매출일보, 업체별매출현황, 세금계산서대체발행내역 등 전산자료를 실지 장부로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO에 2001.5.3. 설립된 기타철강제품 제조업을 영위하는 법인이다.
• 나. OOO장은 청구법인에 대한 거래질서 관련 법인 통합조사를 실시하여, 청구법인의 1층 영업부서 사무실 등에서 매출일보, 업체별 매출현황, 세금계산서 대체발행 내역 등(이하 “쟁점전산자료” 라 한다)을 확보하고, 이를 근거로 청구법인이 2012.7.1.부터 2016.12.31.까지 재화를 공급하였으나 세금계산서를 발행하지 않은 OOO원, 실제 재화를 공급하지 않고 발행한 거짓세금계산서 OOO원 및 수입금액 누락액 OOO원의 과세자료를 처분청에게 통 보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.6.7. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO에게 OOO을 상여로 소득처분하여 소득금액변동 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.4. 이의신청을 거쳐 2019.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점전산자료는 출처가 불분명한 자료이므로 이를 근거로 과세한 처분은 근거과세원칙을 위배한 부당한 처분이다. OOO의 조사내용에 의하면 청구법인에서 관리하던 매출일보, 업체별 매출현황, 세금계산서 대체발행 내역 등 전산자료에 의하여 사실을 확인하여 조사한 결과라고 주장하나, 청구법인에서는 이러한 자료를 작성한 사실이 없고, 관리하거나 보관하고 있지도 아니하며, 이와 같은 자료를 작성한 당사자와 보관자 등도 확인되지 아니한다. 따라서, OOO에서 조사 당시 제시한 전산자료는 청구법인에서 보관 및 관리한 사실도 분명하지 않고 작성자와 관리자도 확인되지 않은 출처가 불분명한 자료이므로 이러한 자료를 과세근거로 하여 과세한 처분은국세기본법제16조 근거과세 원칙을 위배한 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점전산자료는 청구법인의 실제 매출내역이 반영된 것으로 이를 근거로 과세한 처분은 정당하다. (가) 창구법인에 대한 세무조사 착수 시 청구법인의 상무 OOO에게 장부, 서류에 대한 일시보관 동의를 받고, 1층 영업부서 컴퓨터 중 OOO 이사의 컴퓨터(세금계산서 미발행 및 대체발행내역 파일명: 이사님 10월)와 OOO의 컴퓨터(매출일보 파일명: 2013년 건재, 2014년 건재, 2015년 건재, 2016년 건재)에 보관된 자료를 확보하였으며, 동일한 자료가 2층에서 근무하고 있던 관리상무 OOO의 USB〔세금계산서 미발행 및 대체발행내역 파일명: 12년 OOO 분석(복구됨)〕에서도 확인되어 확보하였다. (나) 2012년부터 2016년까지 영업부서에서 근무한 직원의 진술에 의하면 쟁점전산자료를 작성한 목적은 칼라강판을 실제 판매한 금액과 세금계산서 발행금액, 매출처 등이 서로 다르기 때문에 차후 정확한 미수금 정리를 위한 목적과 실제 재화(칼라강판)의 공급이 없으나 세금계산서를 발행한 업체를 관리하기 위한 목적으로 영업부서에 근무한 여직원이 작성하였으며, 해당 내용은 매월 청구법인의 대표이사(OOO)에게 보고하였고, 결재도 받았다고 진술하였으며, 세금계산서 미발행 및 대체발행 명세서 중 일부인 2016년 9월부터 2016년 12월분 4장에는 청구법인의 대표자 OOO이 결재한 사실도 확인된다. (다) 청구법인에서 근무한 OOO 이사의 업무분담 내역을 보면 칼라강판을 판매하는 거래처명과 업무내용에 “OOO 원장관리(내용업데이트), 계산서 발행여부 확인(정리해서 전무님께 드리면 확인해주심), 미발행 대체발행 내역정리(파일명: 상무님), ERP계산서 발행 후 미발행내역 정리(본사로 돌릴 것), 대체발행내역 정리 후 사장님 결재(본인, 상무님, 사장님 3장 뽑을 것), OOO 미수금내역정리 및 월말 미수금내역 업체 FAX송부”라고 기재되어 있어 세금계산서 미발행, 대체발행 현황을 구체적, 조직적으로 관리하면서 작성한 자료로 보이고, 5년 여의 장기간 동안 꾸준히 작성된 쟁점전산자료에 기재된 금액과 동일한 금액으로 전자세금계산서가 발행되어 있는 점에 비추어 쟁점전산자료는 청구법인에서 작성하여 대표이사에게 보고하고 관리한 실제의 매출내역을 반영한 전산자료이다. 따라서 쟁점전산자료는 법인에서 작성하여 보관하고 있었고, 실제 매출내역을 반영한 정상적인 자료임이 확인되므로 이를 근거로 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매출일보, 업체별매출현황, 세금계산서대체발행내역 등 전산자료를 실지 장부로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 처분청은 청구법인이 아래<표1>과 같이 2012년부터 2016년 까지 실제 재화를 공급하였으나 세금계산서 OOO원을 발행하지 아니하였고, 또한 재화의 공급 없이 거짓세금계산서 OOO원을 발행한 것으로 보아 과세처분하였다. <표1> (나) 조사청의 조사자료에 의하면, 청구법인의 1층 사무실 컴퓨터 등에서 확보한 쟁점전산자료는 다음과 같다.

① 세금계산서 미발행 및 대체발행 내역

• 파일명(엑셀): ‘이사님 10월’, ‘12년 OOO분석(복구됨)’.

• 파일 생성 일자: 2012.5.4., 2012.2.6.로 조회됨.

• 주요 내용: 다음과 같이 업체별 강판판매 톤수, 판매금액 및 세금계산서 미발행금액, 세금계산서 대체발행 내역이 기재되어 있다.

② 매출일보

• 폴더명: 2013년 건재(19개 업체), 2014년 건재(24개 업체), 2015년 건재(23개 업체), 2016년 건재(19개 업체).

• 파일 생성 일자: 2008년부터 2016년 사이에 개별생성.

• 주요 내용: 업체별 판매물품, 규격, 중량, 단가, 공급가액, 계산서 발행 여부 등이 항목별로 기재되어 있다. (다) 처분청은 청구법인의 ‘세금계산서 미발행 및 대체발행 명세서를 대표이사가 결재한 사실에 대한 증빙자료로 다음의 자료를 제출하였다. (라) 처분청이 제출한 청구법인의 세금계산서 미발행 및 대체발행에 대한 업무분장은 다음과 같다.

① 청구법인 업무분장

• 파일명(엑셀): ‘거래처 및 업무분장내역(OOO)OOO’.

• 파일 생성 일자: 2017.11.2.로 조회됨.

• 주요 내용: 거래처, 업무내용, 업무분담, 보고서 쉬트가 생성되어 있음. (마) 청구법인의 관리상무 OOO 문답서의 주요 내용은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,국세기본법제16조 제1항에서 ‘납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다’라고, 제2항에서는 ‘제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.’고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점전산자료가 출처가 불분명하다고 주장만 할 뿐, 이를 뒷받침할 구체적이고 객관적인 장부 등의 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점전산자료는 OOO이 청구법인의 1층 사무실 컴퓨터 등에서 확보한 전산파일로 5년 여의 장기간 동안 꾸준히 작성된 것으로 2012년부터 2016년까지 작성된 전산장부에는 거래처, 거래일자, 재질, 규격, 코일번호, 중량, 판매단가, 공급가액, 결재 내역 등 구체적인 거래행위가 기재되어 있는 점, 쟁점전산자료의 전산파일 생성일자가 조사청의 2018.1.25. 세무조사 개시일 이전에 생성된 것으로 조회되고, 당시 영업부서에 근무한 직원의 진술에 의하면 이를 청구법인이 생산하여 활용한 것으로 보이는 점, 쟁점전산자료 중 세금계산서 미발행 및 대체발행 명세서 일부가 청구법인의 대표자의 내부결재 내역이 확인되고, 대체발행으로 기재된 내용과 동일한 전자세금계'산서가 발행되어 있는 점 등에 비추어 쟁점전산자료는 청구법인에서 보관 및 관리한 사실도 분명하지 않고 작성자와 관리자도 확인되지 않은 출처가 불분명한 자료이므로 근거과세를 위반하였다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1)국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받은 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금 계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출된 매출처별세금계산서 합계표 또는 매입처별세금계산서합계표에 기재사항의 기재 사항의 전부 또는 일부가 적혀있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀있는 경우 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표 등을 발급하는 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명으로 세금계산서 등을 발급하는 경우 (3) 조세범처벌법 제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】①부가가치세법에 따라 세금계산서를 작성하여 발급하여야할 자와 매출처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다

1. 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 경우

2. 거짓을 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금 계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별 계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출․매입 금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 해당하는 벌금에 처한다. 1.부가가치세에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받는 행위 2.소득세법및법인세법에 따른 계산서를 발급하거나 발급받는 행위