토지 양도 후 지상건물을 철거한 경우도 토지관련 매입세액에 해당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로 00광역시 0구 00동 000-37 등 0필지 토지 67,847㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 그 지상건물 및 설비(그 지상건물을 포함하여 이하 “쟁점건물등”이라 한다)를 보유하다가, 2015.12.18. 쟁점건물 등을 철거(제거)한 후 쟁점토지만을 인도하는 조건으로 아파트 시행사인 주식회사 AAA(이하 “매수인”이라 한다)와 쟁점토지를 52,000,000,000원에 매매하는 계약을 체결하였고, 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 청구법인은 2017.9.28. 주식회사 BBB(이하 “철거업체”라 한다)와 쟁점건물 등의 해체‧철거‧처분과 관련한 업무협약을 체결하였고, 철거업체로부터 쟁점건물 등 철거의 용역을 공급받은 것과 관련하여 공급가액 합계 15,870,000,000원인 세금계산서 2매(2017.9.29. 공급가액 5,000,000,000원, 2018.1.2. 공급가액 10,870,000,000원으로, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받았으며, 2017년 제2기(신고기간 2017년9월) 및 2018년 제1기(신고기간 2018년 1월) 부가가치세 조기환급신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액 1,587,000,000원(2017년 제2기분 500,000,000원, 2018년 제1기분 1,087,000,000원으로, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하였다.
• 다. 처분청은 2018.11.30. 청구법인이 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세 2,731,138,770원[2017년 제2기(9월)분 1,119,766,970원, 2018년 제1기(1월)분 1,611,371,800원] 중 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였고 초과환급신고가산세(쟁점매입세액의 10% 상당인 158,700,000원임)를 부과하여 그 차감잔액인 985,438,770원[2017년 제2기(9월)분 569,766,970원, 2018년 제1기(1월)분 415,671,800원]만을 청구법인에게 국세환급금으로 통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐준 이후에도 매수인과 쟁점토지 임대차계약을 체결하여 약 10개월 간 쟁점건물 등을 부가가치세 과세사업에 공하면서 부가가치를 창출하였으므로 쟁점건물 등의 철거와 관련한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니할 근거가 없는 점, 청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐준 이후에 쟁점건물 등의 철거를 하였는 바 토지의 보유를 전제하지 않는 쟁점건물 등의 철거는 토지취득과는 전혀 관련이 없으므로 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점건물 등을 철거한 것은 새로운 공장건물 신축목적이 아닌 단지 매수인에게 매매계약조건에 따라 쟁점토지만을 양도하기 위한 것으로, 결과적으로 쟁점토지의 가치를 증가시켜 토지만을 사용할 목적으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 토지의 공급과 관련된 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 타당하다(조심 2015전2183, 2015.7.20., 같은 뜻임).

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것이 타당한지 여부
• 나. 관련 법률 부가가치세법 제4조 [과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 부가가치세법 제9조 [재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 부가가치세법 제26조 [재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

부가가치세법 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 고나련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점토지와 쟁점건물 등을 보유하다가, 2015.12.18. 매수인과 쟁점토지를 52,000,000,000원에 매매하는 계약을 체결하였고, 그 토지매매계약서(이하 “쟁점토지매매계약서”라 한다)에 나타나는 일부내용은 아래와 같다. 제1조 매매 1.1 본 계약조건에 따라, 청구법인은 쟁점토지를 매수인에게 매도하고, 매수인은 이를 청구법인으로부터 매수한다. 1.2 명확히 하기 위하여 부연하자면, 청구법인과 매수인은 쟁점건물 등은 본 계약에 예정된 매매로부터 제외된다는 점을 인정하고 이에 동의 한다. 쟁점건물 등에 대해서는 제4.2조의 규정이 적용된다. 제4조. 쟁점토지의 인도 및 임대차 4.1 청구법인이 거래종결일 이후에도 쟁점토지 상에서 현재의 사업을 계속 영위하도록 하기 위하여, 청구법인 및 매수인은 제4조 뿐만 아니라 별지2로 첨부된 주요조건들의 내용을 반드시 포함하는 내용의 임대차계약(“임대차계약”)을 체결하여야 한다. 임대차계약은 거래종결일에 개시되어 2018.3.30.에 종료(“임대차기간”)하고, 청구법인은 임대차기간 동안 매수인에게 금 303,333,333원 상당의 월 임대료를 지급한다. 4.2 청구법인은 임대차기간 종료일(“인도일”)까지 쟁점건물 등을 제거한 후(다만, 제3.1조에서 정한 환경조사 전에 제거가 불가능한 설비 또는 폐기물은 위 환경조사 종결시까지 제거함) 매수인에게 쟁점토지를 인도한다.

(2) 청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐주었고, 그 이후에도 매수인과 쟁점토지 임대차계약을 체결하여 약 10개월 간 쟁점건물 등을 사용하였다.

(3) 청구법인은 2017.9.28. 철거업체와 쟁점건물 등의 해체‧철거‧처분과 관련한 업무협약을 체결하였고, 그 업무협약서에는 철거업체가 2017.9.30. 이후 쟁점건물 등을 해체‧철거‧처분하여 2018.1.31. 또는 그 이전까지 이를 완료한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(4) 청구법인은 철거업체로부터 쟁점건물 등 철거의 용역을 공급받은 것과 관련하여 쟁점세금계산서를 발급받았고, 2017년 제2기(신고기간 2017년 9월) 및 2018년 제1기(신고기간 2018년 1월) 부가가치세 조기환급 신고시 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

(5) 청구법인이 이 건 부가가치세 조기환급 신고시 처분청에 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세는 2,731,138,770원[2017년 제2기(9월)분 1,119,766,970원, 2018년 제1기(1월)분 1,611,371,800원]이다.

(6) 처분청은 2018.11.30. 청구법인이 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세 2,731,138,770원 중 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하고 초과환급신고가산세(쟁점매입세액의 10% 상당인 158,700,000원임)를 부과하여 그 차감잔액인 985,438,770원 [2017년 제2기(9월)분 569,766,970원, 2018년 제1기(1월)분 415,671,800원]을 청구법인에게 국세환급금으로 통지하였다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제26조 제1항 제14호에서 토지를 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있고 같은 법 제39조 제1항 제7호에서 부가가치세 면세사업 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 쟁점토지매매계약서에 청구법인과 매수인은 쟁점건물 등은 제외하고 쟁점토지만을 매매한다는 내용 및 청구법인은 쟁점건물 등을 제거(철거)한 후 매수인에게 쟁점토지를 인도한다는 내용 등이 기재되어 있는 점, 청구법인은 쟁점토지매매계약서에 나타나는 위 계약조건에 따라 매수인에게 부가가치세 면제대상인 쟁점토지를 공급(양도)하기 위하여 쟁점건물 등을 철거한 것으로 보이는 점, 따라서 쟁점매입세액은 부가가치세 면세사업 등인 토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제 대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.