자기주식을 제외한 나머지 주식을 기준으로 주식소유 비율을 계산하여 과점주주 취득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO 소재 주식회사 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 대표이사로서, 이 건 법인의 발행주식 33,000주(전체 발행주식 100,000주의 33%)를 소유하던 중 2016.10.4. 청구인이 대표이사로 있는 OOO가 이 건 법인의 발행주식 17,000주(17%, 이하 “이 건 주식”이라 한다)를, 이 건 법인이 자기주식 10,000주(10%)를 각 취득하였다.
• 나. 처분청은 OOO가 2016.10.4. 이 건 주식을 취득함에 따라 청구인과 특수관계인 OOO가 이 건 법인 발행주식(자기주식 10,000주를 제외한 나머지 90,000주)의 55.56%(청구인: 36.67%, OOO: 18.89%)를 소유한 과점주주가 되었으나 과점주주 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2018.8.16. 청구인 및 OOO에게 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 법인장부가액 OOO원에 청구인과 OOO의 주식소유비율인 55.56%를 곱하여 산정한 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제15조 제2항 제3호에 따른 특례세율(2%) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함)을 청구인과 OOO의 각 소유지분(청구인: 36.67%, OOO: 18.89%)으로 안분하여 각각 부과·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 행정자치부 세정-4379(2004.12.2.)에 따르면 비상장주식을 50% 소유하고 있다가 37.5%를 추가로 취득함과 동시에 나머지 12.5%를 법인이 자기주식으로 취득할 경우 지방세법 시행령제78조 제1항에 따라 기존 보유주식(50%)과 추가 취득주식(37.5%)의 합계(87.5%)에 대해서만 과점주주 취득세 납세의무가 있다고 질의회신하고 있는바, 자기주식을 취득한 때에는 자기주식을 제외한 주식의 지분율이 100%에 해당된다고 하더라도 과점주주의 취득세 납세의무는 실제 취득분에 한정하는 것으로 해석할 수 있고, OOO 세제-18438(2016.12.29.)에 따르면 법인이 의결권 없는 자기주식을 취득하는 경우에 과점주주의 지분율은 자기주식이 주식총발행수에서 제외됨에 따라 간접적으로 증가하는데 불과하여 지방세법제7조 제5항의 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때”에 해당하지 아니하므로 취득세 납세의무가 없다고 회신하고 있다. 이 건의 경우 이 건 법인의 자기주식의 취득과 OOO의 이 건 법인의 발행주식 취득이 동시에 이루어졌으나, 위 두 취득이 서로 다른 시기에 이루어진 경우를 가정한다면 ① 이 건 법인이 자기주식을 먼저 취득한 경우, 이 건 법인의 자기주식 취득시 청구인의 지분율은 36.67%(자기주식을 총 발행주식에서 제외)로 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하고, 이후 OOO의 주식 취득시 청구인과 OOO의 지분율 합계가 55.56%가 되어 취득세 납세의무가 성립할 수 있게 되나, ② OOO가 주식을 먼저 취득한 경우, OOO의 주식 취득시 청구인과 특수관계인의 지분율이 50%가 되어 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하고, 이후 이 건 법인의 자기주식 취득으로 청구인과 OOO의 지분율이 55.56%(자기주식을 총 발행주식에서 제외)가 되었을 때에는 위 OOO 세제-18438(2016.12.29.) 질의회신에 따라 과점주주의 지분율이 간접적으로 증가한 것에 불과하여 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않게 되는바, 어떤 거래가 먼저 일어났는지에 따라 과세여부가 달라질 수 있다면 동일한 시점에 일어난 두 사건에 대하여 마땅히 납세자가 유리하게 선택할 수 있어야 하는 것으로서, OOO가 이 건 법인의 주식을 먼저 취득하고 이후 이 건 법인이 자기주식을 취득한 것으로 보아 위 ②와 같이 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는다고 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 과점주주 취득세는 법인의 과점주주가 되면 법인 자산에 대하여 사실상 지배력을 취득하게 되므로 과점주주가 되거나 과점비율이 증가할 때 과점주주가 과점비율만큼 법인의 자산을 취득한 것으로 보아 취득세를 과세하는 것으로서, 지방세기본법제47조 제2호에 따라 의결권이 없는 자기주식을 주식 발행총수 등에서 제외하여 과점주주에 대한 취득세 등의 과세표준 등을 산정하는 것이 타당하므로 과점주주 비율을 산정함에 있어 회사의 자기주식을 제외하고 산정하여야 할 것이다. 따라서 OOO와 이 건 법인이 같은 날 이 건 법인 발행주식을 각 취득함에 따라 이 건 법인의 자기주식을 제외한 나머지 90,000주 중 청구인과 OOO 소유의 주식 50,000주가 차지하는 비율이 55.56%에 달하게 되었으므로 청구인과 OOO가 이 건 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되어 과점주주 취득세 등 납세의무가 성립된 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 자기주식을 제외한 나머지 주식을 기준으로 주식소유 비율을 계산하여 과점주주 취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 이 건 법인은OOO에서 의료용기구 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2016.12.31. 현재 이 건 법인의 부동산 등 자산현황은 다음 ＜표1＞과 같다. OOO (나) OOO는 청구인이 대표이사로 재직하고 있는 법인으로서, 청구인과 지방세기본법 시행령제2조의2 제3항 제1호 등에 따른 특수관계인에 해당하는 것으로 판단된다. (다) 이 건 법인은 2016.10.4. 이 건 법인의 발행주식 37,000주를 보유하고 있던 OOO로부터 자기주식 10,000주를, OOO는 같은 날 위 OOO로부터 이 건 법인의 발행주식 17,000주를 각 취득하였고, 주주등변동상황명세서에 나타나는 이 건 법인의 주주 현황 및 지분 변동내역은 다음 ＜표2＞와 같다. OOO (라) 처분청은 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 법인장부가액 OOO원에 청구인과 OOO의 주식소유비율인 55.56%를 곱하여 산정한 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제15조 제2항 제3호에 따른 특례세율(2%) 등을 적용하여 다음 ＜표3＞과 같이 산출한 취득세 등 합계 OOO원(무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함)을 2018.8.16. 청구인 및 OOO에게 각각 소유지분(청구인: 36.67%, OOO: 18.89%)으로 안분하여 부과·고지하였다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제7조 제5항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고, 지방세기본법제47조는 제2호는 과점주주를 “주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들”로 규정하고 있으며, 같은 조 각 호 외의 부분 단서 규정에서 발행주식 총수에 대하여 “의결권이 없는 주식은 제외”하도록 규정하고 있다. 청구인은 이 건 법인의 자기주식 취득으로 인하여 청구인과 OOO가 간접적으로 이 건 법인의 과점주주가 된 것에 불과하다는 취지로 주장하나, 지방세기본법제47조 각 호 외의 부분 단서규정에서 같은 조를 적용할 때 발행주식 총수에서 의결권이 없는 주식을 제외하도록 규정하고 있고, 과점주주에 대한 간주취득세는 법인이 과점주주가 되면 실질적으로 주식발행 법인에 대한 지배권을 장악하기 때문에 이를 행사할 수 있는 한도(소유주식 비율) 내에서 해당 법인의 과세물건을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 과세하는 데 그 취지가 있어 의결권이 없는 자기주식을 주식발행총수 등에서 제외하여 과점주주 해당 여부 등을 판단하는 것이 타당한 점, OOO와 이 건 법인이 2016.10.4. 이 건 법인의 발행주식 각 17,000주(OOO), 10,000주(이 건 법인) 씩을 취득하였고 이에 따라 같은 날 청구인과 OOO가 이 건 법인의 자기주식(10,000주, 10%)을 제외한 나머지 발행주식(90,000주)의 55.56%(청구인: 36.67%, OOO: 18.89%)를 소유한 과점주주가 된 사실이 확인되는 점, OOO의 이 건 주식 취득과 이 건 법인의 자기주식 취득이 같은 날 발생했음에도 불구하고 청구 주장과 같이 OOO의 이 건 주식 취득이 먼저 발생하였다고 인정할 아무런 근거가 없는 점 등에 비추어, OOO가 2016.10.4. 이 건 주식을 취득함에 따라 청구인과 OOO가 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 과점주주 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 일부개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.

(2) 지방세기본법(2016.12.27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제47조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(3) 지방세기본법 시행령(2017.3.27. 대통령령 제27958호로 전부개정되기 전의 것) 제2조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제34호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

② 법 제2조 제34호 나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람

3. 제1호 및 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제34호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

• 가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인
• 나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

• 가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우
• 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

2. 비영리법인인 경우

• 가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우
• 나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우 제24조(2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위) ② 법 제47조 제2호에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 유한책임사원과 제2조의2의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.