쟁점시설은 청구법인이 주로 사용하였고, 일부에 대해 의료관련 학회 등의 학술연구 등의 용도로 최소 실비수준만을 받고 대관하였으므로 이를 병원용도 이외 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2011지0204 / 조심2016지0090

[주 문] 경기도 성남시장(분당구청장)이 2018.8.16. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.6.29. 경기도 성남시 분당구 OOO 외 1필지 소재 토지 45,727.9㎡ 및 건축물 79,826.5㎡(명칭: OOO파크, 지상 4층․지상 7층, 이하 “이 건 ①부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조의 규정에 따른 고유업무(병원용 등)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았고, 2016.2.17. 이 건 ①부동산 중 건축물 부분(79,083.21㎡, 이하 “이 건 ②부동산”이라 하고, 이 건 ①부동산과 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)에 대해 리모델링(대수선) 공사를 완료한 후, 2016.4.15. 청구법인이 병원용도로 사용하는 부분(62.84%)에 대해서는 같은 법 제37조의 규정에 따라 감면을 받고, 나머지 임대부분(37.16%)에 대하여는 2016.4.18. 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2018년 6월경 청구법인이 병원용도로 감면을 받은 이 건 부동산 중 건축물 3,194.46㎡ 및 부속토지(대강당, 세미나실 등 및 주차장 등 공용부분 포함, 이하 “쟁점시설”이라 한다)를 유료로 제3자에게 대관하고 있는 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점시설을 지방세특례제한법제178조 제2항 제2호에 따른 고유목적(병원용)에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2018.8.16. 청구법인에게 쟁점시설의 취득가액(대수선비용 포함) OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2016년부터 2018년까지의 기간 동안 청구법인이 쟁점시설을 사용한 실태를 보면, 청구법인은 쟁점시설을 서울대학교병원의 의료종사자 교육, 연구 및 간담회 등의 목적으로 주로 사용(71~87%)하였고, 나머지 잉여 부분(13~29%)에 대해서도 청구법인이 무분별하게 불특정 다수에게 대관한 것이 아니라 자체 심의를 거쳐 주로 병원용도와 관련한 의료 학회와 국가․지방자치단체 등에게만 대관을 승인하였으며, 대관료도 시설유지비, 건축물 감가상가비, 인건비 등의 비용 등을 고려하여 최소한의 실비 수준으로만 받았다. 또한, 청구법인이 쟁점시설의 대관으로 인해 얻는 수익보다 매년 손실을 기록하여 쟁점시설 관리 등에 추가 비용이 발생하고 있는 실정임에도, 청구법인이 쟁점시설을 제3자에게 일부 대관을 하였다는 이유만으로 청구법인이 고유 업무인 병원용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 직접 사용이란 부동산의 소유자인 청구법인이 소유주체로서 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 것(헌법재판소 2018.1.25. 선고, 2015헌바277, 같은 뜻임)이며, 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 사용하는지 여부는 당해 비영리사업자의 사업 목적과 부동산 취득 목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2008.6.12. 선고, 2008두368, 같은 뜻임)이고, 지방세특례제한법제37조에서 공공의료기관이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 공공의료기관의 고유업무에 전용되는 것에 한정되고 그 이외의 용도에 겸용하는 경우에는 감면대상에서 제외되는 것(조심 2011지204, 2011.9.30. 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점시설을 외부인에게 대관하고 있는 이상 하나의 부동산에 복수의 사용주체를 인정함으로서 다수가 하나의 부동산을 직접 사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 되므로, 쟁점시설에 대해 직접 사용의 주체인 청구법인 이외의 외부 연구 및 학술단체에게 대관하여 사용하는 것까지 청구법인이 쟁점시설을 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인의 쟁점시설 대관규약을 보면, 대관승인 기준, 대관료 및 대관시간 등을 정하여 외부에 유료(연중무휴)로 대관하고 있는 점, 대관료 이용료도 다른 외부시설과 비교할 때 현저히 낮다고 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인은 쟁점시설을 병원용도 외에 다른 용도로 사용한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점시설은 청구법인이 주로 사용하였고, 일부에 대해 의료관련 학회 등의 학술연구 등의 용도로 최소 실비수준만을 받고 대관하였으므로 이를 병원용도 이외 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 사업자등록을 보면, 사업장 소재지를 경기도 성남시 분당구 OOO으로, 업태는 보건·제조·부동산업으로 하여 2003.3.1., 사업을 개시한 것으로 기재되어 있다. (나) 청구법인이 개설한 홈페이지(https://hip.snubh.org, 헬스케어혁신파크)을 보면, 쟁점시설 대관과 관련하여 대관시간은 연중무효로하고, 대관용도는 교육시설로, 대관료는 기본 3시간당 OOO원에서 OOO원까지로 기재되어 있다. 세부 대관료 현황은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점시설의 대관료 현황 (다) 청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지의 기간 동안의 쟁점시설 대관현황 자료를 보면, 이용건수 대비 2016년 13%, 2017년 27.5%, 2018년 19%, 대관수입 대비 2016년 32.5%, 2017년 43.7%, 2018년 36.1%를 청구법인 외의 자에게 대관한 것으로 나타난다. 쟁점시설 세부 이용현황은 다음의 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 2016년부터 2018년까지 쟁점시설 운영현황 (단위: 원) (라) 청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지의 기간 동안의 쟁점시설을 순손익 계산서를 보면, 2016년에 △OOO원, 2017년에 △OOO원, 2018년에 △OOO원의 손실이 발생하였다고 기재되어 있다. 년도별 세부내역은 다음의 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 년도별 쟁점시설 순손익 현황 (마) 청구법인은 처분청 관내 종합병원, 기타 대관료를 받는 시설과 쟁점시설간의 대관료 사용현황을 비교하기 위해 좌석당 기본 3시간 사용요금을 기준으로 산정한 자료를 보면, 쟁점시설 좌석당 대관료 OOO원 대비 병원시설은 OOO원, 기타 시설은 OOO원에서 OOO원까지 대관료를 각각 받는 것으로 기재되어 있다. 각 시설별 대관료 산정현황은 다음의 ＜표4․5＞와 같다. ＜표3＞ 처분청 관내 종합병원 대관료 산정 현황 ＜표5＞ 처분청 관내 유사시설 대관료 산정 현황 (바) 청구법인의 쟁점시설에 대한 대관 규약 제3조 및 제4조를 보면, 정기대관(년 1회 공지), 수시대관을 하며, 대관 대상 기관으로 정부, 지방자치단체, 학술연구단체 등으로 규정하고 있다. 세부 규약내용은 다음과 같다. 헬스케어혁신파크 대관 규약(주요내용 발췌) 제1조(목적) 이 규정은 행사를 주최하는 ‘대관자가 HIP 시설을 대관하여 사용하는 것에 대한 규칙을 규정함으로써 원만하고 효율적인 운영을 목적으로 한다. 제3조(대관의 종류) HIP 대관의 종류는 아래의 각 항으로 한다.

1. 정기대관: 년 1회 공지를 통해 접수 (12월)

2. 수시대관: 당해 연도 행사는 수시 접수한다 제4조(대관신청) 1) 시설, 설비를 대관 받고자 하는 자는 ‘대관신청서’ 작성과 ‘사업자등록증’ 사본을 제출하여야 하며, HIP가 요청하는 경우 ‘행사계획서’, ‘공연자등록증’을 제출해야 한다. (단서생략)

2. 대관계약 후 추가되는 일정 및 부대시설 사용은 HIP에 기 제출한 서류로 갈음한다. 제5조(대관승인 기준) 1) HIP 시설 대관 시 우선순위

• 가) 정부, 지자체 공식 행사
• 나) 분당서울대학교병원 공식행사
• 다) 국제 의학 학술대회
• 라) 국내 정규 의학 학술대회

2. 그 외에 대관 일정이 경합 시에는 다음 각 호의 기준에 따른다.

• 가) 일정이 경합 시에는 의학관련 행사를 우선 대관한다.
• 나) 단체(학회)와 개인 간 경합일 경우에는 단체(학회)에 우선 대관한다.
• 다) 전년도 행사시 대관질서를 위반한 단체는 차기년도 대관 시 타 단체와 경합할 경우 위반단체보다 타 단체를 우선 대관한다.
• 라) 수시 대관의 경우 위의 각 호를 준용하되, 내부 심사에 의해 최종 결정한다.
• 마) 기타의 경우 HIP가 별도로 정한 바에 따른다. 제7조(대관료) 1) 대관료는 매년 인건비, 시설유지비, 감가상각비 등 물가를 고려하여 HIP측에서 정한다.(별표 2)

2. 대관자는 대관이용에 대한 납부원서 수령 후 1주일 내에 대관료의 전액을 납부해야 한다. 제11조(대관시간) 1) HIP 대관시설은 연중무휴로 07시～22시까지를 정규대관시간으로 정한다. 정규대관시간 이 외의 시간에 대관할 경우에는 HIP와 협의한다.

2. 준비 및 철수 시간은 HIP와 협의하여 타 입주업체에 최대한 피해가 가지 않도록 한다.

3. HIP 대관시설의 기본사용시간은 3시간 이상부터 사용가능하다. (사) 청구법인은 2019.4.22. 추가의견서를 통해 쟁점시설은 청구법인이 주로 사용하고 있으며, 청구법인이 사용하지 않는 시간대에 의료연구단체 및 학회에 일시적으로 대관이 이루어진 것으로, 청구법인이 대관에 대한 규약 및 홈페이지를 개설하고 있으나 이는 전담부서가 없음에도 대관 문의가 계속되어 이를 안내하기 위한 것이지 대관을 사업을 위해 개설한 것은 아니라며 다음과 같이 주장하고 있다.

1. 쟁점시설은 청구법인의 임직원 교육수련에 주로 사용하기 위해 만들어진 것으로, 2016.5월부터 이용되기 시작하였으며, 청구법인의 교육수련팀 내 의학미디어부서에서 시설의 이용과 관련된 모든 부분을 담당하고 있다.

2. 청구법인은 쟁점시설을 임직원의 교육수련에 사용하면서 청구법인이 사용하지 않는 시간대에 한해 의료학술대회를 주최하는 연구단체·학회 등에 일시적으로 대관하고 있다.

3. 청구법인은 대관을 사업으로 하고 있지 않아 따로 전담부서를 운영하지 않고 있으며, 교육수련팀 내에서 쟁점시설의 이용을 담당하고 있던 중 대관 관련 문의가 계속되어 교육수련 업무에 지장이 발생하자 2016.7. 대관 문의를 해소하고자 규약 및 홈페이지를 만들어 공개하였다 (아) 청구법인이 개설한 쟁점시설 이용관련 홈페이지를 보면, 일자별로 쟁점시설 예약현황이 게시 되어있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴 본다. (가) 지방세특례제한법제37조에서 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 100을 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 서울대학교병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교병원를 규정하고 있으며, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. 한편,서울대학교병원설치법제6조에서 대학병원은 다음 각 호의 사업을 한다고 규정하면서 그 제1호에서 국립대학법인 서울대학교 의학계 학생의 임상교육(臨床敎育)을, 그 제2호에서 전공의의 수련과 의료 요원의 훈련을, 그 제3호에서 의학계 관련 연구를, 그 제4호에서 임상연구를, 그 제5호에서 진료사업을, 그 제6호에서 공공보건의료에 관한 법률제2조 제2호에 따른 공공보건의료사업을, 그 제7호에서 그 밖에 국민보건 향상에 필요한 사업을 각각 규정하고 있다. (나) 공공의료기관이 부동산을 다른 부동산과 마찬가지로 의료목적의 용도로 주로 사용하면서 유휴시간대를 활용하여 국가, 지방자치단체, 의료학회 등에게 일시적으로 대관한다 하더라도 해당 부동산을 의료용 부동산이 아니라고 단정하기는 어렵다 할 것(조심 2016지90, 2016.8.24., 같은 뜻임)이고, 위의 공공의료기관 등이 부동산을 그 사업에 사용하는지 여부는 당해 공공의료기관 등의 사업 목적과 부동산 취득 목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2008.6.12. 선고, 2008두368, 같은 뜻임)이다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점시설을 외부인(제3자)에게 유료로 대관하고 있으며, 대관료도 인근 시설에 비해 차이가 없어 청구법인은 쟁점시설을 고유목적 사업(병원용) 이외의 다른 용도로 사용하고 있으므로 추징대상에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지 쟁점시설 이용현황을 보면, 청구법인이 직접 사용한 비율이 72.5%에서 87%까지로 나타나고 있어 전반적으로 이 정도 비율이면 청구법인이 쟁점시설을 주로 사용한 것으로 보이는 점,서울대학교설치법제6조에서 규정하는 임상교육, 의료요원 훈련, 임상연구 등의 고유목적 사업으로 쟁점시설이 공여되고 있는 점, 청구법인이 쟁점시설을 주로 사용하면서 유휴시간을 활용하여 의료관련 단체 학술 등의 용도로 일부 대관(13%~27.5%)을 하였다고 하여 청구법인이 쟁점시설을 고유업무에 직접 사용하지 않았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점시설을 다른 용도에 사용한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란법인세법제3조제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제37조(공공의료기관에 대한 감면) 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을 각각 경감한다. 1.서울대학교병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교병원 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 서울대학교병원설치법 제6조(사업) 대학병원은 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 국립대학법인 서울대학교(이하 "서울대학교"라 한다) 의학계 학생의 임상교육(臨床敎育)

2. 전공의(專攻醫)의 수련과 의료 요원의 훈련

3. 의학계 관련 연구

4. 임상연구

5. 진료사업

6. 공공보건의료에 관한 법률 제2조제2호에 따른 공공보건의료사업

7. 그 밖에 국민보건 향상에 필요한 사업