금융자료를 근거로 이루어진 처분이 근거과세의 원칙에 위반된 것인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2009.7.29.부터 2018.5.24.까지 OOO1층에서 폐기물․재활용품 분쇄품 등을 생산하여 성형업체에 납품하던 법인이다.
• 나. 처분청은 2018.10.22.부터 2019.1.23.까지 청구법인의 2013년 제1기부터 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 세목별조사를 실시하여 가공매출 OOO확인하고, 2019.2.12. 청구법인에게 <표1> 기재와 같이 2013년 제1기～2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO및 2013사업연도～2017사업연도 법인세 합계 OOO각 경정․고지하였다. <표1> (단위: 원)
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.30. 이의신청을 거쳐 2019.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인의 매입․매출 등 사업내용에 대한 조사를 실시하지 아니하고 일부 금융거래자료만을 바탕으로 일방적으로 이 건 처분을 한 것으로 이는 근거과세원칙에 위반한 위법한 처분이다. 청구법인의 실질적인 운영자는 대표이사 OOO전 남편인 OOO조사과정에서 담당 공무원을 만나 본인이 실사업자임을 시인하였다. 다만 사업과 관련된 증빙이 화재 등으로 인하여 소실되었고 기장을 담당한 세무사 사무실에서도 기장료 미납 등을 이유로 장부 등을 제공하지 않아 관련자료를 제출하지 못하고 있으나, 세무조사 과정에서 개별거래내용에 대하여 소명을 요구하면 최대한 협조하겠다고 밝혔다. 그럼에도 불구하고 처분청은 사업내용을 잘 알지 못하는 형식상 대표이사 OOO에게 ‘사업관련 장부 제출요구’ 공문을 1회 발송하고, 거래처에 대하여 ‘거래내용에 대한 해명자료 제출안내’ 공문을 1회 발송한 것 외에 실제 거래관계에 대한 구체적 확인절차를 거치지 아니하였다. 처분청은 금융자료만을 기준으로 현금으로 출금되어 사용처가 불분명하다는 등의 사유로 이를 모두 가공세금계산서 등으로 판단하고 조사를 종결하였다. 따라서 증거자료 없이 담당 공무원의 일방적인 판단으로 이 건 부과처분이 이루어진 것이므로 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 장부나 금융거래와 관련된 증빙을 제출하지 아니하여 장부에 의한 조사를 할 수 없었기 때문에 금융거래내역에 의한 조사가 이루어진 것이므로, 이는 근거과세 원칙에 따른 적법한 조사에 해당한다. 처분청은 조사착수시 청구법인에게 세무조사에 따른 안내를 하기 위하여 노력하였으나, 청구법인 대표이사 OOO만날 수 없었고 OOO전 배우자 OOO연락하여 장부 제출을 요구하였으나 전 세무대리인은 기장 해임되면서 장부 등을 모두 인계하였다고 주장하고 현 세무대리인은 장부를 받지 않았다고 주장하였으며, OOO역시 장부를 제출하지 아니하여 장부에 의한 조사를 할 수 없었다. 장부가 없는 상태에서 자료상 조사를 하기 위해 청구법인의 사업과 관련된 금융계좌의 거래내역을 조사하여 세금계산서와 대조하였으며 이에 따라 이 건 부과처분을 한 것이므로 이는 근거과세의 원칙에 부합하는 적법한 조사에 해당한다.

• 가. 쟁점 금융자료를 근거로 이루어진 처분이 근거과세의 원칙에 위반된 것인지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 사업관련 장부 등을 제출하지 아니하였다는 점 및 처분청이 장부 등에 의하지 아니하고 청구법인 등에 대한 금융거래내역을 분석하여 이 건 부과처분을 하였다는 점에 대해서는 다툼이 없다. (가) 청구법인은 사업과 관련된 증빙이 화재로 인하여 소실되었고 기장을 담당한 세무사 사무실에서도 기장료 미납 등을 이유로 장부 등을 제공하지 않아 장부를 제출하지 못하였으나, 처분청 담당공무원에게 청구법인의 실사업자가 유형상이라는 점과 세무조사 과정에서 개별거래내용에 대하여 소명을 요구하면 최대한 협조하겠다고 밝혔음에도 구체적인 거래내용에 대한 확인 없이 부과처분이 이루어졌다고 주장한다. (나) 처분청은 2018.12.14. 청구법인에게 ‘사업관련 장부 등 제출요구’ 공문을 발송하는 등 청구법인에게 장부의 제출을 요청하였으나, 청구법인의 세무대리인 및 OOO장부를 제출하지 않았고 연락을 회피하여 불가피하게 청구법인의 장부에 의한 조사를 할 수 없었다는 의견이다. (다) 처분청은 2018.10.26. 청구법인에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시하는 과정에서 세무조사통지서, 세무조사에 따른 안내문, 납세자권리헌장을 청구법인 대표이사의 전 남편이자 청구법인의 실사업자라고 주장하는 OOO에게 송달하고 세무조사통지서 수령증을 받았고, 조사과정에서 대표이사 OOO에게 ‘사업관련 장부 제출요구’ 공문을 발송하고, 거래처에 대하여 ‘거래내용에 대한 해명자료 제출안내’ 공문을 발송하였던 것으로 확인된다.

(2) 조사종결보고서 등 심리자료를 통해 확인되는 조사과정은 다음과 같다. (가) 2018.10.29. 청구법인의 거래처(매출처 114개 업체, 매입 309개 업체)에 대하여 ‘거래내용에 대한 해명자료 제출안내문’을 발송할 것을 계획하는 내용의 내부공문을 작성하였고, 그 무렵 총 159개 업체에 대하여 위 해명안내문을 발송한 것으로 확인되며, 이 중 98개 업체가 소명자료를 제출한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 OOO신용불량자로서 금융거래를 할 수 없게 되자 주식회사 OOO를 사용한 것으로 확인되어, 이들 계좌를 청구법인의 계좌로 보고 청구법인이 발급한 세금계산서와 금융자료를 비교하는 방식으로 조사를 진행한 것으로 나타난다. (다) 조사종결보고서에 의하면 처분청은 청구법인에 대한 세무조사와 관련하여 ① 거래처가 소명자료를 제출하였으나 현금으로 출금되는 등 사용처가 불분명하고 사업과 무관하거나 인건비 지출이 없는 경우, ② 거래처의 소명자료가 없고 입출금 내역이 없는 경우, ③ 거래처가 소명자료는 제출하지 않았으나 부가가치세만 입출금한 경우, ④ 거래처가 소명자료를 제출하였고 금융거래내역도 확인되나 곧바로 현금으로 출금된 것으로 확인되는 경우, ⑤ 거래처가 소명자료를 제출하고 금융거래내역도 확인되나 제3자를 통해 다시 되돌려 받은 경우를 각 가공세금계산서로 판단하였다. (라) 처분청이 조사결과 가공으로 확정한 금액은 다음 <표2> 기재와 같다. <표2> (단위: 천원)

(3) 청구법인은 매입․매출 등 사업내용에 대한 사실조사를 하지 아니하고 일부 금융거래자료만을 바탕으로 처분이 이루어졌으므로 이는 근거과세의 원칙에 위반한다고 주장한다. 다만 청구법인이 이러한 주장을 입증하기 위하여 제출한 것은 부과처분내역이 별첨된 페이지를 포함하여 총 3매 분량의 청구서, 납세고지서, 이의신청결정서가 전부이고, 조사과정에서 추가자료 제출을 요청하였으나 심리일 현재까지 추가자료를 제출하지 아니하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 처분청이 청구법인의 매입․매출 등 사업내용에 대한 조사를 실시하지 아니하고 일부 금융거래자료만을 바탕으로 일방적으로 처분을 하였으므로 근거과세원칙에 위반한 위법한 처분에 해당한다고 주장한다. 그러나 일반적으로 납세의무자의 부가가치세 등의 과세표준이나 납부세액을 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있어 과세관청이 이를 경정하고자 하는 경우 장부나 증빙 등에 의하여 실지조사를 하는 것이 원칙이지만, 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 실지조사에 특별한 방법상의 제한이 없으므로 장부 외에 확인서 등의 다른 자료에 의하여 이러한 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그것에 의하여 경정할 수도 있는 것(대법원 2006.2.24. 선고 2005두12589 판결)인바, 조사종결보고서에 의하면 처분청은 청구법인이 발급한 세금계산서와 금융자료를 비교하는 방식으로 조사를 진행하여 ① 거래처가 소명자료를 제출하였으나 현금으로 출금되는 등 사용처가 불분명하고 사업과 무관하거나 인건비 지출이 없는 경우, ② 거래처의 소명자료가 없고 입출금 내역이 없는 경우, ③ 거래처가 소명자료는 제출하지 않았으나 부가가치세만 입출금한 경우, ④ 거래처가 소명자료를 제출하였고 금융거래내역도 확인되나 곧바로 현금으로 출금된 것으로 확인되는 경우, ⑤ 거래처가 소명자료를 제출하고 금융거래내역도 확인되나 제3자를 통하여 다시 되돌려 받은 경우를 각각 가공세금계산서로 판단한 것으로 확인되고, 이에 대하여 청구법인은 해당 세금계산서가 가공세금계산서에 해당하지 않는다는 점을 입증할 증빙을 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청의 당초처분을 근거과세원칙에 위반되는 위법한 처분이라고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.