쟁점지분의 취득일을 잔금청산일로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유].

• 가. 청구인은 OOO로부터 분양받아 취득한 OOO토지 583.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 소유권 지분 584분의 115를 2018.3.7. 양도한 후, 그 중 소유권 지분 584분의 24(이하 “쟁점지분”이라 한다)에 대한 취득일을 2013.6.24.로 보아 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따른 양도소득세율(일반세율)을 적용하여 양도소득세를 신고⋅납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.4.15.부터 2019.5.3.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점지분의 취득일이 대금청산일인 2017.2.27.이어서 그 양도소득금액에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제2호 에 따른 보유기간 1년 이상 2년 미만인 경우의 양도소득세율(중과세율 40%)을 적용하여 양도소득세를 산출하여야 한다고 보아 2019.7.5. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 경정⋅고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 배우자와 공동으로 소유하던 OOO외 2필지 1,369㎡(이하 “기존토지”라 한다)가 OOO도시개발구역(이하 OOO라 한다) 내 택지개발지역으로 편입됨에 따라 2013.6.24. OOO택지개발사업이 완성되면 기존토지를 새로운 택지로 교환하기로 약정하였고, 이에 따라 기존토지가 OOO협의수용 되었으며, 다만 교환대상 토지(쟁점토지)의 감정가액이 기존토지의 보상가액보다 높게 책정됨에 따라 쟁점토지를 공동으로 취득하게 된 청구인과 청구인의 배우자 등 7명(이하 “공동취득자들”이라 한다) 전부가 토지 사용승인일 당시인 2017년경에 일정금액(10% 정도)을 추가로 납부하였다. OOO기존토지에 대한 매매대금을 청구인에게 현금으로 지급하지 아니하다가 2016.3.25. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하면서 그 대금으로 쟁점토지의 매매대금을 지급받은 것으로 내부적으로 정산 처리하였으나, 이는 OOO내부적인 자금정산 문제에 불과하고 실제로는 청구인이 OOO와 기존토지와 쟁점토지를 상호 교환한 것이며, 추가로 납부한 금액이 있다 하여 당초 기존토지를 쟁점토지로 교환하기로 한 약정이 일반 매매계약으로 변경되는 것이 아니므로, 교환계약 체결일인 2013.6.24. 기존토지를 OOO양도하고 같은 날 쟁점토지를 취득하였다고 보아야 하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기존토지를 OOO에게 매매를 원인으로 양도한 것이 아니라 택지개발이 완성되면 새로운 택지와 교환하기로 하여 협의수용된 것이므로, 기존토지를 쟁점토지와 교환한 것이고, 따라서 쟁점토지의 취득시기는 “교환 성립일”이라 주장하나, OOO대토보상신청토지 협의취득용 용지 매매계약을 체결한 2013.6.24.에는 교환대상이 확정되지 않았고, 위 매매계약서에는 토지로 지급하는 분은 OOO택지공급 승인 후 OOO청구인에게 통지하여 용지공급계약을 체결하여 지급한다고 되어 있으며, 청구인이 원하면 언제든지 토지를 취득할 수 있는 권리를 포기하고 현금으로 수령할 수 있다고 규정되어 있으므로 청구인이 기존토지 매매(양도) 계약 당시 청구인의 선택에 따라 그 대가로 현금 또는 토지를 취득할 수 있는 권리를 수취한 일반적인 형태의 매매(양도) 계약인 것으로 판단된다. 쟁점토지에 대한 용지공급계약에 따르면 쟁점토지의 면적⋅위치⋅지번⋅지적 및 지적용도 등이 특정되어 2016.3.25. 계약보증금을 시작으로 잔금지급일(2016.3.25.)까지 매매대금을 완납하기로 약정되어 있고, 동 계약서 제4조 제1항에서 확정측량 실시 결과 면적증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 계약체결 당신의 필지별 공급단가에 의하여 정산하기로 사후정산 약정을 하였으며, 용지공급계약서상 쟁점토지의 사용가능시기는 2016.12.31.로, OOO통해 확인한 실제 사용수익일 및 잔금청산일은 2017.2.27.로 확인되는바, 소득세법제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따라 쟁점토지의 취득시기를 그 대금 청산일인 2017.2.27.로 보는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점지분의 취득일을 잔금청산일로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지1> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 기존토지를 OOO양도하고, OOO로부터 쟁점지분을 취득하게 된 경위는 다음과 같다.

1. OOO시장이 2009.12.10. OOO사업인정고시함에 따라 청구인과 배우자 소유의 기존토지가 OOO사업구역 내에 포함되었고, 청구인과 배우자는 2013.6.24. OOO기존토지를 양도하기로 하는 매매계약을 체결한 후, 2013.8.19. 다음 <표1>과 같이 양도소득세를 신고⋅납부하였으며, 등기부등본에는 기존토지가 등기원인을 “2013.6.24. 공공용지의 협의 취득”으로 하여 2013.7.2. OOO소유권이전등기된 것으로 나타난다. <표1> 기존토지에 대한 양도소득세 신고내역 (단위: 천원, ㎡)

• 주) 청구인과 청구인의 배우자는 기존토지에 대하여 양도소득세를 신고하면서 대토보상분에 대한 과세이연을 신청한 사실이 없음

2. 기존토지 양도계약서(2013.6.24.)에 따르면, 청구인과 배우자는 기존토지를 OOO양도하되, 그 매매대금 OOO중 채권OOO을 제외한 나머지 OOO조성되는 용지로 지급받기로 하면서, OOO해당 사업계획의 변경 등으로 청구인에게 토지를 지급할 수 없는 경우에 위 매매대금을 현금으로 지급할 수 있고, 청구인은 해당 매매계약의 체결일부터 1년이 경과한 경우 매매대금을 현금으로 지급하여 줄 것을 요청할 수 있도록 하여 매매대금을 현금으로 수수할 수 있도록 하였으며, 청구인과 배우자가 OOO로부터 토지로 지급받는 권리는 해당 매매계약의 체결일부터 지급받는 토지의 소유권이전등기를 완료할 때까지 전매할 수 없도록 약정한 것으로 나타난다(상세내용 <별지2> 참고).

3. 공동취득자들은 2016.3.25. OOO쟁점토지(계약 당시 토지 지번은 OOO이었으나 2017.2.28. 같은 동 OOO로 지번이 확정됨, 사용가능시기 2016.12.31.)를 OOO에 취득하기로 하는 매매(취득)계약을 체결(개인별 취득 지분은 다음 <표2>를 참고)하였고, 매매대금은 다음 <표3>과 같이 납부하기로 약정하였으며, 매매대금을 완납한 후 소유권을 이전받아 사용하기로 약정한 것으로 나타난다(상세내용 <별지3> 참고). <표2> 쟁점토지 소유현황 <표3> 쟁점토지에 대한 매매대금 납부 약정내용 (단위: 천원)

4. 공동취득자들은 OOO대하여 다음 <표4>와 같이 매매대금을 정산⋅납부하였고, 쟁점토지의 등기부등본에는 OOO2017.3.22. 쟁점토지에 대한 소유권보존등기를 한 후, 공동취득자들이 2017.4.28. 그 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다. <표4> 매매대금 정산⋅납부내역 (단위: 원) (나) OOO처분청의 쟁점토지에 대한 사용수익일 등 확인요청과 관련하여 다음 <표5>와 같이 공동취득자들의 쟁점토지 사용수익일(잔금납부일)을 “2017.2.27.”로, 인도일을 “2017.4.21.”로 회신한 것으로 나타난다. <표5> OOO사후관리내역 리스트 (다) 공동취득자들은 2018.3.7. 유한회사 OOO에게 쟁점토지의 각 소유지분을 양도한 후, 다음 <표6>과 같이 양도소득세를 신고한 것으로 확인된다. <표6> 양도소득세 신고내역 (단위: 천원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2013.6.24. OOO기존토지를 쟁점토지로 교환하는 계약을 체결하였으므로, 그 약정일인 2013.6.24. 교환의 효력이 발생하여 같은 날 쟁점토지를 취득한 것이라 주장하나, 민법제596조에 따라 교환은 당사자 쌍방이 금전 이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기는 것인데, 이 건의 경우 기존토지에 대한 매매계약서에 따르면, OOO는 청구인 및 배우자와 기존토지의 매매대금을 OOO으로 한 매매계약을 체결하면서 매매대금 중 채권액(OOO백만원)을 제외한 나머지 OOO을 향후 OOO에 조성되는 용지로 지급할 것을 약정하면서 청구인 등의 요청에 의하여 이를 현금으로 지급할 수 있도록 하고 있는 점, 위 매매계약을 체결할 당시에 청구인 등이 취득하게 될 토지가 확정되지 아니하다가 2016.3.25. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하면서 비로소 쟁점토지를 취득하는 것으로 확정된 점, 기존토지에 대한 매매계약서의 제5조에 “갑이 을로부터 토지로 지급받는 권리는 본 계약의 체결일부터 갑이 지급받는 토지의 소유권이전등기를 완료할 때까지 전매할 수 없으며…”라 약정하고 있는 점 등에 비추어 청구인 및 배우자가 위와 같이 기존토지를 양도하고 지급받은 것은 “쟁점토지”가 아니라 “토지를 취득할 수 있는 권리”인 것으로 보인다. 그렇다면 청구인은 기존토지에 대한 매매(양도)계약을 체결한 날 토지를 취득할 수 있는 권리를 취득하였을 뿐이므로, 청구인이 실제 쟁점지분을 취득한 날은 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따라 대금을 청산한 날 또는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등에는 등기접수일, 사용수익일 등이라 할 것인데, 매매(취득)계약서 상의 잔금청산일은 2019.3.25.이나 실제로는 2017.2.27. OOO납부함으로써 약정금액을 모두 납부한 것으로 나타나고, OOO에서도 잔금청산일을 2017.2.27.로 회신하고 있으므로, 청구인은 잔금청산일인 2017.2.27. 쟁점지분을 취득하였다 할 것이다. 따라서 처분청에서 쟁점지분의 취득일을 잔금청산일인 2017.2.27.로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령

(1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

• 가. 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우
• 나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제79조 에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산 [주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40) (2) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 민법 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

9. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다. (3) 소득세법 시행규칙 제78조(장기할부조건의 범위) ③영 제162조 제1항 제3호에서 "기획재정부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 (4) 지방세법 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항 에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득 (5) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). (단서생략)

⑤ 연부로 취득하는 것(취득가액의 총액이 법 제17조의 적용을 받는 것은 제외한다)은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다.

⑬ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(6) 민법 제596조(교환의 의의) 교환은 당사자 쌍방이 금전 이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. (7) 조세특례제한법 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.