청구법인이 취득한 쟁점주식이 특수관계자간의 내부거래에 해당하여 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.12.9. 주식회사 OOO(이하 “주식발행법인”이라 한다)의 주식 120,000주 중 청구법인의 대표이사 민OOO이 68,000주(과점주주 56.67%), 청구법인의 직원 경OOO 및 양OOO이 각 6,000주와 46,000주를 소유한 상태에서 민OOO으로부터 68,000주, 경OOO과 양OOO으로부터 각 6,000주와 10,000주 합계 84,000주(지분율 70%, 이하 “이 건 주식거래”라 한다)를 양수받아 청구법인을 기준으로 한 과점주주 지분율이 56.67%에서 100%로 증가(지분 증가율 44.33%)하였고, 과점주주 취득세 등을 신고․납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 2018.10.5. 청구법인에게 과점주주 지분 증가율(44.33%)에 해당되는 장부가액(OOO원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 과점주주에 대한 간주 취득세 부과는 주식의 이전이 있는 경우를 전제로 이전 전후의 과점주주 비율을 비교하여 주식보유비율 증가가 있는 경우 부과요건이 충족되는 것으로, 처분청은 청구법인이 민OOO으로부터 취득한 주식에 대하여는 청구법인과 민OOO 간에 이미 경제적 연관관계가 형성되어 있어 동일한 과점주주 집단에서 주식을 취득한 관계로 과세대상이 되지 않는다고 판단한 반면에 경OOO과 양OOO으로부터 취득한 주식 부분에 대하여는 과점주주 비율이 증가한 것으로 판단하였으나, 민OOO 뿐만 아니라 경OOO, 양OOO도 이 건 주식거래일인 2016.12.9. 이전인 2015.8.1.에 청구법인과 이미 경제적 연관관계에 의한 특수관계자로서 과점주주 집단에 속한 개인 주주들이었다. 특수관계 여부는 주식의 이전이라는 사실에 의하여 형성되는 것이 아니라 경제적 연관관계가 형성되는 시점에서 발생되는 것으로, 처분청이 청구인과 민OOO 간에는 경제적 연관관계가 형성되는 시점에서 특수관계가 발생된 것으로 본 반면 경OOO과 양OOO의 주식 취득에 대하여는 주식이 양도․양수되는 시점에서 특수관계가 형성된 것으로 판단하였고, 이 건 주식거래에 따른 양OOO의 주식 잔여분 30%는 기존 주식 38.3%에서 8.3%를 청구법인에게 양도하고 남은 잔여주식 비율이라 할 것으로, 양OOO의 경우 주식을 양도하여 오히려 주식 취득이 없이 자신의 잔여 주식비율이 감소된 것임에도 불구하고 과점주주 취득세가 부과되는 모순이 발생되고 있는바, 이는 주식의 취득이라는 사실을 기초로 발생되는 과점주주의 간주 취득세 취지에 반하는 것으로 민OOO을 제외한 개인주주 2인의 주식보유비율을 청구법인이 주식을 취득한 시점에서 판단하여 발생하는 오류이다. 따라서 청구법인의 이 건 주식거래에 따른 취득은 과점주주 집단에 속해있던 주주가 아닌 상태에서 새로이 주주가 된 것으로 개인주주 3인의 주식 양도는 경제적 연관관계가 있는 동일한 과점주주 집단이 청구법인에게 주식을 양도한 것으로서, 이전 전이나 이전 후 과점주주 집단의 주식보유비율의 변동이 없어 과점주주 간주 취득세 과세대상이 되지 않는다고 하겠으므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015.8.1. 당시 주식발행법인에게 출자하지 아니하였으므로 청구법인의 소속 대표이사, 상무이사가 출자하더라도 특수관계가 성립하지 아니한다. 즉, 청구법인이 주식발행법인에게 출자한 것이 아니므로 3인 개인주주 간의 혈족, 친족 관계로서 과점주주를 판단해야 할 것이고, 3인 개인주주 간 친족관계가 없으므로 특수관계가 성립하지 않아 증자로 보유주식 지분율이 50%를 초과한 지배주주인 민OOO에게 최초로 과점주주가 성립한 것으로 보아야 한다. 2016.1.1. 기준으로 청구법인의 주식등변동상황명세서를 살펴보면 주식발행법인의 주주 민OOO이 청구법인의 100% 과점주주로서, 주식발행법인과 청구법인 간에 특수관계가 성립됨을 확인할 수 있고, 청구법인이 2016.12.9. 개인주주 3인으로부터 이 건 주식거래를 통하여 주식발행법인에게 처음으로 출자를 하였는바, 청구법인 기준으로 개인주주 3인은 ‘임원과 그 밖의 사용인’ 관계에 있는 자로서 특수관계가 성립되므로 2015.9.19. 과점주주 지분율이 56.67%에서 2016.12.9. 100%로 지분이 증가하였으므로, 그 증기한 비율인 43.33%에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 취득한 쟁점주식이 특수관계자간의 내부거래에 해당하여 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세기본법(2015.5.18. 법률 제13293호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

• 가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계
• 나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계
• 다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 제47조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 지방세기본법 시행령(2015.5.18. 대통령령 제26242호로 개정된 것) 제2조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제34호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

② 법 제2조 제34호 나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람

3. 제1호 및 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제34호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

• 가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인
• 나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

• 가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우
• 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

(3) 지방세기본법 제2조 제34호 기본통칙 47···2.2-3 [사용인 또는 그 밖의 고용관계에 있는 자의 범위] 법인의 특정주주 1인과 사용인 그 밖의 고용관계에 있지 않고 단순히 당해 법인의 임원과 사용인, 그 밖에 고용관계에 있는 주주는 그 특정주주 1인과는 지방세기본법 시행령제2조의2 제2항 제1호의 “임원과 그 밖에 사용인”에 해당되지 아니한다.

(4) 지방세법(2015.7.24. 법률 제13427호로 개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다.

(5) 지방세법 시행령(2015.7.24. 대통령령 제26438호로 개정된 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제47조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 해당 과점주주가 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 주식발행법인인 주식회사 OOO는 2013.10.15. 건강기능식품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 법인설립 당시의 총 발행주식수는 20,000주이며, 주주는 민OOO(청구법인의 대표이사이자 주식발행법인 사내이사) 8,000주(지분율 40%), 경OOO(주식발행법인 감사) 6,000주(지분율 30%), 양OOO(주식발행법인 대표이사) 6,000주(지분율 30%)로 되어 있다. (나) 청구법인은 2001.7.12. 의약품, 건강식품 원료 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 대표이사는 민병관이며, 위 경OOO과 양OOO은 2015.3.1.과 2015.8.1. 청구법인에 입사하였다. (다) 주식발행법인은 2015.9.19. 주식 100,000주를 유상증자하여 총 발행주식 수가 120,000주가 되었고, 주주 민OOO이 68,000주, 경OOO이 6,000주, 양OOO이 46,000주가 되었으며, 해당 3인 주주 간에는 친족관계 등 특수관계인에 해당하지 아니하여 민OOO이 최초로 과점주주(주식소유비율 56.67%)가 되었다. (라) 청구법인은 2016.12.9. 주식발행법인의 주주인 민OOO으로부터 68,000주, 경OOO과 양OOO으로부터 각 6,000주와 10,000주를 양수하여 합계 84,000주(지분율 70%)가 되었고, 청구법인을 기준으로 한 과점주주 지분율이 100%가 되었다. (마) 처분청은 2018.10.5. 청구법인에게 주식발행법인의 과점주주 지분이 종전 56.67%에서 100%로 증가된 것으로 보아 그 지분 증가율(44.33%)에 대하여 이 건 취득세 등을 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세법(2015.7.24. 법률 제13427호로 개정된 것) 제7조 제5항 본문은 간주취득세 납세의무에 관하여 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 여기서 과점주주란 지방세기본법제47조 제2호에 정한 바와 같이 주주 1인과 그와 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말하는바, 이와 같이 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하는 것이므로, 과점주주 사이에 주식 또는 지분이 이전되거나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식 또는 지분의 일부를 이전받아 새로이 과점주주에 포함되었다고 하더라도 일단의 과점주주 전체가 보유한 총주식 또는 지분의 비율에 변동이 없는 한 간주취득세의 과세대상이 될 수 없고, 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 소유 주식 또는 지분 전부를 이전받았다고 하더라도 달리 볼 것은 아니라 할 것(대법원 2007두6588 판결, 2008.2.29. 선고, 같은 뜻임)이다. 이 건의 경우, 청구법인이 2016.12.9. 이 건 주식거래를 하기 전에 주식발행법인의 주주인 민OOO이 주식을 56.67% 소유하여 1인의 과점주주가 된 상태에서 청구법인이 이 건 주식거래를 통하여 청구법인을 기준으로 한 과점주주의 주식소유비율이 청구법인의 직원 양기운의 주식소유비율(30%)과 합하여 100%가 됨으로써 과점주주 전체가 보유한 총 주식소유비율에 변동이 있게 되었는바, 그 과점주주 주식소유비율의 증가분(44.33%)에 대하여는 과점주주 취득세 납세의무가 발생한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.