미준공건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고ㆍ납부한 데 대하여 취득세 등을 환급하면서 무신고 및 납부불성실 가산세를 가산하여 등록면허세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.10.12. OOO 외 3필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 지상의 미준공건축물(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 이 건 부동산의 취득가액을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율 등을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고하면서 2015.10.19. 지방세특례제한법(2016.1.1. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항에 따른 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 이 건 건축물이 미준공 건축물로서 지방세법제7조에 따른 취득세 등 과세대상 물건이 아니라 등록면허세 과세대상 물건에 해당하는 것으로 보아 2018.6.1. 청구법인에게 기 납부한 취득세 등 합계 OOO(환급가산금을 제외한다)을 환급한 후, 2018.7.25. 청구법인에게 이 건 건축물의 취득가액(OOO)을 과세표준으로 하고 지방세법(2016.1.1. 법률 제13636호로 일부개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제1호 나목 1)의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(무신고가산세 OOO 및 납부불성실가산세 OOO 합계 OOO을 포함한다)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2015.10.12. 이 건 부동산(이 건 토지 및 미준공 건축물인 이 건 건축물)을 취득한 후 취득세 등 OOO을 신고·납부하였고, 처분청 담당공무원은 청구법인의 이 건 취득세 등 신고 당시 이 건 건축물(미준공 건축물)에 대한 신축공사가 진행 중인 사실을 인지하고 있었음에도 위 신고를 그대로 접수하였다. 그러나 이 건 부동산 중 건물 부분은 취득 당시 미준공 건축물이어서 취득세 등 납부대상이 아니었고 이에 따라 정상 납부했어야 할 취득세 등은 토지분 취득세 등 OOO 및 건축물분 등록면허세 등 OOO 합계 OOO이며, 처분청은 청구법인이 당초 신고·납부한 이 건 건축물 등에 대한 취득세 등 환급세액과 신고·납부하였어야 할 등록면허세를 상계하였어야 할 것임에도 당초 과다납부한 취득세 등을 환급한 후 새로 계산한 등록면허세에 무신고가산세 및 납부불성실가산세 OOO까지 가산하여 부과한 이 건 처분은 부당하다. 나.처분청 의견 등록면허세는 지방세특례제한법제38조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니하고, 등록면허세는 원칙적으로 납세의무자 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되는 것이며, 성립요건의 충족여부를 조사·확인하고 자신의 책임 하에 세액을 신고·납부하는 신고납부방식의 세목으로서 청구법인은 미준공건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고하면서 감면신청을 하였을 뿐 등록면허세 등을 신고한 사실이 없고, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 않고 있는 점을 감안하면, 청구법인이 이 건 건축물에 대한 등록면허세를 신고·납부하지 아니한 의무불이행에 대한 귀책사유는 청구법인에게 있다 할 것이어서 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다. 또한 청구법인은 이 건 등록면허세 등을 부과하면서 가산세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 지방세는 세목별로 납세의무의 성립시기, 과세대상, 신고·납부기한, 과세표준, 세율 등이 상이하므로 각각의 세목이 규정하는 세법에 따라 확정된 세액을 신고·납부하거나 부과·고지 하여야 하는 것이므로, 취득세 등 환급세액이 있다하여 등록면허세 신고·납부의무를 이행하였다고 할 수는 없는 것이어서 취득세 등 환급세액에서 미리 등록면허세를 상계 처리하는 것은 맞지 않다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 미준공건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고·납부한 데 대하여 취득세 등을 환급하면서 무신고 및 납부불성실 가산세를 가산하여 등록면허세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2006.4.17. 의료기관의 설치·운영업 등을 목적사업으로 하여 설립되어 OOO에서 의료업 등을 영위하는 비영리법인이다. (나) 청구법인의 이 건 부동산 취득 경과 및 취득세 등 신고·납부내역은 다음과 같다.

1. 1988년 이 건 토지 일원에 대하여 도시계획시설(시장) 결정·고시된 이후 1994년 7월 이 건 토지 지상에 건축물 신축공사가 시작되었다가 1997년 12월 공사가 중단되었고, 2003.2.19. 소유주가 OOO㈜로 변경되어 2008.3.3. OOO㈜를 소유자로 하여 소유권 보존등기되었으며, 2008.11.13. 소유주가 ㈜OOO로 변경되었다.

2. 이 건 건축물은 지하 2층, 지상 6층 연면적 15,338.37㎡의 건축물(근린생활시설-시장, 볼링장) 및 지하 2층, 지상 3층 연면적 6,281.14㎡의 건축물(주차장)로, 위 1)과 같이 사용승인되지 아니한 채 소유권이 전전이전되어 2015.10.12. 청구법인이 이 건 건축물을 취득하고 2015.10.20. 소유권이전등기를 하였다.

3. 청구법인은 2015.10.12. 이 건 부동산을 취득한 후 다음 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제38조 제1항에 따른 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 감면받았다. ＜표1＞ 취득세 등 신고·납부내역 (단위: 원) (다) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하기 위하여 2015.11.2. 사업장 안전 가설휀스를 설치하고 2015.11.30. 도시·군 계획시설사업 실시계획인가 변경 신청서를 제출하였으나 OOO가 지구단위계획을 정비하는 과정에서 그 변경 신청에 대한 처리기한이 연장되어 있던 중 2016.3.10. 청구법인이 도시·군계획시설사업실시계획인가 변경 신청을 취하하였고, 청구법인은 이후 2017.6.1. 의료시설(병원) 설계·감리 계약을 체결(2017.11.6. 설계·감리비 1차 지출)하였다. (라) 처분청이 2017.11.27. 청구법인에게 한 건축 중단 건축물에 대한 처리계획 제출 통지에 대하여 청구법인은 2017.11.28. 향후 건축을 진행할 예정이라는 내용의 처리계획을 제출하였다. (마) 이 건 부동산에 대한 취득세 등 환급 및 등록면허세 부과내역은 다음과 같다.

1. 처분청은 이 건 건축물이 미준공 건축물로서 지방세법제7조에 따른 취득세 등 과세대상 물건이 아니라 등록면허세 과세대상 물건에 해당하는 것으로 보아 2018.6.1. 청구법인에게 다음 ＜표2＞와 같이 기 납부한 취득세 등 합계 OOO(환급가산금을 제외한다)을 환급하였다. ＜표2＞ 이 건 건축물에 대한 취득세 등 환급내역 (단위: 원)

2. 처분청은 2018.7.25. 이 건 건축물에 대하여 다음 ＜표3＞과 같이 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과·고지하였다(처분청은 이 건 토지에 대하여 정당한 사유 없이 유예기간 내 의료업에 직접 사용하지 아니하였다 하여 기감면한 취득세 등을 추징하였으나, 청구법인은 이에 대하여는 심판청구를 제기하지 아니하였음). ＜표3＞ 이 건 건축물에 대한 등록면허세 등 추징 내역 (단위: 원) * 이 건 건축물을 취득한 후 등록면허세를 신고·납부하지 아니하였으므로 일반무신고가산세(본세의 20%) 및 취득신고일의 다음날부터 납부불성실가산세를 가산(994일)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 지방세기본법 제53조의2 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고, 제53조의4는 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 납부불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있다. 취득세는 토지, 건축물, 차량, 기계장비 등을 취득하는 경우 그 취득한 자에 대하여 부과하는 조세이고, 등록면허세는 등기 또는 등록이라는 사실의 존재를 과세물건으로 하여 지방세법상 취득에 해당하지 아니한 경우 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과하는 조세로서, 납세의무의 성립시기, 과세대상, 신고·납부기한, 과세표준, 세율 등이 상이한 바, 각각의 세목이 규정하는 세법에 따라 확정된 세액을 신고·납부하여야 하는 것이다. 청구법인은 미준공 건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 신고·납부한 취득세 등을 등록면허세 등의 자진 신고·납부세액으로 보아 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 미준공 건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고하면서 감면신청을 하였을 뿐 등록면허세 등을 신고·납부한 사실이 없고, 등록면허세를 취득세로 세목을 달리하여 신고한 경우 등록면허세 과세요건을 이루는 기초사실의 중요한 부분을 사실과 다르게 신고한 것으로서 이를 세법에 따른 과세표준 신고서를 제출하고 그 세액을 납부한 것으로 보기 어려우므로, 신고·납부한 취득세 등을 등록면허세 등의 자진 신고·납부세액으로 보아 기납부세액으로 공제하기는 어렵다고 판단된다. 또한, 신고납부방식의 조세인 등록면허세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이므로 세무공무원이 적극적으로 개입하여 납세의무자가 잘못된 신고․납부를 하게 하는 경우가 아닌 이상 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 하기는 어려우므로 청구법인이 이 건 건축물에 대하여 신고·납부한 취득세 등을 환급한 후 무신고·납부불성실 가산세 등을 가산하여 등록면허세 등을 부과·고지한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세기본법(2015.12.29. 법률 제13635호로 일부개정되기 전의 것) 제53조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.

③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니한다. 제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 산출세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 세목에 대하여 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 지방세특례제한법 제6조 제3항, 제9조 제3항, 제22조 제3항 본문, 제29조 제2항 제2호 나목, 제41조 제3항 본문, 제43조 제3항 본문, 제50조 제3항 본문, 제62조 제1항, 제89조 제3항 본문 및 제92조 제2항에 따라 등록면허세가 면제되는 경우

2. 지방세특례제한법 제7조 제1항·제2항 및 제9조 제2항·제3항에 따라 취득세가 면제되는 경우

④ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제53조의4(납부불성실 가산세) 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제54조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.

② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 지방세관계법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50(제1호의 경우 100분의 10으로 하되, 법정신고기한이 지난 후 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20으로, 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50으로 한다)에 상당하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 제50조에 따라 수정신고를 한 경우(제53조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)

2. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 제52조에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제53조의2에 따른 가산세만 해당한다)

3. 제116조에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제53조의4에 따른 가산세만 해당한다)

③ 제2항 제1호 및 제2호에도 불구하고 제50조에 따른 수정신고로 인하여 추가로 납부하여야 할 세액을 그 수정신고와 동시에 납부하지 아니하거나 제52조에 따른 기한 후 신고 시 납부하여야 할 세액을 그 기한 후 신고와 동시에 납부하지 아니하는 경우에는 해당 가산세액을 감면하지 아니한다.

④ 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

(2) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 일부개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

1. 등록을 하는 자

2. 면허를 받는 자(변경면허를 받는 자를 포함한다). 이 경우 납세의무자는 그 면허의 종류마다 등록면허세를 납부하여야 한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

1. 부동산 등기

• 가. 소유권의 보존 등기: 부동산 가액의 1천분의 8
• 나. 소유권의 이전 등기

1. 유상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 20. 다만, 제11조 제1항 제8호에 따른 세율을 적용받는 주택의 경우에는 해당 주택의 취득세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 무상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 15. 다만, 상속으로 인한 소유권 이전 등기의 경우에는 부동산 가액의 1천분의 8로 한다.

• 다. 소유권 외의 물권과 임차권의 설정 및 이전 제30조(신고 및 납부) ① 등록을 하려는 자는 제27조에 따른 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 제32조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록면허세 납세의무자가 제30조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제27조 및 제28조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시·광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우