쟁점세금계산서가 실제 물품거래와 상관없이 발행되었다고 본 민사소송 판결문에 따라 신고ㆍ납부한 부가가치세를 경정하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2002.9.2.부터 OOO 1층에서 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 2011.1.1.～2016.6.30.까지 OOO1차 협력업체인 OOO(이하 OOO라 한다)로부터 자재를 유․무상으로 공급받아 자동차부품(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 임가공한 후 이를 다시 OOO에 납품하였고, 이에 대하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서"라 한다)를 교부하였으며 이를 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인은 OOO에게 수취하지 못한 쟁점물품에 대한 대금채권(이하 “쟁점물품대금채권”이라 한다)을 지급하여 줄 것을 청구하는 소송을 제기하였으나, 법원에서는 이에 대한 청구를 기각하였다(대법원 2018.11.16. 선고 2018다256894 판결).
• 다. 청구법인은 위 법원판결이 쟁점세금계산서가 실제물품거래와 상관없이 발행되었음을 인정한 것으로 보아 2011년 제1기부터 2016년 제1기까지(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)의 부가가치세 합계 OOO을 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2019.4.17. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO는 쟁점세금계산서가 실제 물품거래와 상관없이 발행되었음을 주장하였고 이를 법원이 인용하여 판결함에 따라 실제 쟁점물품 거래와 상관없는 쟁점물품 공급가액을 부가가치세 과세표준에서 차감하여 관련 부가가치세를 환급하여야 한다.

(1) 청구법인은 OOO의 부품을 공급받아 1차 가공후 이를 청구법인에게 2차 가공하도록 하고, 이후 임가공한 쟁점물품을 OOO에게 전량납품하는 회사이다.

(2) OOO에 대한 쟁점물품 임가공료 및 그에 대한 부가가치세 미수금에 대한 소송에서 광주고등법원은 쟁점세금계산서를 실제 쟁점물품거래와 관계없이 발급한 세금계산서로 판단하여 청구법인의 항소를 기각하였고 대법원은 최종적으로 이에 대한 청구법인의 상고를 기각하였다.

(3) 쟁점과세기간 동안 청구법인이 발행한 쟁점세금계산서는 OOO가 지급한 자재가액에 청구법인이 수수할 임가공료 등이 더해져 발행된 것이었으나, 법원은 이를 실제 물품거래와 상관없이 발행되어 쟁점물품대금채권에 대하여 OOO가 지급할 의무가 없다고 하였다. OOO가 청구법인에게 쟁점물품에 대한 임가공료 지급의무(채무)가 없다면 청구법인은 OOO에 대한 채권이 없는 것과 다름없고 이에 따라 임가공료 등에 대한 쟁점세금계산서 발행의무가 없다고 할 것이므로 처분청에서는 관련 부가가치세를 환급․결정하여야 한다.

(4) 또한, 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토하는데 있어 입증자료가 필요하다면 이를 요청하여야 할 것이나, 이러한 요청없이 구체적 사유를 명시하지 않은 채 청구법인의 입증자료가 미비하다고 하며 청구법인의 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO와의 민사소송과정에서 쟁점물품의 거래사실을 인정하였고 처분청의 OOO에 대한 세무조사에서도 청구법인과의 거래를 정상거래로 보았으며 달리 실지 거래사실이 없었다고 인정할만한 입증자료가 미비하므로 이에 대한 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

(1) 청구법인과 OOO와의 민사소송은 채권․채무를 서로 상계한 후의 물품대금채권이 OOO이 남았으니 이를 지급하여 달라는 청구소송으로 청구법인의 쟁점과세기간동안 임가공료 총금액 OOO을 과세표준에서 차감하여 환급하여 달라는 경정청구는 민사소송 과정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 투명하게 다투어진 사실이 없고 객관적으로도 확인된 사실이 없으며, 실지 거래사실이 없었다고 인정할 만한 입증자료 미비 등으로 거부하였다.

(2) 처분청 조사과에서는 OOO를 상대로 청구법인으로부터 2014년 제1기부터 2016년 제1기까지(국세부과제척기간 내의 기간) 수취한 세금계산서 적정여부에 대한 세무조사(2019.3.18.～2019.4.5.)를 실시하여 정상거래로 결정하였고, 청구법인과 OOO와의 사실관계를 보면 청구법인은 쟁점물품을 제조하는 법인으로 2011년 1월부터 2016년 3월까지 OOO로부터 원자재를 유(무)상으로 사급받아 이를 임가공하여 OOO에 전량 납품하였으며, 원자재 유상사급 때는 원자재금액에 임가공료를 가산한 금액으로, 무상사급때는 임가공료만으로 매출세금계산서 발행하여 부가가치세를 신고․납부한 사실이 있고 청구법인도 위의 거래사실을 경정청구서 및 심판청구 이유서 등에서 인정하고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점과세기간동안의 임가공료 총금액 OOO의 거래사실을 인정하여 OOO와의 채권․채무를 서로 상계한 후, 물품대금으로 OOO이 남아 있고 이의 지급을 청구하는 민사소송을 제기하였으나 입증자료 미비와 물품대금 채권청구 금액이 자주 변경되어 일관성이 없다는 내용 등으로 패소하였다.

(4) 청구법인의 민사소송 청구취지 등을 살펴보면, 청구법인은 OOO와의 거래사실을 인정하고 청구법인과 OOO사이에 2011.1.20.부터 2016.10.31.까지 발생한 채권․채무를 대등액의 범위에서 상계하여 청구법인의 OOO에 대한 물품대금채권은 OOO이 남아 있고 임가공료 총금액 OOO의 거래사실이 있었음을 인정하고 있다. 또한, 재판과정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 투명하게 다투진 사실이 없고, 객관적으로 확인된 사실이 없이 실지 임가공료 OOO의 거래사실이 없었다고 인정할 만한 입증자료 제시 등이 없어 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 실제 물품거래와 상관없이 발행되었다고 본 민사소송 판결문에 따라 이와 관련하여 신고․납부한 부가가치세를 경정하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 국세기본법 시행령 제25조 제1항 에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
• 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우

9. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

10. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 경정청구의 근거로 제시하는 OOO와의 쟁점물품대금채권 지급청구와 관련한 법원 판결은 대법원에서 광주고등법원의 판결(2018.7.11. 선고 2017나12287 판결) 내용대로 확정(대법원 2018.11.16. 선고 2018다256894 판결)되었는바, 광주고등법원의 판결내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 처분의 타당성을 주장하며 다음의 자료를 제시하고 있다. (가) 청구법인과 OOO와의 거래흐름은 다음 <표1>과 같고, 거래흐름 및 쟁점세금계산서 발행과 관련된 내용은 다음과 같다. <표1> 청구법인과 OOO와의 거래흐름

1. 제품생산에 필요한 원자재를 OOO가 매입하여 청구법인에 자재를 유(무)상으로 사급하여 주고, 청구법인은 유(무)상으로 사급받은 자재로 제품을 생산하여 OOO에 납품하고, OOO는 이를 매출처에 납품한다.

2. 청구법인은 OOO의 사내외주협력업체로 OOO1차 협력업체인 OOO로부터 자재를 유(무)상으로 사급받아 가공을 거쳐 생산한 쟁점물품을 OOO에 납품하는 거래구조로 청구법인은 쟁점과세기간 동안 쟁점물품 전량을 OOO에 납품한다.

3. 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지의 거래분은 청구법인이 OOO로부터 제품생산에 필요한 자재를 유상으로 사급받아 자재에 대한 매입세금계산서를 수취하였고, 제품을 생산하여 납품한 후 매출세금계산서는 OOO로부터 유상 사급받은 자재금액(매입세금계산서 수취분)에 임가공료를 포함하여 이를 발행하였다.

4. 2015년 제2기부터 2016년 제1기까지의 거래분은 청구법인이 OOO로부터 제품생산에 필요한 자재를 무상으로 사급받아 제품을 생산하여 납품하였고 임가공료에 대해서만을 매출세금계산서를 발행하였다. (나) 청구법인이 청구한 쟁점과세기간 동안의 부가가치세 경정청구 관련 내용은 다음 <표2>와 같고, 이에 대한 처분청의 분석내용은 다음과 같다. <표2> 청구법인의 부가가치세 경정청구 관련 내용 (단위: 백만원)

1. 청구법인의 매출가액은 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지는 OOO가 공급한 자재를 유상으로 사급받아 자재금액에 임가공비를 포함한 금액이고, 2015년 제2기부터 2016년 제1기까지는 OOO가 공급한 자재를 무상 사급받아 임가공비 금액만이 매출가액을 구성한다.

2. 청구법인의 매입가액은 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지는 OOO에서 공급한 자재 금액이고, 2015년 제2기부터 2016년 제1기까지는 OOO가 원자재를 무상으로 사급하여 OOO로부터의 자재 매입가액은 없다.

3. 청구법인은 쟁점과세기간동안 쟁점부품 임가공비 OOO백만원을 매출에서 차감하여 부가가치세 OOO백만원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다. (다) 청구법인의 법인세 신고내용은 다음 <표3>과 같고, 관련 분석내용은 다음과 같다. <표3> 청구법인의 법인세 신고내용 (단위: 백만원) 매출액(임가공비 포함)에서 당기재료 매입액(원자재)을 대등하게 상계처리하고, 수령한 임가공료로 직원 급여․노무비, 경비, 기타 사업관련 비용으로 회계처리하여 법인세를 신고한 사실이 있는바, 이는 실지거래가 있었음을 입증하는 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법원에서 실제 물품거래와 상관없이 쟁점세금계산서가 발행되었다고 판단한 판결문에 따라 기신고․납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 주장이나, 법원 판결은 청구법인과 OOO간의 쟁점물품대금채권과 관련한 것으로 쟁점물품거래 여부에 대하여 구체적으로 판단한 사실이 없고 단지 OOO가 청구법인에게 추가로 지급할 쟁점물품대금채권이 없다는 것을 판단한 것이므로 이를 근거로 쟁점물품거래 자체를 부인하기는 어려워 보이는 점, 청구법인의 주장대로 쟁점물품 거래 자체를 부인할 경우 청구법인 등에게 가공세금계산서 수수에 따른조세범 처벌법에 따른 조세범처벌문제가 발생하게 되는 점, 청구법인의 경정청구서에서도 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지의 실제 부가가치세 신고는 쟁점물품 제조를 위하여 OOO로부터 원재료를 매입하고 이를 임가공하여 다시 OOO에 공급하여 관련 매출이 발생하였음에도 불구하고 단순히 매출에서 매입을 차감한 임가공료만을 매출액에서 차감하는 방식으로 청구하여 쟁점물품의 실제 거래 자체가 없었다고 완전히 부인하는 것이 아닌 임가공료만을 부가가치세 과세표준에서 제거하는 것으로 보이는 점, 처분청에서 OOO와의 거래에 대하여 이미 세무조사를 실시하여 이를 정상거래라고 판단한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 민사소송 판결을 이유로 제기한 쟁점세금계산서 관련 부가가치세 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.