쟁점토지를 취득한 후 1년 유예기간 내에 직접 사용하였는지와 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.4.30. OOO 토지 15,812㎡와 2014.12.30. 같은 동 OOO 토지 15,533㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후 지방세특례제한법 제45조 제1항의 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2018년 이 건 토지에 대한 사용 현황을 조사한 결과, 취득일부터 1년이 경과할 때까지 이 건 토지 중 OOO(15,812㎡)에 건축물을 신축하고 남은 토지 9,692㎡ 및 OOO 15,533㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 당초 감면 신청한 목적대로 직접 사용하지 않고 취득 당시 현황인 임야로 존치하고 있음을 확인하고, 쟁점토지의 취득세 등은 지방세특례제한법 제178조의 규정에 따라 추징대상이 된 것으로 보아 2018.7.31. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 수행하는 OOO의 OOO 업무는 국가가 국제조약상 의무적 수행하여야 하는 책무를 청구법인으로 지정되어 정부와의 협의 및 정부출연금으로 운영하는 사업으로, 당초 초지취득 및 건물신축과 관측소 운영 경비일체를 정부출연금을 받아 이루어졌고, 이후 잔여토지에 고정식관측소를 설치 중으로 계속적으로 이 건 토지를 목적사업에 활용하기 위하여 정부와 합의하에 진행하고 있다. 청구법인은 당초 이 건 토지 취득시 OOO 탐지시설 건설을 위하여 OOO에 연구소를 신축하고, 같은 동 OOO에는 OOO 관측망의 지진계측기 시험과 검증을 위한 터널건설 및 시추공관측소 등의 시설용부지로 사용할 계획이었으나, 쟁점토지에 이동식 관측소 4개소를 운영하다가 최근 계획을 수정하여 현재 고정식관측소 6개소를 설치하였고 향후 4개소를 설치할 계획이다. 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 해당법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결). 고유 목적사업에 직접 사용한다는 의미는 직접 사용하기 위한 타당성 검토 및 사전 절차적 행위도 포함하는 것으로 보아야 하고, 또한 정부와의 협의에 따라 청구법인이 쟁점토지를 목적사업에 사용하기 위하여 계속적으로 노력을 기울이고 있는 정당한 사유가 있음에도 처분청이 이를 목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지에 학술연구단체의 고유업무에 직접 사용하였다는 주장에 대하여 살펴보면, 이 건 토지 중 OOO은 OOO 탐지시설 건설을 위한 부지로 하고, 같은 동 OOO는 OOO의 지진계측기 시험과 검증을 위한 터널건설 및 시추공 관측소 등의 시설물 설치용 부지로 취득하여 감면을 받았으나, 같은 동 OOO은 일부만 토지형질변경을 받아 사옥을 신축하여 사용하고 잔여 토지 9,692㎡를 임야 상태 그대로 방치하였고, 같은 동 OOO는 고유업무에 사용하기 위한 개발행위허가 등 행정절차 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 취득당시 임야상태로 있어 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산으로 볼 수 없으며, 청구법인은 2014년 쟁점토지를 취득하고 4년이 지난 현재까지 직접사용하기 위한 아무런 조치를 취하지 않았고, 또한 쟁점토지를 직접 사용하였다고 주장하는 이동식 관측장비의 사용은 일시적일 뿐만 아니라 당초 취득 당시 제출한 사업계획서상의 터널건설 및 시추공 관측소 등을 건설하기 위한 사전 준비에 지나지 않고, 청구법인이 주장하듯이 2018년에 공중음파 관측소를 확정하여 설치할 계획인 것이 확인되는 만큼 학술연구단체가 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보인다. 또한, 청구법인이 취득한 쟁점토지를 1년 이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지에 대해 살펴보면, 정당한 사유의 판단기준은 법령에 의한 금지․제한 등 당사자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인한 것이나 부동산을 사업용 건축물의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 당해 용도에 사용할 수 없는 내부적 사유 등을 말하는 바, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정부와의 협의하에 진행하고 있는 사안이라는 것을 정당한 사유라고 주장하나 그에 대한 협의 내용 등 구체적인 진행상황에 대한 내용 및 근거가 없어 청구법인이 쟁점토지를 1년 이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵고, 청구법인은 2018년에 쟁점토지에 고정형 공중음파 관측소 10개소 및 이동식 지진파 관측소 1개소를 설치할 계획이며, 이를 위해 2017년까지 주변음파특성을 파악하는 사전준비 및 다년간의 평균자료가 필요하였다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격히 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 취득한 후 1년 유예기간 내에 직접 사용하였는지와 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 제8조 제1항에 따라 지질과학 연구, 지질자원 기반정보 구축, 제공 및 지반, 지하공간의 효율적 이용 연구개발, 지진, 지질재해 및 지구환경변화 대응 연구개발 등을 목적으로 설립된 연구기관으로서 지진발생의 사전예측 및 OOO 관측 등의 업무를 고유목적사업으로 하고 있고 그동안 미군이 수행하던 포괄적OOO의 국내 유일 OOO관측망인 OOO관측소의 관측업무를 청구법인이 2015.1.1. 인수하면서 정부로부터 출연금을 받아 미군기지에 연접한 이 건 토지를 취득하였다. (나) 취득신고서 및 지방세 감면신청서에 의하면, 청구법인은 2014.4.30. 및 2014.12.30. 이 건 토지를 OOO원으로 취득한 후 취득세 등 OOO원을 감면받았으며, 감면신청서상 사업계획서의 사업목적으로 한·미 이관 OOO 탐지시설 환경개선사업의 일환으로 OOO관측망의 지진계측기 시험과 검증을 위한 터널건설 및 시추공 관측소 등의 시설물 설치용 부지 활용으로 기재되어 있다. (다) 청구법인은 이 건 토지 중 OOO 지상 위에 연면적 3,495.92㎡인 연구소 신축을 위해 2015.11.9. 착공하여 2017.10.23. 사용승인 받은 사실 건축물대장에 나타나며, 현재 직원 8명이 상주근무하고 있다. (라) 처분청(신속허가과-11444, 2017.9.21.)의 건축허가(변경3차) 통보OOO에 의하면, 건축물대장에 기재되어 있는 연구소의 대지면적은 9,279㎡이며, 개발행위허가 세부내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 개발행위허가(협의) 내역 (마) 처분청이 2018.4.6. 현지 확인 후 작성한 조사서 및 첨부된 사진에 의하면, 쟁점토지는 취득 당시 그대로의 토지 형태이며 고유업무에 직접 사용하였다고 할 만한 사실이 확인되지 아니하였다고 기재되어 있다. (바) 청구법인은 쟁점토지상의 OOO관측망은 국내 유일의 OOO관측망으로서, OOO관측망은 관측업무 특성상 다른 소음과 구분하기 위하여 주변 민가 및 상가 등과 떨어진 지역에 위치하여야 하고, 토지정착면적은 크지 않고 넓은 지역에 관측소를 설치 운영하여야 하는 특성이 있고, 목적사업에 사용여부는 목적사업의 특성을 고려하여 그 사용여부를 판단하여야 하며, 단지 일률적으로 쟁점토지 지상에 고정건축물이 존재하느냐 여부만을 가지고 판단해서는 안되고, 쟁점토지는 종전에 미군이 수행하던 장소와 인접한 지역에 위치하여야 한다는 정부방침에 따라 취득한 것이며, 지진연구센터의 고정관측소간 적정거래에 대한 검토의견에 의하면, 관측센서를 많이 설치하면 좋겠지만 비용 효율적 측면에서 현재의 설치 숫자가 적정하며, 관측소간 거리를 떨어뜨려 놓은 것은 배경 잡음을 상쇄시키고 신호는 선명하게 할 필요가 있어서 관측소간 거리를 유지하는 것이며, 이는 연구 수행을 통해 경험적으로 결정한 것이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 정부출연연구기관으로서 미군으로부터 OOO관측업무를 인수하여 정부출연금으로 이 건 토지를 취득하여 이동식 관측소를 설치·운영하였고 유예기간 내에 이동식 관측소를 설치하였으며 정부와의 협의 하에 고정식 관측소를 설치하기 위한 노력을 기울였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간에 임박하여 이 건 토지상에 건축공사를 착공하여 건축하였으나, 쟁점토지상에는 유예기간 내에 해당 목적으로 사용하기 위한 어떠한 행위를 한 것인지 객관적으로 확인되지 아니하고, 유예기간이 지난 2018년 이후 고정식 관측소를 설치한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지에 이동식 관측소를 설치하였다고 하나 언제 어디에 설치하여 운영하였는지 확인되지 아니하고 설령 설치하였다 하더라도 이는 고정식 관측소를 설치하기 위한 준비행위에 불과하다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 목적에 직접 사용하였다고 보기 어렵다고 판단된다. 또한, 정당한 사유의 판단기준은 법령에 의한 금지․제한 등 당사자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인한 것이나 부동산을 사업용 건축물의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 당해 용도에 사용할 수 없는 내부적 사유 등을 말하는 바, 청구법인은 정부와의 사업변경 등 협의 내용의 증빙을 제시하지 못하는 점, 사업예산의 확보 문제는 청구법인의 경영에 대한 내부적인 사유로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.