쟁점토지지분 취득가액을 검인계약서의 기재가액으로 보아야하는지, 아니면 취득시 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액 적용하여야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2000.6.8. 청구 외 OOO과 공동(지분 각 1/6)으로 OOO로부터 OOO 토지 2,767㎡(이하 “공매토지”라 하고, 이 중 청구인의 지분을 “공매토지지분”이라 한다)를 공매를 원인으로 취득한 후 공매토지 중 김권두의 지분 전부(461㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2002.4.20. OOO와 공동(청구인 지분 4/10, 나머지 3명 지분 각 2/10이고, 청구인의 지분을 이하 “쟁점토지지분”이라 한다)으로 추가 취득하였다.
• 나. 청구인은 2016.10.11. 공매토지를 공유자들과 공동으로 주식회사 OOO에 OOO원에 양도하면서 2016.11.30. 취득가액을 공매토지지분(461㎡)은 실지거래가액인 OOO원, 쟁점토지지분(184㎡)은 환산가액인 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 처분청은 2018년 11월 국세청의 감사자료에 따라 청구인의 신고내역을 검토한 결과, 쟁점토지의 전 소유자인 OOO가 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서(이 하 “쟁점계약서”라 한다)에 기재된 매매가액인 OOO원을 쟁점토지 실지취득가액으로 보아 청구인의 쟁점토지지분(4/10)의 취득가액을 OOO원으로 하여 2019.5.8. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2000.6.8. 지인들과 공매토지를 공동으로 취득한 후 2002.4.20. 공유자 중의 한명인 OOO 소유의 쟁점토지를 나머지 공유자들과 공동으로 취득하였는바, 쟁점토지 취득당시인 2002년은 기준시가에 의한 신고 및 과세가 원칙이어서 등기업무를 대행한 법무사사무실에서 실지거래가액보다 낮은 가액으로 작성한 쟁점계약서를 첨부하여 양도소득세 및 취․등록세를 신고하였다. 이로 인해 전 소유자의 양도소득세 신고시 첨부한 쟁점계약서의 거래가액과 청구인의 취․등록세 신고시 취득가액이 동일한 것은 당연하며, 쟁점토지를 공유자들과 함께 취득한 지 15년이 경과하여 취득 당시의 실제 매매계 약서나 금융증빙 등이 없어 관련규정에 따라 환산가액으로 신고하였다. 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 시가가 아니라 실지의 거래대금 자체 또는 거래당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결)하고, 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에도 매수가액이 확인되거나 객관적이고 합리적인 계산방법에 의하여 그 가액을 인정할 수 있는 등 실지거래가액을 확인할 수 있어야 하는 것이고 그 확인을 할 수 없는 경우에는 환산가액에 의하여야 하는바, 처분청은 검인계약서만 제시하였을 뿐 동 거래가액이 실지거래가액인지 여부를 전 소유자 OOO에게 확인하거나 객관적인 증빙을 제시한 사실이 없고, 쟁점토지지분 취득(2002.4.20.) 당시 기준시가는 1㎡당 OOO원이고, 쟁점계약서상 쟁점토지의 거래가액은 1㎡당 약 OOO원으로, 공매나 경매와 달리 정상적인 매매거래에서 합리적인 이유 없이 매매당사자들이 기준시가보다 못 미치는 가격에 부동산을 거래하는 것은 사회통념에 부합하지 아니하며, 전 소유자 OOO는 2019.3.29. “법무사 사무소에서 등기를 위해 쟁점계약서를 임의로 작성하였고, 쟁점계약서상 토지 매매대금은 실제 금액보다 낮은 금액”이라는 확인서를 작성하였다. 잔금지급과 동시에 매도인으로부터 등기권리를 부여받아 계약일을 매매원인일로 하고 잔금일 또는 그 이후에 등기를 접수하는 매매관행과 등기부등본상 쟁점토지의 매매원인일이 2002.4.6.이고 등기접수일이 2002.4.20.인 점을 고려하면, 실제 계약서라면 계약일이 2002.4.6., 잔금지급일이 2002.4.20.이어야 하나, 쟁점계약서는 계약금, 중도금, 잔금의 구분 없이 계약일인 2002.4.6.에 매매대금을 지급하는 것으로 기재되어 있고 특약사항도 별도로 기재되어 있지 아니하며, 중개인이 없고, 기준시가 신고가 원칙인 당시의 신고관행상 검인계약서 양식에 타자를 쳐서 작성된 신고용도의 계약서인 것으로 보이며, 공동매수자의 자필 기재나 서명 등이 없이 막도장이 날인되어 있다. 이처럼 쟁점계약서는 실지거래를 반영한 매매계약서라고 보기 어려우므로 쟁점토지지분의 취득 당시 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 취득가액으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장하는 자가 입증하여야 하며(대법원 1993.4.9. 선고 93누2353 판결 등 참조), 검인계약서 외에 별도로 작성된 매매계약서가 존재하지 아니하는 이상 검인계약서는 실제 매매계약서에 해당(대법원 2017.1.12. 선고 2016두57991 판결)하는바, 청구인은 쟁점토지지분 취득시 공시지가를 초과한 금액을 지급하였다고 주장하고 있을 뿐 얼마를 지급하였는지 객관적으로 밝히지 못하고 있다. 쟁점계약서는 쟁점토지 전 소유자인 OOO가 2002.4.6. 양도소득세 신고를 하면서 제출한 것으로, 청구인 등 쟁점토지의 공유취득자 들의 주민등록표등본도 첨부되어 있고, 전 소유자인 OOO는 기준시가 신고대상이었으므로 양도차익이 발생하지 아니하여 실지거래가액보다 낮게 기재된 계약서를 과세관청에 제출할 필요가 없으며, 청구인과 다른 공유자들도 쟁점토지의 취득가액을 쟁점계약서상 거래가액으로 하여 취득세를 신고하였으므로 쟁점계약서를 전 소유자 또는 법무사가 임의로 작성한 계약서라고 보기 어렵다. 더욱이 청구인 등은 2000.6.8. 공매토지를 취득할 당시 공시지가가 1㎡당 OOO원이었으나, 이를 1㎡당 OOO원에 취득(당시 공시지가 대비 58.54%)하였고, 청구인이 과세전적부심사시 제출한 청구인과 공매토지 공유자 간의 각서(2000년 6월 작성)에 의하면, “공유자 중 매도가 필요한 경우 최초 매수금액인 약 OOO에 공유자들에게 우선 매수권을 주고, 쟁점토지 전 소유자인 OOO에게 일정한 금액OOO을 이득금으로 지급”하기로 한 사실이 확인되는바, 다른 공유자들이 매수하기로 한 최초매수금액OOO과 OOO에게 지급하기로 약정한 이득금 OOO원을 합한 금액이 OOO원이고, 이는 쟁점계약서상 매매금액OOO과 유사하므로 쟁점계약서상 거래가액은 임의로 기재된 금액이 아니라 실지거래가액으로 봄이 타당하다. 매매계약시 중개인 없이 직접 거래되는 경우도 있고, 계약서에 반드시 자필서명이나 인감으로만 날인하도록 되어 있지 아니하며, 사적계약자유의 원칙상 계약금․중도금․잔금을 구분하여 지급하여야 하는 것도 아니고, 특약사항도 필수로 기재하여야 하는 것이 아니므로 이를 이유로 쟁점계약서가 실제 매매계약서가 아니라고 보기 어렵고, 취득가액은 양도차익 계산에 있어 필요경비에 해당하고 관련 거래사실관계나 증빙서류 등은 청구인의 지배관리 하에 있으므로 이를 적극적으로 입증할 수 있음에도 불구하고, 그러한 증빙에 대하여 적극적으로 입증하지 아니한 채 쟁점계약서의 효력을 부인하는 것은 타당하지 아니하며, 전 소유자는 과세전적부심사시 사실확인서는 청구인의 세무대리인이 작성해 온 확인서에 서명하여 준 것이라고 하였다. 따라서, 쟁점토지지분은 취득당시 실지거래가액이 쟁점계약서로 확인되므로 동 계약서에 기재된 매매가액을 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지지분의 취득가액을 검인계약서에 기재된 가액으로 보아야 하는지, 아니면 취득 당시 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 OOO 등 5명과 2000.6.8. OOO로부터 공매토지를 OOO원에 낙찰(각 1/6 지분)받고, 2002.4.20. 공매토지 중 OOO의 지분인 쟁점토지(461㎡)를 OOO와 공동(청구인의 지분은 4/10, 나머지 3명의 지분은 각 2/10)으로 취득하였다가 2016.10.11. 공매토지를 공유자들과 공동으로 주식회사 OOO에 OOO원에 양도하면서 2016.11.30. 취득가액을 공매토지지분(461㎡)은 실지거래가액인 OOO원, 쟁점토지지분(184㎡)은 환산가액인 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지의 전 소유자인 OOO가 양도소득세 신고시 제출한 쟁점계약서 에 기재된 매매가액인 OOO원을 쟁점토지의 실지취득가액으로 보아 청구인의 쟁점토지지분(4/10)의 취득가액을 OOO원으로 하여 2019.5.8. 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점토지의 전 소유자인 OOO는 2002.4.6. 아래 <표2>와 같이 양도소득세를 신고(기준시가 적용, 과세미달)하면서 아래 <표3>의 쟁점계약서(매매당사자들의 주민등록표등본 첨부)를 제출하였다.

(3) 처분청이 2019.3.19. OOO에 의뢰하여 회신받은 공문OOO에 의하면, 청구인 등 쟁점토지 공유자들은 쟁점토지 취득시 시가표준액은 OOO원, 취득가액은 OOO원(쟁점계약서상 거래가액)이므로 시가표준액을 과세표준으로 하여 2002.4.20. 취․등록세 합계 OOO원을 신고․납부한 것으로 나타난다.

(4) OOO와 청구인 등 공유자들 사이에 2000년 6월 체결한 각서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다.

(5) 청구인이 제출한 OOO의 사실확인서(2019.3.29.) 주요내용은 아래 <표5>와 같다.

(6) 등기사항전부증명서를 보면, 청구인 등 6명이 공매토지를 각 1/6의 지분으로 2000.2.23. 공매를 원인으로 2000.6.8. 소유권이전등기를 하였고, 청구인 등 4명이 OOO의 지분 전부인 쟁점토지를 청구인은 4/10, 나머지 3명이 각 2/10의 지분으로 2002.4.6. 매매를 원인으로 2002.4.20. 소유권이전등기한 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점계약서가 임의로 작성되어 동 계약서상 취득가액을 실제 취득가액으로 볼 수 없고, 매매사례가액․감정가액 등도 확인되지 아니하므로 취득당시 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 할 것이다. 쟁점계약서에는 거래당사자들의 주민등록표등본이 첨부되어 있는 등 임의로 작성된 것이라고 보기 어려운 반면, 청구인은 쟁점계약서가 실제 계약서가 아니라고 주장하면서도 실제 취득가액을 입증할 수 있는 실제매매계약서․대금지급 등의 증빙을 제시하지 못하는 점, 공유토지의 공유자 사이에 2000년 6월 작성한 쟁점각서 제2조에 의하면, 공유자 중 한사람이라도 지분을 매도시 전원의 사전승낙을 얻도록 되어 있고, 매도가 꼭 필요할 경우 최초 매수금액에 공유자들에게 우선매수권을 주도록 되어 있어 쟁점토지는 자유로운 매매에 상당한 제약이 있었을 것으로 보이는 점, 동 각서 제3조에 “부동산을 매도함에 있어 각 지분권자는 투자금액의 배 이상이 발생시 이득금의 일정한 금액(7%)에 해당하는 이득금을 OOO에게 지급한다”고 되어 있고, OOO의 사실확인서에 “공매 후 바로 아파트 부지로 매수되어 투자금액의 2배가 될 것을 예상하였다”고 되어 있는 점을 고려하면, OOO가 쟁점토지를 다른 공유자들에게 양도할 당시 공유자들은 최소한 투자금액 정도의 이득금을 얻을 것을 기대하였을 것으로 보이고, 이 경우 OOO에게 나머지 공유자들이 지급하여야 하는 약정액은 약 OOO이며, 이는 쟁점계약서의 거래가액을 실지취득가액으로 인정할 경우 OOO의 양도차익OOO과 거의 동일한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점계약서는 양수인의 취득세 등의 신고를 위하여 실지거래가액보다 낮은 가액을 매매가액으로 임의기재한 거짓계약서로 보기 어려우므로 동 계약서의 매매대금을 쟁점토지의 실지거래가액으로 보아 청구인의 쟁점토지지분에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.