청구법인이 물류사업용 건축물을 신축하는 도중 지특법이 개정되면서 감면율이 축소된 경우 일반적 경과규정을 적용하여 종전의 규정에 따라 취득세를 면제하여야 하는지 여부

[주 문] 경기도 김포시장이 2018.10.16. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.2.7. 경기도 김포시 고촌읍 OOO 외 1필지 15,393.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 구 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “구 지특법”이라 한다) 제71조 제2항 규정에 따라 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 청구법인은 2015.7.29. 이 건 토지상에 건축물(창고시설 43,688.27㎡, 취득가액: OOO원, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하고, 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제71조 제2항 및 경기도 도세 감면 조례(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것, 이하 같다) 제8조의 규정에 따라 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산으로 감면신청을 하여 취득세의 75%를 경감받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 2015.9.24. 신고․납부하였다.
• 다. 이후, 청구법인은 이 건 건축물에 대하여 신뢰보호의 원칙에 따라 구 지특법에 따른 감면율(100%)이 적용되어야 한다는 취지로 2018.9.3. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.10.18. 이를 거부하는 처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 건축물은 구 지특법 제78조 제2항 및 같은 법 시행령 제33조에서 정하고 있는 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물로서 감면요건을 충족하고 있고, 청구법인은 구 지특법 시행 당시 이미 물류단지 내의 이 건 토지를 취득하고, 그 지상에 물류시설인 이 건 건축물을 신축하고자 건축허가를 받았으며, 이 건 건축물의 신축을 위한 공사도급계약을 체결한 후 2014.4.1. 착공을 개시하여 공사를 진행하는 등 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위(건축 착공 등)로 나아갔으며, 이 건 건축물의 건축공사에 착공하기 이전에 구 지방세특례제한법제71조 제2항에 따른 감면율이 축소될 것이라는 사정을 예상할 수 없었던 상황이었으므로, 청구법인의 신뢰를 보호하지 아니할 다른 사정이 전혀 없다 할 것으로서, 이 건 건축물에 대하여 지특법 부칙 제14조에 따라 개정 전 구 지특법 제71조 제2항의 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 구 지특법 시행 당시에 이 건 건축물의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위(건축 착공 등)로 나아감으로써 구 지특법 제71조 제2항에 따라 취득세가 면제될 것이라는 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르렀다고 할 것(대법원 93누5666 전원합의체 판결, 1994.5.24. 선고, 같은 뜻임)이므로, 이 건 건축물에 대하여 지특법 부칙 제14조 및 구 지특법 제71조 제2항에 따라 취득세를 전부 면제하여야 한다고 주장하나, 헌법재판소 결정(2016헌바420, 2018.02.22. 선고, 2000헌바54, 2001. 12.20. 선고)에서 오늘날에 있어서 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조정 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정·경제·사회정책 등 국정전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하며, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지에 관하여는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로, 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다고 할 수 있다고 판시하고 있으며, 지방세에 대한 감면규정의 신설, 유지, 종료 및 축소 여부에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단사항으로, 지특법 개정에 앞서 국민에게 개정사항을 널리 알려 의견을 듣고자 하는 것을 목적으로 하는 입법예고(2010년, 2012년 및 2013년 등 일부 입법예고 자료 참고)에서 지방재정 건전성 강화 등을 위해 일부 감면을 축소(새로이 감면이 필요한 경우는 신설)하는 것으로 일관되게 입법예고하고 있었으므로, 기존에 감면되고 있던 규정의 일부가 폐지 또는 축소될 수 있음을 충분히 예측할 수 있었다고 보아야 하며, 청구법인이 제시한 대법원 판례(대법원 93누5666 전원합의체 판결, 1994.5.24. 선고)는 감면기한에 대한 일몰규정을 별도로 규정하고 있지 않았던 구 지방세법의 감면조문에 대한 판례로 구 지특법 제71조 제2항에서 일몰 규정을 별도로 규정하고 있던 이 건과는 사안이 달라 그대로 원용하기에는 적절하지 아니하고, 구 지특법 제71조 제2항에서 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰 규정을 두고 있었던바, 그렇다면 감면기한(2014. 12. 31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면률이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이므로, 청구법인이 지특법의 개정 이후에 이 건 건축물을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것은 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것은 아니라 할 것이며, 2014.12.31. 개정된 지특법의 부칙 제15조 내지 제25조에서 개정된 지특법의 일부 규정에 대한 별도의 경과조치나 경감세율 특례규정(기업부설연구소의 경우 2016년 12월 31일까지 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다)을 두고 있는 것과 달리, 같은 법 제71조 제2항의 규정에 대하여는 별도의 경과조치나 경감세율 특례에 대한 규정을 두고 있지 아니한 점 등을 종합하면, 처분청에서 청구법인이 이 건 건축물 취득 당시에 시행중인 지방세법령에 따라 취득세 등을 75% 감면대상에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 물류사업용 건축물을 신축하는 도중 지특법이 개정되면서 감면율이 축소된 경우 일반적 경과규정을 적용하여 종전의 규정에 따라 취득세를 면제하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것) 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. ＜부 칙＞(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례) 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다. 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것) 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(3) 경기도 도세 감면 조례(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것) 제8조(물류단지 등에 대한 감면) 지방세특례제한법제71조 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제4항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령(2016.6.28. 대통령령 제27285호로 개정되기 전의 것) 제33조(물류사업용 부동산의 범위) 법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.8.14. OOO물류단지내의 토지인 이 건 토지에 대하여 한국수자원공사와 매매계약을 체결하고, 2014.2.7. 매매대금 잔금을 지급하고 취득한 후 감면신청을 하여 취득세를 면제받은 사실이 제출된 자료에서 확인된다.

(2) 청구법인은 2014.3.12. 이 건 토지상에 건축허가를 받고, 도급계약을 체결한 후 2014.4.1. 건축공사에 착공하여 2015.7.28. 사용승인을 받은 사실이 제출된 사용승인서 등에서 확인된다.

(3) 처분청은 물류사업용 부동산에 대한 경감규정이 개정되면서 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 청구법인이 충분히 예측할 수 있었다는 증빙으로 행정안전부에서 지특법개정에 앞서 2010.9.13., 2012.8.10. 및 2013.7.26. 입법예고 사항을 공고한 일부내용을 제시하고 있으며, 그 내용은 아래와 같다. ⓛ 2010.9.13. 입법예고 중 개정사유 지방세 감면의 효율적 관리를 위해 지방세특례의 원칙을 신설하고 감면조례 허가제 폐지에 따라 우려되는 선심성, 낭비성 등 무분별한 감면 및 재정력 격차에 따른 감면양극화방지를 위해 감면조례 제정요건을 강화하는 한편, 감면의 기간이 연장된 경우 지방자치단체가 감면율을 인하조정할 수 있는 권한을 부여하는 등 현행 감면제도상 일부 미비점에 대해 보완하려는 것임

② 2012.8.10. 입법예고 중 개정사유 지방재정 건전성 강화를 위해 국가공단 공사 등에 대한 일부 감면을 축소하고, 최근의 경제상황과 부동산경기 등을 고려하여 주택거래 및 기업의 투자와 관련된 감면을 연장하며, 서민생활과 밀접한 관련이 있는 일부 감면을 확대하는 한편, 납세자 편의제고와 제도의 원활한 운영을 위해 일부 규정을 개선․보완하려는 것임

③ 2013.7.26. 입법예고 중 개정사유 지방재정 건전성 강화를 위하여 지방공사, 공단, 의료기관 및 관광호텔 등의 지방세 감면 일부를 축소하고, 취약계층 지원을 위한 사회적 기업 및 중소기업의 투자와 관련한 중소기업종합지원센터 등에 대한 지방세 감면기한을 연장하는 한편, 국가 주요 경제시책인 농협구조정의 후속조치로 신설되는 농협경제자회사에 대한 감면 신설과 지방세 감면제도 운영과정에서 나타난 일부 미비점을 개선․보완하려는 것임

(4) 청구법인이 제출한 토지 취득 및 건축 진행상황은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 토지 취득 및 건축 진행상황

(5) 청구법인은 건축허가를 받은 이후 계속적으로 공사를 진행하고 매월 공사비를 지급하였으며, 2014년 12월까지 공사 기성고는 43.11%인 것으로 제출된 도급계약서, 매월 기성분 공사대금 청구서, 공사일보 등에서 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 구 지특법 제71조 제2항에서는 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있다가, 지특법이 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되면서 물류사업용 부동산에 대한 감면율이100분의 50으로 축소되었고, 개정 법률 부칙 제14조에서 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.10.15. 선고 2015두42763 판결, 같은 뜻임) (다) 청구법인의 경우를 보면, 2014.2.7. 이 건 토지를 취득한 후 2014.3.12. 건축허가를 받고, 2014.3.24. 공사도급계약을 체결하여 2014.4.1. 건축공사에 착공하고 지속적으로 공사를 진행한 일련의 건축과정을 보면, 지특법이 개정되지 이전에 일련의 취득 원인행위를 지체없이 시행하였으므로 감면시한 내에 건축을 완료하면 취득세를 면제받을 수 있다고 기대할 만한 사정이 있었다고 보이므로, 이러한 신뢰를 보호하기 위하여 지특법 부칙 제14조의 규정에 따라 종전의 감면규정을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다. (라) 이에 대하여 처분청은 2010.9.13.의 지특법 개정 입법예고(안) 등을 제시하면서 납세자가 감면이 축소될 것을 충분히 예측할 수 있었으므로 감면기한(2014.12.31)이 경과된 이후에도 계속하여 동일하게 감면될지 여부는 입법자의 재량에 속하는 것으로서 청구법인이 종전과 같이 감면될 것을 기대하는 것은 단순한 기대에 불과하다는 의견이나, 물류단지에 대한 감면규정이 개정된 연혁을 보면, 지방세법이 1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되면서 유통단지에 대한 감면규정이 도입된 이후로 특별한 변동없이 계속하여 취득세 면제규정이 연장되어 왔으며, 지특법이 2014.12.31. 개정되면서 감면율이 일부 축소되었을 뿐 계속 감면대상으로 규정하고 있는 점을 보면, 지방세법령상 감면규정이 여러 차례 법령 개정에도 불구하고 법령 개정을 통하여 계속하여 연장 적용되어 온 경우에 있어서 감면시한을 두고 있다고 하더라도 이러한 감면시한까지만 감면규정을 적용하여야 할 특별한 사유가 없는 경우에 있어서는 감면시한을 근거로 일반적 경과규정의 적용을 배제할 수 없다고 해석하는 것이 합리적이라 할 것이고, 행정안전부의 지특법 개정안에 대한 입법예고는 지특법상 감면규정이 대부분 일정한 감면시한을 두고 있고, 이러한 감면시한 이후에도 계속할 필요성이 있는지, 감면율이 적절한지 여부에 대하여 재검토를 할 수 있다는 일반적인 예고에 불과하고, 직접적으로 물류사업용 부동산에 대한 개정안이 포함된 입법예고(안)이 2014.9.15. 공고되었고, 이러한 입법예고 이전에 이미 건축공사가 진행 중인 경우에 사전에 감면율이 축소될 것이라고 예측할 수 있었다고 보는 것은 부적절 하다고 하겠다. (마) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.