[요지] 청구법인은 축산물 가공업을 영위하는 사업자로 2015.8.21. 쟁점건축물에 대하여 증축허가를 받은 후 2015.12.11. 착공하여 조례 개정 이전에 쟁점건축물의 취득을 위한 원인행위를 한 점, 쟁점건축물은 농수산물가공품의 생산을 업으로 하는 청구법인이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로서 개정전 조례 제4조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 취득세 등은 개정후 조례 부칙 제2조 및 개정전 조례 제4조 제1항 제2호에 따라 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] OOO시장이 2018.3.19. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품을 생산하는 회사로서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 쟁점건축물을 증축하였고, 해당 건축물은 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지로 지정받지 않은 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 도계 등 축산물 가공업을 영위하는 사업자로서 OOO 외 16필지에서 2015.8.21. 쟁점건축물에 대하여 증축허가를 받았다. (나) 청구법인은 2015.12.11. 쟁점건축물을 착공하여 2017.9.7. 처분청으로부터 해당 건축물(기존 4,294.91㎡, 증축 16,423.30㎡, 합계 20,718.21㎡)에 대하여 동식물 관련시설(도계장)으로 하여 임시사용승인을 받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점건축물의 사용승인을 득한 후 2017.11.28. 등에 해당 건축물에 대하여 지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용할 목적으로 취득세 등의 100분의 50인 OOO원을 기한후 신고ㆍ납부하였다. (라) 청구법인은 2018.3.8. 쟁점건축물이 개정전 조례 제4조 제1항 제2호에 따른 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산에 직접 사용되는 부동산이므로 기납부한 취득세 등 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2018.3.19. 이를 거부하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 개정후 조례 제4조 제1항 제2호에서 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자가 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제50조 제1항 또는 수산업ㆍ어촌 발전 기본법제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조례 부칙 제2조에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 또한, 개정전 조례 제4조 제1항 제2호에서 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다. 처분청은 이 건 취득세 등이 면제대상이 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부하였으나, 개정후 조례 부칙 제2조에 규정된 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다는 일반적 경과규정은 개정전 조례 시행 당시 취득을 위한 원인행위를 한 경우 등에는 개정후 조례의 시행 이후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미인 점(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 같은 뜻임), 개정전 조례 제4조 제1항 제2호에서 식품산업진흥법 제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 축산물 가공업을 영위하는 사업자로 2015.8.21. 쟁점건축물에 대하여 증축허가를 받은 후 2015.12.11. 착공하여 조례 개정 이전에 쟁점건축물의 취득을 위한 원인행위를 한 점, 쟁점건축물은 농수산물가공품의 생산을 업으로 하는 청구법인이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로서 개정전 조례 제4조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 취득세 등은 개정후 조례 부칙 제2조 및 개정전 조례 제4조 제1항 제2호에 따라 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법 제11조[농업법인에 대한 감면] ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.
② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.(중략)
(2) 농업농촌식품산업진흥법 제50조[농촌지역산업의 진흥 및 개발] ① 국가와 지방자치단체는 농촌주민의 소득 증대와 농촌 경제의 활성화를 위하여 농촌 산업단지의 조성 및 지역특산품 생산단지의 육성과 농산물 가공업, 전통식품산업, 전통놀이산업을 비롯한 농업 관련 산업의 육성 등에 필요한 정책을 세우고 시행하여야 한다.
(3) 식품산업진흥법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.(중략) 2의3. “농수산물”이란 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제6호 가목에 따른 농산물과 수산업·어촌 발전 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다. 제19조의3[농산물가공품 생산 등의 지원] ① 농림축산식품부장관은 농산물을 세척·박피(薄皮)·절단 등 단순가공하거나 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 식품 및 민속예술품(이하 "농산물가공품"이라 한다) 생산을 업으로 하거나 하려는 자에 대하여 농산물가공품의 생산 및 개발, 전문판매점의 설치·운영, 수출의 촉진, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 필요한 자금을 지원할 수 있다(중략)
(4) 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “농수산물”이란 다음 각 목의 것을 말한다.
② 국가와 지방자치단체는 농촌의 지속가능한 발전과 농촌주민의 소득을 높이기 위하여 지역개발에 참여하는 주민, 지방자치단체 공무원, 지역개발 전문가 등에 대한 교육, 훈련, 컨설팅 등에 필요한 정책을 세우고 시행하여야 한다.
(5) 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조[농업의 범위] 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)
2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)
3. 임업: 육림업(자연휴양림ㆍ자연수목원의 조성ㆍ관리ㆍ운영업을 포함한다), 임산물 생산ㆍ채취업 및 임업용 종자ㆍ묘목 재배업 제5조[농수산물의 범위] ① 법 제3조 제6호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
② 법 제3조 제6호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 수산업ㆍ어촌 발전 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
(6) 충청남도 도세감면 조례(2017.6.30. 조례 제4260호로 개정된 것) 제4조[지역특산품생산단지 등에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제50조 제1항 또는 수산업ㆍ어촌 발전 기본법제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에 소재하는 부동산을 취득하는 경우와 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우는 제외한다)에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
1. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제50조 제1항 또는수산업ㆍ어촌 발전기본법제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자
2. 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자
3. 식품산업진흥법 제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자(이하 중략) 부칙 ＜조례 제4260호, 2017.6.30.＞ 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제5조 및 제7조의2, 제8조의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 적용한다. 제2조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종건의 규정에 따른다.
(7) 충청남도 도세감면 조례(2017.6.30. 조례 제4260호로 개정되기 전의 것) 제4조[지역특산품생산단지 등에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에 소재하는 부동산을 취득하는 경우와 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우는 제외한다)에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
1. 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자
2. 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자
3. 식품산업진흥법 제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자(중략)