쟁점토지의 분양가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2019.7.29. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 ○○○부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2001.8.11. 여수시로부터 OOO소재 토지 330㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양받아 취득하고 건물 1,303.8㎡를 신축하여 보유하다가 2014.2.28. 쟁점토지 및 건물을 OOO양도하면서 쟁점토지의 취득시 매매계약서가 없다고 하여 기준시가에 의해 환산한 가액 OOO취득가액으로 하여 2014.3.31. 양도소득세 OOO신고․납부하였다.
• 나. 국세청 감사관은 2018.10.29.〜2018.11.16. 기간 동안 전소유자가 국가기관 등 법인인 경우 취득가액을 확인할 수 있음에도 환산취득가액으로 신고한 납세자에 대해 기획감사를 실시한 결과, 여수시에서 보관 중인 쟁점토지 분양권 상환금대장에 기재된 금액과 취․등록세 부과 당시의 과세표준이 OOO임을 확인하여 쟁점토지의 취득가액을 재계산하여 양도소득세를 과세하도록 처분청에 시정지시하였고, 처분청은 이에 따라 2019.7.29. 청구인에게 쟁점토지의 취득가액을 분양가액 OOO으로 하여 2015년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.10.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점토지 취득당시(1989.9.29.) 실지거래가액이 확인되지 않으므로 취득가액을 기준시가에 의한 환산취득가액으로 산정함은 적법하다. 청구인은 쟁점토지분양권을 OOO로부터 1989.9.29. 취득하였으나, 오랜 시간 경과로 매매계약서를 보관하고 있지 않았고, 공공기관의 기록물 관리에 관한 법률 등에 따른 보존연한 경과로 매매계약서 사본이 폐기되어 여수시로부터 발급받을 수 없음을 통지받아 어떤 방법에 의해서도 실지 취득가액을 확인할 수 없었으며, 청구인은 쟁점토지를 여수시로부터 3명 OOO전매자를 거쳐 분양권 상태로 취득하였는바, 최초의 분양가액 OOO그대로 청구인의 취득가액으로 보는 것은 부당하고, 1990.1.1. 기준 최초 개별공시지가는 OOO분양가액과는 11배 이상의 차이가 있어 분양가액으로 취득가액으로 삼은 것 은 취득 당시 시장가격을 전혀 반영하지 않은 과세처분으로 실질과세의 원칙에도 위배된다. 소득세법제97조, 제114조 및 같은 법 시행령 176조의2 등에 따르면 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위해 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 예외적으로 환산가액을 적용할 수 있다고 규정되어 있는바, 쟁점토지의 취득시 매매계약서 등의 서류가 보관돼 있지 않아 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 당초 취득가액을 환산취득가액에 의해 신고함은 정당하다.

(2) 동일 사안에 대한 재감사로 이 건 양도소득세를 과세처분함은 국세기본법제81조의4의 세무조사권 남용금지를 위반한 사항으로 위법한 행정행위이다. 당초 2016년 OOO지방국세청에서 처분청에 대한 업무 감사시 이 건에 대해 소명을 요구받아 청구인이 여수시에서 직접 분양받지 않고 분양권을 매매로 취득하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 소명하여 무혐의로 종결되었는데, 동일 사안에 대해 특별한 사유 없이 재감사하고 양도소득세를 과세한 처분은 심각하게 조세부담의 안정성를 침해하는 위법한 행위이다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 쟁점토지 관련 분양대금 납입한 서류를 확인할 수 있고, 프리미엄 지급 관련 구체적인 증빙이 없어 실제 분양가액을 취득가액으로 봄은 정당하다. 청구인은 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 장부, 매매계약서 영수증 기타 증빙 서류가 없으며, 제3자로부터 분양권을 취득하여 프리미엄을 기준시가 상당액으로 주장하나, 여수시는 현재까지 분양 관련 서류인 ‘상환금대장’을 보관하고 있고, 관련 서류에 아래와 같이 청구인이 1989.9.29. 명의변경하여 취득시점까지 분양대금을 불입한 사실이 확인되며, 쟁점토지의 분양가액이 OOO으로 명백하게 기재되어 있는 반면, 청구인은 OOO에게 프리미엄을 지급하였다고 주장할 뿐 구체적인 증빙을 제출하지 아니하였다. 따라서 청구인이 쟁점토지의 분양대금을 납부한 내역이 확인되는 분양관련 서류가 있고, 프리미엄을 지급하였음을 입증할 만한 실지계약서나 영수증, 금융증빙 등을 제출하지 못하는 이상 분 양권 전매에서 일반적으로 프리미엄이 수수된다는 사정만으로 청구인이 프리미엄을 지급하였다고 단정할 수는 없으므로, 쟁점토지의 분양가액을 취득당시의 실지거래가액으로 봄이 타당하다 (2) 국세청 감사관은 기획감사시 이 건 과세와 관련하여 청구인 등과 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하지 아니하고, 과세자료 등을 근거로 감사지적한 사항으로 세무조사권 남용에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지의 분양가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 이 건 처분이 세무조사권 등을 남용한 처분인지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제97조[양도소득의 필요경비 계산]

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지]

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조[양도자산의 필요경비]

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2[추계결정 및 경정]

① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

(3) 국세기본법 제81조의4[세무조사권 남용 금지]

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(4) 지방세법 제10조[ 과세표준]

⑤ 다음 각 호의 취득(증여․기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문․법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부 등본, 개별공시지가확인서, 쟁점토지 위 건물의 건축물대장 등에 의하면, 여수시가 1982.8.20. 쟁점토지에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전 등기를 경료한 후 청구인이 2001.8.11. 여수시로부터 매매를 원인으로 소유권이전 등기를 경료하였고, 청구인은 1990.12.18. 쟁점토지 위에 철근콘크리트조 슬래브 지붕 4층 점포를 신축하고 1990.12.26. 청구인 명의로 소유권보존 등기를 경로하였으며, 청구인이 쟁점토지분양권을 취득한 다음 해인 1990년 쟁점토지의 개별공시지가가 OOO사실 등이 나타난다. 이에 따라 쟁점토지의 가액을 산정하면, OOO으로, 이는 최초 분양가액 OOO11배에 달한다.

(2) 청구인이 제출한 증빙인 여수시 분양권 상환금대장에 따르면, 아래 <표>와 같이 OOO1983.8.16. 여수시로부터 쟁점토지를 비롯한 6필지를 최초 분양받았고, OOO1984.4.9. 쟁점토지 분양권을 양수하였으며, OOO1989.5.30. 쟁점토지분양권을 양수하였고, 청구인이 1989.9.29. OOO로부터 쟁점토지 분양권을 양수하였으며, 청구인이 쟁점토지분양권을 양수한 이후 1997년까지 분양권 상환금을 납입한 사실이 나타난다. <표>

(3) 청구인은 쟁점토지 및 지상 건물을 양도로 인한 양도소득세 예정신고를 하기 전인 2014.4.15. 여수시에 쟁점토지 매매계약서에 관하여 정보공개요청을 하였으나, 여수시는 2014.1.24. 정보공개를 요청한 매매계약서가 보존 연한의 경과로 인해 폐기되어 발급되지 않는다고 회신하였다.

(4) 청구인의 과세전적부심사청구 과정에서 심리담당자가 여수시에 쟁점토지에 관한 취득세 및 등록세 과세자료를 요청한 결과, 청구인이 쟁점토지의 취득세 과세표준액으로 최초 분양가액인 OOO신고한 것으로 확인되었다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 검인계약서 등을 징취하지 못한 상태에서 취득세 등의 과세표준액을 쟁점토지의 취득당시 실지거래가액으로 보았으나, 2006.1.1. 이후 소위 ‘부동산 실거래가 신고제도’가 도입되었고, 그에 따라 지방세법도 당초에는 신고한 금액을 취득세 등의 과세표준으로 하며, 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 보되, 일정한 경우 사실상의 취득가액을 과세표준으로 인정하는 것만을 규정하고 있다가 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조 의 규정에 따라 신고하여 검증받은 금액을 사실상의 취득가액으로 포함시킴으로써 이를 취득세 등의 과세표준으로 보도록 개정되었는바, 이 건의 경우 청구인의 취·등록세 신고금액이 ‘부동산 실거래가 신고제도’가 도입되어 지방세법도 취득세 등의 과세표준이 실거래가를 중심으로 적용되는 것으로 개정되기 전에 신고된 금액이므로, 달리 검인계약서 등의 추가증빙이 확인되지 않는 한 이를 실지취득가액으로 보기는 어려운 점(조심 2016부2071, 2016.10.11. 같은 뜻임), 처분청이 쟁점토지분양권의 매매계약서 등을 확보하지 못한 상태에서 청구인도 1989.8.29. 쟁점토지분양권을 취득하여 2014.2.28. 양도하였으므로 오랜 시간의 경과로 취득시 매매계약서를 보관하고 있지 아니한 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 여수시에서 상업용 택지를 개발․분양한 토지로서 여러 번의 분양권 전매과정을 거쳤고, 청구인의 분양권 취득(1989.8.29.) 다음해인 1990년 최초 공시된 개별공시지가 등을 감안할 때, 1983.8.19. 최초 분양가액이 1989.8.29. 청구인의 취득가액이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지는 실지취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 환산가액을 적용함이 타당하고, 처분청이 쟁점토지의 실지취득가액을 분양가액 또는 취득세 과세표준으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.