청구법인이 개인사업자가 법인전환한 경우로서 창업중소기업에서 제외되는 경우에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2016지0995

[주 문] 경기도 구리시장이 2018.6.19. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원에 대한 경정청구거부처분은 취득세 산출세액의 100분의 75를 감면하여 산정한 세액으로 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.4.19. 경기도 구리시 OOO에서 설립(설립 당시 상호: 주식회사 OOO)되어 동물 임상의학 연구업 등을 영위하는 법인으로, 2015.9.4. 경기도 구리시 OOO 외 3필지 토지 및 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(매매)한 후, 이 건 부동산의 취득가액 OOO원에 지방세법 제13조 제2항의 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2018.4.18. 이 건 부동산이 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따른 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로서 취득세 등 감면대상에 해당한다는 사유로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 개인사업자(청구법인의 사내이사 김OOO)가 하던 사업을 법인으로 전환하여 설립된 법인으로서 지방세특례제한법 제100조 제6항에 따라 취득세 등이 면제되는 창업에 해당하지 않는다고 보아 2018.6.19. 청구법인에게 경정청구 거부통보를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.3. 이의신청을 거쳐 2018.10.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 행정안전부 질의회신에 따르면 ‘지방세특례제한법제58조의3 제6항 제2호에서 규정한 “거주자가 하던 사업을 법인으로 전환”한다고 하는 것은 거주자인 중소기업자가 하던 사업을 법인으로 사업자 형태를 변경하는 것으로 보아야 할 것이고, 거주자가 법인으로 사업자 형태를 변경하여 종전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속한다는 것은 거주자가 법인의 최대 주주 또는 최대 출자자이거나 대표자로서 그 법인을 실질적으로 지배하는 경우를 말한다고 보아야 할 것으로서, 거주자가 하던 사업을 폐업하고 제3자와 법인을 설립하고 인적·물적 설비, 거래처 등을 승계하여 동종사업을 영위한다고 하더라도 거주자와 법인은 별개의 독립된 법 인격체이므로 거주자가 법인의 최대주주 또는 최대출자자이거나 대표자로서 그 법인을 실질적으로 지배하는 경우가 아니라면 창업 배제요건으로 보는 것은 타당하지 않다’(지방세특례제도과-664, 2018.3.5.)고 해석하고 있다. 처분청은 청구법인이 사내이사 김OOO의 개인사업체를 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 것으로서 새로운 벤처기업을 창업한 것으로 보기 어렵다는 의견이지만, 개인사업자의 법인전환의 경우 법인 설립시의 주주 구성, 대표이사 선정, 동일한 사업장 소재지에서의 전환 여부, 기존 자산의 인수 여부 등이 그 판단기준이라 할 것인데, ① 김도형은 청구법인의 당초 창업 당시 참여한 다수의 창업 투자자 중 한 명으로서 청구법인 설립 전 불과 3개월 전에 먼저 개인사업을 시작하였다가 이후 청구법인의 대표 등과 향후 사업계획에 대한 의견이 일치하여 법인의 구성원으로서 참여하였을 뿐 청구법인의 최대주주 및 대표자는 청구법인 발행주식의 42%를 소유하고 대표이사로 등재된 정인성인 점, ② 청구법인은 김OOO이 개인사업자로서 하던 사업장(경기도 광주시 오포읍 OOO)과 별도의 사업장 소재지(경기도 구리시 OOO)에서 창업하였고 김OOO이 운영하던 개인사업장의 인적·물적 설비, 거래처 등을 전혀 승계한 사실이 없는 점, ③ 김OOO의 개인사업장은 청구법인 설립 이후에도 2012.11.23.까지 별개의 사업장으로서 매출이 계속 발생하였고, 김OOO의 개인사업장과 청구법인 사이에 2012년 매입·매출이 발생하는 등 김OOO의 개인사업장이 2012년에도 실질적으로 영업을 계속한 것으로 나타나는 점, ④ 김OOO이 2013.4.30. 개인사업장을 폐업한 것은 청구법인으로서의 임직원으로서 회사 업무에 집중하기 위한 것일 뿐 개인사업체를 폐업하고 이를 법인으로 전환한 것이 아닌 점, ⑤ 최대주주이자 대표이사가 아닌 다른 주주들 구성원 개개인의 개인 사업이력까지 감안하여 창업을 부인하는 것은 해당 분야에서 오랜 경력을 보유한 전문인력을 영입할 수 없도록 하는 것으로서 불합리한 점 등을 고려할 때 청구법인 창업 당시 참여한 여러 구성원 중 한 특정 주주가 법인 창업 전 불과 3개월 전에 별도로 개시한 개인사업체가 있었다 하여 청구법인의 설립을 개인사업체가 법인전환을 한 경우로서 창업에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 창업중소기업에게 조세감면혜택을 부여하는 것은 중소기업에 대한 창업을 지원하기 위하여 사업 초기에 조세부담을 완화시켜 국내 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 하는 데 그 취지가 있고, 창업벤처중소기업에 대한 세액 감면제도의 내용과 취지에 비추어 창업중소기업에 해당하는지 여부는 단지 법인의 설립과 같은 창업의 외형만이 아니라 감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단함이 타당하다 하겠으므로 취득세 등의 면제대상이 되는 "창업"이란 실질적으로 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 경우이며 이것과는 다르게 기존 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 운영하거나 사업을 확장하는 등 외형상의 명의만 변경한 것에 불과하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 같은 법 상 세액감면의 취지에 부합하는 창업에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다(조심 2016지995, 2016.12.6. 같은 뜻임).

(2) 청구법인은 김OOO을 2대 주주 및 사내이사로 하여 설립된 법인으로, 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등을 사용·수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것인데(대법원 2008.10.23. 선고 2006두19501판결 참조), 김OOO은 청구법인의 최대주주는 아니지만 근로자로 근무하는 2대 주주 및 사내이사(지분율 40%)로서 최대주주 및 대표자인 정OOO과는 지분율이 2% 차이에 불과하고, 2012.1.6. 개인사업체의 사업자등록을 신규 발급받아 연구개발업을 영위하던 중 2012.4.19. 자본금 OOO원을 출자하여 청구법인이 동일업종인 연구개발업(국세청 업종코드: 730000, 물리, 화학 및 생물학 연구개발업)을 포함한 사업을 영위하도록 하였으며, 광주세무서장이 회신한 김OOO 개인사업체의 ‘2012년 부가가치세 신고내역’과 청구법인의 거래처 원장에서 동일한 매출처가 확인되고, 청구법인의 원장에서 김OOO 개인사업체와의 거래도 확인되고 있으며, 2013.4.30. 김OOO의 개인사업체가 폐업된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인의 설립은 김OOO의 개인사업체를 법인으로 전환하여 설립한 것으로서 창업에 해당하지 않는다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 개인사업자가 법인전환한 경우로서 창업중소기업에서 제외되는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다. 제100조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012.4.19. 경기도 구리시 OOO를 본점으로 하고, 목적사업을 동물 임상의학 연구업 등으로 하여 설립된 법인(설립당시 상호: 주식회사 OOO, 2016.3.2. 상호 변경등기: 주식회사 OOO)으로, 사업자등록증상 업종은 물리, 화학 및 생물학 연구개발업(업종코드: 730000), 실험동물연구대행서비스(업종코드: 749939), 생명과학연개발, 연구대행 및 컨설팅(업종코드: 741400) 등인 것으로 법인등기사항전부증명서 등에서 확인된다.

(2) 청구법인은 2013.4.2. 벤처기업 육성에 관한 특별조치법제25조의 규정에 따라 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 확인(유효기간: 2013.4.2.～2015.4.1.)받은 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 설립당시 출자내역은 다음 ＜표1＞와 같다. ＜표1＞ 주식등변동상황명세서상 지분 변동내역(2012년) (단위: 주, %)

(4) 청구법인의 거래처원장(계정과목: 연구대행수수료)에 따르면 청구법인은 2012년에 매출처 50곳, 매출액 OOO억원, 2013년에 매출처 85곳, 매출액 OOO억원 등 매출이 지속적으로 증가하고 있는 것으로 나타나고, 2012년에 김OOO의 개인사업체(OOO)에 대하여 OOO원의 매출이 발생한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 청구법인의 매출현황 (단위: 개, 원)

(5) 청구법인의 사내이사인 김OOO은 2012.1.6. 경기도 광주시 오포읍 OOO에서 개인사업자등록(상호: OOO)하여 물리, 화학 및 생물학 연구개발업(국세청 업종코드: 730000) 등을 영위하다가 2013.4.3. 폐업하였고, 사업자등록증상 업종은 물리, 화학 및 생물학 연구개발업(업종코드: 730000)인 것으로 나타나며, 김OOO은 수의업을 하던 자로, 수의업 사업장(동물병원)에서 위 OOO을 개업하였고 별도의 인력이나 시설장치는 보유하고 있지 아니하였던 것으로 확인된다.

(6) ‘부가가치세과세표준증명’ 등에 따르면, 김OOO의 개인사업체는 거래기간 2012.1.1.∼2012.12.31.까지 9개의 매출처에서 합계 OOO원의 매출이 발생하였으며, 최종 매출은 2012.11.23. 발생하였고, 그 이후에는 매출실적이 전혀 없는 것으로 확인된다. ＜표3＞ 김OOO 개인사업체의 매출현황 (단위: 개, 원)

(7) 처분청 담당공무원은 2018.5.23. 청구법인을 현지 출장한 결과 다음과 같이 조사하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제58조의3 제1항에서는중소기업창업 지원법제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조 제6항 제2호에서는 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 창업중소기업에 대한 조세감면혜택을 부여하는 것은 중소기업에 대한 창업을 지원하기 위하여 사업초기에 조세부담을 완화하여 국내 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 하는데 그 입법목적이 있다고 할 것으로서, 이러한 의미에서 창업이란 중소기업을 새로이 설립하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것을 의미한다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. (나) 처분청은 청구법인과 개인사업체의 목적사업이 일부 동일한 점, 개인사업자가 청구법인의 지배주주로 참여한 점, 거래처가 일부 중복되는 점을 근거로 청구법인은 개인사업자가 법인전환한 경우에 해당된다는 의견이나, 일반적으로 개인사업자가 법인으로 전환하는 방법은 개인사업자와 법인간에 현물출자나 포괄적 사업양수도의 방법으로 개인사업자의 자산, 부채 등을 법인이 승계하는 방식으로 이루어지고 있는바, 이 건의 경우를 보면, 개인사업자인 김OOO이 청구법인에게 현물출자나 사업양수도의 형태로 개인사업자의 사업용 재산을 양수도하였다고 볼 수 있는 사실이 나타나지 아니하는 점, 청구법인의 설립 이후에도 개인사업자가 독자적으로 운영되다가 8개월이 경과하여 개인사업을 폐업한 점, 청구법인과 개인사업자(9개업체)의 2012년도 거래처 중 일부 거래처(4개업체)가 동일하지만 이러한 거래처가 청구법인의 거래처 중 차지하는 비중이 극히 일부에 불과하고 청구법인과 개인사업체의 매출실적 및 거래처가 현저히 차이가 발생하고 있는 점 등을 종합하면, 청구법인이 김OOO의 개인사업체를 포괄적으로 양수하여 법인전환한 경우로서 실질적인 창업의 효과가 발생하지 아니하였다고 보기는 어렵다 하겠다. 또한, 법인전환의 경우 창업을 부인하는 이유는 법인과 개인이 독립된 인격체이지만, 실질적으로는 법인전환을 통하여 사업의 동질성이 유지되고 있는 경우에 새로이 감면혜택을 부여하는 것이 부적절하다는 점에서 이를 창업에서 제외하고 있는 것인데, 개인사업자는 별도의 법인을 설립하거나 다른 법인의 주주로 참여할 수 있는 것으로서 처분청이 제시하는 근거는 법인전환에 해당된다는 정황이 있다는 것에 불과할 뿐 이러한 정황증거만으로 개인사업자인 김OOO이 법인전환의 방식으로 청구법인을 설립한 경우로 보기는 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.