이 아니라고 해석하고 있는 점에서도 이 사건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 산업집적법에 따라 본 건 사업을 추진하였고, 사업시행자로 선정된 청구외법인과 본 건 계약을 체결하였으며, 본 건 계약 제13조 제2항에 청구법인의 역할(관리기본계획의 변경신청), 제16조에 상호협력의무, 제17조 제2항에 각자의 의무이행을 완료한 날 계약이 종료한다는 내용 등이 기술되어 있으므로 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 관련 업무를 수행한 것으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 사업공고․신청서류의 평가․사업자의 선정․선정된 사업자와의 계약체결․관리기본계획의 변경신청․선정된 사업자가 진행하는 본 건 사업 전반에 대한 검토 및 승인 등의 업무를 수행하여 청구외법인과 본 건 사업을 함께 추진하는 주체로서의 역할을 수행한 것으로 보이며, 산업집적법에 열거된 청구법인의 고유 사업인 산업단지의 개발, 조성 등의 사업을 영위하며 관련 역무를 제공하고 청구외법인으로부터 지가차액에 상당하는 토지 및 건물의 소유권을 이전 받은 것은 용역 공급에 대한 대가로 보아야 한다. (나) 국세청 질의회신(법령해석과-3222, 2018.12.11.) 자료에 의하면, 산업집적법에 따라 설립된 청구법인이 산업단지의 지원시설 확충사업을 추진하며 사업공고, 사업시행자 선정, 사업시행자와의 계약체결, 산업단지 관리기본계획변경 신청 등의 업무를 수행하고 같은 법 제33조 제8항에 따라 산업단지내 토지 소유자(사업시행자)로부터 산업용지 용도별 구역변경에 따른 지가상승분의 일부를 토지 및 건물로 받는 경우 부가가치세법제11조에 따른 용역의 공급으로서 부가가치세가 과세되는 것이라고 하였다.

(2) 청구법인이 현물로 제공받은 시설물은 공익적 목적으로 그 사용이 제한되므로 용역제공의 대가가 아니라고 주장하나, 제공받은 대가의 사용제한이 청구법인의 업무가 부가가치세 과세대상 용역에 해당하는지를 판단하는 근거가 될 수는 없다.

(3) 청구법인은 산업집적법 제33조 제8항 에 ‘지가상승분을 기부’받는 것으로 기술되어 있으므로 제공된 현물은 용역공급의 대가가 아니라 관련 법령에 따른 환수라고 주장하나, 위 규정은 2010.4.12. 신설(2010.11.18. 시행)되었으므로 본 건 사업 및 2010.2.17. 체결된 본 건 계약에 직접 적용될 수 없다.

(4) 청구법인은 사업부지의 용도변경에 따른 지가상승의 이익은 계약상 또는 법률상의 원인 없이 지급되는 부당이득 또는 불로소득에 해당하므로 부가가치세 과세대상 거래가 아니라고 주장하나, 본 건 계약에 따라 청구법인은 관리기본계획의 변경 신청 등의 방법으로 사업부지의 용도를 변경하고, 청구외법인은 지원시설을 확충하는 등의 약정을 이행하여 그 결과로 지가상승의 이익을 얻은 것이며 이로 인하여 타인에게 손해를 가한 사실이 없으므로 부당이득에 해당하는 것으로 볼 수 없다.

(5) 청구법인이 제공한 행정행위를 용역의 공급으로 보기 위해서는 동 행정행위에 대한 가치 산정이 이루어져야 한다고 주장하나, 부가가치세법은 용역의 공급을 그 가치의 산정 가능성과 무관하게 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따라 역무를 제공하는 것으로 규정하고 있으며, 용역의 공급에 대한 과세표준은 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격으로 산출할 수 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 공단이 정부로부터 위탁받은 업무를 수행하고 지가 차액을 현물로 기부받은 것을 부가가치세 과세대상인 용역의 공급대가로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조【재화 공급의 특례】⑤ 사업자가 자기생산·취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다. 다만, 사업자가 사업을 위하여 증여하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

제12조【용역 공급의 특례】① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정된 사항 외에 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

4. 제10조 제1항·제2항·제4항·제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 제26조【용역의 공급으로 보는 특수관계인에 대한 사업용 부동산의 임대용역】① 법 제12조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제2조 제5항 각 호에 따른 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다.

② 법 제12조 제2항 단서에서 "사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역"이란 사업용 부동산의 임대용역 중 다음 각 호에 해당하는 것을 제외한 것으로 한다.

1. 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조 에 따라 설립된 산학협력단과 같은 법 제2조 제2호 다목의 대학 간 사업용 부동산의 임대용역

2. 공공주택 특별법 제4조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 해당하는 자와 같은 항 제6호에 따른 부동산투자회사 간 사업용 부동산의 임대용역 제62조【시가의 기준】법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2014.1.21. 법률 제12292호로 개정된 것) 제30조【관리권자 등】① 관리권자는 다음 각 호와 같다.

1. 국가산업단지는 산업통상자원부장관

2. 일반산업단지 및 도시첨단산업단지는 시ㆍ도지사(시장ㆍ군수 또는 구청장이 지정한 산업단지인 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장을 말한다)

② 관리기관은 다음 각 호와 같다.

1. 관리권자

3. 관리권자로부터 관리업무를 위탁받은 공단 또는 제31조 제2항의 산업단지관리공단 제33조【산업단지관리기본계획의 수립】⑧ 관리권자는 관리기본계획의 변경으로 산업용지의 용도별 구역을 변경하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 소유자로부터 구역변경에 따른 지가상승분을 기부받아 산업단지의 기반시설 확충 등 입주기업체 지원용도로 사용할 수 있다. 다만, 제45조의6에 따라 산업단지구조고도화사업으로 인하여 발생하는 개발이익을 재투자하는 때에는 그러하지 아니하다. <신설 2010.4.12.> 제45조의9 【한국산업단지공단의 설립 등】① 산업단지의 개발 및 관 리와 기업체의 산업활동 지원을 위하여 한국산업단지공단을 설립한다.

② 공단은 법인으로 하고, 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 공단이 아닌 자는 한국산업단지공단 또는 이와 유사한 명칭을 사용하지 못한다.

④ 공단은 제45조의7에 따른 사업을 추진하기 위하여 필요한 자금을 다음 각 호의 재원으로 조달한다.

1. 국가 또는 지방자치단체의 출연금 및 보조금

2. 제45조의7에 따른 사업의 수익금

3. 제45조의8에 따른 차입금

4. 제45조의13에 따른 채권의 발행으로 조성한 자금

5. 그 밖의 수입금

⑤ 제4항 제1호에 따른 출연금의 사용 및 관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제45조의13【사업】① 공단은 제45조의9 제1항의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 제2조 제15호에 따른 산업단지의 관리

2. 산업단지의 개발, 조성, 분양, 임대 및 매각에 관한 사업

3. 공장ㆍ지식산업센터 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영과 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업(제39조 제1항에 따라 양도받은 산업용지 또는 공장등을 매각하는 사업을 포함한다)

4. 입주기업체의 노사협력 증진 및 인력수급에 관한 사업

5. 입주기업체 근로자의 후생복지ㆍ교육사업 및 주택건설사업 5의2. 입주기업체 근로자의 자녀들을 위한 보육시설의 운영에 관한 사업

6. 입주기업체의 생산성 향상 및 수출 촉진을 위한 사업

7. 공장설립 관련 업무의 지원

8. 공장의 이전ㆍ집단화를 위한 사업

9. 공장설립 및 산업단지와 관련한 정보의 수집ㆍ보급 및 조사ㆍ연구

11. 경쟁력강화사업

12. 입주기업체를 지원하기 위한 사업으로서 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업

② 각 산업단지의 관리권자는 산업단지의 관리업무를 산업통상자원부장관과 협의하여 공단에 위탁할 수 있다. 제45조의16【예산과 결산】① 공단은 사업연도마다 총수입과 총지출을 예산으로 편성하여 산업통상자원부장관의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 공단이 제1항에 따른 승인을 받으려는 경우에는 그 편성된 예산안을 회계연도 개시 20일 전까지 산업통상자원부장관에게 제출하여야 한다.

③ 공단은 매 회계연도가 끝난 후 2개월 이내에 다음 각 호의 서류를 첨부한 결산서를 산업통상자원부장관에게 제출하고 그 승인을 받아 결산을 확정하여야 한다.

1. 재무제표(공인회계사나 회계법인의 감사의견서를 포함한다)와 그 부속서류

2. 그 밖에 결산의 내용을 명확하게 하기 위하여 필요한 서류

④ 공단은 매 회계연도의 결산 결과 이익금이 생겼을 때에는 이월손실금의 보전(補塡)에 충당하고, 충당하고도 남는 이익금은 산업통상자원부장관이 정하는 바에 따라 적립하여야 한다. (4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2010.7.12. 대통령령 제22273호로 개정된 것) 제43조의2 【용도별 구역변경에 따른 지가상승분의 기부】① 법 제33조 제8항에 따른 지가상승은 용도별 구역변경에 따른 지가의 차액으로 한다. 이 경우 용도별 구역변경 전후의 지가 산정은 관리기본계획 변경고시 전 3개월 이내의 범위에서 2명 이상의 감정평가업자(부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호 에 따른 감정평가업자를 말한다)가 평가한 금액의 산술평균치로 한다.

② 법 제33조 제8항에 따라 관리권자가 산업용지 및 시설을 기부받을 수 있는 범위는 제1항에 따른 지가상승 분의 100분의 50 이상으로서 지식경제부장관이 정하여 고시한다. (5) 민법 제596조【교환의 의의】교환은 당사자 쌍방이 금전 이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 제741조【부당이득의 내용】법률상 원인 없이 타인의 재산 또는 노무로 인하여 이익을 얻고 이로 인하여 타인에게 손해를 가한 자는 그 이익을 반환하여야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 지식경제부장관의 OOO기능개선사업 세부추진계획 통보(입지총괄과-1402, 2009.8.31.)에 따라 지원시설 확충사업에 관한 공고 준비, 2단지 및 그 인근의 기반시설 정비방안 마련, 지가차액 환수방안 마련 등의 조치를 취하도록 요청받았으며, 위 통보문서에 첨부된 OOO기능개선사업 세부추진계획의 주요 내용은 아래와 같다.

(2) 청구법인이 2010.2.17.(2010.6.3., 2011.3.9., 2011.11.7., 2012.7.11., 2012.11.14., 2013.1.18., 2014.2.27. 개정) 청구외법인과 체결한 OOO지원시설 확충사업 추진계약서”의 주요내용은 아래와 같다.

(3) 청구법인이 위 “OOO지원시설 확충사업 추진계약”에 따라 청구외법인으로부터 지가차액 중 현물 환수한 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 현물 환수 내역

(4) 청구법인은 지가차액 중 현물 환수한 거래는 부가가치세 과세대상 거래에 해당하지 않는다는 이유로 2018.11.8. 아래 <표2>와 같이 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 거부처분을 하였다. <표2> 이 사건 경정청구 내역 (단위: 원)

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 고유 사업인 산업단지의 개발, 조성 등의 사업을 영위하며 관련 역무를 제공하고 청구외법인으로부터 지가차액에 상당하는 건물 및 토지의 소유권을 이전 받은 것은 용역 공급에 대한 대가로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 산업집적법 제45조의9 제1항 에 근거하여 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원을 목적으로 설립되었고, 같은 법 제45조의13 제1항은 청구법인은 제45조의9 제1항의 목적을 달성하기 위하여 같은 법 제2조 제15호에 따른 산업단지의 관리, 산업단지의 개발, 조성, 분양, 임대 및 매각에 관한 사업 등을 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 법률에 근거하여 설립되어 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원을 위하여 같은 법에 따른 행정절차를 수행한 것으로 보이는 반면, 청구외법인과 체결한 계약상 원인에 의하여 관련 업무를 수행한 것으로 보기 어려운 점, 같은 법 제30조 및 제33조 제8항에 따르면 관리기본계획의 변경으로 산업용지의 용도별 구역을 변경하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 소유자로부터 구역변경에 따른 지가상승분을 기부받는 주체는 관리권자인 산업통상부장관이고, 청구법인은 관리권자인 국가의 고유 업무를 위탁받아 수행한 것으로 보이는 점, 청구법인은 청구외법인으로부터 기부받은 토지와 건물을 특별회계로 설정하여 일반회계와 구분하여 회계처리하고 환수한 현물의 매각 등 관리는 관리기관인 산업통상자원부 지침에 따라 관리기관과 협의하고 승인을 거쳐 시행한 점 등을 종합하여 볼 때, 법률에 근거하여 설립되고 이에 따른 행정절차를 수행한 청구법인에 대해 처분청이 용역계약의 대가를 수령한 것으로 보아 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)